Genomic content of a novel yeast species Hanseniaspora gamundiae sp. Nov. From fungal stromata (Cyttaria) associated with a unique fermented beverage in Andean Patagonia, Argentina

A novel yeast species was isolated from the sugar-rich stromata of Cyttaria hariotii collected from two different Nothofagus tree species in the Andean forests of Patagonia, Argentina. Phylogenetic analyses of the concatenated sequence of the rRNA gene sequences and the protein-coding genes for actin and translational elongation factor-1α indicated that the novel species belongs to the genus Hanseniaspora. De novo genome assembly of the strain CRUB 1928 T yielded a 10.2-Mbp genome assembly predicted to encode 4452 protein-coding genes. The genome sequence data were compared to the genomes of other Hanseniaspora species using three different methods, an alignment-free distance measure, K r , and two model-based estimations of DNA-DNA homology values, of which all provided indicative values to delineate species of Hanseniaspora. Given its potential role in a rare indigenous alcoholic beverage in which yeasts ferment sugars extracted from the stromata of Cytarria sp., we searched for the genes that may suggest adaptation of novel Hanseniaspora species to fermenting communities. The SSU1-like gene encoding a sulfite efflux pump, which, among Hanseniaspora, is present only in close relatives to the new species, was detected and analyzed, suggesting that this gene might be one factor that characterizes this novel species. We also discuss several candidate genes that likely underlie the physiological traits used for traditional taxonomic identification. Based on these results, a novel yeast species with the name Hanseniaspora gamundiae sp. nov. is proposed with CRUB 1928 T (ex-types: ZIM 2545 T = NRRL Y-63793 T = PYCC 7262 T ; MycoBank number MB 824091) as the type strain. Furthermore, we propose the transfer of the Kloeckera species, K. hatyaiensis, K. lindneri and K. taiwanica to the genus Hanseniaspora as Hanseniaspora hatyaiensis comb. nov. (MB 828569), Hanseniaspora lindneri comb. nov. (MB 828566) and Hanseniaspora taiwanica comb. nov. (MB 828567).Fil: Čadež, Neža. University of Ljubljana; EsloveniaFil: Bellora, Nicolás. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mar del Plata. Instituto de Investigaciones en Biodiversidad y Biotecnología; Argentina. Universidad Nacional del Comahue. Centro Regional Universitario Bariloche; ArgentinaFil: Ulloa, José Ricardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Instituto de Investigación y Desarrollo en Ingeniería de Procesos, Biotecnología y Energías Alternativas. Universidad Nacional del Comahue. Instituto de Investigación y Desarrollo en Ingeniería de Procesos, Biotecnología y Energías Alternativas; ArgentinaFil: Hittinger, Chris Todd. University of Wisconsin; Estados UnidosFil: Libkind Frati, Diego. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Instituto Andino Patagónico de Tecnologías Biológicas y Geoambientales. Universidad Nacional del Comahue. Instituto Andino Patagónico de Tecnologías Biológicas y Geoambientales; Argentina. Universidad Nacional del Comahue. Centro Regional Universitario Bariloche; Argentin

La tecnología como vehículo de articulación nivel medio / universidad

Esta línea de I+D pretende fortalecer la articulación Universidad – Nivel Medio, estimulando el diseño de mecanismos que permitan alcanzar un diagnóstico compartido y planes de trabajo, destinados a disminuir la brecha que existe entre estos dos niveles. Se propone una estrategia pedagógica / tecnológica como soporte de los procesos de enseñanza y aprendizaje a ser utilizados en las Instituciones Educativas (IE) de nivel medio para despertar vocaciones tempranas vinculadas a las carreras tecnológicas, utilizando la Robótica Educativa, el aprendizaje colaborativo y por descubrimiento guiado y el estímulo basado en competencias. Los temas abordados son transversales a varias áreas, como educación, algoritmos, lógica, programación y arquitectura de computadoras. El desarrollo de esta línea conlleva, sin dudas, a la generación de otros proyectos relacionados con el uso de la tecnologías en la articulación Universidad - Nivel Medio considerando la amplia cobertura de la temática a desarrollar y la imperiosa necesidad de articulación existente entre estos niveles educativos, como así también, en la gestación de líneas de investigación relacionadas con nuevas estrategias didácticas en Robótica y Educación, la enseñanza y aprendizaje de la programación, la utilización y programación de microcontroladores en otros ambientes de trabajo y la utilización de lenguajes interpretados.Eje: Innovación en Educación en Informática.Red de Universidades con Carreras en Informátic

La tecnología como vehículo de articulación nivel medio / universidad

Esta línea de I+D pretende fortalecer la articulación Universidad – Nivel Medio, estimulando el diseño de mecanismos que permitan alcanzar un diagnóstico compartido y planes de trabajo, destinados a disminuir la brecha que existe entre estos dos niveles. Se propone una estrategia pedagógica / tecnológica como soporte de los procesos de enseñanza y aprendizaje a ser utilizados en las Instituciones Educativas (IE) de nivel medio para despertar vocaciones tempranas vinculadas a las carreras tecnológicas, utilizando la Robótica Educativa, el aprendizaje colaborativo y por descubrimiento guiado y el estímulo basado en competencias. Los temas abordados son transversales a varias áreas, como educación, algoritmos, lógica, programación y arquitectura de computadoras. El desarrollo de esta línea conlleva, sin dudas, a la generación de otros proyectos relacionados con el uso de la tecnologías en la articulación Universidad - Nivel Medio considerando la amplia cobertura de la temática a desarrollar y la imperiosa necesidad de articulación existente entre estos niveles educativos, como así también, en la gestación de líneas de investigación relacionadas con nuevas estrategias didácticas en Robótica y Educación, la enseñanza y aprendizaje de la programación, la utilización y programación de microcontroladores en otros ambientes de trabajo y la utilización de lenguajes interpretados.Eje: Innovación en Educación en Informática.Red de Universidades con Carreras en Informátic

Natural Variation in Diauxic Shift between Patagonian Saccharomyces eubayanus Strains

The study of natural variation can untap novel alleles with immense value for biotechnological applications. Saccharomyces eubayanus Patagonian isolates exhibit differences in the diauxic shift between glucose and maltose, representing a suitable model to study their natural genetic variation for novel strains for brewing. However, little is known about the genetic variants and chromatin regulators responsible for these differences. Here, we show how genome-wide chromatin accessibility and gene expression differences underlie distinct diauxic shift profiles in S. eubayanus. We identified two strains with a rapid diauxic shift between glucose and maltose (CL467.1 and CBS12357) and one strain with a remarkably low fermentation efficiency and longer lag phase during diauxic shift (QC18). This is associated in the QC18 strain with lower transcriptional activity and chromatin accessibility of specific genes of maltose metabolism and higher expression levels of glucose transporters. These differences are governed by the HAP complex, which differentially regulates gene expression depending on the genetic background. We found in the QC18 strain a contrasting phenotype to those phenotypes described in S. cerevisiae, where hap4D, hap5D, and cin5D knockouts significantly improved the QC18 growth rate in the glucose-maltose shift. The most profound effects were found between CIN5 allelic variants, suggesting that Cin5p could strongly activate a repressor of the diauxic shift in the QC18 strain but not necessarily in the other strains. The differences between strains could originate from the tree host from which the strains were obtained, which might determine the sugar source preference and the brewing potential of the strain.Fil: Molinet, Jennifer. Universidad de Santiago de Chile; ChileFil: Eizaguirre, Juan Ignacio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Instituto Andino Patagónico de Tecnologías Biológicas y Geoambientales. Universidad Nacional del Comahue. Instituto Andino Patagónico de Tecnologías Biológicas y Geoambientales; ArgentinaFil: Quintrel, Pablo. Universidad de Santiago de Chile; ChileFil: Bellora, Nicolás. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Comisión Nacional de Energía Atómica. Gerencia de Área de Aplicaciones de la Tecnología Nuclear. Instituto de Tecnologías Nucleares para la Salud; ArgentinaFil: Villarroel, Carlos A.. Universidad de Talca; ChileFil: Villarreal, Pablo. Universidad de Santiago de Chile; ChileFil: Benavides Parra, José. Universidad de Santiago de Chile; ChileFil: Nespolo, Roberto F.. Universidad Austral de Chile; ChileFil: Libkind Frati, Diego. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Instituto Andino Patagónico de Tecnologías Biológicas y Geoambientales. Universidad Nacional del Comahue. Instituto Andino Patagónico de Tecnologías Biológicas y Geoambientales; ArgentinaFil: Cubillos, Francisco A.. Universidad de Santiago de Chile; Chil

La tecnología como vehículo de articulación nivel medio / universidad

Esta línea de I+D pretende fortalecer la articulación Universidad – Nivel Medio, estimulando el diseño de mecanismos que permitan alcanzar un diagnóstico compartido y planes de trabajo, destinados a disminuir la brecha que existe entre estos dos niveles. Se propone una estrategia pedagógica / tecnológica como soporte de los procesos de enseñanza y aprendizaje a ser utilizados en las Instituciones Educativas (IE) de nivel medio para despertar vocaciones tempranas vinculadas a las carreras tecnológicas, utilizando la Robótica Educativa, el aprendizaje colaborativo y por descubrimiento guiado y el estímulo basado en competencias. Los temas abordados son transversales a varias áreas, como educación, algoritmos, lógica, programación y arquitectura de computadoras. El desarrollo de esta línea conlleva, sin dudas, a la generación de otros proyectos relacionados con el uso de la tecnologías en la articulación Universidad - Nivel Medio considerando la amplia cobertura de la temática a desarrollar y la imperiosa necesidad de articulación existente entre estos niveles educativos, como así también, en la gestación de líneas de investigación relacionadas con nuevas estrategias didácticas en Robótica y Educación, la enseñanza y aprendizaje de la programación, la utilización y programación de microcontroladores en otros ambientes de trabajo y la utilización de lenguajes interpretados.Eje: Innovación en Educación en Informática.Red de Universidades con Carreras en Informátic

La tecnología como vehículo de articulación nivel medio / universidad

Esta línea de I+D pretende fortalecer la articulación Universidad – Nivel Medio, estimulando el diseño de mecanismos que permitan alcanzar un diagnóstico compartido y planes de trabajo, destinados a disminuir la brecha que existe entre estos dos niveles. Se propone una estrategia pedagógica / tecnológica como soporte de los procesos de enseñanza y aprendizaje a ser utilizados en las Instituciones Educativas (IE) de nivel medio para despertar vocaciones tempranas vinculadas a las carreras tecnológicas, utilizando la Robótica Educativa, el aprendizaje colaborativo y por descubrimiento guiado y el estímulo basado en competencias. Los temas abordados son transversales a varias áreas, como educación, algoritmos, lógica, programación y arquitectura de computadoras. El desarrollo de esta línea conlleva, sin dudas, a la generación de otros proyectos relacionados con el uso de la tecnologías en la articulación Universidad - Nivel Medio considerando la amplia cobertura de la temática a desarrollar y la imperiosa necesidad de articulación existente entre estos niveles educativos, como así también, en la gestación de líneas de investigación relacionadas con nuevas estrategias didácticas en Robótica y Educación, la enseñanza y aprendizaje de la programación, la utilización y programación de microcontroladores en otros ambientes de trabajo y la utilización de lenguajes interpretados.Eje: Innovación en Educación en Informática.Red de Universidades con Carreras en Informátic

La tecnología como vehículo de articulación nivel medio / universidad

Esta línea de I+D pretende fortalecer la articulación Universidad – Nivel Medio, estimulando el diseño de mecanismos que permitan alcanzar un diagnóstico compartido y planes de trabajo, destinados a disminuir la brecha que existe entre estos dos niveles. Se propone una estrategia pedagógica / tecnológica como soporte de los procesos de enseñanza y aprendizaje a ser utilizados en las Instituciones Educativas (IE) de nivel medio para despertar vocaciones tempranas vinculadas a las carreras tecnológicas, utilizando la Robótica Educativa, el aprendizaje colaborativo y por descubrimiento guiado y el estímulo basado en competencias. Los temas abordados son transversales a varias áreas, como educación, algoritmos, lógica, programación y arquitectura de computadoras. El desarrollo de esta línea conlleva, sin dudas, a la generación de otros proyectos relacionados con el uso de la tecnologías en la articulación Universidad - Nivel Medio considerando la amplia cobertura de la temática a desarrollar y la imperiosa necesidad de articulación existente entre estos niveles educativos, como así también, en la gestación de líneas de investigación relacionadas con nuevas estrategias didácticas en Robótica y Educación, la enseñanza y aprendizaje de la programación, la utilización y programación de microcontroladores en otros ambientes de trabajo y la utilización de lenguajes interpretados.Eje: Innovación en Educación en Informática.Red de Universidades con Carreras en Informátic

Hanseniaspora smithiae sp. nov., a Novel Apiculate Yeast Species From Patagonian Forests That Lacks the Typical Genomic Domestication Signatures for Fermentative Environments

During a survey of Nothofagus trees and their parasitic fungi in Andean Patagonia (Argentina), genetically distinct strains of Hanseniaspora were obtained from the sugar-containing stromata of parasitic Cyttaria spp. Phylogenetic analyses based on the single-gene sequences (encoding rRNA and actin) or on conserved, single-copy, orthologous genes from genome sequence assemblies revealed that these strains represent a new species closely related to Hanseniaspora valbyensis. Additionally, delimitation of this novel species was supported by genetic distance calculations using overall genome relatedness indices (OGRI) between the novel taxon and its closest relatives. To better understand the mode of speciation in Hanseniaspora, we examined genes that were retained or lost in the novel species in comparison to its closest relatives. These analyses show that, during diversification, this novel species and its closest relatives, H. valbyensis and Hanseniaspora jakobsenii, lost mitochondrial and other genes involved in the generation of precursor metabolites and energy, which could explain their slower growth and higher ethanol yields under aerobic conditions. Similarly, Hanseniaspora mollemarum lost the ability to sporulate, along with genes that are involved in meiosis and mating. Based on these findings, a formal description of the novel yeast species Hanseniaspora smithiae sp. nov. is proposed, with CRUB 1602H as the holotype.Fil: Cadez, Neza. University of Ljubljana; EsloveniaFil: Bellora, Nicolás. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Instituto Andino Patagónico de Tecnologías Biológicas y Geoambientales. Universidad Nacional del Comahue. Instituto Andino Patagónico de Tecnologías Biológicas y Geoambientales; ArgentinaFil: Ulloa, José Ricardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Instituto de Investigación y Desarrollo en Ingeniería de Procesos, Biotecnología y Energías Alternativas. Universidad Nacional del Comahue. Instituto de Investigación y Desarrollo en Ingeniería de Procesos, Biotecnología y Energías Alternativas; ArgentinaFil: Tome, Miha. University of Ljubljana; EsloveniaFil: Petkovic, Hrvoje. University of Ljubljana; EsloveniaFil: Groenewald, Marizeth. Westerdijk Fungal Biodiversity Institute; Países BajosFil: Hittinger, Chris Todd. University of Wisconsin; Estados UnidosFil: Libkind Frati, Diego. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Instituto Andino Patagónico de Tecnologías Biológicas y Geoambientales. Universidad Nacional del Comahue. Instituto Andino Patagónico de Tecnologías Biológicas y Geoambientales; Argentin

Comparative genomics provides new insights into the diversity, physiology, and sexuality of the only industrially exploited tremellomycete: Phaffia rhodozyma

Background: The class Tremellomycete (Agaricomycotina) encompasses more than 380 fungi. Although there are a few edible Tremella spp., the only species with current biotechnological use is the astaxanthin-producing yeast Phaffia rhodozyma (Cystofilobasidiales). Besides astaxanthin, a carotenoid pigment with potent antioxidant activity and great value for aquaculture and pharmaceutical industries, P. rhodozyma possesses multiple exceptional traits of fundamental and applied interest. The aim of this study was to obtain, and analyze two new genome sequences of representative strains from the northern (CBS 7918T, the type strain) and southern hemispheres (CRUB 1149) and compre them to a previously published genome sequence (strain CBS 6938). Photoprotection and antioxidant related genes, as well as genes involved in sexual reproduction were analyzed. Results: Both genomes had ca. 19Mb and 6000 protein coding genes, similar to CBS 6938. Compared to other fungal genomes P. rhodozyma strains and other Cystofilobasidiales have the highest number of intron-containing genes and highest number of introns per gene. The Patagonian strain showed 4.4% of nucleotide sequence divergence compared to the European strains which differed from each other by only 0.073%. All known genes related to the synthesis of astaxanthin were annotated. A hitherto unknown gene cluster potentially responsible for photoprotection (mycosporines) was found in the newly sequenced P. rhodozyma strains but was absent in the non-mycosporinogenic strain CBS 6938. A broad battery of enzymes that act as scavengers of free radical oxygen species were detected, including catalases and superoxide dismutases (SODs). Additionally, genes involved in sexual reproduction were found and annotated. Conclusions: A draft genome sequence of the type strain of P. rhodozyma is now available, and comparison with that of the Patagonian population suggests the latter deserves to be assigned to a distinct variety. An unexpected genetic trait regarding high occurrence of introns in P. rhodozyma and other Cystofilobasidiales was revealed. New genomic insights into fungal homothallism were also provided. The genetic basis of several additional photoprotective and antioxidant strategies were described, indicating that P. rhodozyma is one of the fungi most well-equipped to cope with environmental oxidative stress, a factor that has probably contributed to shaping its genome.Fil: Bellora, Nicolás. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Instituto Andino Patagónico de Tecnologías Biológicas y Geoambientales. Universidad Nacional del Comahue. Instituto Andino Patagónico de Tecnologías Biológicas y Geoambientales.; ArgentinaFil: Moline, Martin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Instituto Andino Patagónico de Tecnologías Biológicas y Geoambientales. Universidad Nacional del Comahue. Instituto Andino Patagónico de Tecnologías Biológicas y Geoambientales.; ArgentinaFil: David Palma, Márcia. Universidade Nova de Lisboa; PortugalFil: Coelho, Marco A.. Universidade Nova de Lisboa; PortugalFil: Hittinger, Chris Todd. University of Wisconsin; Estados UnidosFil: Sampaio, José P.. Universidade Nova de Lisboa; PortugalFil: Gonçalves, Paula. Universidade Nova de Lisboa; PortugalFil: Libkind Frati, Diego. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Instituto Andino Patagónico de Tecnologías Biológicas y Geoambientales. Universidad Nacional del Comahue. Instituto Andino Patagónico de Tecnologías Biológicas y Geoambientales.; Argentin

Outcome of acute hypoxaemic respiratory failure: insights from the LUNG SAFE Study

Background: Current incidence and outcome of patients with acute hypoxaemic respiratory failure requiring mechanical ventilation in the intensive care unit (ICU) are unknown, especially for patients not meeting criteria for acute respiratory distress syndrome (ARDS). Methods: An international, multicentre, prospective cohort study of patients presenting with hypoxaemia early in the course of mechanical ventilation, conducted during four consecutive weeks in the winter of 2014 in 459 ICUs from 50 countries (LUNG SAFE). Patients were enrolled with arterial oxygen tension/inspiratory oxygen fraction ratio ≤300 mmHg, new pulmonary infiltrates and need for mechanical ventilation with a positive end-expiratory pressure of ≥5 cmH2O. ICU prevalence, causes of hypoxaemia, hospital survival and factors associated with hospital mortality were measured. Patients with unilateral versus bilateral opacities were compared. Findings: 12 906 critically ill patients received mechanical ventilation and 34.9% with hypoxaemia and new infiltrates were enrolled, separated into ARDS (69.0%), unilateral infiltrate (22.7%) and congestive heart failure (CHF; 8.2%). The global hospital mortality was 38.6%. CHF patients had a mortality comparable to ARDS (44.1% versus 40.4%). Patients with unilateral-infiltrate had lower unadjusted mortality, but similar adjusted mortality compared to those with ARDS. The number of quadrants on chest imaging was associated with an increased risk of death. There was no difference in mortality comparing patients with unilateral-infiltrate and ARDS with only two quadrants involved. Interpretation: More than one-third of patients receiving mechanical ventilation have hypoxaemia and new infiltrates with a hospital mortality of 38.6%. Survival is dependent on the degree of pulmonary involvement whether or not ARDS criteria are reached