Detection of BCG bacteria using a magnetoresistive biosensor: A step towards a fully electronic platform for tuberculosis point-of-care detection

Tuberculosis is one of the major public health concerns. This highly contagious disease affects more than 10.4 million people, being a leading cause of morbidity by infection. Tuberculosis is diagnosed at the point-of-care by the Ziehl-Neelsen sputum smear microscopy test. Ziehl-Neelsen is laborious, prone to human error and infection risk, with a limit of detection of 104 cells/mL. In resource-poor nations, a more practical test, with lower detection limit, is paramount. This work uses a magnetoresistive biosensor to detect BCG bacteria for tuberculosis diagnosis. Herein we report: i) nanoparticle assembly method and specificity for tuberculosis detection; ii) demonstration of proportionality between BCG cell concentration and magnetoresistive voltage signal; iii) application of multiplicative signal correction for systematic effects removal; iv) investigation of calibration effectiveness using chemometrics methods; and v) comparison with state-of-the-art point-of-care tuberculosis biosensors. Results present a clear correspondence between voltage signal and cell concentration. Multiplicative signal correction removes baseline shifts within and between biochip sensors, allowing accurate and precise voltage signal between different biochips. The corrected signal was used for multivariate regression models, which significantly decreased the calibration standard error from 0.50 to 0.03log10 (cells/mL). Results show that Ziehl-Neelsen detection limits and below are achievable with the magnetoresistive biochip, when pre-processing and chemometrics are used.Teresa Barroso thanks FCT for her PhD Grant SFRH/BD/33904/2009. Elisabete Fernandes acknowledges the Project N2020 -PE-Advancing Cancer (NORTE-01-0145-FEDER-000029).info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Climatic variables and ecological modelling data for birds, amphibians and reptiles in the Transboundary Biosphere Reserve of Meseta Ibérica (Portugal-Spain)

Background: Climate change has been widely accepted as one of the major threats for global biodiversity and understanding its potential effects on species distribution is crucial to optimise conservation planning in future scenarios under global change. Integrating detailed climatic data across spatial and temporal scales into species distribution modelling can help to predict potential changes in biodiversity. Consequently, this type of data can be useful for developing efficient biodiversity management and conservation planning. The provision of such data becomes even more important in highly biodiverse regions, currently suffering from climatic and landscape changes. The Transboundary Biosphere Reserve of Meseta Ibérica (BRMI; Portugal-Spain) is one of the most relevant reserves for wildlife in Europe. This highly diverse region is of great ecological and socio-economical interest, suffering from synergistic processes of rural land abandonment and climatic instabilities that currently threaten local biodiversity. Aiming to optimise conservation planning in the Reserve, we provide a complete dataset of historical and future climate models (1 x 1 km) for the BRMI, used to build a series of distribution models for 207 vertebrate species. These models are projected for 2050 under two climate change scenarios. The climatic suitability of 52% and 57% of the species are predicted to decrease under the intermediate and extreme climatic scenarios, respectively. These models constitute framework data for improving local conservation planning in the Reserve, which should be further supported by implementing climate and land-use change factors to increase the accuracy of future predictions of species distributions in the study areaThis research was supported by Portuguese national funds through FCT - Foundation for Science and Technology, I.P., under the FirESmart project (PCIF/MOG/0083/2017) and by project INMODES (CGL2017-89999-C2-2-R), funded by the Spanish Ministry of Science and Innovation. AR was supported by the Xunta de Galicia (ED481B2016/084-0) and the IACOBUS programme (INTERREG V-A España–Portugal, POCTEP 2014-2020). This work was also supported by National Funds by FCT - Portuguese Foundation for Science and Technology, under the project UIDB/04033/2020S

Projecto de educação pelos pares em escolas do Porto durante o ano lectivo 2009/2010

O Projecto Nacional de Educação pelos Pares, criado pela Fundação Portuguesa “A Comunidade Contra a Sida” visa a prevenção do VIH/SIDA e outros comportamentos de risco, através do desenvolvimento de projectos educativos implementados por voluntários universitários nos 7º e 8º anos de escolaridade. Estes estudantes universitários foram formados científica e pedagogicamente pela Fundação, e implementaram o projecto nacional de educação pelos pares com a supervisão de professores destacados para a FPCCS. Quando os alunos que iniciaram este projecto no 7º ano de escolaridade (12-13 anos) chegam ao 9º ano (14-15 anos), educam os seus pares dos 1º e 2º ciclos (6-11 anos) do ensino básico. A presente comunicação pretende discutir alguns dados recolhidos em seis escolas do porto envolvidas no Projecto Nacional de Educação pelos Pares, através de dois questionários de auto-resposta, designados "Sexualidade e SIDA", implementados no início do 1º e 2º anos de intervenção, que visam avaliar as necessidades de formação dos alunos nesta área. Os resultados obtidos mostraram que alguns alunos das escolas ignoram como prevenir a infecção pelo VIH e quais são os seus meios de transmissão. Por outro lado, têm a noção de que a infecção pelo VIH está associada a 'comportamentos de risco' não a 'grupos de risco'. A análise dos questionários do 8º ano evidenciou que os alunos gostaram mais de realizar dinâmicas de grupo, pelo impacto que tiveram na sua assertividade e na capacidade para reflectir sobre as consequências das suas escolhas e das decisões que tomam em relação ao seu comportamento sexual

Outpatient nursing care: perception of the heart transplant patients on outpatient nursing consultation Assistência de enfermagem ambulatorial: percepção de transplantados cardíacos sobre a consulta de enfermagem ambulatorial

Resumo Objetivo: Conhecer a percepção de transplantados cardíacos em relação à consulta de enfermagem em um ambulatório na Unidade de Transplante e Insuficiência Cardíaca (UTIC). Método: Estudo descritivo, de abordagem qualitativa, realizado na UTIC de um hospital público, localizado em Fortaleza, Ceará, de julho a novembro de 2013, com 11 pacientes transplantados cardíacos. Os discursos foram obtidos através da entrevista semiestruturada e organizados segundo os pressupostos teóricos da hermenêutica. Resultados: Os pacientes revelaram o impacto sofrido pelo transplante cardíaco e satisfação no acolhimento pelos profissionais, em especial, a enfermeira. Expressaram o reconhecimento das orientações prestadas, das modificações estabelecidas nesse processo e do vínculo entre enfermeira-paciente. Conclusão:Os transplantados cardíacos compreenderam que a enfermeira age de forma humanizada, acolhedora, cria vínculos e promove o autocuidado a fim de garantir melhorias na saúde, por meio da consulta de enfermagem ambulatorial. Descritores: Transplante de coração, Ambulatório hospitalar, Enfermagem

Outpatient nursing care: perception of the heart transplant patients on outpatient nursing consultation Assistência de enfermagem ambulatorial: percepção de transplantados cardíacos sobre a consulta de enfermagem ambulatorial

Resumo Objetivo: Conhecer a percepção de transplantados cardíacos em relação à consulta de enfermagem em um ambulatório na Unidade de Transplante e Insuficiência Cardíaca (UTIC). Método: Estudo descritivo, de abordagem qualitativa, realizado na UTIC de um hospital público, localizado em Fortaleza, Ceará, de julho a novembro de 2013, com 11 pacientes transplantados cardíacos. Os discursos foram obtidos através da entrevista semiestruturada e organizados segundo os pressupostos teóricos da hermenêutica. Resultados: Os pacientes revelaram o impacto sofrido pelo transplante cardíaco e satisfação no acolhimento pelos profissionais, em especial, a enfermeira. Expressaram o reconhecimento das orientações prestadas, das modificações estabelecidas nesse processo e do vínculo entre enfermeira-paciente. Conclusão:Os transplantados cardíacos compreenderam que a enfermeira age de forma humanizada, acolhedora, cria vínculos e promove o autocuidado a fim de garantir melhorias na saúde, por meio da consulta de enfermagem ambulatorial. Descritores: Transplante de coração, Ambulatório hospitalar, Enfermagem.

Outpatient nursing care: perception of the heart transplant patients on outpatient nursing consultation Assistência de enfermagem ambulatorial: percepção de transplantados cardíacos sobre a consulta de enfermagem ambulatorial

ResumoObjetivo: Conhecer a percepção de transplantados cardíacos em relação à consulta de enfermagem em um ambulatório na Unidade de Transplante e Insuficiência Cardíaca (UTIC). Método: Estudo descritivo, de abordagem qualitativa, realizado na UTIC de um hospital público, localizado em Fortaleza, Ceará, de julho a novembro de 2013, com 11 pacientes transplantados cardíacos. Os discursos foram obtidos através da entrevista semiestruturada e organizados segundo os pressupostos teóricos da hermenêutica. Resultados: Os pacientes revelaram o impacto sofrido pelo transplante cardíaco e satisfação no acolhimento pelos profissionais, em especial, a enfermeira. Expressaram o reconhecimento das orientações prestadas, das modificações estabelecidas nesse processo e do vínculo entre enfermeira-paciente. Conclusão:Os transplantados cardíacos compreenderam que a enfermeira age de forma humanizada, acolhedora, cria vínculos e promove o autocuidado a fim de garantir melhorias na saúde, por meio da consulta de enfermagem ambulatorial. Descritores: Transplante de coração, Ambulatório hospitalar, Enfermagem.

Da imprevisibilidade momentânea à previsibilidade estrutural

A segurança humana é um conceito que nos convoca a pensar as múltiplas dimensões da segurança para além das clássicas formulações assentes na dimensão militar e numa visão estatocentrica do mundo. Questionamos neste IDN Brief a forma como a pandemia veio afetar a segurança humana, sobretudo a dos mais vulneráveis; a adequação dos sistemas de governação ou dos modelos de proteção implicados nas operações de paz; o efeito dos fechamentos nacionais e da travagem da mobilidade internacional sobre as populações e Estados mais frágeis; as contradições geradas entre diferentes direitos humanos; as novas desigualdades e a capacidade das políticas públicas de inclusãoinfo:eu-repo/semantics/publishedVersio

Viral genetic clustering and transmission dynamics of the 2022 mpox outbreak in Portugal

Pathogen genome sequencing during epidemics enhances our ability to identify and understand suspected clusters and investigate their relationships. Here, we combine genomic and epidemiological data of the 2022 mpox outbreak to better understand early viral spread, diversification and transmission dynamics. By sequencing 52% of the confirmed cases in Portugal, we identified the mpox virus sublineages with the highest impact on case numbers and fitted them into a global context, finding evidence that several international sublineages probably emerged or spread early in Portugal. We estimated a 62% infection reporting rate and that 1.3% of the population of men who have sex with men in Portugal were infected. We infer the critical role played by sexual networks and superspreader gatherings, such as sauna attendance, in the dissemination of mpox virus. Overall, our findings highlight genomic epidemiology as a tool for the real-time monitoring and control of mpox epidemics, and can guide future vaccine policy in a highly susceptible population.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Viral genetic clustering and transmission dynamics of the 2022 mpox outbreak in Portugal

Pathogen genome sequencing during epidemics enhances our ability to identify and understand suspected clusters and investigate their relationships. Here, we combine genomic and epidemiological data of the 2022 mpox outbreak to better understand early viral spread, diversification and transmission dynamics. By sequencing 52% of the confirmed cases in Portugal, we identified the mpox virus sublineages with the highest impact on case numbers and fitted them into a global context, finding evidence that several international sublineages probably emerged or spread early in Portugal. We estimated a 62% infection reporting rate and that 1.3% of the population of men who have sex with men in Portugal were infected. We infer the critical role played by sexual networks and superspreader gatherings, such as sauna attendance, in the dissemination of mpox virus. Overall, our findings highlight genomic epidemiology as a tool for the real-time monitoring and control of mpox epidemics, and can guide future vaccine policy in a highly susceptible population.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

SARS-CoV-2 introductions and early dynamics of the epidemic in Portugal

Genomic surveillance of SARS-CoV-2 in Portugal was rapidly implemented by the National Institute of Health in the early stages of the COVID-19 epidemic, in collaboration with more than 50 laboratories distributed nationwide. Methods By applying recent phylodynamic models that allow integration of individual-based travel history, we reconstructed and characterized the spatio-temporal dynamics of SARSCoV-2 introductions and early dissemination in Portugal. Results We detected at least 277 independent SARS-CoV-2 introductions, mostly from European countries (namely the United Kingdom, Spain, France, Italy, and Switzerland), which were consistent with the countries with the highest connectivity with Portugal. Although most introductions were estimated to have occurred during early March 2020, it is likely that SARS-CoV-2 was silently circulating in Portugal throughout February, before the first cases were confirmed. Conclusions Here we conclude that the earlier implementation of measures could have minimized the number of introductions and subsequent virus expansion in Portugal. This study lays the foundation for genomic epidemiology of SARS-CoV-2 in Portugal, and highlights the need for systematic and geographically-representative genomic surveillance.We gratefully acknowledge to Sara Hill and Nuno Faria (University of Oxford) and Joshua Quick and Nick Loman (University of Birmingham) for kindly providing us with the initial sets of Artic Network primers for NGS; Rafael Mamede (MRamirez team, IMM, Lisbon) for developing and sharing a bioinformatics script for sequence curation (https://github.com/rfm-targa/BioinfUtils); Philippe Lemey (KU Leuven) for providing guidance on the implementation of the phylodynamic models; Joshua L. Cherry (National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health) for providing guidance with the subsampling strategies; and all authors, originating and submitting laboratories who have contributed genome data on GISAID (https://www.gisaid.org/) on which part of this research is based. The opinions expressed in this article are those of the authors and do not reflect the view of the National Institutes of Health, the Department of Health and Human Services, or the United States government. This study is co-funded by Fundação para a Ciência e Tecnologia and Agência de Investigação Clínica e Inovação Biomédica (234_596874175) on behalf of the Research 4 COVID-19 call. Some infrastructural resources used in this study come from the GenomePT project (POCI-01-0145-FEDER-022184), supported by COMPETE 2020 - Operational Programme for Competitiveness and Internationalisation (POCI), Lisboa Portugal Regional Operational Programme (Lisboa2020), Algarve Portugal Regional Operational Programme (CRESC Algarve2020), under the PORTUGAL 2020 Partnership Agreement, through the European Regional Development Fund (ERDF), and by Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT).info:eu-repo/semantics/publishedVersio