Genotyping of polymorphisms associated with male-sterility systems in onion accessions adapted for cultivation in Brazil

A produção em escala comercial de sementes híbridas de cebola (Allium cepa) tem sido conduzida com o emprego de dois sistemas de macho-esterilidade do tipo genética-citoplasmática (CMS-S e CMS-T) em associação ao citoplasma normal (macho-fértil). No entanto, a análise molecular desses diferentes tipos citoplasmáticos ainda não está disponível para um grande número de acessos de cebola adaptados para cultivo em regiões tropicais. Além de adaptação às condições edafoclimáticas do Brasil, muitos desses acessos apresentam tolerância a doenças, sendo de potencial valor como genitores de híbridos. O presente trabalho visou identificar os tipos citoplasmáticos de acessos de cebola de diferentes grupos morfoagronômicos de interesse para o melhoramento genético no Brasil, usando a reação da polimerase em cadeia (PCR) com 'primers' específicos para regiões polimórficas do genoma mitocondrial de cebola. Foi observada, nos 66 acessos amostrados, a presença dos três principais tipos de citoplasma descritos para cebola (S, N e T). Foi constatada maior frequência do citoplasma S (56%) seguido do citoplasma T (25,8%). Em 18,2% das amostras, foi encontrado exclusivamente o citoplasma N. Essa caracterização pode ser útil para guiar a escolha de materiais genéticos dentro dos programas de melhoramento com objetivo de desenvolver cultivares híbridas adaptadas às condições tropicais

Complement component C4 structural variation and quantitative traits contribute to sex-biased vulnerability in systemic sclerosis

Altres ajuts: Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER), "A way of making Europe".Copy number (CN) polymorphisms of complement C4 play distinct roles in many conditions, including immune-mediated diseases. We investigated the association of C4 CN with systemic sclerosis (SSc) risk. Imputed total C4, C4A, C4B, and HERV-K CN were analyzed in 26,633 individuals and validated in an independent cohort. Our results showed that higher C4 CN confers protection to SSc, and deviations from CN parity of C4A and C4B augmented risk. The protection contributed per copy of C4A and C4B differed by sex. Stronger protection was afforded by C4A in men and by C4B in women. C4 CN correlated well with its gene expression and serum protein levels, and less C4 was detected for both in SSc patients. Conditioned analysis suggests that C4 genetics strongly contributes to the SSc association within the major histocompatibility complex locus and highlights classical alleles and amino acid variants of HLA-DRB1 and HLA-DPB1 as C4-independent signals

Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples

Funder: NCI U24CA211006Abstract: The Cancer Genome Atlas (TCGA) and International Cancer Genome Consortium (ICGC) curated consensus somatic mutation calls using whole exome sequencing (WES) and whole genome sequencing (WGS), respectively. Here, as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, which aggregated whole genome sequencing data from 2,658 cancers across 38 tumour types, we compare WES and WGS side-by-side from 746 TCGA samples, finding that ~80% of mutations overlap in covered exonic regions. We estimate that low variant allele fraction (VAF < 15%) and clonal heterogeneity contribute up to 68% of private WGS mutations and 71% of private WES mutations. We observe that ~30% of private WGS mutations trace to mutations identified by a single variant caller in WES consensus efforts. WGS captures both ~50% more variation in exonic regions and un-observed mutations in loci with variable GC-content. Together, our analysis highlights technological divergences between two reproducible somatic variant detection efforts

Esplanada: cultivar de cenoura de verão para fins de processamento Esplanada: a new tropical carrot variety suitable for minimum processing

A cenoura é uma das hortaliças tradicionais mais consumidas no Brasil. Entretanto, o consumo de mini cenouras tipo "cenourete" obtidas via processamento mínimo ainda é muito pequeno no país. Isto se deve possivelmente ao restrito conhecimento da tecnologia de produção deste produto e da dificuldade em se obter matéria prima de qualidade e com regularidade, especialmente no período de verão. As raízes das principais cultivares utilizadas no Brasil não apresentam características de qualidade como coloração, formato e tamanho adequados para possibilitar máximo rendimento industrial. Neste contexto, foi desenvolvida a cultivar de polinização aberta "Esplanada", que apresenta boa adaptação às condições edafoclimáticas brasileiras, possui alta resistência à queima-das-folhas, baixa incidência de florescimento precoce no verão e resistência moderada a nematóides formadores de galhas. Estas características viabilizam seu cultivo em qualquer época do ano, nas principais regiões de produção. As raízes são compridas, finas e apresentam coloração uniforme, características estas adequadas para o processamento mínimo visando a produção de cenourete. Esta cultivar poderá ocupar posição estratégica na cadeia produtiva de cenoura, uma vez que vai possibilitar a produção de mini cenouras durante todo o ano em qualquer região do país.<br>Carrot is one of the most consumed vegetables in Brazil. However, the consumption of "baby carrots", obtained by minimally processed roots, is still very low in the country, due to lack of processing technology knowledge and the low amount of minimally processed carrots produced in Brazil as a consequence of the low industrial productivity. The carrot varieties currently employed in minimum processing have as major disadvantages a series of low quality attributes including inadequate root shape and size which precludes reaching the maximum industrial yield. In this context, Embrapa Hortaliças developed a new open pollinated carrot variety named "Esplanada", combining high adaptation to soil and climate conditions of Brazil, high resistance level to leaf blight and a moderate resistance level to root-knot nematodes and high quality roots with shape and size suitable for minimum processing. All these characteristics guarantee cultivation with almost no use of pesticides in the main carrot growing areas of Brazil. This new carrot variety has potential to occupy a strategic position in the carrot production chain, permitting the mini carrot production through minimum processing all year long in any carrot growing areas of the country

'Brasileirinha': cultivar de abóbora (Cucurbita moschata) de frutos bicolores com valor ornamental e aptidão para consumo verde 'Brasileirinha': an ornamental bicolor squash (Cucurbita moschata) cultivar for immature fruit consumption

'Brasileirinha' é uma cultivar de abóbora (Cucurbita moschata) com frutos bicolores que foi desenvolvida com o objetivo de disponibilizar um produto diferenciado devido ao aspecto ornamental e a composição nutricional de seus frutos. Esta cultivar foi selecionada na geração F7, sendo obtida via cruzamentos convencionais entre um acesso de frutos bicolores, provavelmente devido à presença de um alelo do gene B, e a cultivar Mocinha (com frutos imaturos de cor verde uniforme). A característica peculiar da cultivar Brasileirinha é a produção de frutos com casca apresentando uma marcante coloração bicolor (coloração amarela na região proximal e verde na posição distal dos frutos). A polpa apresenta coloração amarela-esverdeada em frutos colhidos imaturos e, à medida que o fruto amadurece, intensifica-se uma coloração alaranjada. Beta-caroteno e luteína são os principais carotenóides presentes em frutos para consumo verde. Em frutos em completo estádio de maturação (polpa laranja intensa) verifica-se a acumulação de beta-caroteno e alfa-caroteno (precursores da vitamina A) em torno de 243 mg g-1. A cultivar Brasileirinha tem apresentado boa resistência de campo a diferentes raças de oídio (Podosphaera xanthii). Esta cultivar é preferencialmente recomendada para consumo como abobrinha verde (no estádio de fruto imaturo) e para fins ornamentais (frutos em todos os estádios). Uma opção é o uso de frutos jovens em conservas. A cultivar Brasileirinha é recomendada para plantio em todas as tradicionais regiões produtoras do país. O sistema de produção para esta cultivar tem sido o mesmo adotado para outros tipos de abóboras.<br>'Brasileirinha' is a squash (Cucurbita moschata) cultivar developed by Embrapa Vegetable Crops, with a appealing ornamental appearance and carotenoid composition of its fruits might provide raw material for the development of value-added products targeting new market niches. This cultivar is an F7 line obtained by conventional crosses between an accession with bicolor fruits, more likely due to the presence of an allele of the B gene, and cultivar Mocinha (with uniform green fruits). The presence of bicolor fruits is the peculiar characteristic of cultivar Brasileirinha. The proximal portion of the fruit skin has a bright yellow color, while the distal portion has an intense green color. The fruit flesh has a uniform light yellow (cream) color when harvested at the immature stage, whereas at the ripe stage its flesh is orange. Beta-carotene and lutein are the predominant carotenoids at the immature stage. In fully mature fruits, the predominant pigments are beta-carotene and alfa-carotene (two pro-vitamin A carotenoids), with average values reaching 243 mg g-1. Cultivar Brasileirinha displayed good levels of field resistance to distinct powdery mildew (Podosphaera xanthii) races. This cultivar is recommended for consumption at immature fruit stage, for ornamental purposes (all fruit stages) and it might also be suitable for pickles (young fruits). Cultivar Brasileirinha might be used in all the traditional squash-producing areas of Brazil. The cropping system recommended for this cultivar is the ordinarily used for squash production

Study of the threshold anomaly in the elastic scattering of d+ 197Au

Measurements of the elastic scattering angular distribution for the d+ 197Au system were carried out covering deuteron incident energies in the range from 5 to 16 MeV, i.e. approximately 50% below and above the Coulomb barrier. A critical interaction distance of d I = 2.49 fm was determined from these distributions, which is comparable to that of the radioactive halo nucleus 6He. The experimental angular distributions were systematically analyzed using two alternative models: the semi-microscopic São Paulo and the effective Woods-Saxon optical potentials, for which the best-fitting parameters were determined. These potentials, integrated with the vicinity of the sensitivity radius, were calculated for each energy. For both models, the energy dependence of these integrals presented the breakup threshold anomaly around the coulomb barrier, a typical signature of weakly bound nuclei.Fil: Giudice, T. Comisión Nacional de Energía Atómica; ArgentinaFil: Abriola, D.. Comisión Nacional de Energía Atómica; ArgentinaFil: Arazi, Andres. Comisión Nacional de Energía Atómica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: de Barbará, E.. Comisión Nacional de Energía Atómica; ArgentinaFil: Cardona, Maria Angelica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Comisión Nacional de Energía Atómica; ArgentinaFil: Gómez, J.. No especifíca;Fil: Hojman, Daniel Leonardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Comisión Nacional de Energía Atómica; ArgentinaFil: Id Betan, Rodolfo Mohamed. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Física de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Instituto de Física de Rosario; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Exactas, Ingeniería y Agrimensura; ArgentinaFil: Kohen, M.S.. Comisión Nacional de Energía Atómica; ArgentinaFil: Llaneza, N.. Universidad Nacional de Rosario; ArgentinaFil: Martí, G.V .. Comisión Nacional de Energía Atómica; ArgentinaFil: Da Fonseca Paes Ribeiro, Barbara Esther. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Comisión Nacional de Energía Atómica; ArgentinaFil: Schneider, David Marcelo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Comisión Nacional de Energía Atómica; ArgentinaFil: Soler de Oliveira, Hugo. Universidade Federal Fluminense; BrasilFil: Lubian, J.. Universidade Federal Fluminense; Brasi