Development of a non-radioactive molecular hybridization probe for detecting Strawberry mottle virus in strawberry

La propagación vegetativa del cultivo de frutilla favorece la transmisión de patógenos sistémicos, como es el caso de los virus, que constituyen uno de los principales factores limitantes. Se han descripto más de 20 virus que infectan esta especie; el Strawberry mottle virus (SMoV) es uno de los más frecuentes y responsable de importantes pérdidas económicas. Debido a la falta de antisuero disponible comercialmente para un diagnóstico serológico, el SMoV es detectado fundamentalmente mediante reacción en cadena de la polimerasa con transcripción reversa (RT-PCR). En este estudio se desarrolló una sonda de hibridación molecular no radioactiva para su detección. Se sintetizó cDNA con cebadores específicos diseñados a partir de la región 3’ no codificante del genoma viral. El cDNA obtenido fue clonado, marcado y utilizado como sonda. Se evaluaron seis protocolos de extracción de ARN viral a partir de plantas infectadas, de los cuales el método de bromuro de cetiltrimetilamonio modificado (CTAB) fue el más eficiente. Se evaluaron hojas de diferentes estados fenológicos y pecíolos, y fueron las hojas viejas y los pecíolos los que mostraron mayor reacción.The vegetative propagation of strawberries favors transmission of systemicpathogens, such as viruses, which are one of the main yield-limiting factorsfor this crop. More than 20 viruses have been described as infecting thisspecies; one of the most frequent is the Strawberry mottle virus (SMoV), whichis responsible for significant economic losses. SMoV is usually detected byreverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR), given that serum isnot available for serological tests. In this study, a non-radioactive molecularprobe was developed for SMoV detection. The cDNA was synthesized byRT-PCR using specific primers designed from the 3?UTR region of the viralgenome. The cloned cDNA segment was labeled and used as a probe. Six RNAextraction protocols were evaluated, and the modified cetyltrimethylammoniumbromide (CTAB) method showed the highest sensitivity level. Leaves at differentphenological stages and petioles were evaluated; the highest reaction wasobserved in old leaves and in petioles.Fil: Asinari, Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Cafrune, Eva Encarnacion. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Guzman, F. A.. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Conci, Luis Rogelio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Conci, Vilma Cecilia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba; Argentin

Automatic Synchronization of Multi-User Photo Galleries

In this paper we address the issue of photo galleries synchronization, where pictures related to the same event are collected by different users. Existing solutions to address the problem are usually based on unrealistic assumptions, like time consistency across photo galleries, and often heavily rely on heuristics, limiting therefore the applicability to real-world scenarios. We propose a solution that achieves better generalization performance for the synchronization task compared to the available literature. The method is characterized by three stages: at first, deep convolutional neural network features are used to assess the visual similarity among the photos; then, pairs of similar photos are detected across different galleries and used to construct a graph; eventually, a probabilistic graphical model is used to estimate the temporal offset of each pair of galleries, by traversing the minimum spanning tree extracted from this graph. The experimental evaluation is conducted on four publicly available datasets covering different types of events, demonstrating the strength of our proposed method. A thorough discussion of the obtained results is provided for a critical assessment of the quality in synchronization.Comment: ACCEPTED to IEEE Transactions on Multimedi

An annotated checklist of the jumping plant-lice (Insecta: Hemiptera: Psylloidea) from the Mercantour National Park, with seven new records for France and one new synonymy

A total of 68 psyllid species are listed from the Mercantour National Park in Southeast France, where a targeted collecting campaign was conducted between 2009 and 2012, as part of the project "ATBI+M" Mercantour. The insects were collected using Malaise traps, flight intercept traps and sweep nets to sample in the vegetation. Additional information on distribution, biology and host-plants is provided for each species. Seven species are recorded for the first time from France: Craspedolepta artemisiae (Foerster, 1848), Craspedolepta nebulosa (Zetterstedt, 1828), Cacopsylla propinqua (Schaefer, 1949), Cyamophila prohaskai (Priesner, 1927), Eryngiofaga cf. refuga (Loginova, 1966), Bactericera parastriola Conci, Ossiannilsson & Tamanini, 1988 and Trioza flixiana Burckhardt & Lauterer, 2002. Trioza (Trioza) rapisardai Conci & Tamanini, 1984 is a new subjective synonym of Trioza brachyceraea Hodkinson & White, 1979, which was previously known only from the male holotype. The abundance, distribution and introduction status of some species are discussed

Secuenciación Parcial del Genoma de Xanthomonas translucens pv. undulosa Empleando Nuevas Tecnologías

La espiga negra o rayado bacteriano es una enfermedad causada por la bacteria Xanthomonas translucens pv. undulosa. Esta enfermedad se manifiesta sobre las hojas con manchas estriadas marrones, mientras que los granos y tallos adquieren un aspecto marrón oscuro de apariencia húmeda. Se manifiesta en cultivos de trigo (Triticum spp), cebada (Hordeum vulgare), centeno (Secale cereale) y avena (Avena sp), donde las epidemias son de carácter esporádico, dependiendo del manejo del cultivo, condiciones climáticas y genotipos utilizados. Eventualmente podrían representar una limitante para la producción en estos cultivos.Hasta el momento, no se ha secuenciado ningún aislamiento de esta bacteria en Argentina, limitando estudio y comprensión de su patogenicidad. Con el objetivo de conocer aspectos genómicos básicos de dicha bacteria, se purificó ADN a partir de colonias aisladas a partir de trigo con síntomas y se secuenció empleando la tecnología MinION (Oxford Nanopore), de pequeño tamaño y bajo costo. Como resultado se obtuvieron 2.9x103 lecturas contabilizando un total de 500Mb secuenciados. En el ensamblaje final se obtuvo un solo contig de aproximadamente 4.5Mb con una cobertura promedio de 70X y con una identidad a nivel de nucleótidos cercanas al 96% respecto de la secuencia referencia de Xanthomonas translucens pv. undulosa cepa ICMP11055 (CP009750). En el proceso de anotación de genes se identificaron 6 rDNA, 57 RNAt y más de 5000 CDSs (secuencias codificantes). Se continúa trabajando en la determinación del repertorio de genes que codifican para proteínas efectorasy otras regiones genómicas asociadas a la patogenicidad.Los resultados expuestos permiten valorar el empleo de las nuevas tecnologías de secuenciación para el conocimiento de diferentes genomas. Las mismas deben ser consideradas como una herramienta económicamente accesible, versátiles ya que no requieren de equipo pesado ni condiciones exigentes para su uso y rápidas, indispensables para el estudio de diferentes agentes fitopatógenos

Fitoplasmas en Argentina. Situación actual

Los fitoplamas (Mollicutes) son bacterias sin pared celular, no cultivables, habitantes exclusivos del floema en plantas infectadas. Se encuentran también en sus insectos vectores (Hemiptera), donde además se multiplican. Son agentes causales de enfermedades que producen pérdidas en diferentes cultivos de gran importancia económica. Han sido citadas en más de 1000 especies de plantas en el planeta. Su clasificación está asociada al análisis de diversos genes que permitieron establecer con que grupo de procariotas están asociados los fitoplasmas y además demostrar su diversidad. Así se demostró que estos patógenos derivan de Lactobacilus (Gram+), por evolución reductiva han perdido una importante cantidad de genes vitales, presentando importante cantidad de genes para el transporte. El análisis de secuencias y RFLP del gen 16Sr ribosomal ha permitido establecer una clasificación en grupos y subgrupos los que presentan distribuciones irregulares en el planeta. Así, en Argentina hemos detectado hasta el momento cinco grupos 16Sr (16SrI; III; VII; X; XIII) y numerosos subgrupos propios del cono sur americano, afectando cultivos tan importantes como ajo (Allium sativa), duraznero (Prunus persicae), remolacha (Beta vulgaris), alfalfa (Medicago sativa), frutilla (Fragaria x ananassa), peral (Pyrus spp.), paraíso (Melia azedarach), entre otros. Los síntomas son variables, aunque acortamiento de entrenudos, escoba de bruja (sobrebrotamiento), amarillamientos y enrojecimientos son los más frecuentes. Se han detectado en numerosas malezas, las que podrían estar funcionando como hospedantes alternativos del patógeno y ser refugio para los insectos vectores. Poco se sabe en la región acercade los insectos involucrados en cada patosistema, tampoco los mecanismos de patogenicidad operando en estos agentes propios de la región. El proyecto continúa estudiando la diversidad de fitoplasmas presentes, intentado la cría y transmisión experimental con diferentes hemipteros y analizando algunos genes que podrían estar involucrados en la patogenicidad de este tipo de bacterias en nuestros cultivos

Multiple Description Coding Using Data Hiding and Regions of Interest for Broadcasting Applications

We propose an innovative scheme for multiple description coding (MDC) with regions of interest (ROI) support to be adopted in high-quality television. The scheme proposes to split the stream into two separate descriptors and to preserve the quality of the region of interest, even in case one descriptor is completely lost. The residual part of the frame (the background) is instead modeled through a checkerboard pattern, alternating the strength of the quantization. The decoder is provided with the necessary side-information to reconstruct the frame properly, namely, the ROI parameters and location, via a suitable data hiding procedure. Using data hiding, reconstruction parameters are embedded in the transform coefficients, thus allowing an improvement in PSNR of the single descriptions at the cost of a negligible overhead. To demonstrate its effectiveness, the algorithm has been implemented in two different scenarios, using the reference H.264/AVC codec and an MJPEG framework to evaluate the performance in absence of motion-compensated frames on 720p video sequences

Fitoplasmas en cultivos de Beta vulgaris en diferentes regiones productoras de Argentina

El cultivo de Beta vulgaris L. (Amaranthacea) está distribuido en diferentes regiones de Argentina. En el cinturón verde de diferentes ciudades del país se produce acelga (Beta vulgaris var. cicla) para consumo fresco o industria, en muchos casos como cultivo de subsistencia. En otras regiones como la norpatagónica (Valle medio y Valle inferior del río Negro) se está intentado incorporar el cultivo de remolacha forrajera(Beta vulgaris var. rapacea) por su gran capacidad de adaptación a suelos áridos, climas extremos y aptitud como forrajera para producción de carne y leche. En las mismas regiones se intenta el cultivo de remolacha azucarera (Beta vulgaris var. altissima) con la finalidad de producir biocombustibles en regiones productivamente deprimidas. En diferentes cultivos de Beta vulgaris de Bahía Blanca, de Valle Medio e Inferior de rio Negro se describieron síntomas generales de marchitamiento y coloración amarillenta que limitan su expansión. La amplificación por PCR del gen 16S rDNA, utilizando cebadores universales para fitoplasmas, a partir de ADN total de plantas sintomáticas mostró la presencia de este tipo de patógenos en aproximadamente el 80% de las muestras evaluadas. Los análisis por RFLP y de secuenciación de esa porción del genoma revelaron la presencia de fitoplasmas incluidos en el subgrupo 16SrIII (X-disease) subgrupo J, detectado previamente en el cultivo de ajo (Allium sativum) y numerosas malezas. Esta es la primera evidencia molecular de fitoplasmas asociados al síntoma de marchitamiento y amarillamiento en Beta vulgaris en Argentina. Actualmente se está estudiando la incidencia que tiene la enfermedad en estos cultivos. Se intenta identificar el/los insectos vectores involucrados en la diseminación del patógeno y estudiar su biología, con la finalidad de diseñar posibles estrategias para disminuir el impacto de esta enfermedad

Point-of-care assessment of platelet reactivity in the emergency department may facilitate rapid rule-out of acute coronary syndromes: a prospective cohort pilot feasibility study

Objective: Accurate, efficient and cost-effective disposition of patients presenting to emergency departments (EDs) with symptoms suggestive of acute coronary syndromes (ACS) is a growing priority. Platelet activation is an early feature in the pathogenesis of ACS; thus, we sought to obtain an insight into whether point-of-care testing of platelet function: (1) may assist in the rule-out of ACS; (2) may provide additional predictive value in identifying patients with non-cardiac symptoms versus ACS-positive patients and (3) is logistically feasible in the ED. Design: Prospective cohort feasibility study. Setting: Two urban tertiary care sites, one located in the USA and the second in Argentina. Participants: 509 adult patients presenting with symptoms of ACS. Main outcome measures Platelet reactivity was quantified using the Platelet Function Analyzer-100, with closure time (seconds required for blood, aspirated under high shear, to occlude a 150 µm aperture) serving as the primary endpoint. Closure times were categorised as ‘normal’ or ‘prolonged’, defined objectively as the 90th centile of the distribution for all participants enrolled in the study. Diagnosis of ACS was made using the standard criteria. The use of antiplatelet agents was not an exclusion criterion. Results: Closure times for the study population ranged from 47 to 300 s, with a 90th centile value of 138 s. The proportion of patients with closure times ≥138 s was significantly higher in patients with non-cardiac symptoms (41/330; 12.4%) versus the ACS-positive cohort (2/105 (1.9%); p=0.0006). The specificity of ‘prolonged’ closure times (≥138 s) for a diagnosis of non-cardiac symptoms was 98.1%, with a positive predictive value of 95.4%. Multivariate analysis revealed that the closure time provided incremental, independent predictive value in the rule-out of ACS. Conclusions: Point-of-care assessment of platelet reactivity is feasible in the ED and may facilitate the rapid rule-out of ACS in patients with prolonged closure times