Modeling of gap gene regulatory networks in Drosophila with the account of the gene modular structure (in Russian)

Genes are frequently regulated in complex manners, necessitating modelling approaches which go beyond simple (linear) gene-to-gene interactions and address the modularity of cis-regulatory regions and alternate transcription initiation sites. In particular, sharp expression patterns (peaks or stripes) indicate that gene regulation involves nonlinear transcription factor kinetics (beyond first-order). We propose a methodology for approaching this problem, using the example of the multiple cis-regulatory modules (CRMs) and two transcripts (P1 and P2) found in the Drosophila hunchback (hb) and (CD1 and CD2)in Kruppel (Kr) genes, the genes expressed along the anteroposterior axis of the embryo. The positional characteristics of the mRNA expression patterns are studied for their sensitivity to the variation of the input factors and initial conditions.Comment: in Russia

Multidrug resistance in Enterococci isolated from wild pampas foxes (Lycalopex gymnocercus) and Geoffroy's Cats (Leopardus geoffroyi) in the Brazilian pampa biome

Enterococci are ubiquitous microorganisms present in various environments and within the gastrointestinal tracts of humans and other animals. Notably, fecal enterococci are suitable indicators for monitoring antimicrobial resistance dissemination. Resistant bacterial strains recovered from the fecal samples of wild animals can highlight important aspects of environmental disturbances. In this report, we investigated antimicrobial susceptibility as well as resistance and virulence genes in fecal enterococci isolated from wild Pampas foxes (Lycalopex gymnocercus) (n = 5) and Geoffroy's cats (Leopardus geoffroyi) (n = 4) in the Brazilian Pampa biome. Enterococci were isolated from eight out of nine fecal samples and Enterococcus faecalis was identified in both animals. However, E. faecium and E. durans were only detected in Pampas foxes, while E. hirae was only detected in Geoffroy's cats. Antimicrobial susceptibility analysis showed resistance to rifampicin (94%), erythromycin (72.6%), ciprofloxacin/norfloxacin (40%), streptomycin (38%), and tetracycline (26%). The high frequency of multidrug-resistant enterococci (66%) isolated in this study is a matter of concern since these are wild animals with no history of therapeutic antibiotic exposure. The tetM/tetL and msrC/ermB genes were detected in most tetracycline- and erythromycin-resistant enterococci, respectively. The gelE, ace, agg, esp, and clyA virulence genes were also detected in enterococci. In conclusion, our data suggest that habitat fragmentation and anthropogenic activities in the Pampa biome may contribute to high frequencies of multidrug-resistant enterococci in the gut communities of wild Pampas foxes and Geoffroy's cats. To the best of the authors' knowledge, this is the first report of antimicrobial-resistant enterococci in the Pampa biome

Relações filogenéticas entre espécies do gênero Lycalopex (Mammalia, Canidae) inferidas com o uso de marcadores do DNA mitocondrial

A América do Sul possui a maior diversidade de canídeos (Mammalia, Carnivora, Canidae) do mundo, contendo representantes de seis gêneros e um total de 10 espécies. O registro fóssil indica que representantes da família Canidae teriam saído da América do Norte e conquistado a América do Sul durante o Grande Intercâmbio Americano, há cerca de 2,5 milhões de anos. Estima-se que tenham ocorrido desde uma única até quatro invasões independentes do continente sul-americano, sendo que o número exato é ainda motivo de controvérsias. Diversos estudos morfológicos e moleculares buscaram compreender as relações filogenéticas entre os canídeos, porém ainda há muitas incertezas, especialmente no que se refere ao clado de raposas da América do Sul formado pelo gênero Lycalopex, que conta com seis espécies atuais. Estudos recentes indicam que este gênero sofreu uma radiação muito rápida há aproximadamente um milhão de anos, o que explica a dificuldade histórica em resolver a filogenia destes canídeos. Em virtude disto, este estudo buscou reconstruir as relações filogenéticas e datar a divergência entre as espécies componentes deste gênero, através do uso de diferentes segmentos do DNA mitocondrial (mtDNA), perfazendo um total de 6000 pb.Foram utilizados diferentes métodos de reconstrução filogenética, e todas as análises apoiaram a mesma árvore. Múltiplos indivíduos de cada espécie foram incluídos, viabilizando a avaliação da monofilia de cada uma delas (incluindo L. sechurae, testado aqui pela primeira vez). Todas as espécies formaram grupos monofiléticos bem apoiados, corroborando seu reconhecimento como entidades taxonômicas. Uma única exceção a este padrão foi a presença de dois indivíduos de L. vetulus provenientes de São Paulo portando mtDNA de L. gymnocercus, indicando um potencial caso de expansão na distribuição desta última, ou hibridação entre estas espécies. As análises de datação molecular indicaram que o gênero iniciou sua radiação evolutiva há cerca de 1 milhão de anos, corroborando estudos anteriores que reportaram uma origem muito recente para este grupo de canídeos. A espécie mais basal foi L. vetulus, seguida de L. sechurae, e o grupo mais interno contém L. culpaeus e L. fulvipes, cuja divergência ocorreu há apenas cerca de 390 mil anos. A partir dos padrões filogenéticos inferidos, discutimos hipóteses sobre a biogeografia histórica do gênero, buscando compreender este rápido processo de diversificação endêmico da região neotropical.South America harbors the greatest diversity of canids (Mammalia, Carnivora, Canidae) worldwide, containing representatives of six genera and a total of 10 species. The fossil record indicates that canid representatives have colonized South America from North America during the Great American Biotic Interchange, ca. 2. 5 million years ago (Mya). Current hypotheses postulate between one and four independent canid invasions to South America, with the exact number being a recurrent topic for controversy. Several morphological and molecular studies have attempted to unravel the phylogenetic relationships among canids, but many uncertainties remain. This is particularly the case of the South American fox clade corresponding to genus Lycalopex, which comprises six extant species. Recent studies have indicated that this genus has undergone a very rapid radiation ca. one million years ago, which underlies the historical difficulty in resolving the phylogeny of these canids. In this context, the present study aimed to reconstruct the phylogenetic relationships among the species comprised in this genus, as well as to date their divergences. We used multiple segments of the mitochondrial DNA (mtDNA), encompassing a total of 6000 bp.Several different phylogenetic methods were employed, with all trees converging on the same inter-specific topology. We included multiple individuals from each species, allowing us the evaluation of the monophyly of each of them (including L. sechurae, tested here for the first time). All species formed well-supported monophyletic clusters, corroborating their recognition as taxonomic entities. The single exception to this pattern was the identification of two L. vetulus individuals sampled in São Paulo state, Brazil, which bore mtDNA sequences that clustered within the L. gymnocercus clade. This result could indicate that L. gymnocercus is expanding its range in to São Paulo state, or else that these two species may by hybridizing in the wild. Molecular dating analyses indicated that the genus began its radiation ca. 1 Mya, corroborating earlier studies which reported a very recent origin for this canid group. The most basal species was L. vetulus, followed by L. sechurae. The most internal cluster contains L. culpaeus and L. fulvipes, with our results indicating that they diverged from each other ca. 390,000 years ago. On the basis of the reconstructed phylogenetic patterns, we discuss hypotheses regarding the biogeography of this genus, aiming to understand the history of its rapid diversification process in the Neotropics

Rela??es filogen?ticas entre esp?cies do g?nero Lycalopex (Mammalia, Canidae) inferidas com o uso de marcadores do DNA mitocondrial

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 433349.pdf: 359550 bytes, checksum: e052ef7e8f6b6b30cecbb1a1eee1112e (MD5) Previous issue date: 2011-03-30A Am?rica do Sul possui a maior diversidade de can?deos (Mammalia, Carnivora, Canidae) do mundo, contendo representantes de seis g?neros e um total de 10 esp?cies. O registro f?ssil indica que representantes da fam?lia Canidae teriam sa?do da Am?rica do Norte e conquistado a Am?rica do Sul durante o Grande Interc?mbio Americano, h? cerca de 2,5 milh?es de anos. Estima-se que tenham ocorrido desde uma ?nica at? quatro invas?es independentes do continente sul-americano, sendo que o n?mero exato ? ainda motivo de controv?rsias. Diversos estudos morfol?gicos e moleculares buscaram compreender as rela??es filogen?ticas entre os can?deos, por?m ainda h? muitas incertezas, especialmente no que se refere ao clado de raposas da Am?rica do Sul formado pelo g?nero Lycalopex, que conta com seis esp?cies atuais. Estudos recentes indicam que este g?nero sofreu uma radia??o muito r?pida h? aproximadamente um milh?o de anos, o que explica a dificuldade hist?rica em resolver a filogenia destes can?deos. Em virtude disto, este estudo buscou reconstruir as rela??es filogen?ticas e datar a diverg?ncia entre as esp?cies componentes deste g?nero, atrav?s do uso de diferentes segmentos do DNA mitocondrial (mtDNA), perfazendo um total de 6000 pb. Foram utilizados diferentes m?todos de reconstru??o filogen?tica, e todas as an?lises apoiaram a mesma ?rvore. M?ltiplos indiv?duos de cada esp?cie foram inclu?dos, viabilizando a avalia??o da monofilia de cada uma delas (incluindo L. sechurae, testado aqui pela primeira vez). Todas as esp?cies formaram grupos monofil?ticos bem apoiados, corroborando seu reconhecimento como entidades taxon?micas. Uma ?nica exce??o a este padr?o foi a presen?a de dois indiv?duos de L. vetulus provenientes de S?o Paulo portando mtDNA de L. gymnocercus, indicando um potencial caso de expans?o na distribui??o desta ?ltima, ou hibrida??o entre estas esp?cies. As an?lises de data??o molecular indicaram que o g?nero iniciou sua radia??o evolutiva h? cerca de 1 milh?o de anos, corroborando estudos anteriores que reportaram uma origem muito recente para este grupo de can?deos. A esp?cie mais basal foi L. vetulus, seguida de L. sechurae, e o grupo mais interno cont?m L. culpaeus e L. fulvipes, cuja diverg?ncia ocorreu h? apenas cerca de 390 mil anos. A partir dos padr?es filogen?ticos inferidos, discutimos hip?teses sobre a biogeografia hist?rica do g?nero, buscando compreender este r?pido processo de diversifica??o end?mico da regi?o neotropical

Leopardus pardalis (Linnaeus, 1758) (Carnivora, Felidae) nos campos do extremo sul do Brasil: expansão ou recolonização do Pampa?

A ocorrência de Leopardus pardalis (Linnaeus, 1758) nos campos do sul do Brasil e Uruguai têm assumido caráter histórico, visto que os últimos registros são datados do fim do século 19 e meados do século 20. Dentro deste contexto, a presente comunicação visa documentar um registro inédito e atual de L. pardalis para o interior do bioma Pampa. O evento ocorreu na Estação Ecológica do Taim, quando um macho adulto foi registrado a partir do uso de armadilhas fotográficas. Esta ocorrência denota uma ampliação da área de distribuição austral de L. pardalis em 300 km em relação aos registros atualmente reconhecidos ou em 160 km a partir dos últimos registros históricos. Futuros estudos de maior abrangência temporal e distribuídos ao longo das áreas de maior representatividade florestal no bioma Pampa seriam essenciais para aferir se a população de L. pardalis encontra-se em processo inicial de recolonização na região ou se este registro trata-se apenas de um evento isolado de dispersão aleatória

Standardized niche breadths (<i>B</i>_<i>sta</i>) and food niche overlap between pairs of four sympatric small cat species in the Brazilian Pampa.

<p>Values to the left and below the x diagonal and <i>B</i>_<i>sta</i> were calculated based on the lowest level of prey classification. Values to the right and above are based on broader prey classification (<i>B</i>_<i>sta</i><i>’</i>).</p

Similarity (Morisita’s index) in the diet of <i>Leopardus geoffroyi</i>, <i>Leopardus wiedii</i>, <i>Leopardus colocola</i>, and <i>Herpailurus yagouaroundi</i> in the Brazilian Pampa based on the proportional volume estimated by eye of the items in the diet.

<p>Similarity (Morisita’s index) in the diet of <i>Leopardus geoffroyi</i>, <i>Leopardus wiedii</i>, <i>Leopardus colocola</i>, and <i>Herpailurus yagouaroundi</i> in the Brazilian Pampa based on the proportional volume estimated by eye of the items in the diet.</p

Primary lifestyle of mammalian prey identified in <i>L</i>. <i>geoffroyi</i>, <i>L</i>. <i>wiedii</i>, <i>L</i>. <i>colocola</i>, and <i>H</i>. <i>yagouaroundi</i> stomach contents from Brazilian Pampa, based on the Percentage of Occurrence of prey items.

<p>Primary lifestyle of mammalian prey identified in <i>L</i>. <i>geoffroyi</i>, <i>L</i>. <i>wiedii</i>, <i>L</i>. <i>colocola</i>, and <i>H</i>. <i>yagouaroundi</i> stomach contents from Brazilian Pampa, based on the Percentage of Occurrence of prey items.</p