Diagnostic Performance Assessment of Saliva RT-PCR and Nasopharyngeal Antigen for the Detection of SARS-CoV-2 in Peru

Widely available and reliable testing for SARS-CoV-2 is essential for the public health response to the COVID-19 pandemic. We estimated the diagnostic performance of reverse transcription PCR (RT-PCR) performed on saliva and the SD Biosensor STANDARD Q antigen test performed on nasopharyngeal swab compared to the reference standard, nasopharyngeal swab (NP) RT-PCR. We enrolled participants living and/or seeking care in health facilities in North Lima, Peru from November 2020 to January 2021. Consenting participants underwent same-day RT-PCR on both saliva and nasopharyngeal swab specimens, antigen testing on a nasopharyngeal swab specimen, pulse oximetry, and standardized symptom assessment. We calculated sensitivity, specificity, and predictive values for the nasopharyngeal antigen and saliva RT-PCR compared to nasopharyngeal RT-PCR. Of 896 participants analyzed, 567 (63.3%) had acute signs/symptoms of COVID-19. The overall sensitivity and specificity of saliva RT-PCR were 85.8% and 98.1%, respectively. Among participants with and without acute signs/symptoms of COVID-19, saliva sensitivity was 87.3% and 37.5%, respectively. Saliva sensitivity was 97.4% and 56.0% among participants with cycle threshold (CT) values of #30 and .30 on nasopharyngeal RT-PCR, respectively. The overall sensitivity and specificity of nasopharyngeal antigen were 73.2% and 99.4%, respectively. The sensitivity of the nasopharyngeal antigen test was 75.1% and 12.5% among participants with and without acute signs/symptoms of COVID-19, and 91.2% and 26.7% among participants with CT values of #30 and .30 on nasopharyngeal RT-PCR, respectively. Saliva RT-PCR achieved the WHO-recommended threshold of .80% for sensitivity for the detection of SARS-CoV-2, while the SD Biosensor nasopharyngeal antigen test did not. IMPORTANCE In this diagnostic validation study of 896 participants in Peru, saliva reverse transcription PCR (RT-PCR) had .80% sensitivity for the detection of SARS-CoV-2 among all-comers and symptomatic individuals, while the SD Biosensor STANDARD Q antigen test performed on nasopharyngeal swab had,80% sensitivity, except for participants whose same-day nasopharyngeal RT-PCR results showed cycle threshold values of,30, consistent with a high viral load in the nasopharynx. The specificity was high for both tests. Our results demonstrate that saliva sampling could serve as an alternative noninvasive technique for RT-PCR diagnosis of SARS-CoV-2. The role of nasopharyngeal antigen testing is more limited; when community transmission is low, it may be used for mass screenings among asymptomatic individuals with high testing frequency. Among symptomatic individuals, the nasopharyngeal antigen test may be relied upon for 4 to 8 days after symptom onset, or in those likely to have high viral load, whereupon it showed .80% sensitivity.Revisión por pare

Tuberculosis y Salud Pública: ¿derechos individuales o derechos colectivos?

Tuberculosis (TB) persists as a major public health problem in our country. The appearance of resistant strains has complicated its control and questioned the appropriateness of the current measures towards prevention and control. An analysis from social determinants related to TB, converge on irregular treatment that generates disease persistence and appearance of resistance to TB drugs. The objective of this paper is to identify the role of the government in the treatment of TB patients, to recognize difficulties of treatment adherence considering that its fulfillment depends on the patient, despite that it has direct consequences on public health, and to discuss TB management alternatives with an approach based on individual and collective human rights. International literature shows limit experiences of individual rights and collective ones, but based on health policies and health legislation. In Peru, a new approach is required to guarantee population health without infringing individual rights.La tuberculosis (TB) persiste como un problema de salud pública de grandes dimensiones en el Perú. La aparición de cepas fármaco-resistentes ha dificultado su control y puesto en cuestionamiento las medidas que actualmente se toman para la prevención y control. Un análisis desde los “determinantes sociales” relacionados con TB, confluyen hacia un tratamiento irregular, lo que ocasiona su persistencia y desarrollo de fármaco-resistencia. El objetivo es identificar el rol del Estado en el tratamiento de pacientes con TB; reconocer las dificultades del paciente en el cumplimiento del tratamiento, lo cual repercute en la salud colectiva; y discutir sus alternativas de manejo, basados en los derechos del paciente y la sociedad. La literatura internacional muestra experiencias límite entre los derechos individuales y colectivos, pero respaldado por políticas sanitarias y su legislación. En el Perú se requiere una nueva mirada que garantice la salud de la población sin vulnerar los derechos individuales

Conocimientos, percepciones y prácticas sobre el consumo de micronutrientes en niños Awajún y Wampis (Condorcanqui, Amazonas-Perú)

Objetivo: Explorar los conocimientos, percepciones y prácticas de familias, actores locales y personal de salud (PS) de la provincia de Condorcanqui, respecto al consumo de micronutrientes (MMN) en niños de 06 a 35 meses de edad. Materiales y métodos: Estudio cualitativo realizado entre junio y agosto del 2015, en población Awajún y Wampis de los distritos de Río Santiago, Cenepa y Nieva; incluyó 38 entrevistas en profundidad, 13 grupos focales y 28 observaciones directas. Resultados: La comunidad entendió que la anemia causaba palidez o delgadez en el niño y pueden tratarla con sus propios ‘remedios’. El PS consideraba importante comprender al usuario y observaba problemas de acceso y adecuación cultural en su labor. Reconoció que la capacitación recibida fue insuficiente, pero cumplía con sensibilizar a la comunidad. Los MMN se dieron en la primera comida del día y con alimentos locales, observándose valoraciones positivas y negativas (causa diarrea, alergias o rechazo por su sabor u olor) sobre su aceptabilidad. Existe retroalimentación de la información monitoreada en la consulta y visita domiciliaria, pero no puede asegurarse el consumo y adherencia al MMN. Conclusiones: La intervención debe incorporar elementos culturales y mensajes claros sobre el beneficio y contenido de los MMN. Se deben generar alianzas estratégicas y promover el trabajo interinstitucional con diferentes actores sociales, para facilitar la sensibilización y acceso al MMN y alimentos básicos

Social representations related to anemia in children under three years in Awajún and Wampis communities of Peru

Objectives. To understand the social representations of the Awajún and Wampis communities related to the symptoms and treatment of anemia in children younger than 3 years, as well as the relationship of these representations with the symbolism, constructs, and type of diet of these populations. Materials and methods. This qualitative study was conducted from June to August 2015 in the districts of Río Santiago, Cenepa, and Nieva (Amazon region, Peru), and included in-depth interviews (IDIs) of health personnel, community authorities, parents, and focus groups (FGs) for mothers. Results. A total of 38 IDIs and 13 FGs were conducted. The evaluated populations had limited awareness about anemia and health personnel, but anemia with symptoms were correlated with social representations and cultural manifestations. This behavior was reflected in the parents’ choice of treatments that were not necessarily the same as those indicated by the health personnel, and these social groups preferred the consumption of certain foods that were considered to cure the "putsumat". Visiting a health care center or using micronutrients was not their first treatment option. Conclusions. Social representations and traditional practices still exist, and include interpretative systems in health, disease, and disease management. The logic, meaning, and coherence of these practices depend on the cultural group considered. The "putsumat" or "putsuju" is an interpretive model for anemia, and the symptoms in children include pallor, thinness, and fatigue; this model is based on the cultural system of the Awajún and Wampis populations

Tuberculosis y salud pública: ¿derechos individuales o derechos colectivos?

La tuberculosis (TB) persiste como un problema de salud pública de grandes dimensiones en el Perú. La aparición de cepas fármaco-resistentes ha dificultado su control y puesto en cuestionamiento las medidas que actualmente se toman para la prevención y control. Un análisis desde los "determinantes sociales" relacionados con TB, confluyen hacia un tratamiento irregular, lo que ocasiona su persistencia y desarrollo de fármaco-resistencia. El objetivo es identificar el rol del Estado en el tratamiento de pacientes con TB; reconocer las dificultades del paciente en el cumplimiento del tratamiento, lo cual repercute en la salud colectiva; y discutir sus alternativas de manejo, basados en los derechos del paciente y la sociedad. La literatura internacional muestra experiencias límite entre los derechos individuales y colectivos, pero respaldado por políticas sanitarias y su legislación. En el Perú se requiere una nueva mirada que garantice la salud de la población sin vulnerar los derechos individuales

Tuberculosis y salud pública: ¿derechos individuales o derechos colectivos?

La tuberculosis (TB) persiste como un problema de salud pública de grandes dimensiones en el Perú. La aparición de cepas fármaco-resistentes ha dificultado su control y puesto en cuestionamiento las medidas que actualmente se toman para la prevención y control. Un análisis desde los "determinantes sociales" relacionados con TB, confluyen hacia un tratamiento irregular, lo que ocasiona su persistencia y desarrollo de fármaco-resistencia. El objetivo es identificar el rol del Estado en el tratamiento de pacientes con TB; reconocer las dificultades del paciente en el cumplimiento del tratamiento, lo cual repercute en la salud colectiva; y discutir sus alternativas de manejo, basados en los derechos del paciente y la sociedad. La literatura internacional muestra experiencias límite entre los derechos individuales y colectivos, pero respaldado por políticas sanitarias y su legislación. En el Perú se requiere una nueva mirada que garantice la salud de la población sin vulnerar los derechos individuale

Perfiles genéticos (RFLP-IS6110) y resistencia a drogas en aislamientos de M. tuberculosis de pacientes internados en un hospital referencial del Callao, Perú

Objetivo: evaluar la frecuencia y el agrupamiento de los perfiles genéticos (RFLP-IS6110) y los niveles de resistencia a drogas en aislamientos de M. tuberculosis de pacientes hospitalizados con tuberculosis pulmonar frotis positivo (TBP-FP) en un hospital general de la provincia del Callao, Lima, Perú. Materiales y métodos: se incluyeron pacientes con TBP-FP hospitalizados en el Hospital Nacional Daniel A. Carrión entre agosto de 2000 y febrero de 2001. Se realizó la prueba de sensibilidad a las cuatro drogas de primera linea (INH, RIF, SM, EMB) por el método de las proporciones y la genotipificación mediante el método estándar de RFLP-IS6110. Se recolectó la información de los pacientes de los registros de laboratorio e historias clínicas. Resultados: en 74 aislamientos, el número de bandas en los perfiles genéticos variaron entre 2 y 16, 4 perfiles (5,5%) mostraron menos de 5 bandas. En total 50 perfiles genéticos fueron obtenidos de 70 pacientes. 34 aislamientos (48,6 %) se agruparon en 14 "clusters" y 36 tuvieron ocurrencia única. La resistencia a drogas en pacientes nunca y antes tratados fue 45,2% y 71,1%, respectivamente. La multidrogorresistencia fue 16,1% y 36,8%, respectivamente. 10 de los 14 "clusters" incluyeron por lo menos un aislamiento resistente y un cluster agrupó 6 aislamientos resistentes. Conclusiones: No se encontró evidencia de algún genotipo predominante en la población estudiada. Sin embargo, se observaron «clusters» agrupando pacientes con TB sensible y resistente. Nuestros resultados sugieren que existen genotipos asociados a resistencia lo cual indicaría transmisión activa de cepas resistentes en la provincia del Callao. Es necesario llevar a cabo un estudio poblacional para confirmar nuestros resultados

Perfiles genéticos (RFLP-IS6110) y resistencias a drogas en aislamientos de M. tuberculosis de pacientes internado en un hospital referencial del Callao, PERU

Objetivo: evaluar la frecuencia y el agrupamiento de los perfiles genéticos (RFLP-IS6110) y los niveles de resistencia a drogas en aislamientos de M. tuberculosis de pacientes hospitalizados con tuberculosis pulmonar frotis positivo (TBP-FP) en un hospital general de la provincia del Callao, Lima, Perú. Materiales y métodos: se incluyeron pacientes con TBP-FP hospitalizados en el Hospital Nacional Daniel A. Carrión entre agosto de 2000 y febrero de 2001. Se realizó la prueba de sensibilidad a las cuatro drogas de primera linea (INH, RIF, SM, EMB) por el método de las proporciones y la genotipificación mediante el método estándar de RFLP-IS6110. Se recolectó la información de los pacientes de los registros de laboratorio e historias clínicas. Resultados: en 74 aislamientos, el número de bandas en los perfiles genéticos variaron entre 2 y 16, 4 perfiles (5,5%) mostraron menos de 5 bandas. En total 50 perfiles genéticos fueron obtenidos de 70 pacientes. 34 aislamientos (48,6 %) se agruparon en 14 “clusters” y 36 tuvieron ocurrencia única. La resistencia a drogas en pacientes nunca y antes tratados fue 45,2% y 71,1%, respectivamente. La multidrogorresistencia fue 16,1% y 36,8%, respectivamente. 10 de los 14 “clusters” incluyeron por lo menos un aislamiento resistente y un cluster agrupó 6 aislamientos resistentes. Conclusiones: No se encontró evidencia de algún genotipo predominante en la población estudiada. Sin embargo, se observaron «clusters» agrupando pacientes con TB sensible y resistente. Nuestros resultados sugieren que existen genotipos asociados a resistencia lo cual indicaría transmisión activa de cepas resistentes en la provincia del Callao. Es necesario llevar a cabo un estudio poblacional para confirmar nuestros resultados