Microbes central to human reproduction

As studies uncover the breadth of microbes associated with human life, opportunities will emerge to manipulate and augment their functions in ways that improve health and longevity. From involvement in the complexities of reproduction and fetal/infant development, to delaying the onset of disease, and indeed countering many maladies, microbes offer hope for human well-being. Evidence is emerging to suggest that microbes may play a beneficial role in body sites traditionally viewed as being sterile. Although further evidence is required, we propose that much of medical dogma is about to change significantly through recognition and understanding of these hitherto unrecognized microbe–host interactions. A meeting of the International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics held in Aberdeen, Scotland (June 2014), presented new views and challenged established concepts on the role of microbes in reproduction and health of the mother and infant. This article summarizes some of the main aspects of these discussions

Transcriptome profiling defines a novel regulon modulated by the LysR-type transcriptional regulator MexT in Pseudomonas aeruginosa

The LysR-family regulator MexT modulates the expression of the MexEF-OprN efflux system in the human pathogen Pseudomonas aeruginosa. Recently, we demonstrated that MexT regulates certain virulence phenotypes, including the type-three secretion system and early attachment independent of its role in regulating MexEF-OprN. In this study, transcriptome profiling was utilized to investigate the global nature of MexT regulation in P. aeruginosa PAO1 and an isogenic mexEF mutant. Twelve genes of unknown function were highly induced by overexpressing MexT independent of MexEF-OprN. A well-conserved DNA motif was identified in the upstream regulatory region of nine of these genes and upstream of mexE. Reporter fusion analysis demonstrated that the expression of the genes was significantly induced by MexT in P. aeruginosa and a heterogenous Escherichia coli strain and that the conserved sequence was required for this induction. The conserved DNA motif was further characterized as the MexT binding site by site-directed mutagenesis and electrophoretic mobility shift assays. Genes containing this conserved regulatory sequence were identified across other Pseudomonas species, and their expression was activated by MexT. Thus, a novel regulon directly modulated by MexT, that includes but is independent of mexEF-oprN, has been identified

L'etude de la pathologie de Xanthomonas campestris et de la structure génétique de ses pathovars a permis l'amélioration de la détection du pathogéne dans les semences de Brassicacées

Xanthomonas campestris causes diseases on Brassicaceae family including black rot that is considered as the most important diseases of cruciferous plant. This bacterial species groups six pathovars defined according to the type of symptoms that they induce to the host plant from which they were isolated and according to their host range. However doubts have been expressed about the synonymy of some pathovars within X. campestris. It has been necessary to identify pathovars without ambiguity in order to improve strategies against these pathogens. Although sources of contamination are various, seeds constitute the primary inoculum and their sanitary control thus appears as the most efficient disease control strategy. Our objectives have been to clarify the pathogenicity and the genetic structure of the species then to propose a new diagnostic tool that permits the fast and valuable detection of viable X. campestris in seeds. Pathogenicity study of X. campestris species revealed the existence of only three pathovars that can induce disease, X. c. pv. campestris causes the black rot disease, X. c. pv. raphani induces the leaf spots disease and X. c. pv. incanae causes the bacterial blight of garden Stocks. We discussed on the Xanthomonas genus taxonomy based on MLSA data. Our genetic analysis shows how particularly complex and polymorphic is X. campestris. This diversity is the consequence of two evolutionary forces, recombination and mutation, with equally importance. However, this species keeps a clonality structure owing to a tightly host communality within Brassicaceae host. Pathovars are not genetic lineage, but there are not shuffled and share close sequences. We have set up a detection method of viable X. campestris in seeds by BIO-PCR. The BIO-PCR can detect until 10 ufc/ml in seed extract.Les Xanthomonas campestris induisent des maladies sur les plantes de la famille des Brassicacées. l'une de ces maladies la nervation noire est considérée comme l'une des plus dommageables des brassicacées. Cette espèce comprend six pathovars, définis en fonction du type de symptômes provoqués et de la plante hôte d'isolement. Cependant, des doutes ont été emis sur la synonymie de certain de ces pathovars, or il est indispensable de pouvoir identifier sans ambig¨uité ces pathovars afin de mettre en place des stratégies de luttes contre ces bactérioses. Bien que les sources de contamination soient multiples, la semence reste la cause principale de l'infection des plantes. S'assurer de leur qualité sanitaire est le moyen de lutte le plus efficace contre les bactérioses. L'objectif de ce travail était de clarifier la pathogénie et la structure génétique de cette espèce, puis de proposer un nouvel outil de détection fiable et rapide des X. campestris vivantes dans les semences. L'étude de la pathologie de l'espèce X. campestris indique qu'il existe trois pathovars capables de provoquer une maladie, X. c. pv. campestris provoque la nervation noire, X. c. pv. raphani induit la maladie des taches foliaires, X. c. pv. incanae engendre la maladie du dépérissement des giroflées. Nous discutons la taxonomie des espèces du genre Xanthomonas par une approche MLSA. Notre analyse génétique MLSA/MLST révèle que l'espèce X. campestris est particulierement complexe et polymorphe. Cette diversité aurait deux origines d'importance similaire, la recombinaison et les mutations. L'espèce semblerait néanmoins conserver une structure clonale en raison d'une étroite communauté d'hôte. Les pathovars ne forment pas des lignées génétiques identifiées, toutefois ils ne sont pas mélangés entre eux et partagent des séquences proches. Nous avons mis au point une méthode de détection de X. campestris vivant dans les semences par BIO-PCR. Elle permet de détecter jusqu'à 10 ufc/ml de macérat de semence

L' étude de la pathologie de Xanthomonas campestris et de la structure génétique de ses pathovars a permis l'amélioration de la détection du pathogéne dans les semences de Brassicacées

Les Xanthomonas campestris induisent des maladies sur les plantes de la famille des Brassicacées. l'une de ces maladies la nervation noire est considérée comme l'une des plus dommageables des brassicacées. Cette espèce comprend six pathovars, définis en fonction du type de symptômes provoqués et de la plante hôte d'isolement. Cependant, des doutes ont été emis sur la synonymie de certain de ces pathovars, or il est indispensable de pouvoir identifier sans ambig uité ces pathovars afin de mettre en place des stratégies de luttes contre ces bactérioses. Bien que les sources de contamination soient multiples, la semence reste la cause principale de l'infection des plantes. S'assurer de leur qualité sanitaire est le moyen de lutte le plus efficace contre les bactérioses. L'objectif de ce travail était de clarifier la pathogénie et la structure génétique de cette espèce, puis de proposer un nouvel outil de détection fiable et rapide des X. campestris vivantes dans les semences. L'étude de la pathologie de l'espèce X. campestris indique qu'il existe trois pathovars capables de provoquer une maladie, X. c. pv. campestris provoque la nervation noire, X. c. pv. raphani induit la maladie des taches foliaires, X. c. pv. incanae engendre la maladie du dépérissement des giroflées. Nous discutons la taxonomie des espèces du genre Xanthomonas par une approche MLSA. Notre analyse génétique MLSA/MLST révèle que l'espèce X. campestris est particulierement complexe et polymorphe. Cette diversité aurait deux origines d'importance similaire, la recombinaison et les mutations. L'espèce semblerait néanmoins conserver une structure clonale en raison d'une étroite communauté d'hôte. Les pathovars ne forment pas des lignées génétiques identifiées, toutefois ils ne sont pas mélangés entre eux et partagent des séquences proches. Nous avons mis au point une méthode de détection de X. campestris vivant dans les semences par BIO-PCR. Elle permet de détecter jusqu'à 10 ufc/ml de macérat de semence.Xanthomonas campestris causes diseases on Brassicaceae family including black rot that is considered as the most important diseases of cruciferous plant. This bacterial species groups six pathovars defined according to the type of symptoms that they induce to the host plant from which they were isolated and according to their host range. However doubts have been expressed about the synonymy of some pathovars within X. campestris. It has been necessary to identify pathovars without ambiguity in order to improve strategies against these pathogens. Although sources of contamination are various, seeds constitute the primary inoculum and their sanitary control thus appears as the most efficient disease control strategy. Our objectives have been to clarify the pathogenicity and the genetic structure of the species then to propose a new diagnostic tool that permits the fast and valuable detection of viable X. campestris in seeds. Pathogenicity study of X. campestris species revealed the existence of only three pathovars that can induce disease, X. c. pv. campestris causes the black rot disease, X. c. pv. raphani induces the leaf spots disease and X. c. pv. incanae causes the bacterial blight of garden Stocks. We discussed on the Xanthomonas genus taxonomy based on MLSA data. Our genetic analysis shows how particularly complex and polymorphic is X. campestris. This diversity is the consequence of two evolutionary forces, recombination and mutation, with equally importance. However, this species keeps a clonality structure owing to a tightly host communality within Brassicaceae host. Pathovars are not genetic lineage, but there are not shuffled and share close sequences. We have set up a detection method of viable X. campestris in seeds by BIO-PCR. The BIO-PCR can detect until 10 ufc/ml in seed extract.ANGERS-BU Lettres et Sciences (490072106) / SudocSudocFranceF

regulator MexT in Pseudomonas

Transcriptome profiling defines a novel regulon modulated by the LysR-type transcriptiona

Apports du séquençage multiloci à la phylogénie et à la taxonomie de deux genres majeurs de bactéries phytopathogènes : Pseudomonas et Xanthomonas

National audienceThe genus Xanthomonas and pseudomonads of the “syringae” group encompass most of the plant pathogenic bacteria, among which several quarantine organisms registered by the European Council Directive 2000/29/CE and bioterror agents registered in dual-use goods regulations. However the taxonomy of these groups is still controversial or even out-of-date in the case of “syringae” group, which makes difficult the drafting and the revision of the statutory texts. Sequencing of protein-coding genes is more and more used to resolve phylogenetic relationships between highly related species, and within species. Multilocus sequence analysis (MLSA) is a potential alternative to DNA-DNA hybridizations to define bacterial species provided that a sufficient degree of congruence betweenboth methods could be demonstrated. In this study, we sequenced fragments of four housekeeping genes (atpD, dnaK, efP and gyrB) for a collection representative of Xanthomonas genus and gyrB and rpoD genes for more than one hundred strains representative of the nine genomospecies of the “syringae” group. Within these two taxa, species and genomospecies are supported by extensive DNA-DNA similarity values which allowed comparison of the methods. Our results showed that MLSA is as resolutive as DNA-DNA hybridizations to circumscribe species or genomospecies, and phylogenetic trees are in agreement with previous DNA fingerprints results. Within “syringae” group, each genomospecies is represented by a discrete cluster supported by bootstrap values above 98%. The only incongruence is represented by genomospecies 3 and 8 which form a unique cluster in MLSA. Additional hybridization experiments are needed to solve this point. Partial sequencing of only one gene is sufficient to assign unkown isolates to a genomospecies but unsufficient to resolve the phylogenetic relationships between the genomospecies. Within Xanthomonas, MLSA data evidenced the distance of X. albilineans, X. hyacinthi and X. translucens from the core genus, and the relationships between previously and newly described species. In both genera, MLSA resolves phylogenetic relationships between highly related species more accurately than rrs trees. These data will strongly support the taxonomic studies that are needed in these two major groups of plant pathogenic bacteria.Le genre Xanthomonas et les Pseudomonas du groupe « syringae » représentent deux groupes majeurs de bactéries phytopathogènes, pour autant leur taxonomie est encore controversée, voire obsolète dans le cas du groupe « syringae ». Leséquençage de plusieurs gènes de ménage (ou MLSA pour Multilocus Sequence Analysis) est une approche dont l’apport à la systématique des bactéries est indéniable. Elle permet de définir avec plus de précision les relations phylogénétiques entreespèces proches, pour lesquelles le gène rrs avait montré ses limites. Dans le cadre de ce projet nous avons séquencé les gènes atpD, dnaK, efP et gyrB pour une collection représentative du genre Xanthomonas et les gène gyrB et rpoD pour une centainede Pseudomonas du groupe « syringae ». Pour les deux genres, nos résultats montrent que la MLSA possède un seuil de résolution équivalent à celui des hybridations ADN-ADN, technique de référence pour la délimitation de l’espèce bactérienne. Les données obtenues sont cohérentes avec celles de cette technique et celles des empreintes génétiques. La MLSA a permis d’élucider les relations phylogénétiques qui lient les espèces et fournit des données essentielles pour les remaniements taxonomiquesenvisagés pour ces deux groupes

Apports du séquençage multiloci à la phylogénie et à la taxonomie de deux genres majeurs de bactéries phytopathogènes : Pseudomonas et Xanthomonas

National audienceThe genus Xanthomonas and pseudomonads of the “syringae” group encompass most of the plant pathogenic bacteria, among which several quarantine organisms registered by the European Council Directive 2000/29/CE and bioterror agents registered in dual-use goods regulations. However the taxonomy of these groups is still controversial or even out-of-date in the case of “syringae” group, which makes difficult the drafting and the revision of the statutory texts. Sequencing of protein-coding genes is more and more used to resolve phylogenetic relationships between highly related species, and within species. Multilocus sequence analysis (MLSA) is a potential alternative to DNA-DNA hybridizations to define bacterial species provided that a sufficient degree of congruence betweenboth methods could be demonstrated. In this study, we sequenced fragments of four housekeeping genes (atpD, dnaK, efP and gyrB) for a collection representative of Xanthomonas genus and gyrB and rpoD genes for more than one hundred strains representative of the nine genomospecies of the “syringae” group. Within these two taxa, species and genomospecies are supported by extensive DNA-DNA similarity values which allowed comparison of the methods. Our results showed that MLSA is as resolutive as DNA-DNA hybridizations to circumscribe species or genomospecies, and phylogenetic trees are in agreement with previous DNA fingerprints results. Within “syringae” group, each genomospecies is represented by a discrete cluster supported by bootstrap values above 98%. The only incongruence is represented by genomospecies 3 and 8 which form a unique cluster in MLSA. Additional hybridization experiments are needed to solve this point. Partial sequencing of only one gene is sufficient to assign unkown isolates to a genomospecies but unsufficient to resolve the phylogenetic relationships between the genomospecies. Within Xanthomonas, MLSA data evidenced the distance of X. albilineans, X. hyacinthi and X. translucens from the core genus, and the relationships between previously and newly described species. In both genera, MLSA resolves phylogenetic relationships between highly related species more accurately than rrs trees. These data will strongly support the taxonomic studies that are needed in these two major groups of plant pathogenic bacteria.Le genre Xanthomonas et les Pseudomonas du groupe « syringae » représentent deux groupes majeurs de bactéries phytopathogènes, pour autant leur taxonomie est encore controversée, voire obsolète dans le cas du groupe « syringae ». Leséquençage de plusieurs gènes de ménage (ou MLSA pour Multilocus Sequence Analysis) est une approche dont l’apport à la systématique des bactéries est indéniable. Elle permet de définir avec plus de précision les relations phylogénétiques entreespèces proches, pour lesquelles le gène rrs avait montré ses limites. Dans le cadre de ce projet nous avons séquencé les gènes atpD, dnaK, efP et gyrB pour une collection représentative du genre Xanthomonas et les gène gyrB et rpoD pour une centainede Pseudomonas du groupe « syringae ». Pour les deux genres, nos résultats montrent que la MLSA possède un seuil de résolution équivalent à celui des hybridations ADN-ADN, technique de référence pour la délimitation de l’espèce bactérienne. Les données obtenues sont cohérentes avec celles de cette technique et celles des empreintes génétiques. La MLSA a permis d’élucider les relations phylogénétiques qui lient les espèces et fournit des données essentielles pour les remaniements taxonomiquesenvisagés pour ces deux groupes

Microorganisms linked to inflammatory bowel disease-associated dysbiosis differentially impact host physiology in gnotobiotic mice

International audienc