Accelerated inbreeding depression suggests synergistic epistasis for deleterious mutations in Drosophila melanogaster

Epistasis may have important consequences for a number of issues in quantitative genetics and evolutionary biology. In particular, synergistic epistasis for deleterious alleles is relevant to the mutation load paradox and the evolution of sex and recombination. Some studies have shown evidence of synergistic epistasis for spontaneous or induced deleterious mutations appearing in mutation-accumulation experiments. However, many newly arising mutations may not actually be segregating in natural populations because of the erasing action of natural selection. A demonstration of synergistic epistasis for naturally segregating alleles can be achieved by means of inbreeding depression studies, as deleterious recessive allelic effects are exposed in inbred lines. Nevertheless, evidence of epistasis from these studies is scarce and controversial. In this paper, we report the results of two independent inbreeding experiments carried out with two different populations of Drosophila melanogaster. The results show a consistent accelerated inbreeding depression for fitness, suggesting synergistic epistasis among deleterious alleles. We also performed computer simulations assuming different possible models of epistasis and mutational parameters for fitness, finding some of them to be compatible with the results observed. Our results suggest that synergistic epistasis for deleterious mutations not only occurs among newly arisen spontaneous or induced mutations, but also among segregating alleles in natural populationsXunta de Galicia | Ref. ED431C 2016-037Ministerio de Economía y Competitividad | Ref. CGL2016-75904-C2-1-

Candidate transcriptomic sources of inbreeding depression in Drosophila melanogaster

The genomic causes of inbreeding depression are poorly known. Several studies have found widespread transcriptomic alterations in inbred organisms, but it remains unclear which of these alterations are causes of the depression and which are mere responses to the ensuing physiological stress induced by increased homozygosity due to inbreeding. Attempting to differentiate causes from responses, we made a c-DNA microarray analysis of inbreeding depression in Drosophila melanogaster. The rationale of the experiment was that, while depression is a general phenomenon involving reductions in fitness in different inbred lines, its first genetic causes would be different for each inbred line, as they are expected to be caused by the fixation of rare deleterious genes. We took four sets of inbred sublines, each set descending from a different founding pair obtained from a large outbred stock, and compared the expression of the three most depressed sublines and the three least depressed sublines from each set. Many changes in expression were common to all sets, but fourteen genes, grouped in four expression clusters, showed strong set-specific changes, and were therefore possible candidates to be sources of the inbreeding depression observed.This work was funded by Xunta de Galicia (INCITE08PXIB200119PR and Grupos de Referencia Competitiva, 2010/80), Ministerio de Ciencia y Tecnología (CGL2009-13278-C02, CGL2012-39861-C02) and Fondos Feder: “Unha maneira de facer Europa”S

A visual analytics framework for cluster analysis of DNA microarray data

Prova tipográficaCluster analysis of DNA microarray data is an important but difficult task in knowledge discovery processes. Many clustering methods are applied to analysis of data for gene expression, but none of them is able to deal with an absolute way with the challenges that this technology raises. Due to this, many applications have been developed for visually representing clustering algorithm results on DNA microarray data, usually providing dendrogram and heat map visualizations. Most of these applications focus only on the above visualizations, and do not offer further visualization components to the validate the clustering methods or to validate one another. This paper proposes using a visual analytics framework in cluster analysis of gene expression data. Additionally, it presents a new method for finding cluster boundaries based on properties of metric spaces. Our approach presents a set of visualization components able to interact with each other; namely, parallel coordinates, cluster boundary genes, 3D cluster surfaces and DNA microarray visualizations as heat maps. Experimental results have shown that our framework can be very useful in the process of more fully understanding DNA microarray data. The software has been implemented in Java, and the framework is publicly available at http://www. analiticavisual.com/jcastellanos/3DVisualCluster/3D-VisualCluster.This work has been partially funded by the Spanish Ministry of Science and Innovation, the Plan E from the Spanish Government, the European Union from the ERDF (TIN2009-14057-C03-02)

LA CADENA AGROALIMENTARIA DEL JENGIBRE (Zingiber officinale): APROVECHAMIENTO POTENCIAL, VALOR AGREGADO Y OPORTUNIDADES DE NEGOCIO EN MÉXICO

Recently, the consumption of ginger in Mexico has been revalued, derived from its multiple benefits for human health. Although there has increased interest in the production and consumption of ginger, it is still not as important compared to other vegetables, due to the extensive ignorance among society about the benefits of this food, in addition to the low added value it presents in its commercialization, and to the limited development of international markets for export, so that practically most of the production remains in the domestic market for fresh consumption. Likewise, the ginger agri-food chain has not yet developed in diversification of products, causing producers to have the need to face problems of low prices in commercialization, due to the low added value, and due to the lack of recognition as solidarity product or with organic certification. The present work exposes a proposal of various options aimed at increasing the added value of ginger, as well as the design of a sustainable agri-food chain model that facilitates the organization, distribution, and commercialization of products with greater value, made of this functional food

Características clínicas y epidemiológicas de la estenosis hipertrófica de píloro en un hospital de lima Perú.

Objetivo: Determinar las características clínicas y epidemiológicas de la estenosis hipertrófica de píloro en un hospital de lima Perú. Materiales y métodos: Se realizo un estudio descriptivo, retrospectivo correspondiente de los años 2013 al 2019, en el servicio de cirugía pediátrica del hospital docente madre niño “San Bartolomé”. En donde recolectamos los datos a través de las historias clínicas con diagnóstico estenosis hipertrófica de píloro. Resultados: Se obtuvieron un total de 59 pacientes, de los cuales 79.7% fueron varones, 68.4% primogénitos, con una media de edad de 31.3 +/- 13.6 días de nacido. 100% presento vómitos, 44.1% reptaciones y solo 35.6% presento oliva pilórica palpable. Tiempo quirúrgico promedio 51.39 +/- 19.1 minutos, estancia hospitalaria promedio de 6.35 +/- 6.56 días, se presentó complicaciones en un 13.6% y una mortalidad de 3.4%. Conclusiones: La importancia del inicio precoz de la vía oral, así como el manejo postquirúrgico es importante en estos pacientes para poder disminuir su estancia hospitalaria, se debe de tomar en cuenta el manejo del paciente postquirúrgico y sus complicaciones respiratorias

Diseño y construcción de un sistema motorizado con acople central para una silla de ruedas de la Misión Manuela Espejo para el desplazamiento autónomo de personas parapléjicas en zonas urbanas.

El presente trabajo se realizó con el fin de presentar una alternativa e movilidad urbana para usuarios de silla de ruedas se diseñó y construyó un prototipo motorizado con acople central para una silla de ruedas, en respuesta al problema de movilidad y que en el mercado nacional no existe este tipo de productos e importarlos tiene un costo muy elevado, y de esta manera mejorar la autonomía de movilidad de los usuarios de silla de ruedas. Para lo cual, se identificó los requisitos de los usuarios, entre los requisitos principales se encuentra el modelo de la silla de ruedas, por lo que se partió utilizando la silla de ruedas de la Misión Manuela Espejo, por ser un modelo estándar y similar a otros comercializados en el mercado, partiendo de los parámetros requeridos se diseñó un prototipo de fácil acople, con un motor eléctrico brushless con sus respectivo módulo eléctrico, sujeción, mecánico y estructural, instalado en la estructura inferior de la silla de ruedas. El material escogido con el que fue construido el prototipo es el acero estructural ASTM A36. Mediante un software CAD se conceptualizo un diseño preliminar de la estructura del prototipo al cual se realizó distintas modificaciones hasta obtener un diseño satisfactorio, posteriormente con ayuda de un software CAE se validó el diseño exponiendo a prototipo a parámetros reales de funcionamiento para garantizar la fiabilidad del mismo, se construyó mediante procesos de manufactura comúnmente usados a nivel nacional tales como la soldadura SMAW para la unión de los distintos componentes. Se realizó siete pruebas distintas para probar el funcionamiento del prototipo, los componentes del prototipo no se vieron comprometidos, tampoco fallaron en su funcionamiento y en ninguna de las pruebas se presentó ninguna anomalía, por otro parte el usuario mostro conformidad con el prototipo. Se puede concluir que el prototipo puede ser implementado en distintos modelos de silla de ruedas, este prototipo puede ser utilizado por usuarios con movilidad en sus extremidades superiores. Para que el presente trabajo tenga mayor alcance se recomienda la utilización de materiales más ligeros para reducir el consumo energético del prototipo, así como considerar el diseño y construcción de soportes para silla de ruedas con barras inclinadas.The present work was carried out to present an alternative and urban mobility for wheelchair users. A motorized prototype with a central coupling for a wheelchair was designed and built, in response to the mobility problem and which in the national market there are not these products and importing them has a very high cost, and in this way improve the mobility autonomy of wheelchair users. For which, the requirements of the users were identified, among the main requirements is the wheelchair model, So wheelchair of Manuela Espejo Mission was used, for being a standard model and similar to others marketed in the market, based on the required parameters, an easy-to-fit prototype was designed, with a brushless electric motor with its respective electric, fastening, mechanical and structural model, installing on the lower structure of the wheelchair. With the chosen material, the ASTM A36 structural steel prototype was built. Through a CAD software, a preliminary design of the prototype structure was conceptualized, to which different modifications were made until a satisfactory design was obtained, then with the help of a CAE software the design was validated by exposing the prototype to real parameters of operating to guarantee the reliability. It was also built through manufacturing processes commonly used nationwide such as SMAW welding for the union of the different components. Seven different tests were carried out to test the operation of the prototype, the components of the prototype were not compromised either failed in its operation and any of the tests there was no anomaly, on the other hand, the user showed conformity with the prototype. t can be concluded that the prototype can be implemented in different wheelchair models, this prototype can be used by users with mobility in their upper extremities. For this work to have greater scope, the use of lighter materials is recommended to reduce the prototype's energy consumption, as well as consider the design and construction of wheelchair support with inclined bars

Antroponimia dieciochesca en Texas: primeras aproximaciones a su estudio diacrónico

En los últimos años, es bien sabido que algunos estudiosos han abordado la onomástica (Billy, 1993: 5; Rebollo Torío, 1995: 399), sin embargo, lo cierto es que en el campo de los nombres de persona –muy especialmente en el continente americano– aún han tenido poca atención (San Martín Gómez, 2021, 2021b, 2022). De este modo, el presente trabajo pretende atender esta necesidad analizando los antropónimos utilizados en Texas durante finales del siglo XVIII en los 28 documentos de la antología editada por Paredes García (2021) a través de la metodología utilizada por Roldan Sánchez (1998) y  San Martín Gómez (2021, 2021b, 2022) en otros estudios diacrónicos a partir de un análisis de los nombres simples, compuestos y del uso del IVO (índice de variación onomástica) empleado por este último. En concreto, los objetivos de este trabajo son: 1) aportar una primera aproximación al análisis de los antropónimos de este territorio a finales del siglo dieciocho; 2) analizar la distribución del nombre propio de acuerdo a su estructura simple y compuesta para determinar sus preferencias; 3) observar las ocurrencias de los antropónimos del corpus para determinar los nombres más populares, así como los menos comunes y; 4) por último, en la medida de lo posible, establecer comparaciones con otras zonas de dominio hispánico durante este periodo. En los resultados, salta a la vista la preferencia de nombres simples frente a compuestos, la ausencia de nombres femeninos en el corpus debido al tipo de documentos analizados, así como la tendencia al uso de hagiónimos al momento de seleccionar un antropónimo. Finalmente, a partir de estos resultados extraídos, el propósito de este estudio es abrir nuevas vías de investigación y reflexiones que contribuyan al estudio diacrónico de los antropónimos en Texas y otras zonas aledañas que puedan verse influenciadas por esta región para ofrecer nuevos datos sobre la configuración antroponímica de los nombres en español en América

Antroponimia dieciochesca en Texas: primeras aproximaciones a su estudio diacrónico: The anthroponymy of Texas during the 18th century: first approaches to its diachronic study

Over the last few years, some scholars have dealt with onomastics (Billy, 1993, p. 5; Rebollo Torío, 1995: 399), however, the field of forenames –especially in the Americas– has still received little attention (San Martín Gómez, 2021, 2021b, 2022). In this way, the present work aims to address this need by analyzing the anthroponyms used in Texas during the late 18th century in the 28 documents of the anthology edited by Paredes García (2021) through the methodology of Roldan Sánchez (1998) and the IVO (onomastic variation index) used by San Martín Gómez (2021, 2021b, 2022) to analyze simple and compound forenames in other diachronic studies. Specifically, the objectives of this work are: 1) to provide a first approach to the analysis of the anthroponyms of this territory at the end of the eighteenth century; 2) analyze the distribution of the forenames according to its simple and compound structure to determine its preferences; 3) observe the occurrences of anthroponyms in the corpus to determine the most popular names, as well as the least common ones and; 4) finally, to the extent possible, establish comparisons with other Hispanic-dominated areas during this period. In the results, the preference for simple names over compound names is evident, the absence of female names in the corpus due to the type of documents analyzed, as well as the tendency to use hagionyms when selecting an anthroponym. Finally, based on these extracted results, the purpose of this study is to open new avenues of research and reflections that contribute to the diachronic study of anthroponyms in Texas and other surrounding areas that may be influenced by this region to offer new data on the configuration of anthroponymy in the Americas.En los últimos años, es bien sabido que algunos estudiosos han abordado la onomástica (Billy, 1993: 5; Rebollo Torío, 1995: 399), sin embargo, lo cierto es que en el campo de los nombres de persona –muy especialmente en el continente americano– aún han tenido poca atención (San Martín Gómez, 2021, 2021b, 2022). De este modo, el presente trabajo pretende atender esta necesidad analizando los antropónimos utilizados en Texas durante finales del siglo XVIII en los 28 documentos de la antología editada por Paredes García (2021) a través de la metodología utilizada por Roldan Sánchez (1998) y  San Martín Gómez (2021, 2021b, 2022) en otros estudios diacrónicos a partir de un análisis de los nombres simples, compuestos y del uso del IVO (índice de variación onomástica) empleado por este último. En concreto, los objetivos de este trabajo son: 1) aportar una primera aproximación al análisis de los antropónimos de este territorio a finales del siglo dieciocho; 2) analizar la distribución del nombre propio de acuerdo a su estructura simple y compuesta para determinar sus preferencias; 3) observar las ocurrencias de los antropónimos del corpus para determinar los nombres más populares, así como los menos comunes y; 4) por último, en la medida de lo posible, establecer comparaciones con otras zonas de dominio hispánico durante este periodo. En los resultados, salta a la vista la preferencia de nombres simples frente a compuestos, la ausencia de nombres femeninos en el corpus debido al tipo de documentos analizados, así como la tendencia al uso de hagiónimos al momento de seleccionar un antropónimo. Finalmente, a partir de estos resultados extraídos, el propósito de este estudio es abrir nuevas vías de investigación y reflexiones que contribuyan al estudio diacrónico de los antropónimos en Texas y otras zonas aledañas que puedan verse influenciadas por esta región para ofrecer nuevos datos sobre la configuración antroponímica de los nombres en español en América

Accelerating Smith-Waterman Alignment of Long DNA Sequences with OpenCL on FPGA

With the greater importance of parallel architectures such as GPUs or Xeon Phi accelerators, the scientific community has developed efficient solutions in the bioinformatics field. In this context, FPGAs begin to stand out as high performance devices with moderate power consumption. This paper presents and evaluates a parallel strategy of the well-known Smith-Waterman algorithm using OpenCL on Intel/Altera’s FPGA for long DNA sequences. We efficiently exploit data and pipeline parallelism on a Intel/Altera Stratix V FPGA reaching upto 114 GCUPS in less than 25 watt power requirements.Publicado en Lecture Notes in Computer Science book series (LNCS, vol. 10209).Facultad de Informátic