Régulation des systèmes d'adhérence cellulaire par le CRF2 (un effecteur du stress dans le tube digestif)

Le stress est impliqué dans le développement et l'exacerbation de diverses pathologies notamment au niveau intestinal. Les effets du stress dépendent de l'expression de neuromédiateurs spécifiques (CRF) et de leurs récepteurs. Notre étude porte sur la régulation et la fonction du CRF2 au niveau des entérocytes et des cellules tumorales coliques humaines. In vivo, nous avons montré que le stress et l'inflammation conduisent à l'augmentation de l'expression du CRF2 dans les colonocytes chez le rat. Dans les tumeurs, l'expression du CRF2 augmente avec le grade tumoral. In vitro, dans les cellules HT-29, l'activation du CRF2 induit une altération des jonctions adhérentes et des adhérences focales par la voie Src/ERK/FAK. Ces mécanismes sont responsables de la régulation de la perméabilité épithéliale et de l'augmentation de la migration des cellules tumorales. Ces travaux contribuent à la compréhension des mécanismes impliquant le stress dans le développement des pathologies intestinales.Stress is involved in the initiation and the exacerbation of several diseases especially in the intestine. Stress effects depends on the expression of specific neuromediators (CRF) and there receptors. Our study is about regulation and function of the CRF2, a stress receptor expressed in human enterocytes and colorectal cancer cells. In vivo, we showed that stress and inflammation are responsible for the increased expression of the CRF2 in colon epithelial cells of rats. In tumors, the CRF2 expression is increased with the tumor. In vitro, in HT-29 cells, the CRF2 activation leads to the alteration of adherens junctions and focal adhesions by a Src/ERK/FAK pathway. These mechanisms are responsible for the regulation of epithelial cell permeability and the increased migration of tumor cells. This work contributes to the understanding of the pathways involved in the regulation of intestinal diseases by stress.SAVOIE-SCD - Bib.électronique (730659901) / SudocGRENOBLE1/INP-Bib.électronique (384210012) / SudocGRENOBLE2/3-Bib.électronique (384219901) / SudocSudocFranceF

To buy or not to buy-evaluating commercial AI solutions in radiology (the ECLAIR guidelines).

Artificial intelligence (AI) has made impressive progress over the past few years, including many applications in medical imaging. Numerous commercial solutions based on AI techniques are now available for sale, forcing radiology practices to learn how to properly assess these tools. While several guidelines describing good practices for conducting and reporting AI-based research in medicine and radiology have been published, fewer efforts have focused on recommendations addressing the key questions to consider when critically assessing AI solutions before purchase. Commercial AI solutions are typically complicated software products, for the evaluation of which many factors are to be considered. In this work, authors from academia and industry have joined efforts to propose a practical framework that will help stakeholders evaluate commercial AI solutions in radiology (the ECLAIR guidelines) and reach an informed decision. Topics to consider in the evaluation include the relevance of the solution from the point of view of each stakeholder, issues regarding performance and validation, usability and integration, regulatory and legal aspects, and financial and support services. KEY POINTS: • Numerous commercial solutions based on artificial intelligence techniques are now available for sale, and radiology practices have to learn how to properly assess these tools. • We propose a framework focusing on practical points to consider when assessing an AI solution in medical imaging, allowing all stakeholders to conduct relevant discussions with manufacturers and reach an informed decision as to whether to purchase an AI commercial solution for imaging applications. • Topics to consider in the evaluation include the relevance of the solution from the point of view of each stakeholder, issues regarding performance and validation, usability and integration, regulatory and legal aspects, and financial and support services

Netrin-1 regulates somatic cell reprogramming and pluripotency maintenance

The generation of induced pluripotent stem (iPS) cells holds great promise in regenerative medicine. The use of the transcription factors Oct4, Sox2, Klf4 and c-Myc for reprogramming is extensively documented, but comparatively little is known about soluble molecules promoting reprogramming. Here we identify the secreted cue Netrin-1 and its receptor DCC, described for their respective survival/death functions in normal and oncogenic contexts, as reprogramming modulators. In various somatic cells, we found that reprogramming is accompanied by a transient transcriptional repression of Netrin-1 mediated by an Mbd3/Mta1/Chd4-containing NuRD complex. Mechanistically, Netrin-1 imbalance induces apoptosis mediated by the receptor DCC in a p53-independent manner. Correction of the Netrin-1/DCC equilibrium constrains apoptosis and improves reprogramming efficiency. Our work also sheds light on Netrin-1s function in protecting embryonic stem cells from apoptosis mediated by its receptor UNC5b, and shows that the treatment with recombinant Netrin-1 improves the generation of mouse and human iPS cells

Niche derived netrin-1 regulates hematopoietic stem cell dormancy via its receptor neogenin-1

Funder: Studienstiftung des Deutschen Volkes (German National Academic Foundation); doi: https://doi.org/10.13039/501100004350Funder: Heinrich F.C. Behr StiftungFunder: Dietmar Hopp Stiftung; doi: https://doi.org/10.13039/501100005941Abstract: Haematopoietic stem cells (HSCs) are characterized by their self-renewal potential associated to dormancy. Here we identify the cell surface receptor neogenin-1 as specifically expressed in dormant HSCs. Loss of neogenin-1 initially leads to increased HSC expansion but subsequently to loss of self-renewal and premature exhaustion in vivo. Its ligand netrin-1 induces Egr1 expression and maintains quiescence and function of cultured HSCs in a Neo1 dependent manner. Produced by arteriolar endothelial and periarteriolar stromal cells, conditional netrin-1 deletion in the bone marrow niche reduces HSC numbers, quiescence and self-renewal, while overexpression increases quiescence in vivo. Ageing associated bone marrow remodelling leads to the decline of netrin-1 expression in niches and a compensatory but reversible upregulation of neogenin-1 on HSCs. Our study suggests that niche produced netrin-1 preserves HSC quiescence and self-renewal via neogenin-1 function. Decline of netrin-1 production during ageing leads to the gradual decrease of Neo1 mediated HSC self-renewal

Niche derived netrin-1 regulates hematopoietic stem cell dormancy via its receptor neogenin-1

Funder: Studienstiftung des Deutschen Volkes (German National Academic Foundation); doi: https://doi.org/10.13039/501100004350Funder: Heinrich F.C. Behr StiftungFunder: Dietmar Hopp Stiftung; doi: https://doi.org/10.13039/501100005941Abstract: Haematopoietic stem cells (HSCs) are characterized by their self-renewal potential associated to dormancy. Here we identify the cell surface receptor neogenin-1 as specifically expressed in dormant HSCs. Loss of neogenin-1 initially leads to increased HSC expansion but subsequently to loss of self-renewal and premature exhaustion in vivo. Its ligand netrin-1 induces Egr1 expression and maintains quiescence and function of cultured HSCs in a Neo1 dependent manner. Produced by arteriolar endothelial and periarteriolar stromal cells, conditional netrin-1 deletion in the bone marrow niche reduces HSC numbers, quiescence and self-renewal, while overexpression increases quiescence in vivo. Ageing associated bone marrow remodelling leads to the decline of netrin-1 expression in niches and a compensatory but reversible upregulation of neogenin-1 on HSCs. Our study suggests that niche produced netrin-1 preserves HSC quiescence and self-renewal via neogenin-1 function. Decline of netrin-1 production during ageing leads to the gradual decrease of Neo1 mediated HSC self-renewal

3D infrared reconstruction with active perception

Ces travaux de thèse ont été menés dans le contexte du projet ANR blanc "Real Time and True Temperature measurement" (R3T), dédié à la métrologie thermique à partir de mesures dans l'infrarouge. L'estimation d'une température vraie à partir d'une mesure de température apparente par une caméra infrarouge, exploite un modèle radiométrique dans lequel apparaît des facteurs qui dépendent de la nature et de la forme de l'objet considéré. Ces travaux portent sur la construction d'un modèle géométrique de l'objet à partir de caméras infrarouges déplacées par un robot autour d'un objet.Ces caméras, par rapport à des caméras standards, ont des caractéristiques spécifiques : faible résolution, peu de texture. Afin de faciliter la mise en œuvre et de minimiser la complexité du système final, nous avons choisi une approche de stéréovision non calibrée. Nous avons donc un banc de stéréovision infrarouge embarqué sur un robot cartésien, pour acquérir plusieurs vues de l'objet d'intérêt ; les principales étapes concernent la rectification non calibrée des images acquises par le banc stéréo, puis le calibrage des caméras rectifiées et de la relation main-œil sans utilisation de mire, puis la construction de modèles 3D locaux denses et le recalage de ces modèles partiels pour construire un modèle global de l'objet. Les contributions portent sur les deux premières étapes, rectification et calibrage pour la stéréovision. Pour la rectification non calibrée, il est proposé une approche d'optimisation sous contraintes qui estime les homographies, à appliquer sur ces images pour les rectifier, sans calcul préalable de la matrice Fondamentale, tout en minimisant les déformations projectives entre images d'origine et images rectifiées. La fonction coût est calculée à partir de la distance de Sampson avec une décomposition de la matrice fondamentale. Deux types de contraintes, géométriques et algébriques, sont comparés pour minimiser les déformations projectives. L'approche proposée est comparée aux méthodes proposées par Loop et Zhang, Hartley, Mallon et al... sur des jeux de données classiques de la littérature. Il est montré que les résultats sont au moins équivalents sur des images classiques et meilleurs sur des images de faible qualité comme des images infrarouges.Pour le calibrage sans mire, l'auteur propose de calibrer les caméras ainsi que la transformation main-œil, indispensable dès lors que le banc stéréo est porté par un robot, en une seule étape ; l'une des originalités est que cette méthode permet de calibrer les caméras préalablement rectifiées et ainsi de minimiser le nombre de paramètres à estimer. De même plusieurs critères sont proposés et évalués par de nombreux résultats sur des données de synthèse et sur des données réelles. Finalement, les méthodes de stéréovision testées pour ce contexte applicatif sont rapidement décrites ; des résultats expérimentaux acquis sur des objets sont présentés ainsi que des comparaisons vis-à-vis d'une vérité terrain connueThis dissertation was lead in the context of the R3T project (Real Time and True Temperature measurement), dedicated to metrology from thermal infrared measurements. The estimation of true temperature from apparent temperature measurement by an infrared camera uses a radiometric model which depends on nature and shape of the considered object. This work focuses on the construction of a geometric model from infrared cameras moved by a robot around an object.Those cameras, in comparison with standard ones, have specific characteristics : low resolution, low texture. To minimize the complexity and easily implement the final system, we chose a stereo approach using uncalibrated cameras. So we have an infrared stereoring embeded on a Cartesian robot, to acquire multiple views of the object of interest. First, the main steps implemented concern uncalibrated images rectification and autocalibration of infrared stereoring and hand-eye transformation without use of a calibration pattern. Then, the reconstruction of locals 3D models and the merge of these models was done to reach a global model of the object. The contributions cover the first two stages, rectification and autocalibration, for the other stereo reconstruction steps, different algorithms were tested and the best was chosen for our application.For the uncalibrated images rectification, an optimization approach under constraints is proposed. The estimation of rectification homographies is done, without the Fundamental matrix determination, while minimizing the distortion between original and corrected images. The cost function is based on the Sampson's distance with breakdown of the Fundamental matrix. Two constraints, geometrical and analytical, are compared to minimize distortion. The proposed approach is compared to methods proposed by Loop and Zhang, Hartley, Mallon et al ... on data sets from state of art. It is shown that the results are at least equivalent on conventional images and better on low quality images such as infrared images.For the autocalibration, the author proposes to calibrate cameras and hand-eye transformation, essential whenever the stereoring is embedded on a robot, in one step. One of the originality is that this method allows to calibrate rectified cameras and so minimize the number of parameters to estimate. Similarly, several criteria are proposed and evaluated by numerous results on synthetic and real data.Finally, all methods of stereovision tested for this application context are briefly described, the experimental results obtained on objects are presented and compared to ground trut

Reconstruction 3D infrarouge par perception active

This dissertation was lead in the context of the R3T project (Real Time and True Temperature measurement), dedicated to metrology from thermal infrared measurements. The estimation of true temperature from apparent temperature measurement by an infrared camera uses a radiometric model which depends on nature and shape of the considered object. This work focuses on the construction of a geometric model from infrared cameras moved by a robot around an object. Those cameras, in comparison with standard ones, have speci c characteristics : low resolution, low texture. To minimize the complexity and easily implement the nal system, we chose an stereo approach using uncalibrated cameras. So we have an infrared stereoring embeded on a Cartesian robot, to acquire multiple views of the object of interest. First, the main steps implemented concern uncalibrated images recti cation and autocalibration of infrared stereoring and hand-eye transformation without use of a calibration pattern. Then, the reconstruction of locals 3D models and the merge of these models was done to reach a global model of the object. The contributions cover the rst two stages, recti cation and autocalibration, for the other stereo reconstruction steps, di erent algorithms were tested and the best was chosen for our application. For the uncalibrated images recti cation, an optimization approach under constraints is proposed. The estimation of recti cation homographies is done, without the Fundamental matrix determination, while minimizing the distortion between original and corrected images. The cost function is based on the Sampson's distance with breakdown of the Fundamental matrix. Two constraints, geometrical and analytical, are compared to minimize distortion. The proposed approach is compared to methods proposed by Loop and Zhang, Hartley, Mallon et al ... on data sets from state of art. It is shown that the results are at least equivalent on conventional images and better on low quality images such as infrared images. For the autocalibration, the author proposes to calibrate cameras and hand-eye transformation, essential whenever the stereoring is embeded on a robot, in one step. One of the originality is that this method allows to calibrate recti ed cameras and so minimize the number of parameters to estimate. Similarly, several criteria are proposed and evaluated by numerous results on synthetic and real data. Finally, all methods of stereovision tested for this application context are brie y described, the experimental results obtained on objects are presented and compared to ground truth.Ces travaux de thèse ont été menés dans le contexte du projet ANR blanc "Real Time and True Temperature measurement" (R3T), dédié à la métrologie thermique à partir de mesures dans l'infrarouge. L'estimation d'une température vraie à partir d'une mesure de température apparente par une caméra infrarouge, exploite un modèle radiométrique dans lequel apparaît des facteurs qui dépendent de la nature et de la forme de l'objet considéré. Ces travaux portent sur la construction d'un modèle géométrique de l'objet à partir de caméras infrarouges déplacées par un robot autour d'un objet. Ces caméras, par rapport à des caméras standards, ont des caractéristiques spé- ci ques : faible résolution, peu de texture. A n de faciliter la mise en oeuvre et de minimiser la complexité du système nal, nous avons choisi une approche de stéréovision non calibrée. Nous avons donc un banc de stéréovision infrarouge embarqué sur un robot cartésien, pour acquérir plusieurs vues de l'objet d'intérêt ; les principales étapes concernent la recti cation non calibrée des images acquises par le banc stéréo, puis le calibrage des caméras recti ées et de la relation main-oeil sans utilisation de mire, puis la construction de modèles 3D locaux denses et le recalage de ces modèles partiels pour construire un modèle global de l'objet. Les contributions portent sur les deux premières étapes, recti cation et calibrage pour la stéréovision. Pour la recti cation non calibrée, il est proposé une approche d'optimisation sous contraintes qui estime les homographies, à appliquer sur ces images pour les recti er, sans calcul préalable de la matrice Fondamentale, tout en minimisant les déformations projectives entre images d'origine et images recti ées. La fonction coût est calculée à partir de la distance de Sampson avec une décomposition de la matrice fondamentale. Deux types de contraintes, géométriques et algébriques, sont compar és pour minimiser les déformations projectives. L'approche proposée est comparé e aux méthodes proposées par Loop et Zhang, Hartley, Mallon et al... sur des jeux de données classiques de la littérature. Il est montré que les résultats sont au moins équivalents sur des images classiques et meilleurs sur des images de faible qualité comme des images infrarouges. Pour le calibrage sans mire, l'auteur propose de calibrer les caméras ainsi que la transformation main-oeil, indispensable dès lors que le banc stéréo est porté par un robot, en une seule étape ; l'une des originalités est que cette méthode permet de calibrer les caméras préalablement recti ées et ainsi de minimiser le nombre de paramètres à estimer. De même plusieurs critères sont proposés et évalués par de nombreux résultats sur des données de synthèse et sur des données réelles. Finalement, les méthodes de stéréovision testées pour ce contexte applicatif sont rapidement décrites ; des résultats expérimentaux acquis sur des objets sont présent és ainsi que des comparaisons vis-à-vis d'une vérité terrain connue

Regulation of cell adhesion by CRF2 : A stress effector in the digestive tract

Le stress est impliqué dans le développement et l'exacerbation de diverses pathologies notamment au niveau intestinal. Les effets du stress dépendent de l'expression de neuromédiateurs spécifiques (CRF) et de leurs récepteurs. Notre étude porte sur la régulation et la fonction du CRF2 au niveau des entérocytes et des cellules tumorales coliques humaines. In vivo, nous avons montré que le stress et l'inflammation conduisent à l'augmentation de l'expression du CRF2 dans les colonocytes chez le rat. Dans les tumeurs, l'expression du CRF2 augmente avec le grade tumoral. In vitro, dans les cellules HT-29, l'activation du CRF2 induit une altération des jonctions adhérentes et des adhérences focales par la voie Src/ERK/FAK. Ces mécanismes sont responsables de la régulation de la perméabilité épithéliale et de l'augmentation de la migration des cellules tumorales. Ces travaux contribuent à la compréhension des mécanismes impliquant le stress dans le développement des pathologies intestinales.Stress is involved in the initiation and the exacerbation of several diseases especially in the intestine. Stress effects depends on the expression of specific neuromediators (CRF) and there receptors. Our study is about regulation and function of the CRF2, a stress receptor expressed in human enterocytes and colorectal cancer cells. In vivo, we showed that stress and inflammation are responsible for the increased expression of the CRF2 in colon epithelial cells of rats. In tumors, the CRF2 expression is increased with the tumor. In vitro, in HT-29 cells, the CRF2 activation leads to the alteration of adherens junctions and focal adhesions by a Src/ERK/FAK pathway. These mechanisms are responsible for the regulation of epithelial cell permeability and the increased migration of tumor cells. This work contributes to the understanding of the pathways involved in the regulation of intestinal diseases by stress