Traitements sémantiques du lexique français (1550-1694). Vers l’invention du dictionnaire monolingue

Les récentes études sur lhistoire des outils linguistiques ont permis de repenser la relation entre grammaires et dictionnaires à lage classique. Dès l'autonomisation du français par rapport à l'héritage latin se sont posées des questions de sémantique lexicale spécifiquement formulées pour les mots français, leur morphologie, leurs équivoques, leurs modes de signifier. Des études, des méthodes, des grammaires ont été le lieu de traitements qui cherchaient à organiser un lexique raisonné. De ces créations de champs, de ces listes de dérivations, de ces interrogations sur la synonymie et sur le rôle du syntagme nom+adjectif, de ces préoccupations concernant le sens lié à lorigine,sont directement issus les premiers dictionnaires monolingues qui paraissent à la fin du 17ème siècle. Des outils linguistiques divers ont donc durant plus d'un siècle assuré un rôle compliqué, de stabilisation des questionnements et des traitements, avant l'invention de l'outil aujourd'hui évident qu'est le dictionnaire monolingue. La communication sappuie sur lanalyse douvrages ou d'auteurs souvent peu connus. Cest le cas de Jean Macé, un carme auteur de la première Grammaire Générale et Raisonnée, et compilateur des premières censures sur les Remarques de Vaugelas, mais aussi de Claude Irson, dont on méconnait en général le travail sur le lexique. Cest cependant cet auteur qui peut être considéré comme le maillon manquant entre la Grammaire Générale et Raisonnée de Port Royal (1660) et le Dictionnaire de lAcadémie (1694) qui propose un lexique particulier (français) raisonné

Complete Genome Sequences of Two Temperate Bacillus subtilis Phages Isolated at Tumamoc Hill Desert Laboratory

Bacteriophages are important in structuring bacterial communities, including desert soils dominated by Bacillus species. Here, we describe two genetically similar temperate phages isolated on a Bacillus subtilis strain from soil in Tucson, Arizona. Their double-stranded DNA (dsDNA) genomes contain 98 and 102 genes, with a set of 4 genes being found in only one phage

Cluster M Mycobacteriophages Bongo, PegLeg, and Rey with Unusually Large Repertoires of tRNA Isotopes

Genomic analysis of a large set of phages infecting the common hostMycobacterium smegmatis mc2155 shows that they span considerable genetic diversity. There are more than 20 distinct types that lack nucleotide similarity with each other, and there is considerable diversity within most of the groups. Three newly isolated temperate mycobacteriophages, Bongo, PegLeg, and Rey, constitute a new group (cluster M), with the closely related phages Bongo and PegLeg forming subcluster M1 and the more distantly related Rey forming subcluster M2. The cluster M mycobacteriophages have siphoviral morphologies with unusually long tails, are homoimmune, and have larger than average genomes (80.2 to 83.7 kbp). They exhibit a variety of features not previously described in other mycobacteriophages, including noncanonical genome architectures and several unusual sets of conserved repeated sequences suggesting novel regulatory systems for both transcription and translation. In addition to containing transfer-messenger RNA and RtcB-like RNA ligase genes, their genomes encode 21 to 24 tRNA genes encompassing complete or nearly complete sets of isotypes. We predict that these tRNAs are used in late lytic growth, likely compensating for the degradation or inadequacy of host tRNAs. They may represent a complete set of tRNAs necessary for late lytic growth, especially when taken together with the apparent lack of codons in the same late genes that correspond to tRNAs that the genomes of the phages do not obviously encode

Can hibernators sense and evade fires? Olfactory acuity and locomotor performance during deep torpor.

Increased habitat fragmentation, global warming and other human activities have caused a rise in the frequency of wildfires worldwide. To reduce the risks of uncontrollable fires, prescribed burns are generally conducted during the colder months of the year, a time when in many mammals torpor is expressed regularly. Torpor is crucial for energy conservation, but the low body temperatures (T b) are associated with a decreased responsiveness and torpid animals might therefore face an increased mortality risk during fires. We tested whether hibernators in deep torpor (a) can respond to the smell of smoke and (b) can climb to avoid fires at T bs below normothermic levels. Our data show that torpid eastern pygmy-possums (Cercartetus nanus) are able to detect smoke and also can climb. All males aroused from torpor when the smoke stimulus was presented at an ambient temperature (T a) of 15 °C (T b ∼18 °C), whereas females only raised their heads. The responses were less pronounced at T a 10 °C. The first coordinated movement of possums along a branch was observed at a mean T b of 15.6 °C, and animals were even able to climb their prehensile tail when they reached a mean T b of 24.4 °C. Our study shows that hibernators can sense smoke and move at low T b. However, our data also illustrate that at T b ≤13 °C, C. nanus show decreased responsiveness and locomotor performance and highlight that prescribed burns during winter should be avoided on very cold days to allow torpid animals enough time to respond

Depleted dissolved organic carbon and distinct bacterial communities in the water column of a rapid-flushing coral reef ecosystem

Author Posting. © The Author(s), 2011. This is the author's version of the work. It is posted here by permission of Nature Publishing Group for personal use, not for redistribution. The definitive version was published in The ISME Journal 5 (2011): 1374–1387, doi:10.1038/ismej.2011.12.Coral reefs are highly productive ecosystems bathed in unproductive, low-nutrient oceanic waters, where microbially-dominated food webs are supported largely by bacterioplankton recycling of dissolved compounds. Despite evidence that benthic reef organisms efficiently scavenge particulate organic matter and inorganic nutrients from advected oceanic waters, our understanding of the role of bacterioplankton and dissolved organic matter in the interaction between reefs and the surrounding ocean remains limited. Here we present the results of a four-year study conducted in a well-characterized coral reef ecosystem (Paopao Bay, Moorea, French Polynesia) where changes in bacterioplankton abundance and dissolved organic carbon (DOC) concentrations were quantified and bacterial community structure variation was examined along spatial gradients of the reef:ocean interface. Our results illustrate that the reef is consistently depleted in concentrations of both DOC and bacterioplankton relative to offshore waters (averaging 79 µmol L-1 DOC and 5.5 X 108 cells L-1 offshore and 68 µmol L-1 DOC and 3.1 X 108 cells L-1 over the reef, respectively) across a four year time period. In addition, using a suite of culture-independent measures of bacterial community structure, we found consistent differentiation of reef bacterioplankton communities from those offshore or in a nearby embayment across all taxonomic levels. Reef habitats were enriched in Gamma-, Delta-, and Beta-proteobacteria, Bacteriodetes, Actinobacteria and Firmicutes. Specific bacterial phylotypes, including members of the SAR11, SAR116, Flavobacteria, and Synechococcus clades, exhibited clear gradients in relative abundance among nearshore habitats. Our observations indicate that this reef system removes oceanic DOC and exerts selective pressures on bacterioplankton community structure on timescales approximating reef water residence times, observations which are notable both because fringing reefs do not exhibit long residence times (unlike those characteristic of atoll lagoons) and because oceanic DOC is generally recalcitrant to degradation by ambient microbial assemblages. Our findings thus have interesting implications for the role of oceanic DOM and bacterioplankton in the ecology and metabolism of reef ecosystems.This project was supported by the US National Science Foundation Moorea Coral Reef Long Term Ecological Research project (NSF OCE-0417412) through minigrants to CAC and NSF OCE-0927411 to CAC as well as the MIRADA-LTERs program (NSF DEB-0717390 to LAZ)

«La relation de limitation et d’exception dans le français d’aujourd’hui : excepté, sauf et hormis comme pivots d’une relation algébrique »

L’analyse des emplois prépositionnels et des emplois conjonctifs d’ “excepté”, de “sauf” et d’ “hormis” permet d’envisager les trois prépositions/conjonctions comme le pivot d’un binôme, comme la plaque tournante d’une structure bipolaire. Placées au milieu du binôme, ces prépositions sont forcées par leur sémantisme originaire dûment métaphorisé de jouer le rôle de marqueurs d’inconséquence systématique entre l’élément se trouvant à leur gauche et celui qui se trouve à leur droite. L’opposition qui surgit entre les deux éléments n’est donc pas une incompatibilité naturelle, intrinsèque, mais extrinsèque, induite. Dans la plupart des cas (emplois limitatifs), cette opposition prend la forme d’un rapport entre une « classe » et le « membre (soustrait) de la classe », ou bien entre un « tout » et une « partie » ; dans d’autres (emplois exceptifs), cette opposition se manifeste au contraire comme une attaque de front portée par un « tout » à un autre « tout ». De plus, l’inconséquence induite mise en place par la préposition/conjonction paraît, en principe, tout à fait insurmontable. Dans l’assertion « les écureuils vivent partout, sauf en Australie » (que l’on peut expliciter par « Les écureuils vivent partout, sauf [qu’ils ne vivent pas] en Australie »), la préposition semble en effet capable d’impliquer le prédicat principal avec signe inverti, et de bâtir sur une telle implication une sorte de sous énoncé qui, à la rigueur, est totalement inconséquent avec celui qui le précède (si « les écureuils ne vivent pas en Australie », le fait qu’ils « vivent partout » est faux). Néanmoins, l’analyse montre qu’alors que certaines de ces oppositions peuvent enfin être dépassées, d’autres ne le peuvent pas. C’est, respectivement, le cas des relations limitatives et des relations exceptives. La relation limitative, impliquant le rapport « tout » - « partie », permet de résoudre le conflit dans les termes d’une somme algébrique entre deux sous énoncés pourvus de différent poids informatif et de signe contraire. Les valeurs numériques des termes de la somme étant déséquilibrées, le résultat est toujours autre que zéro. La relation exceptive, au contraire, qui n’implique pas le rapport « tout » - « partie », n’est pas capable de résoudre le conflit entre deux sous énoncés pourvus du même poids informatif et en même temps de signe contraire : les valeurs numériques des termes de la somme étant symétriques et égales, le résultat sera toujours équivalent à zéro

Uncovering the Importance of Selenium in Muscle Disease

A connection between selenium bioavailability and development of muscular disorders both in humans and livestock has been established for a long time. With the development of genomics, the function of several selenoproteins was shown to be involved in muscle activity, including SELENON, which was linked to an inherited form of myopathy. Development of animal models has helped to dissect the physiological dysfunction due to mutation in the SELENON gene; however the molecular activity remains elusive and only recent analysis using both in vivo and in vitro experiment provided hints toward its function in oxidative stress defence and calcium transport control. This review sets out to summarise most recent findings for the importance of selenium in muscle function and the contribution of this information to the design of strategies to cure the diseases

Traitements sémantiques du lexique français (1550-1694). Vers linvention du dictionnaire monolingue

Les récentes études sur lhistoire des outils linguistiques ont permis de repenser la relation entre grammaires et dictionnaires à lage classique. Dès l'autonomisation du français par rapport à l'héritage latin se sont posées des questions de sémantique lexicale spécifiquement formulées pour les mots français, leur morphologie, leurs équivoques, leurs modes de signifier. Des études, des méthodes, des grammaires ont été le lieu de traitements qui cherchaient à organiser un lexique raisonné. De ces créations de champs, de ces listes de dérivations, de ces interrogations sur la synonymie et sur le rôle du syntagme nom+adjectif, de ces préoccupations concernant le sens lié à lorigine,sont directement issus les premiers dictionnaires monolingues qui paraissent à la fin du 17ème siècle. Des outils linguistiques divers ont donc durant plus d'un siècle assuré un rôle compliqué, de stabilisation des questionnements et des traitements, avant l'invention de l'outil aujourd'hui évident qu'est le dictionnaire monolingue. La communication sappuie sur lanalyse douvrages ou d'auteurs souvent peu connus. Cest le cas de Jean Macé, un carme auteur de la première Grammaire Générale et Raisonnée, et compilateur des premières censures sur les Remarques de Vaugelas, mais aussi de Claude Irson, dont on méconnait en général le travail sur le lexique. Cest cependant cet auteur qui peut être considéré comme le maillon manquant entre la Grammaire Générale et Raisonnée de Port Royal (1660) et le Dictionnaire de lAcadémie (1694) qui propose un lexique particulier (français) raisonné

Picoplankton removal by the coral reef community of La Prevoyante, Mayotte Island

We examined the trophic contribution of pico- and nanoplankton to a patch reef dominated by scleractinian corals and located at Mayotte Island (Comoro Archipelago). Pico- and nanoplankton concentrations, as well as total particulate organic matter, were measured on a sandybottom and a patch reef transect. Results showed that particles < 10 mu m accounted for 74% of the chlorophyll a concentration and for 47% of the total living carbon. Synechococcus sp. represented 65% of the chlorophyll < 3 mu m and 53 and 67% of the autotrophic carbon and nitrogen, respectively, followed by picoeukaryotes, nanoeukaryotes and Prochlorococcus sp. Concentrations of total chlorophyll a, as well as picoplankton groups, were depleted 30 to 45% above the reef compared to in the adjacent waters and in sandy-bottom samples, Concentrations of nanoflagellates and total particulate organic matter, by contrast, remained unchanged during their passage across the reef. These results suggest selective grazing of picoplankton by the benthic community and compound the importance of picoplankton for the benthic-pelagic coupling and trophic dynamics on coral reefs