Amplifying control RNA for RT-PCR applications by nucleic acid sequence based amplification (NASBA)

Control RNA for RT-PCR applications was amplified by nucleic acid sequence based amplification (NASBA) using the NucliSens (R) Basic Kit. This method was used to construct positive control RNA for enterovirus, insulin, and G-protein RT-PCR, and for interferon-alpha real-time RT-PCR. The primers were designed to amplify identical RNA from RNA templates, which differs from the usual NASBA procedure, where opposite strand RNA is amplified from the target. This "inverse NASBA" method is easy to use and it does not require any expensive special equipment. The amplification reaction is done using a water bath and detection of amplified product by agarose gel electrophoresis. Generated RNA fragments were 195-714 bases long, of positive polarity and the amount of RNA was sufficient for thousands of RT-PCR reactions depending on the sensitivity of the RT-PCR. (c) 2005 Elsevier B.V. All rights reserved

Green signalling effects in the market for energy-efficient residential buildings

Empirical evidence from recent studies suggests that the price premium on energy-efficient buildings is potentially higher than the pure capitalisation of energy savings but the empirical evidence on the size of the non-savings components is scant. This study aims to fill this research gap by investigating whether the mandatory energy efficiency ratings for residential properties imply benefits that go beyond energy savings. Using a sample of several thousand apartment transactions from Helsinki, Finland, we first test if higher ratings were significantly associated with higher prices. In addition to a large number of property and neighbourhood characteristics, this dataset contains information on building-level energy usage which allows us to distinguish between the cost savings effect of energy consumption and the value of more intangible factors associated with the energy label. The hedonic model yields a statistically significant 3.3% price premium for apartments in the top three energy-efficiency categories and 1.5% when a set of detailed neighbourhood characteristics are included. When maintenance costs containing energy usage costs are added, a robust and significant price premium of 1.3% persists whereas no differentiation is found for the medium and lower rating categories. These findings may be indicative of energy-efficient buildings having signalling value – and therefore an additional incentive to invest in such buildings – for ‘green’ consumers. However, a favourable energy rating did not appear to speed up the sales process in the analysed market.RICS Research Trust, Turku School of Economics Support Foundation, Academy of Finland, Marjatta and Eino Kolli Foundation, KIINKO Foundation, Cambridge University Land Society (CULS)This is the author accepted manuscript. The final version is available from Elsevier via http://dx.doi.org/10.1016/j.apenergy.2016.07.07

System f2lp – computing answer sets of first-order formulas

Abstract. We present an implementation of the general language of stable models proposed by Ferraris, Lee and Lifschitz. Under certain conditions, system f2lp turns a first-order theory under the stable model semantics into an answer set program, so that existing answer set solvers can be used for computing the general language. Quantifiers are first eliminated and then the resulting quantifier-free formulas are turned into rules. Based on the relationship between stable models and circumscription, f2lp can also serve as a reasoning engine for general circumscriptive theories. We illustrate how to use f2lp to compute the circumscriptive event calculus.

Pohjainten toiminta ja käyttömahdollisuudet Suomen rataverkolla

Tiivistelmä. Tässä diplomityössä tarkastellaan pohjainten toimintaa ja niiden käyttömahdollisuuksia Suomen rataverkolla. Pohjaimet kasvattavat tukikerroksen ja ratapölkyn välistä kontaktipinta-alaa ja lisäävät raiteen joustavuutta liikennekuorman alla, mikä pienentää radan pystysuuntaista liikettä junan kulkiessa radalla. Työn tavoitteena oli selvittää pohjainten käytön vaikutusta radan tärinään, meluun, geometrian muutoksiin ja siitä johtuvaan kunnossapitotarpeeseen, sekä pohjainmateriaalin ja -paksuuden vaikutuksia näihin. Tutkimus koostui kirjallisuuskatsauksesta pohjaimista tehtyihin tutkimuksiin, Pori-Mäntyluoto-radan päällysrakenteen uusimisurakan työmaaseurannasta, aiemmin Suomeen rakennettujen pohjaimellisten rataosuuksien geometriamittausten tutkimusten tulosten tulkinnasta ja suomalaisten pohjainasiantuntijoiden haastatteluista. Tutkimuksen perusteella voidaan sanoa, että pohjaimilla voidaan saavuttaa positiivisia vaikutuksia rataliikenteen aiheuttamaan tärinään ja ratarakenteen, erityisesti tukikerrossepelin, käyttöikään ja sen avulla huomattavia kustannussäästöjä vähäisemmän kunnossapitotarpeen kautta. Pohjainten tyyppi vaikuttaa kuitenkin huomattavasti sen vaikutuksiin, joten pohjainten käyttöä suunniteltaessa on tärkeää tietää mihin tarkalleen halutaan vaikuttaa ja miten erilaiset pohjaimet toimivat erityyppisissä ratarakenteissa ja liikennekuormilla. Tämän vuoksi Suomessa tulee tehdä vielä huomattavasti jatkotutkimuksia erilaisten pohjainten toiminnasta erilaisilla radoilla ennen kuin niiden käyttöä voidaan alkaa merkittävästi kasvattamaan.Effect of under sleeper pads and their potential uses on Finnish railways. Abstract. The thesis focuses on effects of under sleeper pads (USPs) and their potential uses on Finnish railways. USPs increases effective contact surface of ballast and sleepers, which increases the flexibility of track structure, which in turn reduces vertical movement of the structure. The aim of the thesis was to find out how different types of USPs affect vibration, noise, changes in the geometry of track structure and effect on track maintenance. The research consists of literature overview on studies and tests done with USPs, overview of USPs at Pori-Mäntyluoto track renewal, study of previously built track sections with USPs in Finland to determine how USPs affected consolidation of track structure over time and interviews of Finnish USP experts. Based on the research, use of USPs can lead to many positive changes in how track operates over time mainly in vibration and consolidation and wear of ballast, and its effect on track maintenance. Type of USP greatly affects its effect on track and as such it is necessary to know the properties of the USPs and the track it is going to be used on as well the wanted effects on the track before their application. Studies done on USPs in Finland are still scarce and as such more research must be done with different kinds of track and USPs before their general implementation as a part of Finnish railways

Simulation and data processing of GOMOS measurements

In this paper the data simulation and data inversion studies for stellar occultation measurements are discussed. The specific application is the Global Ozone Monitoring by Occultation of Stars (GOMOS) instrument which has been proposed for the first European Platform, Polar Orbiting Earth Mission (POEM-1)

Counterexample Guided Abstraction Refinement Algorithm for Propositional Circumscription

Circumscription is a representative example of a nonmonotonic reasoning inference technique. Circumscription has often been studied for first order theories, but its propositional version has also been the subject of extensive research, having been shown equivalent to extended closed world assumption (ECWA). Moreover, entailment in propositional circumscription is a well-known example of a decision problem in the second level of the polynomial hierarchy. This paper proposes a new Boolean Satisfiability (SAT)-based algorithm for entailment in propositional circumscription that explores the relationship of propositional circumscription to minimal models. The new algorithm is inspired by ideas commonly used in SAT-based model checking, namely counterexample guided abstraction refinement. In addition, the new algorithm is refined to compute the theory closure for generalized close world assumption (GCWA). Experimental results show that the new algorithm can solve problem instances that other solutions are unable to solve

Liikuttavat oppimisympäristöt päiväkodissa:esiopetusikäisten kokemuksia

Tiivistelmä. Monipuolinen liikkuminen ja riittävä fyysinen aktiivisuus ovat välttämättömiä alle kouluikäisen lapsen kokonaisvaltaiselle kehitykselle. Fyysisessä aktiivisuudessa on merkittäviä eroja lasten välillä. Viidennes lapsista ei saavuta varhaiskasvatuksella tavoitteeksi asetettua kahden tunnin fyysisen aktiivisuuden määrää varhaiskasvatuspäivän aikana. Esiopetus on merkittävässä asemassa lasten päivittäisen liikunnan mahdollistajana ja liikunnallisen elämäntavan rakentajana. Varhaiskasvatuksen ja esiopetuksen liikuntaolosuhteilla on yhteys myös päiväkodissa olevien lasten motoristen taitojen kehitykseen. Tässä pro gradu -tutkielmassa selvitetään lasten kokemuksia esiopetuksen ja sitä täydentävän varhaiskasvatuksen liikuntaympäristöistä. Lasten kokemusten kuuleminen ja siitä saadun tiedon hyödyntäminen varhaiskasvatuksen ja esiopetuksen kehittämisessä on tärkeää. Tutkimuksen tavoitteena oli selvittää esikouluikäisten lasten kokemuksia esiopetuspäivän aikana tapahtuvasta liikunnasta sekä liikunnan mahdollistavista oppimisympäristöistä. Tutkimuksessa tarkastellaan, millaisia liikuntaleikkejä lapset esiopetuspäivän aikana leikkivät ja millaisissa fyysisissä ympäristöissä lapset liikkuvat. Tutkimuksella pyritään vahvistamaan liikuntaa tukevien oppimisympäristöjen kehittämistä varhaiskasvatuksessa, sekä kuulla lasten kokemuksia heitä koskevissa asioissa. Tutkimus toteutettiin laadullisena tutkimuksena ja siinä hyödynnettiin fenomenologista lähestymistapaa. Aineisto koostuu 11 esikouluikäisen lapsen parihaastattelusta ja yhdestä yksilöhaastattelusta. Haastateltavia esikoululaisia oli yhteensä 23. Haastattelut toteutettiin teemahaastattelun keinoin ja haastattelun tukena käytettiin kuvia. Haastatteluaineisto kerättiin syksyllä 2022 kahdessa erilaisessa ympäristössä sijaitsevassa päiväkodissa lasten esikoulupäivän aikana. Haastatteluaineiston analyysi tehtiin käyttäen teoriasidonnaista sisällönanalyysiä. Tutkimustulokset osoittivat, että lasten omiin kokemuksiin perustuen lapset liikkuvat esiopetuksessa monipuolisissa ympäristöissä. Liikunta on motoristen perustaitojen kehittymisen näkökulmasta monipuolisinta päiväkodin omassa liikuntasalissa. Myös aikuisen suunnittelema ja ohjaama liikunta painottuu liikuntasalissa tapahtuvaan liikuntaan. Tutkimuksen perusteella voidaan todeta, että lapset ovat fyysisesti aktiivisia päiväkodin omalla piha-alueella omaehtoisen leikin aikana. Liikuntaan innostavat telineet ja välineet lisäävät fyysistä aktiivisuutta. Esiopetuksessa lapsille tärkeitä oppimisympäristöjä ovat myös päiväkodin luonnonvaraiset ja rakennetut lähiympäristöt. Tutkimustulokset ovat linjassa aiempien tutkimustulosten kanssa

Detection of Viral −RNA and +RNA Strands in Enterovirus-Infected Cells and Tissues

The current methods to study the distribution and dynamics of viral RNA molecules inside infected cells are not ideal, as electron microscopy and immunohistochemistry can only detect mature virions, and quantitative real-time PCR does not reveal localized distribution of RNAs. We demonstrated here the branched DNA in situ hybridization (bDNA ISH) technology to study both the amount and location of the emerging −RNA and +RNA during acute and persistent enterovirus infections. According to our results, the replication of the viral RNA started 2–3 h after infection and the translation shortly after at 3–4 h post-infection. The replication hotspots with newly emerging −RNA were located quite centrally in the cell, while the +RNA production and most likely virion assembly took place in the periphery of the cell. We also discovered that the pace of replication of −RNA and +RNA strands was almost identical, and −RNA was absent during antiviral treatments. ViewRNA ISH with our custom probes also showed a good signal during acute and persistent enterovirus infections in cell and mouse models. Considering these results, along with the established bDNA FISH protocol modified by us, the effects of antiviral drugs and the emergence of enterovirus RNAs in general can be studied more effectively

Healthcare professionals’ digital health competence and its core factors; development and psychometric testing of two instruments

Background Healthcare professionals’ digital health competence is an important phenomenon to study as healthcare practices are changing globally. Recent research aimed to define this complex phenomenon and identify the current state of healthcare professionals’ competence in digitalisation but did not include an overarching outlook when measuring digital health competence of healthcare professionals. Objectives The purpose of this study was to develop and psychometrically validate two self-assessed instruments measuring digital health competence and factors associating with it. Methods The study followed three phases of instrument development and validation: 1) conceptualisation and item pool generation; 2) content validity testing and pilot study; and 3) construct validity and reliability testing. The conceptual background of the instruments was based on individual interviews conducted with healthcare professionals (n = 20) and previous systematic reviews. A total of 17 experts assessed the instrument’s content validity. Face validity was evaluated by a group of healthcare professionals (n = 20). Data collection from 817 professionals took place in spring-summer 2022 in nine organisations. Construct validity was confirmed with exploratory factor analysis. Cronbach’s alpha was used to assess the internal consistency of the instruments. Results The instrument development and validation process resulted in two instruments: DigiHealthCom and DigiComInf. DigiHealthCom included 42 items in 5 factors related to digital health competence, and DigiComInf included 15 items in 3 factors related to educational and organisational factors associated with digital health competence. The DigiHealthCom instrument explained 68.9 % of the total variance and the factors’ Cronbach alpha values varied between 0.91 and 0.97. The DigiComInf instrument explained 59.6 % of the total variance and the factors’ Cronbach alpha values varied between 0.76 and 0.88. Conclusions The two instruments gave valid and reliable results in psychometric testing. The instruments could be used to evaluate healthcare professionals’ digital health competence and associated factors