Kelengkapan Pengisian Rekam Medis Rawat Inap Pada Pasien JKN di Rumah Sakit Universitas Andalas Tahun 2022

Tujuan Penelitian Kelengkapan pengisian rekam medis di Rumah Sakit Universitas Andalas belum memenuhi SPM. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui gambaran terkait kelengkapan pengisian rekam medis rawat inap pada pasien JKN di Rumah Sakit Universitas Andalas Padang tahun 2022. Metode Penelitian ini adalah mix-method secara Sequential Explanotary Design. Sampel penelitian terdiri dari 95 status rekam medis rawat inap Eboni yang dipilih menggunakan sistem Random Sampling dan dianalisis dengan metode analisis univariat. Sedangkan informan dipilih secara purposive sampling, dan dianalisis dengan metode analisis isi. Hasil Kelengkapan rekam medis rawat inap pada pasien JKN sebesar 94,6% dengan persentase kelengkapan terendah pada komponen laporan penting yaitu sebesar 88,3%. Hasil wawancara mendalam pada komponen input: tenaga kerja belum cukup, dana sudah disediakan, metode sudah sesuai alur yang ditetapkan, material sudah cukup, namun sarana dan prasana masih kurang. Komponen process: pendaftaran pasien sudah berjalan sesuai alur, pengisian rekam medis masih belum lengkap, analisis rekam medis belum berjalan rutin sehingga pelaporan juga belum rutin. Komponen output: kelengkapan pengisian rekam medis rawat inap pasien JKN masih tidak lengkap. Kesimpulan Pengisian rekam medis rawat inap pada pasien JKN belum mencapai SPM baik dari rumah sakit Universitas Andalas maupun Nasional yaitu 100%. Diharapkan tenaga profesional patuh dalam pengisian rekam medis berdasarkan aturan yang telah ditetapkan

Functional Redistribution of Hippocampal Cannabinoid Cb1 Receptors in the Rat Pilocarpine Model of Acquired Epilepsy

Cannabinoids, such as the marijuana derivative Δ9-THC, are known to have CBl receptor-mediated anticonvulsant effects in several animal models of seizures and epilepsy, including the rat pilocarpine model of acquired epilepsy. However, the distribution of CBl receptor expression and function in brains of epileptic rats has not been characterized. Therefore, this dissertation was initiated to evaluate the effect of epileptogenesis on the distribution and function of the endogenous CBI receptor system in the rat pilocarpine model, a well-established model of acquired temporal lobe epilepsy. Using immunohistochemistry, we demonstrated that chronically epileptic rats exhibit a unique, long-term, and specific redistribution of hippocampal CBl receptors when compared to controls, with concurrent layer-specific increases and decreases in CBl receptor expression within the hippocampus. In addition, studies in this dissertation demonstrated using [3H] WIN55,212-2 autoradiography and agonist-stimulated [35S]GTPγS autoradiography that this CBl receptor-specific reorganization results in corresponding functional changes manifested by alterations in CBl receptor binding and G-protein activation. These regionally selective changes were dependent on NMDA receptor activation during the initial insult of pilocarpine-induced status epilepticus (SE), and were independent of seizure suppression produced with phenobarbital administration in epileptic rats. Furthermore, time-course studies utilizing these techniques demonstrate that within a week following SE, a widespread loss of CBl receptor expression and function occurs throughout the hippocampus. The subsequent redistribution of CBl receptors that occurs temporally correlates with the emergence of spontaneous recurrent seizures, and is still observed up to 1 year following SE. Overall, the reorganization of cannabinoid receptors in epilepsy implicates the endocannabinoid system in modulating neuroexcitability in the epileptic state. This CBl receptor redistribution represents an essentially permanent neuronal plasticity change associated with epileptogenesis, and could account for the anticonvulsant effect of cannabinoids observed in this model

Knowledge, Attitudes, and Practices Associated with Brucellosis in Livestock Owners in Jordan

We evaluated livestock owners' knowledge, attitudes, and practices regarding brucellosis in Jordan. A questionnaire was administered and biological samples were examined to verify the serological status of animals. Seroprevalence estimates indicated that 18.1% (95% CI: 11–25.3) of cattle herds and 34.3% (95% CI: 28.4–40.4) of small ruminant flocks were seropositive. The results showed that 100% of the interviewed livestock keepers were aware of brucellosis: 87% indicated a high risk of infection if unpasteurized milk is consumed and 75% indicated a high risk if unpasteurized dairy products are consumed. Awareness of the risk of infection through direct contact with fetal membranes or via physical contact with infected livestock is considerably lower, 19% and 13%, respectively. These knowledge gaps manifest in a high frequency of high-risk practices such as assisting in animal parturition (62%), disposing aborted fetuses without protective gloves (71.2%) or masks (65%), and not boiling milk before preparation of dairy products (60%). When brucellosis is suspected, basic hygiene practices are often disregarded and suspect animals are freely traded. Public health education should be enhanced as the disease is likely to remain endemic in the ruminant reservoir as long as a suitable compensation program is not established and trust on available vaccines is regained

AAV Vector-Mediated Overexpression of CB1 Cannabinoid Receptor in Pyramidal Neurons of the Hippocampus Protects against Seizure-Induced Excitoxicity

The CB1 cannabinoid receptor is the most abundant G-protein coupled receptor in the brain and a key regulator of neuronal excitability. There is strong evidence that CB1 receptor on glutamatergic hippocampal neurons is beneficial to alleviate epileptiform seizures in mouse and man. Therefore, we hypothesized that experimentally increased CB1 gene dosage in principal neurons would have therapeutic effects in kainic acid (KA)-induced hippocampal pathogenesis. Here, we show that virus-mediated conditional overexpression of CB1 receptor in pyramidal and mossy cells of the hippocampus is neuroprotective and moderates convulsions in the acute KA seizure model in mice. We introduce a recombinant adeno-associated virus (AAV) genome with a short stop element flanked by loxP sites, for highly efficient attenuation of transgene expression on the transcriptional level. The presence of Cre-recombinase is strictly necessary for expression of reporter proteins or CB1 receptor in vitro and in vivo. Transgenic CB1 receptor immunoreactivity is targeted to glutamatergic neurons after stereotaxic delivery of AAV to the dorsal hippocampus of the driver mice NEX-cre. Increased CB1 receptor protein levels in hippocampal lysates of AAV-treated Cre-mice is paralleled by enhanced cannabinoid-induced G-protein activation. KA-induced seizure severity and mortality is reduced in CB1 receptor overexpressors compared with AAV-treated control animals. Neuronal damage in the hippocampal CA3 field is specifically absent from AAV-treated Cre-transgenics, but evident throughout cortical areas of both treatment groups. Our data provide further evidence for a role of increased CB1 signaling in pyramidal hippocampal neurons as a safeguard against the adverse effects of excessive excitatory network activity

Coordinating Environmental Genomics and Geochemistry Reveals Metabolic Transitions in a Hot Spring Ecosystem

We have constructed a conceptual model of biogeochemical cycles and metabolic and microbial community shifts within a hot spring ecosystem via coordinated analysis of the “Bison Pool” (BP) Environmental Genome and a complementary contextual geochemical dataset of ∼75 geochemical parameters. 2,321 16S rRNA clones and 470 megabases of environmental sequence data were produced from biofilms at five sites along the outflow of BP, an alkaline hot spring in Sentinel Meadow (Lower Geyser Basin) of Yellowstone National Park. This channel acts as a >22 m gradient of decreasing temperature, increasing dissolved oxygen, and changing availability of biologically important chemical species, such as those containing nitrogen and sulfur. Microbial life at BP transitions from a 92°C chemotrophic streamer biofilm community in the BP source pool to a 56°C phototrophic mat community. We improved automated annotation of the BP environmental genomes using BLAST-based Markov clustering. We have also assigned environmental genome sequences to individual microbial community members by complementing traditional homology-based assignment with nucleotide word-usage algorithms, allowing more than 70% of all reads to be assigned to source organisms. This assignment yields high genome coverage in dominant community members, facilitating reconstruction of nearly complete metabolic profiles and in-depth analysis of the relation between geochemical and metabolic changes along the outflow. We show that changes in environmental conditions and energy availability are associated with dramatic shifts in microbial communities and metabolic function. We have also identified an organism constituting a novel phylum in a metabolic “transition” community, located physically between the chemotroph- and phototroph-dominated sites. The complementary analysis of biogeochemical and environmental genomic data from BP has allowed us to build ecosystem-based conceptual models for this hot spring, reconstructing whole metabolic networks in order to illuminate community roles in shaping and responding to geochemical variability

Tenacity of highly pathogenic agents in foods and rapid detection methods for Brucella

Zur Bewertung des Risikos im Fall einer absichtlichen Ausbringung von Brucellen in die Lebensmittelkette sind Kenntnisse zur Tenazität des Erregers in relevanten Lebensmittelmatrizes erforderlich. Daher wurde das Überleben von Brucella abortus 1119-3 in Rohmilch sowie in kommerziell erhältlichen Lebensmitteln wie H-Milch, Vorzugsmilch, Joghurt und stillem Mineralwasser bei handelsüblichen Lagerungstemperaturen untersucht. Besonders lange überlebten B. abortus 1119-3 und B. melitensis 16M in H-Milch, in der die Zellzahl anstieg und bis zum Ende des Versuchs nach 88 Tagen eine Konzentration von über 10^8 KbE/ml aufwies. In stillem Mineralwasser war B. abortus 1119-3 über einen Zeitraum von 60 Tagen kulturell nachweisbar, wobei die Zellzahl kontinuierlich abnahm. Bis zum Ende der Mindesthaltbarkeit des Produktes (jeweils vier Tage) überlebte der genannte Stamm in Vorzugsmilch und Rohmilch. In Joghurt konnten hingegen lebende Zellen nur zwei (1,5 % Fett), vier (3,5 % Fett) bzw. einen Tag (10 % Fett) nachgewiesen werden, wobei der schnelle Rückgang der Zellkonzentration wahrscheinlich durch den niedrigen pH-Wert von 4,2 verursacht wurde. Bei einer absichtlichen Kontamination würden Brucellen für zwei Wochen (stilles Mineralwasser) bzw. über Monate (H Milch) in einer hohen Konzentration in den Lebensmitteln überleben und beim Verzehr mit hoher Wahrscheinlichkeit zu einer Brucellose führen. Für die Erkennung und Typisierung von Brucellen im Fall der absichtlichen Kontamination von Lebensmitteln müssen geeignete Schnellmethoden zur Verfügung stehen. Deshalb wurden sechs verschiedene Methoden in Kombination mit der PCR auf ihre Effizienz zur Extraktion und zum Nachweis von Brucella-DNA aus relevanten Lebensmittelmatrizes untersucht. Für stilles Mineralwasser und physiologische Kochsalzlösung erwies sich das QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen) mit einer Nachweisgrenze von 5 x 10^1 KbE/ml am sensitivsten. Für Rohmilch eigneten sich sowohl der Kit von Qiagen als auch die Phenol-Chloroform-Extraktion, wobei letztere mit höherer Zuverlässigkeit bis zu 5 x 10^1 KbE/ml nachwies. Die Nachweisgrenze für Brucellen in Joghurt (10 % Fett) lag bei Anwendung der Phenol-Chloroform-Extraktion mit 1 x 10^2 KbE/ml niedriger als mit dem QIAamp DNA Mini Kit (1 x 10^4 KbE/ml). Mit der für Milchprodukte tauglichen Phenol- Chloroform-Extraktion wurden bis zu 5 x 10^2 KbE/g in Camembert und in Ziegenfrischkäse nachgewiesen. Die DNA-Extraktion aus Weichkäse erfordert eine Homogenisation nach Verdünnung mit Flüssigkeit und führt deshalb zu einer Abnahme der Sensitivität. Im Gegensatz zur mehrere Tage dauernden Kultivierung von Brucellen auf Nährmedien, für die ein Labor der Sicherheitsstufe 3 erforderlich ist, kann durch die Kombination aus DNA-Extraktion und Real-Time PCR ein Nachweis innerhalb eines halben (QIAamp DNA Mini Kit) bzw. innerhalb eines Arbeitstages (Phenol-Chloroform-Extraktion) in einem Labor der Sicherheitsstufe 2 erfolgen. Eine Erhöhung der Sensitivität zum Nachweis der Brucella-DNA war allerdings mittels Real-Time PCR im Vergleich zur herkömmlichen PCR nicht möglich. Mit dem Ziel, die Nachweisgrenzen für Brucella-DNA insbesondere in Milchprodukten zu optimieren, wurde die immunomagnetische Separation (IMS) als spezielle Methode für die Voranreicherung und Aufreinigung der DNA untersucht. Zu diesem Zweck wurden tosylaktivierte immunomagnetische Partikel eingesetzt, die mit einem Brucellose-Vollserum bzw. einem monoklonalen anti-Brucella-Antikörper beschichtet waren. Trotz Optimierung der IMS in Abhängigkeit verschiedener Parameter, wie Probenvolumen, Inkubationszeit und temperatur lag die Grenze zum Nachweis der Brucella-DNA bei 5 x 10^3 KbE/g für Ziegenfrischkäse, bei 1 x 10^3 KbE/ml für Rohmilch und stilles Mineralwasser, bei 8 x 10^4 KbE/ml für Joghurt und bei 5 x 10^4 KbE/g für Camembert und war deshalb weniger sensitiv als die vorgenannten Extraktionsmethoden.In case of a deliberate contamination of the food chain with brucellae it is important to know the survival of the bacteria in relevant food matrices. Therefore, the survival of Brucella abortus 1119-3 was investigated in raw milk as well as in commercially available foods like UHT-milk, certified raw milk, yogurt and still mineral water at general storage conditions. B. abortus 1119-3 and B. melitensis 16M survived longest in UHT-milk in which the total cell count multiplied to more than 10^8 cfu/ml at the end of the product’s shelf life after 88 days. In still mineral water viable cells of B. abortus 1119-3 could be detected for 60 days in culture. Until this day the total cell count declined continuously. In raw milk and certified raw milk this strain survived until the end of the product’s shelf life (four days, respectively). In yogurt viable cells could be detected for two days (1.5 % fat), four days (3.5 % fat) or one day (10.0 % fat), most probably due to the low pH of 4.2. In case of a deliberate contamination brucellae would survive at a high concentration for two weeks (still mineral water) or for months (UHT-milk) so that ingestion of the food would most probably lead to brucellosis. Suitable methods for the fast detection and typing of brucellae should be available in case of deliberate contamination of foods. Therefore, six different methods used in combination with PCR were examined regarding their efficiency to extract and detect Brucella-DNA from relevant food matrices. For extraction from still mineral water and physiological saline, the QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen) revealed the best detection limit of 5 x 10^1 cfu/ml. For raw milk both the kit and the phenol chloroform extraction were best suited of which the latter was more reliable at a detection limit of 5 x 10^1 cfu/ml. The detection limit for brucellae in yogurt (10 % fat) was better with phenol chloroform extraction (1 x 10^2 cfu/ml) than with QIAamp DNA Mini Kit (1 x 10^4 cfu/ml). By means of phenol chloroform extraction which is most suitable for milk products, the detection limit for Brucella DNA in camembert and goat cheese corresponded with 5 x 10^2 cfu/g. The extraction of DNA from soft cheese requires a homogenisation after dilution in a fluid which diminishes sensitivity. In contrast to cultivation of brucellae on nutrient agar for several days under biosafety level 3 conditions, the detection by using DNA extraction followed by real-time PCR can be achieved within half a working day (QIAamp DNA Mini Kit) or alternatively within one day (phenol chloroform extraction ) under biosafety level 2 conditions. However, the limit for detection of Brucella DNA could not be improved by use of real-time PCR compared to the classical PCR. In order to optimize the detection limits for Brucella DNA especially in milk products, the immunomagnetic separation (IMS) was tested as a pre-enrichment and purification procedure. For this purpose, tosyl activated immunomagnetic particles coated with brucellosis serum or with a monoclonal anti-Brucella antibody were used. Despite the optimization of IMS considering different parameters such as sample volume, incubation time and temperature, the limit for the detection of Brucella DNA was 5 x 10^3 cfu/g for goat cheese, 1 x 10^3 cfu/ml for raw milk and still mineral water, 8 x 10^4 cfu/ml for yogurt and 5 x 10^4 cfu/g for camembert and was thus less sensitive than DNA extraction methods mentioned above

Induktion von CD4+ CD25+ FoxP3+ regulatorischen T-Zellen durch retrovirale transmembrane Hüllproteine

Retrovirale Infektionen sind oft mit opportunistischen Infektionen auf der Basis eines supprimierten Immunsystems assoziiert. Es stellt sich die Frage, ob der Mechanismus der Induktion dieser Immunsuppression bei allen Retroviren identisch ist. Wegen ihrer konservierten Aminosäuresequenz – insbesondere in der sogenannten immunsuppressiven Domäne – wurde für die transmembranen Hüllproteine eine mögliche Beteiligung daran vermutet. Bei Versuchen in vitro und in vivo konnten bereits einige immunsuppressive Eigenschaften beschrieben werden. Als Ergänzung wurde in dieser Arbeit die Zytokinmodulation und die Induktion regulatorischer T-Zellen (Tregs) durch retrovirale Proteine untersucht. Hierzu wurde zunächst das transmembrane Hüllprotein des humanen endogenen Retrovirus K (HERV-K TM) rekombinant hergestellt. Zur Vermeidung von Endotoxinen, die die Versuchsergebnisse verfälschen könnten, wurde zur Expression der Hefestamm Hansenula polymorpha RB11 verwendet. Die Aufreinigung von HERV-K TM aus dem Hefezellpellet wurde durch die Verwendung entsprechender Puffer und Glasperlen bei der Lyse optimiert. Die Produktion des transmembranen Hüllproteins p15E des porcinen endogenen Retrovirus in Hansenula polymorpha RB11 muss noch weiter optimiert werden. Weiterhin wurden die immunsuppressiven Domänen von HIV-1 und MuLV in der Form eines Heteropolymers untersucht. Nach der Inkubation humaner PBMCs mit HERV-K TM bzw. mit dem HIV-Isu/MuLV-Isu- Heteropolymer wurde für FoxP3, IL-10 und IFNα1 eine Erhöhung des mRNAExpressionslevels gemessen. Diese trat nach einer Inkubationszeit von fünf Stunden bzw. bei IL-10 auch nach 24 Stunden auf. Parallel dazu wurde eine 500 bis 600fach erhöhte Freisetzung von IL-10 im Überstand der behandelten Zellen gemessen. Die Zahl der CD4+ CD25+ FoxP3+ Tregs wurde nach Inkubation humaner PBMCs mit den genannten retroviralen Peptiden bzw. Proteinen mittels Durchflusszytometrie bestimmt. Dabei stellte sich heraus, dass insbesondere HERV-K TM eine geringfügige Steigerung der Zahl an regulatorischen T-Zellen bewirkte. Dieser Anstieg bestätigt die Daten der Expressionsanalyse von FoxP3. Die hier gezeigte Induktion regulatorischer T-Zellen in vitro lässt vermuten, dass dies auch bei einer Infektion mit einem Retrovirus in vivo geschieht. Somit konnten weitere Erkenntnisse über den Mechanismus der Immunsuppression gewonnen werden

Aspects of alpha-helical coiled coil folding

Die alpha-helikale coiled coil-Struktur ist eines der am häufigsten in der Natur vorkommenden Faltungsmotive, dass an einer Vielzahl von wichtigen Prozessen wie der viralen Membranfusion, der DNA Reparatur, der Muskelkontraktion und der Transkription beteiligt ist. De novo entworfene coiled coil-Peptide eignen sich aufgrund ihrer amphiphilen Natur und der bekannten Designprinzipien hervorragend als Modellsysteme für größere und komplexere biologisch relevante Proteine. Im Rahmen dieser Arbeit wurden de novo entwickelte coiled coil-Peptide verwendet, um verschiedene Aspekte der Proteinfaltung zu untersuchen. In Teil 1 wurde die kontextabhängige Bedeutung von Wasserstoffbrückenbindungen im Peptidrückgrat auf die Strukturbildung und Stabilität von Proteinen untersucht. Hierfür wurden Amidbindungen durch Esterbindungen ersetzt, um systematisch einzelne Wasserstoffbrücken zu eliminieren. Die thermodynamische Analyse der Depsipeptide, sowie die Moleküldynamik-Simulationen, zeigten, dass der Einfluss der Wasserstoffbrücken auf die Stabilität der Quartärstruktur in großem Maße von der Polarität der jeweiligen Umgebung abhängt. Im hydrophoben Milieu der Proteinumgebung sind die Wasserstoffbrücken wesentlich stärker als in solvatisierten Regionen des Proteinrückgrates. In Teil 2 wurde der Einfluss der multiplen O-Glykosylierung auf die Faltung und Stabilität der coiled coil-Struktur untersucht. Hierfür wurden in eine 26 Aminosäuren lange Peptidsequenz systematisch ein bis sechs β-D-Galactosereste über die Serinseitenketten in den Positionen b, c und f des Heptads eingeführt. Aufgrund der geometrischen Vorgabe des Heptad- Wiederholungsmusters können die Liganden in einem definierten Abstand zueinander präsentiert werden. Die Studie zeigte, dass die O-Glykosylierung mit β-D-Galactose ohne signifikante Stabilitätsverluste toleriert wird und das coiled coil-Faltungsmotiv daher großes Potential als multivalente Gerüststruktur hat. Um weite Rezeptorabstände zu überbrücken und die Valenz des coiled coil-basierten Gerüstes zu erhöhen, wurde ein fasernbildendes coiled coil-System entwickelt. Dieses besitzt eine einheitliche, aus Lysinresten bestehende elektrostatische Wechselwirkungsdomäne, die ein Überlappen der Helices ermöglicht. Anhand von coiled coil-basierten Modellpeptiden wurde in Teil 3 der Einfluss der O-Glykosylierung auf die Amyloidaggregation studiert. Hierfür wurden ein bis drei β-D-Galactosereste in verschiedene Positionen der Sequenz eingeführt. Die mehrfache Glykosylierung konnte die Amyloidbildung inhibieren, wohingegen die einfache Glykosylierung positionsabhängig nur zu einer Verzögerung der Amyloidbildung führte.The alpha-helical coiled coil folding motif is one of the most common in nature, and is involved in many important biological processes including virus-host cell membrane fusion, DNA repair, muscle contraction, and transcription. De novo designed peptides that form coiled coils are suitable model systems for larger and more complex biologically relevant proteins because of their amphiphilic nature and well-known design principles. In this thesis, de novo designed coiled coil-forming peptides were used to investigate several aspects of protein folding. Part 1 describes the context-dependent relevance of backbone hydrogen bonds in protein folding and stability. For this purpose, amide bonds were replaced with ester bonds to systematically eliminate specific hydrogen bonds. Thermodynamic analysis and molecular dynamics simulations showed that the contribution of main chain hydrogen bonds to quaternary structure stability largely depends on the environment. In accordance with small molecule studies in solution, main chain hydrogen bonds are significantly stronger in the interior of the hydrophobic interface than they are in the solvent exposed aqueous regions of the coiled coil. The influence of multiple O-glycosylation on the folding and stability of coiled coils was the focus of part 2 of this thesis. One to six β-D-galactose residues were introduced as monosaccharides into a 26 amino acid peptide sequence via the serine side chains in positions b, c, and f of the heptad. The carbohydrate ligands are presented in a defined relative distance due to the geometric constrains of the heptad repeat. The study showed that O-glycosylation with β-D-galactose is well-tolerated and does not result in significant destabilization. Therefore, the coiled coil folding motif shows potential as a multivalent scaffold. Furthermore, to bridge long receptor distances and to extend the valence of the coiled coil-based scaffold, a fiber-forming coiled coil system was developed. In this system, the electrostatic recognition domain is composed exclusively of lysine residues, which enhances overlap between the helices. Part 3 describes the use of coiled coil-based model peptides to investigate the influence of O-glycosylation on amyloid formation. One to three β-D-galactose residues were introduced at different sites in the peptide sequence. Multiple glycosylation results in complete inhibition of amyloid formation. Interestingly, single glycosylation slows down the aggregation process in a manner that depends on the position in the peptide sequence