High quality of SARS-CoV-2 molecular diagnostics in a diverse laboratory landscape through supported benchmark testing and External Quality Assessment

A two-step strategy combining assisted benchmark testing (entry controls) and External Quality Assessments (EQAs) with blinded simulated clinical specimens to enhance and maintain the quality of nucleic acid amplification testing was developed. This strategy was successfully applied to 71 diagnostic laboratories in The Netherlands when upscaling the national diagnostic capacity during the SARS-CoV-2 pandemic. The availability of benchmark testing in combination with advice for improvement substantially enhanced the quality of the laboratory testing procedures for SARS-CoV-2 detection. The three subsequent EQA rounds demonstrated high quality testing with regard to specificity (99.6% correctly identified) and sensitivity (93.3% correctly identified). Even with the implementation of novel assays, changing workflows using diverse equipment and a high degree of assay heterogeneity, the overall high quality was maintained using this two-step strategy. We show that in contrast to the limited value of Cq value for absolute proxies of viral load, these Cq values can, in combination with metadata on strategies and techniques, provide valuable information for laboratories to improve their procedures. In conclusion, our two-step strategy (preparation phase followed by a series of EQAs) is a rapid and flexible system capable of scaling, improving, and maintaining high quality diagnostics even in a rapidly evolving (e.g. pandemic) situation.</p

High quality of SARS-CoV-2 molecular diagnostics in a diverse laboratory landscape through supported benchmark testing and External Quality Assessment

A two-step strategy combining assisted benchmark testing (entry controls) and External Quality Assessments (EQAs) with blinded simulated clinical specimens to enhance and maintain the quality of nucleic acid amplification testing was developed. This strategy was successfully applied to 71 diagnostic laboratories in The Netherlands when upscaling the national diagnostic capacity during the SARS-CoV-2 pandemic. The availability of benchmark testing in combination with advice for improvement substantially enhanced the quality of the laboratory testing procedures for SARS-CoV-2 detection. The three subsequent EQA rounds demonstrated high quality testing with regard to specificity (99.6% correctly identified) and sensitivity (93.3% correctly identified). Even with the implementation of novel assays, changing workflows using diverse equipment and a high degree of assay heterogeneity, the overall high quality was maintained using this two-step strategy. We show that in contrast to the limited value of Cq value for absolute proxies of viral load, these Cq values can, in combination with metadata on strategies and techniques, provide valuable information for laboratories to improve their procedures. In conclusion, our two-step strategy (preparation phase followed by a series of EQAs) is a rapid and flexible system capable of scaling, improving, and maintaining high quality diagnostics even in a rapidly evolving (e.g. pandemic) situation.</p

The Effect of RNA Secondary Structure on&nbsp;the&nbsp;Self-Assembly of Viral Capsids

Previous work has shown that purified capsid protein (CP) of cowpea chlorotic mottle virus (CCMV) is capable of packaging both purified single-stranded RNA molecules of normal composition (comparable numbers of A, U, G, and C nucleobases) and of varying length and sequence, and anionic synthetic polymers such as polystyrene sulfonate. We find that CCMV CP is also capable of packaging polyU RNAs, which-unlike normal-composition RNAs-do not form secondary structures and which act as essentially structureless linear polymers. Following our canonical two-step assembly protocol, polyU RNAs ranging in length from 1000 to 9000 nucleotides (nt) are completely packaged. Surprisingly, negative-stain electron microscopy shows that all lengths of polyU are packaged into 22-nm-diameter particles despite the fact that CCMV CP prefers to form 28-nm-diameter (T&nbsp;= 3) particles when packaging normal-composition RNAs. PolyU RNAs &gt;5000 nt in length are packaged into multiplet capsids, in which a single RNA molecule is shared between two or more 22-nm-diameter capsids, in analogy with the multiplets of 28-nm-diameter particles formed with normal-composition RNAs &gt;5000 nt long. Experiments in which viral RNA competes for viral CP with polyUs of equal length show that polyU, despite its lack of secondary structure, is packaged more efficiently than viral RNA. These findings illustrate that the secondary structure of the RNA molecule-and its absence-plays an essential role in determining capsid structure during the self-assembly of CCMV-like particles

Targeting mechanisms of tailed bacteriophages

Phages differ substantially in the bacterial hosts that they infect. Their host range is determined by the specific structures that they use to target bacterial cells. Tailed phages use a broad range of receptor-binding proteins, such as tail fibres, tail spikes and the central tail spike, to target their cognate bacterial cell surface receptors. Recent technical advances and new structure-function insights have begun to unravel the molecular mechanisms and temporal dynamics that govern these interactions. Here, we review the current understanding of the targeting machinery and mechanisms of tailed phages. These new insights and approaches pave the way for the application of phages in medicine and biotechnology and enable deeper understanding of their ecology and evolution.status: publishe

Avskaffandet av revisionsplikten : En studie om faktorer som påverkar valet att behålla respektive avstå från revision

Revisionsplikten i Sverige avskaffades den 1 november 2010. Ungefär 70 % av alla aktiebolag uppfyller kriterierna för frivillig revision. Dessa företag har nu ställts inför valet att avstå eller behålla revision. Denna kvantitativa uppsats undersöker vilka faktorer som påverkar aktiebolags val att behålla respektive avstå från revision.  Undersökningen är begränsad till Västerbotten och består av material från årsredovisningar och telefonenkäter. Populationen i denna studie består av småföretag. Småföretag är komplexa och det är många faktorer som påverkar hur tillväxten ser ut i ett litet företag. (Wiklund, 1998). Det varierar även om småföretag vill växa eller om de vill förbli små (Lindmark &amp; Johannisson, 1996, s. 83). Tidigare studier om efterfrågan på revision har främst fokuserat på större företag, men det finns två undersökningar från Storbritannien som behandlar de allra minsta (Seow, 2001; Tauringana &amp; Clarke, 2000). I tidigare studier inom ämnesområdet har vanliga undersökningsvariabler varit olika typer av agentförhållanden och faktorer som relaterar till egenskaper hos företagsledningen. Denna studie väljer ut variabler från tidigare forskning och testar om dessa även påverkar svenska mikroföretag. Dessutom testas företagsledningens risktolerans, en variabel som inte har prövats i tidigare studier. Eftersom företagen först nu får välja om de vill behålla eller avstå från revision har det inte tidigare gjorts någon studie om vad som påverkar valet i Sverige när beslutet är taget. Denna undersökning har bearbetat material från cirka 8500 aktiebolag, och av dessa har 200 företag slumpats ut för att bli intervjuade via telefon. Företagens årsredovisningar hämtades från databasen Affärsdata och sammanställdes sedan i Excel. Telefonenkäten består av 13 frågor med förutbestämda svarsalternativ och varje företag ringdes upp vid tre olika tillfällen när de inte svarade. Många av de undersökta företagen är mycket små, vilket innebär att för vissa är företaget endast en sidoverksamhet. Det vanligaste bland de undersökta aktiebolagen är att antalet ägare är en eller två stycken och att alla ägarna arbetar i företaget. De flesta av företagen, oavsett om de behållit eller avstått från revision, har haft en bra relation med sin revisor, och förtroendet för revisionsbolaget är ännu högre. En annan typisk egenskap för de undersökta företagen, oavsett om de har kvar revision eller inte, är att majoriteten av företagen tycker att revisionens kostnad är högre än nyttan. De hypoteser som har testats är företagets storlek, ägares agentförhållande, relationen till revisorn, köp av andra tjänster, agentförhållande till långivare, intresset för externfinansiering, uppfattningen om revisionens kostnad samt risktoleransen hos företagsledningen. Dessa åtta hypoteser har prövats statistiskt genom t-tester respektive chi två tester. Den variabel som visade sig vara signifikant är storlek, vilket har testats som antalet anställda och omsättning.  Agentrelationer till långivare har ett visst empiriskt stöd. Det har även identifierats ett svagt empiriskt stöd för att behov av externfinansiering ökar efterfrågan på revision. Dessutom finns det ett svagt empiriskt stöd för att högre risktolerans ökar efterfrågan på revision, vilket är tvärtom mot vad den formulerade hypotesen uttrycker