Ispitivanje različitih organskih supstrata i razvoj prikladne jeftine fermentacijske podloge u proizvodnji α-amilaze s pomoću Bacillus subtilis

The production of extracellular amylase by Bacillus subtilis has been studied in solid-state fermentation (SSF). In a sequential order, various process parameters were optimized for maximum amylase production. The tested process parameters were different solid substrates such as banana husk (BH), water melon husk (WMH), lentil bran (LB), wheat bran (WB), melon husk (MH) and maize oil cake (MOC), different incubation time (24–144 h), particle size (500–2500 μm), initial moisture content of the substrate (40–70 %, by mass per volume), inoculum size (10–60 %, by mass per volume) and inoculum concentration (10–60 %, by volume per mass). The maximum production of amylase (4857 U/mg) was achieved when 1 % starch (by mass, particle size of 1500 μm) was added to banana husk as the solid substrate, fermented for 72 h at 37 °C, at an inoculum level of 30 % (by volume per mass), and initial moisture content of 60 % (by volume per mass).U radu je ispitana proizvodnja ekstracelularne amilaze fermentacijom na čvrstoj podlozi s pomoću Bacillus subtilis. Optimirani su različiti parametri za maksimalnu proizvodnju amilaze. Ispitani su razni čvrsti supstrati, kao što su kora banane, lubenice i dinje; mekinje leće i pšenice te kukuruzna uljna pogača; zatim vrijeme inkubacije (24-144 h), veličina čestica (500-2500 μm), početna vlažnost supstrata (40-70 %, V/m) i veličina inokuluma (10-60 %, V/m). Maksimalna proizvodnja amilaze (4857 U/mg) postignuta je dodatkom škroba (masenog udjela 1 %, veličine čestica 1500 μm) podlozi od kore banane, fermentirane tijekom 72 h na 37 °C, pri veličini inokuluma od 30 % te početnoj vlažnosti od 60 %

Thoracopagus Conjoined Twins: A Case Report

Objective. Conjoined twin is a rarely seen congenital anomaly together with severe mortality and morbidity. The more common types of conjoined twins include the thoracopagus type, where the fusion is anterior, at the chest, and involves the heart. We are reporting one case of conjoined thoracopagus twins diagnosed by ultrasonography at 11 weeks. Case Report. In a multigravid pregnant woman who has been admitted to our clinic with a diagnosis of conjoined twins, thoracopagus, by ultrasonography at an 11-week gestation, termination of the pregnancy was performed. Conclusion. Making an early diagnosis with ultrasonographic examination gives the parents a chance to elect pregnancy termination

1-(1H-Benzimidazol-1-ylmeth­yl)-3-[2-(di­isopropyl­amino)eth­yl]-1H-benzimid­azolium bromide 0.25-hydrate

The title N-heterocyclic carbene derivative, C23H30N5 +·Br−·0.25H2O, was synthesized using microwave heating and was characterized by 1H and 13C NMR spectroscopy and a single-crystal X-ray diffraction study. The structure of the title compound are stabilized by a network of intra- and inter­molecular C—H⋯Br hydrogen-bonding inter­actions. The crystal structure is further stabilized by π–π stacking inter­actions between benzene and imidazole fragment rings of parallel benzo[d]imidazole rings, with a separation of 3.486 (3) Å between the centroids of the benzene and imidazole rings. There is also an inter­molecular C—H⋯π inter­action in the crystal structure. The C—N bond lengths for the central benzimidazole ring are shorter than the average single C—N bond, thus showing varying degrees of double-bond character and indicating partial electron delocalization within the C—N—C—N—C fragment. The isopropyl group is disordered over two sites with occupancies of 0.792 (10) and 0.208 (10)

Koronavirüs Hastalığı-2019 Hastalarının Tırnak Dibi Kapilleroskopisi ile Değerlendirilmesi

Amaç: Mikrovaskülopati, Koronavirüs hastalığı-2019 (COVID-19) hastalığı komplikasyonlarında rol alan mekanizmalardan biridir. Tırnak dibi kapilleroskopisi (TDK) mikrovasküleriteyi değerlendirmede kullanılan non-invaziv bir yöntemdir. COVID-19 hastalarında endotel disfonksiyonu ve mikrovaskülopatinin saptanmasında yol gösterici olabilir. Gereç ve Yöntem: Şiddetli akut solunum yolu sendromu-CoV-2 testi pozitif çıkmış 54 hastaya TDK yapıldı ve hastalar kapiller yoğunluk, mimari ve morfoloji açısından değerlendirildi. Anormal ve normal kapilleroskopi bulguları olan hastalar COVID-19 klinik semptomları açısından karşılaştırıldı. Bulgular: Çalışmaya alınan hastaların %72’si erkek, yaş ortalaması ise 35,6±11,6 idi. Toplamda 22 hastada (%41) anormal kapilleroskopik değişikliklerden en az 1 tanesi vardı. Kapilleroskopik yaygın anormallikler ise sırasıyla, perikapiller ödem (%43), genişlemiş ve dilate kapil (%24), tortiyozite kapiller (%22) oldu. Hastaların %17’sinde hiperenflamatuvar yanıt görüldü ve 1 hastada yoğun bakım ihtiyacı oldu. Anormal kapilleroskopik değişliği olan hastalarda hiperenflamatuvar yanıt, antisitokin kullanımı ve tromboz sıklığı artmıştı. Sonuç: COVID-19 hastalarında anormal kapilleroskopik bulgular sıklıkla gözlenmiştir. Anormal kapilleroskopik bulguları olan hastalarda hiperenflamatuvar yanıt ve antisitokin ilaç kullanımı sıklığının artması hiperenflamasyon ile mikrovaskülopati arasında bir ilişki olabileceğini düşündürmektedir. TDK’nın, COVID-19 hastalığı klinik tutulumları ile ilişkisini değerlendirmek için daha fazla çalışmaya ihtiyaç vardır

Intraoral premalign ve malign lezyonlu hastaların doku örneklerindeki candida türlerinin DNA analiziyle belirlenmesi ve sağlıklı doku ile karşılaştırılması

Amaç: Bu retrospektif çalışmada premalign ve malign lezyonlu ile sağlıklı bireylere ait doku örneklerindeki Candida albicans, Candida kruseii, Candida parapsilosis, Candida tropicalis ve Candida glabrata türlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.  Gereç ve Yöntem: Çalışmaya oral premalign veya malign lezyon şüphesi nedeniyle biyopsi uygulanmış doku örnekleri dahil edildi. Örnekler histolojik özelliklerine göre sağlıklı (n=20), displazi (n=20), karsinoma in-situ (n=20) ve skuamoz hücreli karsinom (SHK) (n=20) olmak üzere 4 gruba ayrıldı. DNA izolasyonunun ardından Candida türlerine ait DNA örneklerinin miktar ve saflık kontrolleri gerçekleştirildi. Kantitatif ölçümler için Real-Time PCR (LightCycler 96, Almanya) kullanıldı ve standart eğriler hesaplandı. Veriler Mann-Whitney ve Wilcoxon Signed Ranks testleri ile değerlendirildi (P<0.05).Bulgular: Sağlıklı ve displazik örneklerin yer aldığı gruplarda C. parapsilosis (104DNA/50 mg) en sık görülen Candida türüydü. Karsinoma in-situ grubunda C. tropicalis ve C. kruseii (103DNA/50 mg), SHK grubunda ise C. kruseii (104DNA/50 mg) seviyelerinin daha yüksek olduğu belirlendi. Örneklerin hiçbirinde C. albicans varlığı gösterilemedi. Gruplar arasında farklı Candida türlerinin sayısına göre anlamlı bir fark gözlenmedi (P>0.05). Farklı Candida türlerinin gruplar içerisindeki seviyeleri incelendiğinde; sağlıklı örneklerde C. glabrata (103DNA/50 mg), displazi grubunda C. parapsilosis (104DNA/50 mg), karsinoma in-situ grubunda C. tropicalis-C. kruseii (103DNA/50 mg), SHK grubunda ise C. kruseii’nin (103DNA/50 mg) en fazla sayıda gözlenen Candida türü olduğu belirlendi. Candida türlerinin gruplar içerisindeki dağılımı anlamlı değildi (P>0.05).Sonuç: Sağlıklı, displazik, karsinoma in situ ve skuamöz hücreli karsinoma doku örneklerinde Real-Time PCR yöntemiyle yapılan kantitatif değerlendirmede Candida türlerinin tüm gruplarda benzer oranda mevcut oldukları belirlendi.ANAHTAR KELİMELER Oral Candida, C. albicans, ağız kanseri, Real-Time PCR, moleküler analiz &nbsp

The Possible Relation of Demodex and Facial Erythema in Connective Tissue Diseases

Background: We aimed to investigate the frequency of Demodex infestation and clinical implications in connective tissue disease patients with facial erythema. Methods: Patients diagnosed with a connective tissue disease and had facial erythema were consecutively enrolled in the study from 2019-2020. An age and gender matched control group was formed from healthy volunteers. Presence of Demodex was investigated by standardized skin surface biopsy. Number of Demodex mites over 5 per centimeter square was considered meaningful for infestation. Topical or systemic metronidazole treatment was given to the connective tissue disease patients with Demodex infestation. Facial erythema visual analog scale was questioned in patients at treatment onset and one month after. Results: A total of 31 connective tissue disease patients with facial erythema were enrolled. Control group included 31 healthy volunteers. Demographics and comorbidities were similar between groups. Demodex infestation was present in 58.1% of the disease group and in 25.8% of the control group (P=0.01). Pruritus was the most common symptom in patients with infestation. Median (IQR) facial erythema visual analog scale score was 6 (3) at treatment onset and was 2 (2.5) one month later (P<0.001). Conclusion: When evaluating facial cutaneous lesions, Demodex infestation should not be overlooked in a patient group like connective tissue diseases with dysfunctional immune system

Detection of Novel NF1 Variants with Next-Generation DNA Sequencing Technology and Genotype-Phenotype Characteristics of Neurofibromatosis

MakaleWOS:000925992500001Objective: Neurofibromatosis type 1 (NF1, #162200) is a common neurological disorder with de novo or inherited germline mutations of the Neurofibromin (NF1, *613113). The purpose of this study is to increase the limited knowledge of NF1 in a small population-based dataset. Materials and Methods: This study enrolled patients with clinically suspected NF1 referred to the Kayseri Training and Research Hospital, Medical Genetics Department, between 2015 and 2017. The local ethics committee approved this study. Next-generation sequencing was performed for the genetic analysis. The genetic, demographic, and clinical features of the participants were characterized. Results: A total of 79 cases of NF1 were included. Of these cases, 40 were male, and 39 were female. The mean age was 11.9 years, and most were younger than 18 years. The most common complaint was cafe au lait macules. The 61 (77.3%) patients had pathogenic variants, and 16 (26.2%) were novel. Mostly affected mutation sites were exonic regions (n=54, 88.5%). The most common mutated exon was exon 38 (n=7, 11.5%), and most of the detected mutations were nonsense mutations (31%). Conclusion: It is one of Turkiye's largest NF1 study groups, where all exons of the NF1 gene were analyzed. This study contributes novel variants to the literature. There was no mutational hotspot region, and no significant relationship between genotype and phenotype was observed. Further studies and large sample sizes are required to better understand the relationship between NF and genetic changes

Cıva bazlı CuO2 katmanlı yüksek sıcaklık süperiletkenlerinin elektrik ve manyetik özelliklerinin tespiti

CIVA BAZLI CuO2 KATMANLI YÜKSEK SICAKLIK SÜPERİLETKENLERİNİN ELEKTRİK ve MANYETİK ÖZELLİKLERİNİN TESPİTİ 21. yüzyılda fiziğin halen çözümlenememiş problemlerinden birisi de yüksek sıcaklık süperiletkenlerindeki elektriksel iletim mekanizmasıdır. Bu doktora tezinde, yüksek sıcaklık süperiletkenlerinde elektriksel iletkenliği açıklayan mekanizmanın belirlenmesi amacıyla, şu ana dek normal atmosferik basınçta en yüksek Meissner kritik geçiş sıcaklığına sahip cıva bazlı bakır oksit katmanlı HgBa2Ca2Cu3O8+x süperiletkeninin elektrik ve manyetik özelliklerinin araştırması yapılmıştır. Bu araştırma çerçevesinde, kritik akım yoğunluğu, süperiletkenlik yoğunlaşma enerjisi, Josephson kuplaj enerjisi, Josephson nüfuz derinliği, anizotropi faktörü, Josephson plazma rezonans frekansı hem optimum hem de aşırı düzeyde oksijenle ısıl işlem geçirmiş HgBa2Ca2Cu3O8+x süperiletkeni için hesaplanmıştır. İlgili hesaplar için manyetizasyon(mıknatıslanma)-manyetik alan (manyetik histerezis) verileri kullanılmıştır. c-ekseni boyunca yüksek anizotropi faktörü değerlerine rağmen, optimum olarak oksijen katkılandırılmış numunede sıvı helyum sıcaklığında, süperiletkenlik yoğunlaşma enerjisi ile Josephson kuplaj enerjisinin birbirine eşit olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca, bu eşitliğin 3-7K sıcaklık aralığında geçerli olduğu teorik hesaplarla belirlenmiştir. Bunun sonucu olarak bu tezde, P.W. Anderson tarafından tek katmanlı sistemler için önerilen Katmanlar Arası teori, birim hücresinde üç bakır oksit katmanı içeren HgBa2Ca2Cu3O8+x yüksek sıcaklık süperiletkeni için ilk kez ispat edilmiştir. Bu bağlamda, numunenin ab-düzlemindeki süperiletken bakır oksit katmanlarında bulunan elektron çiftlerinin gerçekleştirdiği iki boyutlu Bose-Einstein yoğunlaşmasının, sistemde oluşan Josephson plazma rezonans frekansında oluşan sanki parçacık tünellemesi yoluyla c-ekseni boyunca tüm katmanlara yayıldığı gösterilmiştir. Ayrıca, düşük sıcaklıklarda optimum düzeyde oksijen katkılı HgBa2Ca2Cu3O8+x süperiletken numunesinin, Josephson plazma rezonansı ile üç boyutlu Bose-Einstein yoğunlaşması sergilediği ispat edilmiştir. Bundan da öte, bu tez çalışmasıyla birlikte, düşük sıcaklıklarda üç boyutlu Bose-Einstein yoğunlaşması sergilenmesi sonucu, elektrik akımının tüm bakır oksit katmanlarına kayıpsız iletildiği sonucuna varılmıştır. Başka bir deyişle, literatürde süperiletkenden akan akım için süregelen tanecikler içinden veya arasından ayrımı Hg-1223 süperiletkeni için sıvı helyum sıcaklığında ortadan kalkmıştır. Sonuç olarak 4,2K’de hesaplanmış olan m2 başına 1012A değerindeki kritik akım yoğunluğunun, iletim akımına eşit olduğu sonucuna anlaşılmıştır. Ayrıca yukarıda bahsedilen özellikleri nedeniyle, ilgili süperiletken materyal düşük sıcaklıklarda eş fazlı bir elektromanyetik dalga kaynağı cihazı olarak kullanılabilir. Bu tez çalışmasının ikinci kısmı ise, HgBa2Ca2Cu3O8+x süperiletkeninin manyetik momentinin sanal bileşeninde kendini belli eden Paramanyetik Meissner olayında, oksijenle ısıl işlem sürecinin rolünün detaylı incelemesine ayrılmıştır. Yapılan incelemelere göre, oksijenle ısıl işlem geçiren numunede hem Meissner kritik geçiş hem de Paramanyetik Meissner sıcaklığının daha yüksek sıcaklık değerlerine kaydığı gözlemlenmiştir. Ayrıca, oksijen katkısının sadece süperiletken sistemin manyetik momentinin sanal kısmının sıcaklığa bağlılık karakteristiğini etkilediği belirlenmiştir. ABSTRACT DETERMINATION of ELECTRICAL and MAGNETIC PROPERTIES of MERCURY BASED CuO2 LAYERED SUPERCONDUCTORS One of the unsolved problems of physics in the 21st century is the electrical conductivity mechanism in high temperature superconductors. In this doctorate thesis, the electrical and magnetic properties of mercury based copper oxide layered superconductor HgBa2Ca2Cu3O8+x, which has the highest Meissner transition temperature at the normal atmospheric pressure up to now, has been investigated in order to determine the mechanism, that explains the electrical conductivity in high temperature superconductors. In the context of this investigation, critical current density, superconducting condensation energy, Josephson coupling energy, Josephson penetration depth, anisotropy factor, Josephson plasma resonance frequency have been calculated for both optimally and over oxygen annealed HgBa2Ca2Cu3O8+x superconductors. The magnetization versus magnetic field (magnetic hysterezis) data has been used for the related calculations. Despite the high anisotropy factor values along the c-axis, it has been determined that the superconducting condensation energy and Josephson coupling energy values were found to be equal to one another in the optimally oxygen annealed sample at the liquid helium temperature. Moreover, it has been realized by the theoretical calculations that this equality is valid for the temperature interval of 3-7K. Accordingly, for the first time in this thesis the Interlayer Theory, which was proposed by P.W. Anderson for one layered systems, has been proved for the HgBa2Ca2Cu3O8+x high temperature superconductor which contains three copper oxide layers in its unit cell. In this context, it has been pointed out that the two-dimensional Bose-Einstein condensation, which is carried out by the electron pairs in superconducting copper oxide layers in the ab-plane of the sample, has been extended all layers along the c-axis via quasi particle tunneling at the Josephson plasma resonance forming in the system. Moreover, it has been proved that optimally oxygen doped HgBa2Ca2Cu3O8+x sample performs the three-dimensional Bose-Einstein condensation at low temperatures via Josephson plasma resonance. Furthermore, with this doctorate thesis, it has been pointed out that the electric current transport all copper oxide layers lossless due to the exhibition of three- dimensional Bose-Einstein condensation at low temperature. The dilemma that goes on about the flow of the supercurrent intra or inter grain of the high temperature superconductors has been resolved for the Hg-1223 superconductor at liquid helium temperature. It has been realized that the calculated critical current density value of 1012A per m2 equals to the transport current of the system at 4,2K. The related superconducting material can be used as a coherent electromagnetic wave source device due to its properties mentioned above. The second part of this thesis has been devoted to detailed investigation of the role of the oxygen annealing process on the Paramagnetic Meissner effect, which emanates itself in the imaginary part of magnetic moment of the HgBa2Ca2Cu3O8+x superconductor. It has been observed that both the Meissner transition and the Paramagnetic Meissner temperatures increase for the optimally oxygen annealed samples. It has been also determined that the oxygen doping only affects the characteristics of temperature dependence of the imaginary part of the magnetic moment