Human Papillomavirus (HPV) Genotyping: Automation and Application in Routine Laboratory Testing

A large number of assays designed for genotyping human papillomaviruses (HPV) have been developed in the last years. They perform within a wide range of analytical sensitivity and specificity values for the different viral types, and are used either for diagnosis, epidemiological studies, evaluation of vaccines and implementing and monitoring of vaccination programs. Methods for specific genotyping of HPV-16 and HPV-18 are also useful for the prevention of cervical cancer in screening programs. Some commercial tests are, in addition, fully or partially automated. Automation of HPV genotyping presents advantages such as the simplicity of the testing procedure for the operator, the ability to process a large number of samples in a short time, and the reduction of human errors from manual operations, allowing a better quality assurance and a reduction of cost. The present review collects information about the current HPV genotyping tests, with special attention to practical aspects influencing their use in clinical laboratories

Método y kit para la detección del virus de la hepatitis E (VHE).

En la presente invención se describe una combinación de cebadores y un método para la detección molecular de las diferentes cepas circulantes del virus de la hepatitis E (VHE) en humanos y reservorios animales distribuidas geográficamente por todo el mundo. La amplificación del genoma del VHE se realiza mediante RT-PCRs anidadas donde los cebadores empleados amplifican dos fragmentos de las regiones ORF1 (Open Reading Frame) y ORF2 del genoma de este virus. Además, la presente invención incluye un kit con la combinación de los cebadores mencionados y otros componentes.REIVINDICACIONES: 1. Uso de los cebadores directos SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 y SEQ ID NO: 7 y los cebadores reversos SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 y SEQ ID NO: 8 para detectar el virus de la hepatitis E (VHE) en una muestra biológica aislada. 2. Método para la detección del virus VHE que comprende: a. obtener una muestra biológica y aislar sus ácidos nucleicos, b. amplificar de forma simultánea dos fragmentos de las regiones ORF1 y ORF2 del ácido nucleico del apartado (a) por medio del par de cebadores SEQ ID NO: 1/SEQ ID NO: 2 y del par de cebadores SEQ ID NO: 5/SEQ ID NO: 6, c. amplificar de forma simultánea dos fragmentos internos de los fragmentos obtenidos en el apartado (b) por medio del par de cebadores SEQ ID NO: 3/SEQ ID NO: 4 y del par de cebadores SEQ ID NO: 7/SEQ ID NO: 8 y d. determinar la desviación de los apartados (b) y (c) con respecto a un control. 3. Método según la reivindicación 2 donde la muestra biológica se obtiene de un mamífero. 4. Método según cualquiera de las reivindicaciones 2 o 3 donde se incluye un control interno para evaluar la presencia de inhibidores de amplificación. 5. Método según cualquiera de las reivindicaciones 2 a 4 que además permite determinar el genotipo del virus VHE mediante la RT-PCR anidada de la región ORF1. 6. Método según cualquiera de las reivindicaciones 2 a 4, para la monitorización de la respuesta a un tratamiento de hepatitis E. 7. Kit para determinar el genotipo del VHE en una muestra biológica aislada mediante RT-PCR anidada de la región ORF1 que comprende, al menos, los cebadores SEQ ID NO: 1/SEQ ID NO: 2 y SEQ ID NO: 3/SEQ ID NO: 4. 8. Kit para la detección del virus VHE en una muestra biológica aislada mediante RT-PCR anidada que comprende, al menos, los cebadores directos SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 y SEQ ID NO: 7 y los cebadores reversos SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 y SEQ ID NO: 8. 9. Kit según la reivindicación 8 para la monitorización de la respuesta a un tratamiento de hepatitis E. 10. Kit según cualquiera de las reivindicaciones 7 a 9 que comprende, además, el control interno para evaluar la presencia de inhibidores de amplificación.Cuando una patente se hace internacional, se puede encontrar en el idioma de cada país en que se ha solicitado. En Espacenet se tiene acceso a los documentos en cada idioma.Instituto de Salud Carlos IIISolicitud de patent

Procedimientos de amplificación de genoma y mezclas de oligonucleótidos iniciadores para la detección y la identificación de agentes infecciosos relacionados.

Procedimientos de amplificacion de genoma y mezclas de oligonucleotidos iniciadores para la deteccion y la identificacion de agentes infecciosos relacionados. Se utiliza para la reaccion de deteccion una combinacion de mezclas de oligonucleotidos iniciadores, estando cada una de dichas mezclas especificamente diseñada para una familia de agentes infecciosos con secuencias genomicamente relacionadas y obteniendose como suma simple de oligonucleotidos homologos en su extremo (3''). La reaccion de amplificacion puede realizarse igualmente con la inclusion de un control de amplificacion interno. Los productos de la amplificacion pueden discriminarse posteriormente por hibridacion o por una segunda reaccion de amplificacion. Los procedimientos y mezclas de la invencion son especialmente utiles para realizar el diagnostico diferencial de agentes infecciosos que producen patologias similares, especialmente los virus herpes y enterovirus humanos.Cuando una patente se hace internacional, se puede encontrar en el idioma de cada país en que se ha solicitado. En Espacenet se tiene acceso a los documentos en cada idioma.Instituto de Salud Carlos IIISolicitud de patent

Epigenetic clocks in relapse after a first episode of schizophrenia

The main objective of the present study was to investigate the association between several epigenetic clocks, covering different aspects of aging, with schizophrenia relapse evaluated over a 3-year follow-up period in a cohort of ninety-one first-episode schizophrenia patients. Genome-wide DNA methylation was profiled and four epigenetic clocks, including epigenetic clocks of chronological age, mortality and telomere length were calculated. Patients that relapsed during the follow-up showed epigenetic acceleration of the telomere length clock (p = 0.030). Shorter telomere length was associated with cognitive performance (working memory, r = 0.31 p = 0.015; verbal fluency, r = 0.28 p = 0.028), but no direct effect of cognitive function or symptom severity on relapse was detected. The results of the present study suggest that epigenetic age acceleration could be involved in the clinical course of schizophrenia and could be a useful marker of relapse when measured in remission stages

The polygenic basis of relapse after a first episode of schizophrenia

Little is known about genetic predisposition to relapse. Previous studies have linked cognitive and psychopathological (mainly schizophrenia and bipolar disorder) polygenic risk scores (PRS) with clinical manifestations of the disease. This study aims to explore the potential role of PRS from major mental disorders and cognition on schizophrenia relapse. 114 patients recruited in the 2EPs Project were included (56 patients who had not experienced relapse after 3 years of enrollment and 58 patients who relapsed during the 3-year follow-up). PRS for schizophrenia (PRS-SZ), bipolar disorder (PRS-BD), education attainment (PRS-EA) and cognitive performance (PRS-CP) were used to assess the genetic risk of schizophrenia relapse.Patients with higher PRS-EA, showed both a lower risk (OR=0.29, 95% CI [0.11–0.73]) and a later onset of relapse (30.96± 1.74 vs. 23.12± 1.14 months, p=0.007. Our study provides evidence that the genetic burden of neurocognitive function is a potentially predictors of relapse that could be incorporated into future risk prediction models. Moreover, appropriate treatments for cognitive symptoms appear to be important for improving the long-term clinical outcome of relapse

Clonal chromosomal mosaicism and loss of chromosome Y in elderly men increase vulnerability for SARS-CoV-2

The pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2, COVID-19) had an estimated overall case fatality ratio of 1.38% (pre-vaccination), being 53% higher in males and increasing exponentially with age. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, we found 133 cases (1.42%) with detectable clonal mosaicism for chromosome alterations (mCA) and 226 males (5.08%) with acquired loss of chromosome Y (LOY). Individuals with clonal mosaic events (mCA and/or LOY) showed a 54% increase in the risk of COVID-19 lethality. LOY is associated with transcriptomic biomarkers of immune dysfunction, pro-coagulation activity and cardiovascular risk. Interferon-induced genes involved in the initial immune response to SARS-CoV-2 are also down-regulated in LOY. Thus, mCA and LOY underlie at least part of the sex-biased severity and mortality of COVID-19 in aging patients. Given its potential therapeutic and prognostic relevance, evaluation of clonal mosaicism should be implemented as biomarker of COVID-19 severity in elderly people. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, individuals with clonal mosaic events (clonal mosaicism for chromosome alterations and/or loss of chromosome Y) showed an increased risk of COVID-19 lethality

El Quinto Elemento

El Quinto elemento, se trata de una biografía novelada de la vida y descubrimientos científicos del naturalista francés del s. XVI Bernard Palissy.Echevarría Mayo, Jose Manuel (autor) Carcavilla Urquí, Luís (Científico Titular del Instituto Geominero de España) Diseño de la tarjeta: Muñoz Fernández, JesúsN

Benefits of Dog-Assisted Therapy in Patients with Dementia Residing in Aged Care Centers in Spain

(1) Background: Currently, the scientific evidence on the benefits of assisted therapy with dogs in dementia is not clear. In this study, we want to evaluate such benefits through a randomized controlled clinical trial in multiple centers across the country. (2) Methods: The participants were people over 65 years old with dementia, residing in senior centers in Spain (n = 334). The experimental group underwent assisted therapy with dogs based on the Comprehensive Cognitive Activation Program in Dementia, for 8 months, with weekly sessions of 45 min. Data were collected at the commencement, middle, and end of the program, to evaluate the aspects using the Mini-Examination Cognitive, the modified Bartell Index, the Cornell Scale for Depression in Dementia and the Neuropsychiatric Inventory. (3) Results: The results show significant improvements in the experimental group versus the control group in the affective (T1 = p 0.000; T2 = p 0.000) and behavioral (T1 = p 0.005; T2 = p 0.000) aspects, with the affective aspect displaying greater progress in participants with additional depressive (p = 0.022) or anxiety (p = 0.000) disorders, shorter institutionalization periods (r = −0.222, p = 0.004), and those undergoing complementary psychotherapy (p = 0.033) or alternative therapy (p = 0.011). (4) Conclusions: Dog therapy is effective in improving the affective and behavioral aspects of institutionalized patients with dementia

Prevalence of infections by hepatitis B, C, D and E viruses in Bolivia.

[ES] En Bolivia no se han realizado estudios específicos sobre los virus de la hepatitis, por lo que su prevalencia y patrones de circulación son prácticamente desconocidos. De 1992 a 1996 se realizó un estudio seroepidemiológico con el fin de adquirir una primera visión de conjunto sobre las prevalencias de las infecciones por virus de la hepatitis B (VHB), C (VHC), D (VHD) y E (VHE) en distintas poblaciones de Bolivia. Sobre la base de los datos obtenidos en otros lugares de América Latina, se prestó atención especial al estudio de las comunidades autóctonas de la región amazónica. En las zonas rurales del altiplano andino, la infección por VHB presentó una prevalencia general que correspondería a una situación de endemia media o baja (11,2%) y no se encontró ningún portador de anticuerpos contra VHC o VHD. En dos poblaciones de alto riesgo de la ciudad de Cochabamba (niños sin hogar y trabajadoras del sexo), la prevalencia de infección por VHB fue similar (11,6%) y podría considerarse baja en comparación con la de otras poblaciones análogas de núcleos urbanos en América Latina. La correspondiente al VHC (un caso positivo, 0,5%) sería parecida a la descrita en esas mismas poblaciones, si bien el escaso número de muestras estudiadas no permite extraer conclusiones más firmes. En concordancia con observaciones anteriores de comunidades similares de zonas tropicales de Suramérica, en las poblaciones autóctonas de la Amazonia boliviana la infección por VHB es sumamente endémica (prevalencia general de 74,0%), pero no se ha detectado la circulación de VHC. Se sabe que la transmisión de VHB es horizontal y tiene lugar desde edades muy tempranas, pero se desconocen los mecanismos de esa actividad. A los 10 años de edad, más de la mitad de la población ya ha experimentado la infección natural que, 10 años más tarde, se habrá difundido a prácticamente toda la población. La tasa muy baja de individuos positivos al HbsAg (1,6%), la ausencia de ADN vírico en las muestras con reactividad aislada a anti-HBc y la alta prevalencia de anti-HBs entre los individuos que presentan marcadores de infección natural (92,4%) excluyen la participación de la transmisión vertical en el mantenimiento de la endemia. Hasta el momento, no se ha documentado ningún brote de infección por VHD en estas comunidades, pero la alta endemia de infección por VHB alerta sobre el riesgo de posibles brotes en el futuro. Los resultados obtenidos con las pruebas de anticuerpos contra VHE sugieren que este virus circula ampliamente en Bolivia y que podría haber producido brotes recientes en el departamento de Cochabamba. Se recomienda vacunar contra VHB en las poblaciones endémicas como medida de corto plazo; buscar activamente en todo el país brotes y casos esporádicos de hepatitis E y continuar realizando estudios que permitan evaluar las repercusiones sanitarias de la situación documentada en este estudio. [EN] In Bolivia, no studies have been carried out specifically on hepatitis viruses. Thus, their prevalence and circulation patterns are virtually unknown. A seroepidemiologic study was performed from 1992 to 1996 to generate a preliminary idea of the overall prevalence of infection from hepatitis B, C, D, and E viruses (HBV, HCV, HDV, and HEV, respectively) in different Bolivian population groups. Prompted by the data obtained in other areas of Latin America, the study focused on indigenous communities in the Amazon region. In rural areas of the high Andean plateau, HBV infection showed an overall prevalence compatible with medium to low endemicity (11.2%), and no carriers of HCV or HDV antibodies were found. In two high-risk groups in the city of Cochabamba (homeless children and sexual workers), the prevalence of HBV infection was similar (11.6%) and could be considered low by comparison to that of similar population groups in Latin American urban centers. The prevalence of HCV (one positive case, or 0.5%) was similar to that found in similar population groups, although the small number of samples precludes drawing more definite conclusions. As has been noted previously with similar communities in tropical areas of South America, HBV infection is highly endemic in indigenous populations of the Bolivian Amazon (with an overall prevalence of 74.0%), but circulation of HCV has not been detected. It is a well-known fact that HBV is horizontally transmitted and that transmission can take place very early in life, but the mechanisms involved are unknown. By 10 years of age, more than half the population has already had the natural infection that, in approximately 10 more years will have affected virtually the entire population. The very low rate of positivity to HBsAg (1.6%), the absence of viral DNA in samples showing isolated positivity to anti-HBc, and the high prevalence of anti-HBs among individuals who show markers for natural infection (92.4%) suggest vertical transmission plays no role in persistent endemicity. So far, no outbreak of HDV infection has been documented in these communities, but the high endemicity shown by HBV points to the possibility of future outbreaks. Results obtained with tests for the detection of antibodies against HEV suggest that this virus is circulating widely in Bolivia and that it could have caused recent outbreaks in Cochabamba state. Vaccination against HBV in endemic populations is recommended as a short-term measure. Also recommended are actively searching for outbreaks and sporadic cases of hepatitis E in the entire country and performing additional research that will help in assessing the public health consequences of the situation described in this article.S

Viral epidemic outbreaks and public health alerts studied at the National Centre of Microbiology during a two-year period 2012-2013

Los Planes Nacionales de erradicación o eliminación de la poliomielitis, el sarampión y la rubéola congénita establecen el papel a jugar por el Centro Nacional de Microbiología (CNM) en la vigilancia de esas enfermedades víricas. Además, el Sistema de Vigilancia de la Gripe en España el Real Decreto 1940/2004 sobre Vigilancia de las Zoonosis y el Plan de Contingencia contra la Rabia lo hacen también en lo relativo a la gripe y a las zoonosis víricas. Los resultados derivados de estas actividades se comunican con mayor o menor amplitud y regularidad.S