Zipper plot : visualizing transcriptional activity of genomic regions

Background: Reconstructing transcript models from RNA-sequencing (RNA-seq) data and establishing these as independent transcriptional units can be a challenging task. Current state-of-the-art tools for long non-coding RNA (lncRNA) annotation are mainly based on evolutionary constraints, which may result in false negatives due to the overall limited conservation of lncRNAs. Results: To tackle this problem we have developed the Zipper plot, a novel visualization and analysis method that enables users to simultaneously interrogate thousands of human putative transcription start sites (TSSs) in relation to various features that are indicative for transcriptional activity. These include publicly available CAGE-sequencing, ChIP-sequencing and DNase-sequencing datasets. Our method only requires three tab-separated fields (chromosome, genomic coordinate of the TSS and strand) as input and generates a report that includes a detailed summary table, a Zipper plot and several statistics derived from this plot. Conclusion: Using the Zipper plot, we found evidence of transcription for a set of well-characterized lncRNAs and observed that fewer mono-exonic lncRNAs have CAGE peaks overlapping with their TSSs compared to multi-exonic lncRNAs. Using publicly available RNA-seq data, we found more than one hundred cases where junction reads connected protein-coding gene exons with a downstream mono-exonic lncRNA, revealing the need for a careful evaluation of lncRNA 5′-boundaries. Our method is implemented using the statistical programming language R and is freely available as a webtool

A neuronal enhancer network upstream of MEF2C is compromised in patients with Rett-like characteristics

Mutations in myocyte enhancer factor 2C (MEF2C), an important transcription factor in neurodevelopment, are associated with a Rett-like syndrome. Structural variants (SVs) upstream of MEF2C, which do not disrupt the gene itself, have also been found in patients with a similar phenotype, suggesting that disruption of MEF2C regulatory elements can also cause a Rett-like phenotype. To characterize those elements that regulate MEF2C during neural development and that are affected by these SVs, we used genomic tools coupled with both in vitro and in vivo functional assays. Through circularized chromosome conformation capture sequencing (4C-seq) and the assay for transposase-accessible chromatin using sequencing (ATAC-seq), we revealed a complex interaction network in which the MEF2C promoter physically contacts several distal enhancers that are deleted or translocated by disease-associated SVs. A total of 16 selected candidate regulatory sequences were tested for enhancer activity in vitro, with 14 found to be functional enhancers. Further analyses of their in vivo activity in zebrafish showed that each of these enhancers has a distinct activity pattern during development, with eight enhancers displaying neuronal activity. In summary, our results disentangle a complex regulatory network governing neuronal MEF2C expression that involves multiple distal enhancers. In addition, the characterized neuronal enhancers pose as novel candidates to screen for mutations in neurodevelopmental disorders, such as Rett-like syndrome

Germline genetic findings which may impact therapeutic decisions in families with a presumed predisposition for hereditary breast and ovarian cancer

In this study, we aim to gain insight in the germline mutation spectrum of ATM, BARD1, BRIP1, ERCC4, PALB2, RAD51C and RAD51D in breast and ovarian cancer families from Spain. We have selected 180 index cases in whom a germline mutation in BRCA1 and BRCA2 was previously ruled out. The importance of disease-causing variants in these genes lies in the fact that they may have possible therapeutic implications according to clinical guidelines. All variants were assessed by combined annotation dependent depletion (CADD) for scoring their deleteriousness. In addition, we used the cancer genome interpreter to explore the implications of some variants in drug response. Finally, we compiled and evaluated the family history to assess whether carrying a pathogenic mutation was associated with age at diagnosis, tumour diversity of the pedigree and total number of cancer cases in the family. Eight unequivocal pathogenic mutations were found and another fourteen were prioritized as possible causal variants. Some of these molecular results could contribute to cancer diagnosis, treatment selection and prevention. We found a statistically significant association between tumour diversity in the family and carrying a variant with a high score predicting pathogenicity (p = 0.0003)

A comprehensive inventory of TLX1 controlled long non-coding RNAs in T-cell acute lymphoblastic leukemia through polyA+ and total RNA sequencing

Graft-versus-host disease (GvHD) assessment has been shown to be a challenge for healthcare professionals, leading to the development of the eGVHD App (www.uzleuven.be/egvhd). In this study, we formally evaluated the accuracy of using the App compared to traditional assessment methods to assess GvHD. Our national multicenter randomized controlled trial involved seven Belgian transplantation centers and 78 healthcare professionals selected using a 2-stage convenience sampling approach between January and April 2017. Using a 1:1 randomization stratified by profession, healthcare professionals were assigned to use either the App ("APP") or their usual GvHD assessment aids ("No APP") to assess the diagnosis and severity score of 10 expert-validated clinical vignettes. Our main outcome measure was the difference in accuracy for GvHD severity scoring between both groups. The odds of being correct were 6.14 (95% CI: 2.83-13.34) and 6.29 (95% CI: 4.32-9.15) times higher in favor of the "APP" group for diagnosis and scoring, respectively (P<0.001). Appassisted GvHD severity scoring was significantly superior for both acute and chronic GvHD, with an Odds Ratio of 17.89 and 4.34 respectively (P<0.001) and showed a significantly increased inter-observer agreement compared to standard practice. Despite a mean increase of 24 minutes (95% CI: 20.45-26.97) in the time needed to score the whole GvHD test package in the "APP" group (P<0.001), usability feedback was positive. The eGVHD App shows superior GvHD assessment accuracy compared to standard practice and has the potential to improve the quality of outcome data registration in allogeneic stem cell transplantation

Ciencias Sociales: Economía y Humanidades

Este volumen I contiene 29 capítulos arbitrados que se ocupan de estos asuntos en Tópicos Selectos de Ciencias Sociales: Economía y Humanidades, elegidos de entre las contribuciones, reunimos algunos investigadores y estudiantes.Gómez, presenta un breve examen de la producción y comercialización de rosa en México; Arpi y Portillo realiza un estudio en México sobre el ingreso mínimo de las familias que identifica la línea de pobreza alimentaria en el área rural del sur de México, 2012; Bravo realiza un pequeño estudio donde hablará sobre el análisis comparado del Sector Gubernamental y la Economía Mexicana desde la perspectiva de los eslabonamientos productivos Hirshman-Rasmuss; Caamal, Pat, Jerónimo y Romero realizan un estudio sobre los canales de comercialización de limón persa en el municipio de Martínez de la Torre, Veracruz; Macías y Perales nos hablarán sobre una análisis del comercio estratégico en el TLCAN: El Estado en la política agrícola de biocombustibles; Figueroa, Pérez y Godínez se expresan acerca de la importancia de la comercialización del café en México; Sepúlveda, Sepúlveda y Pérez realizan un diagnóstico, retos del comercio electrónico en el Sector Agroindustrial Mexicano; Duana mediante su trabajo nos muestra y habla sobre la inversión extranjera directa y su impacto en crecimiento de México, un análisis en prospectiva: 1999-2010; Figueroa, Pérez y Ramírez hacen un estudio acerca sobre la importancia de la Banca en México; Pérez, Figueroa, Godínez y Pérez presenta un trabajo acerca de la competitividad de la producción agrícola en México, un análisis regional; Rodríguez, Espinosa y Márquez analizan todo acerca de el SIAL productor de quesos en Poxtla, competividad y territorio; Garza nos habla acerca de la intermediación financiera al servicio de la comunidad indígena: el fondo regional indígena Tarhiata Keri; Arroyo, Aguilar, Santoyo y Muñoz realizan un estudio acerca de la demanda de Importaciones de durazno (Prunus pérsica L. Batsch) en México procedentes de Estados Unidos de América (1982-2011); Loera y Sepúlveda analizan los parámetros de la productividad forestal en la producción de madera en rollo; Pérez, Morett y Tecpan realizan un análisis de factores sociales, ambientales y económicos del territorio rural cercano a la ciudad de México; Godínez, Figueroa y Pérez realizan un estudio acerca de la crisis económica mundial y su efecto sobre los flujos migratorios de América Latina; Magadán, Hernández y Escalona presentan la tipología de los sujetos sociales que intervienen en el mercado campesino de Ocotlán Oaxaca; Tavera y Cobos nos hablan de la normalización del proceso de compostaje: una opción para desarrollar el mercado de la composta; Piña y Pérez hablan acerca de la reestructuración del capitalismo y crisis política en México; Gonzáles, Rucoba y Ramírez realizan un estudio de la rentabilidad de la producción de miel en el municipio de León, Guanjuato; Ramírez, Gutiérrez y Figueroa realizan un estudio acerca de la economía del maíz en la región metropolitana, Chiapas, 2014; Bueno, Méndez y Cruz realizan un estudio y análisis de los centros de educación y cultura ambiental, necesidad de profesionalización Pedagógica de facilitadores ambientales; Pat, Caamal, Jerónimo y Mendoza presentan un estudio acerca de los Costos y competitividad de la producción del limón persa en el municipio de Martínez de la Torre, Veracruz. Vizuet presenta un trabajo de la construcción polisémica e histórica del concepto de la pobreza; Navarrete, Ríos y Arévalo presentan un estudio acerca de la producción ejidal de tomate rojo (Lycopersicum esculentum) en el DR-017, y su huella hídrica; Pérez y Piña hablan acerca de la productividad e inversión extranjera: La industria de Alimentos; Pérez, Figueroa, Godínez y Gómez presentan el trabajo sobre el sector primario en México; Pérez, Figueroa, Godínez y Gómez presentan acerca de los subsidios al campo como instrumento de política económica en México; Venegas, Perales y Del Valle realizan un estudio de rentabilidad de biodigestores y motogeneradores para diferentes tamaños de granjas porcinas en Michoacán

Ciencias Sociales: Economía y Humanidades HANDBOOK T-I

Se presenta un breve examen de la producción y comercialización de rosa en México; un estudio en México sobre el ingreso mínimo de las familias que identifica la línea de pobreza alimentaria en el área rural del sur de México, 2012; un pequeño estudio donde hablará sobre el análisis comparado del Sector Gubernamental y la Economía Mexicana desde la perspectiva de los eslabonamientos productivos Hirshman-Rasmuss; un estudio sobre los canales de comercialización de limón persa en el municipio de Martínez de la Torre, Veracruz; una análisis del comercio estratégico en el TLCAN: El Estado en la política agrícola de biocombustibles; también se expresan acerca de la importancia de la comercialización del café en México; un diagnóstico, retos del comercio electrónico en el Sector Agroindustrial Mexicano; trabajo nos muestra y habla sobre la inversión extranjera directa y su impacto en crecimiento de México, un análisis en prospectiva: 1999-2010; un estudio acerca sobre la importancia de la Banca en México; un trabajo acerca de la competitividad de la producción agrícola en México, un análisis regional; se analizan todo acerca de el SIAL productor de quesos en Poxtla, competividad y territorio; se habla acerca de la intermediación financiera al servicio de la comunidad indígena: el fondo regional indígena Tarhiata Keri; ademas un estudio acerca de la demanda de Importaciones de durazno (Prunus pérsica L. Batsch) en México procedentes de Estados Unidos de América (1982-2011); Loera y Sepúlveda analizan los parámetros de la productividad forestal en la producción de madera en rollo; un análisis de factores sociales, ambientales y económicos del territorio rural cercano a la ciudad de México; un estudio acerca de la crisis económica mundial y su efecto sobre los flujos migratorios de América Latina; Magadán, Hernández y Escalona presentan la tipología de los sujetos sociales que intervienen en el mercado campesino de Ocotlán Oaxaca; la normalización del proceso de compostaje: una opción para desarrollar el mercado de la composta; acerca de la reestructuración del capitalismo y crisis política en México; la rentabilidad de la producción de miel en el municipio de León, Guanjuato; la economía del maíz en la región metropolitana, Chiapas, 2014; análisis de los centros de educación y cultura ambiental, necesidad de profesionalización Pedagógica de facilitadores ambientales; los Costos y competitividad de la producción del limón persa en el municipio de Martínez de la Torre, Veracruz