Changepoint detection in base-resolution methylome data reveals a robust signature of methylated domain landscape

ABSTRACTLotta Dalenius Hahlin (2010) Mentorskap utifrån ett lösningsinriktat fokus. (Mentorship based on a solution-oriented focus. Skolutveckling och ledarskap, Lärarutbildningen halvfart/distans, Malmö HögskolaMånga elever hoppar av sin gymnasieutbildning pga. av olika orsaker. En av orsakerna kan vara att eleven inte har tillräckligt stöd i sin mentor på skolan. En mentor skall ju inte bara ta hand om elevens studiemässiga resultat utan får även ta hand om de många sociala frågor som ofta uppstår runt eleven. Kan det vara så att mentorn behöver en ram och metod att arbeta utifrån för att kunna stödja eleverna på bästa sätt?Syftet med arbetet är att beskriva den metodik som ligger bakom ett lösningsinriktat mentorskap,och att skapa ett kompendium av användbara verktyg utifrån lösningsinriktad pedagogik. Detta kompendium kan mentorn använda som mall/ram i sin arbetsuppgift som mentor.Forskningen tyder på att lyckade och bra samtal bygger på bra förberedelse, på öppna frågor och på ömsesidig respekt för varandra och att man använder sig av ett visst förhållningssätt gentemot varandra. Vidare pekar litteraturstudien på att mentorssamtalet bör ha tydliga mål och en gemensam uppfattning om vad man vill komma fram till för att eleven skall nå ökat ansvar, större självinsikt och önskat läge.Arbetet tar upp de olika verktyg som man främst använder inom lösningsinriktade metoder, och är utifrån litteraturen kommenterat för att ge en grundläggande kunskap och förförståelse för läsaren.Genom att som resultat skapa ett kompendium som mentorer kan använda i sitt arbete med det dagliga samtalet med eleverna, vill uppsatsen beskriva och ge grundläggande kunskap om de verktyg som finns i den lösningsinriktade verktygslådan. Syftet nås även med en enkätundersökning där mentorer som fått pröva på metoden plockat ut fördelar och nackdelar med metoden.Uppsatsen visar att regelbunden användning och övning krävs för att kunna tillgodogöra sig metoden, och även att mentorn genomgår en grundläggande utbildning. Den kommer också att visa att vinsterna och fördelarna med metoden överstiger de eventuella nackdelar som kan uppstå när man som mentor börjar arbeta med metoden

DNA methylation and gene expression in Mimulus guttatus

Background The presence of methyl groups on cytosine nucleotides across an organism’s genome (methylation) is a major regulator of genome stability, crossing over, and gene regulation. The capacity for DNA methylation to be altered by environmental conditions, and potentially passed between generations, makes it a prime candidate for transgenerational epigenetic inheritance. Here we conduct the first analysis of the Mimulus guttatus methylome, with a focus on the relationship between DNA methylation and gene expression. Results We present a whole genome methylome for the inbred line Iron Mountain 62 (IM62). DNA methylation varies across chromosomes, genomic regions, and genes. We develop a model that predicts gene expression based on DNA methylation (R2 = 0.2). Post hoc analysis of this model confirms prior relationships, and identifies novel relationships between methylation and gene expression. Additionally, we find that DNA methylation is significantly depleted near gene transcriptional start sites, which may explain the recently discovered elevated rate of recombination in these same regions. Conclusions The establishment here of a reference methylome will be a useful resource for the continued advancement of M. guttatus as a model system. Using a model-based approach, we demonstrate that methylation patterns are an important predictor of variation in gene expression. This model provides a novel approach for differential methylation analysis that generates distinct and testable hypotheses regarding gene expression

Mapping of histone-binding sites in histone replacement-completed spermatozoa

The majority of histones are replaced by protamines during spermatogenesis, but small amounts are retained in mammalian spermatozoa. Since nucleosomes in spermatozoa influence epigenetic inheritance, it is important to know how histones are distributed in the sperm genome. Conflicting data, which may result from different conditions used for micrococcal nuclease (MNase) digestion, have been reported: retention of nucleosomes at either gene promoter regions or within distal gene-poor regions. Here, we find that the swim-up sperm used in many studies contain about 10% population of sperm which have not yet completed the histone-to-protamine replacement. We develop a method to purify histone replacement-completed sperm (HRCS) and to completely solubilize histones from cross-linked HRCS without MNase digestion. Our results indicate that histones are retained at specific promoter regions in HRCS. This method allows the study of epigenetic status in mature sperm

Seismic exploration at Fuji volcano with active sources : The outline of the experiment and the arrival time data

Fuji volcano (altitude 3,776m) is the largest basaltic stratovolcano in Japan. In late August and early September 2003, seismic exploration was conducted around Fuji volcano by the detonation of 500 kg charges of dynamite to investigate the seismic structure of that area. Seismographs with an eigenfrequency of 2 Hz were used for observation, positioned along a WSW-ENE line passing through the summit of the mountain. A total of 469 seismic stations were installed at intervals of 250-500 m. The data were stored in memory on-site using data loggers. The sampling interval was 4 ms. Charges were detonated at 5 points, one at each end of the observation line and 3 along its length. The first arrival times and the later-phase arrival times at each station for each detonation were recorded as data. P-wave velocities in the surface layer were estimated from the travel time curves near the explosion points, with results of 2.5 km/s obtained for the vicinity of Fuji volcano and 4.0 km5/s elsewhere