Etude de la réponse à la sélection massale paysanne sur les variétés de maïs population

Depuis une vingtaine d’années, les paysan·ne·s de Dordogne s’intéressent et travaillent sur la sélection de variétés de maïs population. Dans le cadre du projet COVALIENCE, les paysan·ne·s ont souhaité étudier des méthodes de sélection simples, afin de déterminer si celles- ci pouvaient permettre l’augmentation du rendement grain de leurs variétés. Ainsi, il a été constaté que la création d’un différentiel de sélection était possible grâce à l’utilisation d’un protocole de sélection simple, basé sur le poids épi. Cependant, l’utilisation d’un tel protocole allonge l’intervalle de floraison mâle/femelle des variétés, augmentant par conséquent leur vulnérabilité à la sécheresse. La castration des pieds mâles tardifs uniquement ne semble pas compenser cet effet. Les méthodes de sélection sont donc à adapter à chaque situation et peuvent être agrémentées d’autres éléments afin de répondre aux objectifs de chacun. Les conclusions de cette étude orientent les futurs travaux d’AgroBio Périgord vers des sélections basées sur les floraisons et la protandrie

Rare predicted loss-of-function variants of type I IFN immunity genes are associated with life-threatening COVID-19

BackgroundWe previously reported that impaired type I IFN activity, due to inborn errors of TLR3- and TLR7-dependent type I interferon (IFN) immunity or to autoantibodies against type I IFN, account for 15-20% of cases of life-threatening COVID-19 in unvaccinated patients. Therefore, the determinants of life-threatening COVID-19 remain to be identified in similar to 80% of cases.MethodsWe report here a genome-wide rare variant burden association analysis in 3269 unvaccinated patients with life-threatening COVID-19, and 1373 unvaccinated SARS-CoV-2-infected individuals without pneumonia. Among the 928 patients tested for autoantibodies against type I IFN, a quarter (234) were positive and were excluded.ResultsNo gene reached genome-wide significance. Under a recessive model, the most significant gene with at-risk variants was TLR7, with an OR of 27.68 (95%CI 1.5-528.7, P=1.1x10(-4)) for biochemically loss-of-function (bLOF) variants. We replicated the enrichment in rare predicted LOF (pLOF) variants at 13 influenza susceptibility loci involved in TLR3-dependent type I IFN immunity (OR=3.70[95%CI 1.3-8.2], P=2.1x10(-4)). This enrichment was further strengthened by (1) adding the recently reported TYK2 and TLR7 COVID-19 loci, particularly under a recessive model (OR=19.65[95%CI 2.1-2635.4], P=3.4x10(-3)), and (2) considering as pLOF branchpoint variants with potentially strong impacts on splicing among the 15 loci (OR=4.40[9%CI 2.3-8.4], P=7.7x10(-8)). Finally, the patients with pLOF/bLOF variants at these 15 loci were significantly younger (mean age [SD]=43.3 [20.3] years) than the other patients (56.0 [17.3] years; P=1.68x10(-5)).ConclusionsRare variants of TLR3- and TLR7-dependent type I IFN immunity genes can underlie life-threatening COVID-19, particularly with recessive inheritance, in patients under 60 years old