SARS-CoV-2 mutant spectra reveal differences between COVID-19 severity categories

Trabajo presentado en el XVI Congreso Nacional de Virología, celebrado en Málaga (España) del 06 al 09 de septiembre de 2022.RNA virus populations are composed of complex mixtures of genomes that are termed mutant spectra. SARS-CoV-2 replicates as a viral quasispecies, and mutations that are detected at low frequencies in a host can be dominant in subsequent variants. We have studied mutant spectrum complexities of SARS-CoV-2 populations derived from thirty nasopharyngeal swabs of patients infected during the first wave (April 2020) in the Hospital Universitario Fundación Jiménez Díaz. The patients were classified according to the COVID-19 severity in mild (non-hospitalized), moderate (hospitalized) and exitus (hospitalized with ICU admission and who passed away due to COVID-19). Using ultra-deep sequencing technologies (MiSeq, Illumina), we have examined four amplicons of the nsp12 (polymerase)-coding region and two amplicons of the spike-coding region. Ultra-deep sequencing data were analyzed with different cut-off frequency for mutation detection. Average number of different point mutations, mutations per haplotype and several diversity indices were significantly higher in SARS-CoV-2 isolated from patients who developed mild disease. A feature that we noted in the SARS-CoV-2 mutant spectra from diagnostic samples is the remarkable absence of mutations at intermediate frequencies, and an overwhelming abundance of mutations at frequencies lower than 10%. Thus, the decrease of the cut-off frequency for mutation detection from 0.5% to 0.1% revealed an increasement (50- to 100 fold) in the number of different mutations. The significantly higher frequency of mutations in virus from patients displaying mild than moderate or severe disease was maintained with the 0.1% cut- off frequency. To evaluate whether the frequency repertoire of amino acid substitutions differed between SARS-CoV-2 and the well characterized hepatitis C virus (HCV), we performed a comparative study of mutant spectra from infected patients using the same bioinformatics pipelines. HCV did not show the deficit of intermediate frequency substitutions that was observed with SARS-CoV-2. This difference was maintained when two functionally equivalent proteins, the corresponding viral polymerases, were compared. In conclusion, SARS-CoV-2 mutant spectra are rich reservoirs of mutants, whose complexity is not uniform among clinical isolates. Virus from patients who developed mild disease may be a source of new variants that may acquire epidemiological relevance.This work was supported by Instituto de Salud Carlos III, Spanish Ministry of Science and In-novation (COVID-19 Research Call COV20/00181), and co-financed by European Development Regional Fund ‘A way to achieve Europe’. The work was also supported by grants CSIC-COV19-014 from Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), project 525/C/2021 from Fundació La Marató de TV3, PID2020-113888RB-I00 from Ministerio de Ciencia e Innovación, BFU2017-91384-EXP from Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (MCIU), PI18/00210 and PI21/00139 from Instituto de Salud Carlos III, and S2018/BAA-4370 (PLATESA2 from Comunidad de Madrid/FEDER). C.P., M.C., and P.M. are supported by the Miguel Servet programme of the Instituto de Salud Carlos III (CPII19/00001, CPII17/00006, and CP16/00116, respectively) co-financed by the European Regional Development Fund (ERDF). CIBERehd (Centro de Investi-gación en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas) is funded by Instituto de Salud Carlos III. Institutional grants from the Fundación Ramón Areces and Banco Santander to the CBMSO are also acknowledged. The team at CBMSO belongs to the Global Virus Network (GVN). B.M.-G. is supported by predoctoral contract PFIS FI19/00119 from Instituto de Salud Carlos III (Ministerio de Sanidad y Consumo) cofinanced by Fondo Social Europeo (FSE). R.L.-V. is supported by predoctoral contract PEJD-2019-PRE/BMD-16414 from Comunidad de Madrid. C.G.-C. is sup-ported by predoctoral contract PRE2018-083422 from MCIU. BS was supported by a predoctoral research fellowship (Doctorados Industriales, DI-17-09134) from Spanish MINECO

SARS-CoV-2 Mutant Spectra at Different Depth Levels Reveal an Overwhelming Abundance of Low Frequency Mutations

Populations of RNA viruses are composed of complex and dynamic mixtures of variant genomes that are termed mutant spectra or mutant clouds. This applies also to SARS-CoV-2, and mutations that are detected at low frequency in an infected individual can be dominant (represented in the consensus sequence) in subsequent variants of interest or variants of concern. Here we briefly review the main conclusions of our work on mutant spectrum characterization of hepatitis C virus (HCV) and SARS-CoV-2 at the nucleotide and amino acid levels and address the following two new questions derived from previous results: (i) how is the SARS-CoV-2 mutant and deletion spectrum composition in diagnostic samples, when examined at progressively lower cut-off mutant frequency values in ultra-deep sequencing; (ii) how the frequency distribution of minority amino acid substitutions in SARS-CoV-2 compares with that of HCV sampled also from infected patients. The main conclusions are the following: (i) the number of different mutations found at low frequency in SARS-CoV-2 mutant spectra increases dramatically (50- to 100-fold) as the cut-off frequency for mutation detection is lowered from 0.5% to 0.1%, and (ii) that, contrary to HCV, SARS-CoV-2 mutant spectra exhibit a deficit of intermediate frequency amino acid substitutions. The possible origin and implications of mutant spectrum differences among RNA viruses are discussed.This work was supported by Instituto de Salud Carlos III, Spanish Ministry of Science and Innovation (COVID-19 Research Call COV20/00181), and co-financed by European Development Regional Fund ‘A way to achieve Europe’. The work was also supported by grants CSIC-COV19-014 from Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), project 525/C/2021 from Fundació La Marató de TV3, PID2020-113888RB-I00 from Ministerio de Ciencia e Innovación, BFU2017-91384-EXP from Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (MCIU), PI18/00210 and PI21/00139 from Instituto de Salud Carlos III, and S2018/BAA-4370 (PLATESA2 from Comunidad de Madrid/FEDER). C.P., M.C., and P.M. are supported by the Miguel Servet programme of the Instituto de Salud Carlos III (CPII19/00001, CPII17/00006, and CP16/00116, respectively) cofinanced by the European Regional Development Fund (ERDF). CIBERehd (Centro de Investigación en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas) is funded by Instituto de Salud Carlos III. Institutional grants from the Fundación Ramón Areces and Banco Santander to the CBMSO are also acknowledged. The team at CBMSO belongs to the Global Virus Network (GVN). B.M.-G. is supported by predoctoral contract PFIS FI19/00119 from Instituto de Salud Carlos III (Ministerio de Sanidad y Consumo) cofinanced by Fondo Social Europeo (FSE). R.L.-V. is supported by predoctoral contract PEJD-2019-PRE/BMD-16414 from Comunidad de Madrid. C.G.-C. is supported by predoctoral contract PRE2018-083422 from MCIU. P.S. is supported by postdoctoral contract “Margarita Salas” CA1/RSUE/2021 from MCIU. B.S. was supported by a predoctoral research fellowship (Doctorados Industriales, DI-17-09134) from Spanish MINECO.Peer reviewe

Evolución y resultados de la consulta externa de Cuidados paliativos en el Institut Català d'Oncologia : 2001-2005

Objetivo: describir el proceso de citación en la consulta externa y sus principales resultados clínicos del Servicio de Cuidados Paliativos del Institut Català d'Oncología, para el periodo 2001-2005. Pacientes y métodos:pacientes consecutivos por los que se consultó y se visitaron en las consultar externas durante el periodo de estudio. Cada paciente por el que se consultó fue evaluado y programado para visita siguiendo un protocolo claramente definido. En cada visita se registraron variables demográficas y clínicas y se evaluaron el dolor, anorexia, estreñimiento, insomnio, debilidad, ansiedad y depresión. La eficacia en el control sintomático se analizó para aquellos pacientes que fueron capaces de hacer tres visitas consecutivas. Resultados: referente al proceso de citación fueron evaluables 2.385 pacientes. El 80% de los pacientes programados vinieron a visita y la mediana de tiempo entre la demanda y la visita fueron de 10 días. La evaluación del control sintomático fue posible para 553 pacientes, mostrando un significativo buen control de todos los síntomas con excepción de la astenia. El 55% de los pacientes requirieron opioides para el dolor, observándose un cambio en el patrón pasando de morfina a fentanilo TTS. Conclusiones: la carga asistencial, en nuestro centro, en la consulta externa de cuidados paliativos es alta. Los resultados del proceso de citación muestran un alto cumplimiento con un mínimo tiempo de espera entre la petición y la visita. Los resultados clínicos muestran un buen control global de los síntomas con excepción de la astenia. También se observa un cambio en el patrón de la perscripción de opioides. Este estudio ha de ser considerado como la línea basal para futuros estudios de nuestro centro o en otros de características similare

Evolución y resultados de la consulta externa de Cuidados paliativos en el Institut Català d'Oncologia : 2001-2005

Objetivo: describir el proceso de citación en la consulta externa y sus principales resultados clínicos del Servicio de Cuidados Paliativos del Institut Català d'Oncología, para el periodo 2001-2005. Pacientes y métodos:pacientes consecutivos por los que se consultó y se visitaron en las consultar externas durante el periodo de estudio. Cada paciente por el que se consultó fue evaluado y programado para visita siguiendo un protocolo claramente definido. En cada visita se registraron variables demográficas y clínicas y se evaluaron el dolor, anorexia, estreñimiento, insomnio, debilidad, ansiedad y depresión. La eficacia en el control sintomático se analizó para aquellos pacientes que fueron capaces de hacer tres visitas consecutivas. Resultados: referente al proceso de citación fueron evaluables 2.385 pacientes. El 80% de los pacientes programados vinieron a visita y la mediana de tiempo entre la demanda y la visita fueron de 10 días. La evaluación del control sintomático fue posible para 553 pacientes, mostrando un significativo buen control de todos los síntomas con excepción de la astenia. El 55% de los pacientes requirieron opioides para el dolor, observándose un cambio en el patrón pasando de morfina a fentanilo TTS. Conclusiones: la carga asistencial, en nuestro centro, en la consulta externa de cuidados paliativos es alta. Los resultados del proceso de citación muestran un alto cumplimiento con un mínimo tiempo de espera entre la petición y la visita. Los resultados clínicos muestran un buen control global de los síntomas con excepción de la astenia. También se observa un cambio en el patrón de la perscripción de opioides. Este estudio ha de ser considerado como la línea basal para futuros estudios de nuestro centro o en otros de características similare

GEODIVULGAR: Geología y Sociedad

Se incluyen los dos volúmenes resultantes de los concursos de relatos e Ilustración que han tenido lugar en el desarrollo del ProyectoDepto. de Geodinámica, Estratigrafía y PaleontologíaFac. de Ciencias GeológicasFALSEsubmitte