Cellular Automaton Belousov-Zhabotinsky Model for Binary Full Adder

© 2017 World Scientific Publishing Company. The continuous increment in the performance of classical computers has been driven to its limit. New ways are studied to avoid this oncoming bottleneck and many answers can be found. An example is the Belousov-Zhabotinsky (BZ) reaction which includes some fundamental and essential characteristics that attract chemists, biologists, and computer scientists. Interaction of excitation wave-fronts in BZ system, can be interpreted in terms of logical gates and applied in the design of unconventional hardware components. Logic gates and other more complicated components have been already proposed using different topologies and particular characteristics. In this study, the inherent parallelism and simplicity of Cellular Automata (CAs) modeling is combined with an Oregonator model of light-sensitive version of BZ reaction. The resulting parallel and computationally-inexpensive model has the ability to simulate a topology that can be considered as a one-bit full adder digital component towards the design of an Arithmetic Logic Unit (ALU)

Cellular Automata Applications in Shortest Path Problem

Cellular Automata (CAs) are computational models that can capture the essential features of systems in which global behavior emerges from the collective effect of simple components, which interact locally. During the last decades, CAs have been extensively used for mimicking several natural processes and systems to find fine solutions in many complex hard to solve computer science and engineering problems. Among them, the shortest path problem is one of the most pronounced and highly studied problems that scientists have been trying to tackle by using a plethora of methodologies and even unconventional approaches. The proposed solutions are mainly justified by their ability to provide a correct solution in a better time complexity than the renowned Dijkstra's algorithm. Although there is a wide variety regarding the algorithmic complexity of the algorithms suggested, spanning from simplistic graph traversal algorithms to complex nature inspired and bio-mimicking algorithms, in this chapter we focus on the successful application of CAs to shortest path problem as found in various diverse disciplines like computer science, swarm robotics, computer networks, decision science and biomimicking of biological organisms' behaviour. In particular, an introduction on the first CA-based algorithm tackling the shortest path problem is provided in detail. After the short presentation of shortest path algorithms arriving from the relaxization of the CAs principles, the application of the CA-based shortest path definition on the coordinated motion of swarm robotics is also introduced. Moreover, the CA based application of shortest path finding in computer networks is presented in brief. Finally, a CA that models exactly the behavior of a biological organism, namely the Physarum's behavior, finding the minimum-length path between two points in a labyrinth is given.Comment: To appear in the book: Adamatzky, A (Ed.) Shortest path solvers. From software to wetware. Springer, 201

Diastolic function of the right ventricle in patients with volume overload of the left ventricle

The aim of this study was to estimate the diastolic function of the right ventricle of the heart using pulse Doppler echocardiography in patients suffering from regurgitation of the aorta, regurgitation of the mitral valve as well as in patients suffering simultaneously from regurgitation of the aorta and mitral valve. The patients were divided in three groups (A,B,C). Group A was consisted of 40 patients who suffered from regurgitation of the aorta of at least median severity and 40 healthy volunteers (control group). None of the patients of group A suffered from coronary disease, arterial hypertension, pericardial or lung disease, pulmonary hypertension, anemia or other systemic disease. None received any drugs for at least 48 hours before the examination. The patients with regurgitation of the aorta didn't suffer from any other valve disease. All had sinus rhythm in ECG without disorders in rhythm or conduction. There was not statistically difference between the patients with regurgitation of the aorta and control group as regards age, height, weight, blood pressure and heart frequency. Group Β was consisted of 30 patients who suffered from regurgitation of mitral valve of at least median severity and 30 healthy volunteers (control group). None of the patients of group Β suffered from coronary disease, arterial hypertension, pericardial or lung disease, pulmonary hypertension, anemia or other systemic disease. None received any drugs for at least 48 hours before the examination. The patients with regurgitation of mitral valve didn't suffer from any other valve disease. All had sinus rhythm in ECG without disorders in rhythm or conduction. There was not statistically difference between the patients with regurgitation of mitral valve and control group as regards age, height, weight, blood pressure and heart frequency. Group C was consisted of 20 patients, who simultaneously suffered from regurgitation of aorta and regurgitation of mitral valve. None of the patients of Group C suffered from coronary disease, arterial hypertension, pericardial or lung disease, pulmonary hypertension, anemia or other systemic disease. None received any drugs for at least 48 hours before the examination. All had sinus rhythm in ECG without disorders in rhythm or conduction. There was not statistically difference between the patients with simultaneous regurgitation of aorta and mitral valve and control group as regards age, height, weight, blood pressure and heart frequency. The patients were examined by the use of transthoracic Doppler-echocardiogram with simultaneous ECG recording. Using the flow signal through tricuspid and pulmonary valve, we measured the diastolic indices of right ventricle in all patients and then we compared the indices between the patients and healthy volunteers of every group. Group A: The ratio E/A was smaller in regurgitation of the aorta group than in control group and there was statistically significant difference (0,81±0,19 versus 1,20±0,15 p<0,001). The deceleration time of E wave (DT) was significantly prolonged in the regurgitation of the aorta group in comparison with control group and the difference was statistically significant (0,22±0,04 sec versus 0,14±0,01 sec p<0,001). The right atrial fractional filling (RAFF) was also significantly bigger in the regurgitation of the aorta group in comparison with control group and the difference was statistically significant (40,30±7,61% versus 33,60±3,41% p<0,001). The isovolumic relaxation time of the right ventricle was significantly prolonged in the regurgitation of the aorta group in comparison with control group and the difference was statistically significant (0,07 ±0,02 sec versus 0,03 ±0,01 p<0,001). There was no statistical significant correlation between diastolic indices and interventricular septum thickness and left ventricular mass index. Group B: The ratio E/A was smaller in regurgitation of the mitral valve group than in control group and there was statistically significant difference (0,85±0,12 versus 1,21 ±0,16 p<0,001). The deceleration time of E wave (DT) was significantly prolonged in the regurgitation of the mitral valve group in comparison with control group and the difference was statistically significant (0,21 ±0,02 sec versus 0,14±0,01 sec p<0,001). The right atrial fractional filling (RAFF) was also significantly bigger in the regurgitation of the mitral valve group in comparison with control group and the difference was statistically significant (38,58±4,59% versus 32,58±3,14% p<0,001). The isovolumic relaxation time of the right ventricle was significantly prolonged in the regurgitation of the mitral valve group in comparison with control group and the difference was statistically significant (0,07±0,02 sec versus 0,03±0,01 p<0,001). As in the previous group there was no statistical significant correlation between diastolic indices and interventricular septum thickness and left ventricular mass index. Group C: The ratio E/A was smaller in the regurgitation of the aorta and mitral valve group than in control group and there was statistically significant difference (0,83±0,18 versus 1,18±0,16 p<0,001). The deceleration time of E wave (DT) was significantly prolonged in the regurgitation of the aorta and mitral valve group in comparison with control group and the difference was statistically significant (0,23±0,02 sec versus 0,14±0,01 sec p<0,001). The right atrial fractional filling (RAFF) was also significantly bigger in the regurgitation of the aorta and mitral valve group in comparison with control group and the difference was statistically significant (39,04+6,11% versus 33,79±2,86% p<0,001). The isovolumic relaxation time of the right ventricle was significantly prolonged in the regurgitation of the aorta and mitral valve group in comparison with control group and the difference was statistically significant (0,07±0,02 sec versus 0,03±0,01 p<0,001). As in the previous groups there was no statistical significant correlation between diastolic indices and interventricular septum thickness and left ventricular mass index. We conclude that the diastolic function of the right ventricle is affected in patients with volume overload of left ventricle. The changes consist of prolongation of the isovolumic relaxation time, reduction of E/A ratio and prolongation of deceleration time of E wave. All these changes indicate disorder of active relaxation of the right ventricle. These changes are the same with those happened in left ventricle in patients suffering from the same diseases. The ventricle interaction seems to be the major pathogenic mechanism of these changes.Στην παρούσα μελέτη εκτιμήθηκε με παλμικό Doppler ηχοκαρδιογράφημα η διαστολική λειτουργία της δεξιάς κοιλίας σε ασθενείς πάσχοντες από ανεπάρκεια αορτής, ανεπάρκεια μιτροειδούς, και ασθενείς πάσχοντες ταυτόχρονα από ανεπάρκεια αορτής και μιτροειδούς. Το υλικό της μελέτης διαιρέθηκε σε τρεις ομάδες (Α, Β, Γ). Η ομάδα Α περιέλαβε 40 ασθενείς που έπασχαν από μετρίου βαθμού τουλάχιστον ανεπάρκεια αορτής και 40 υγιείς εθελοντές (ομάδα ελέγχου). Κανείς από το υλικό της ομάδας Α δεν έπασχε από στεφανιαία νόσο, αρτηριακή υπέρταση, νόσημα του περικαρδίου ή των πνευμόνων, πνευμονική υπέρταση, αναιμία ή άλλο συστηματικό νόσημα. Κανείς δεν ελάμβανε φάρμακα ή είχε γίνει διακοπή για 48 ώρες τουλάχιστον πριν την διενέργεια της εξέτασης με το Doppler. Οι ασθενείς με ανεπάρκεια αορτής δεν έπασχαν από άλλη βαλβιδοπάθεια. Όλοι είχαν φλεβοκομβικό ρυθμό στο ΗΚΓ, χωρίς διαταραχές του ρυθμού ή της αγωγής. Δεν υπήρχε στατιστικά σημαντική διαφορά μεταξύ των ασθενών με ανεπάρκεια αορτής και της ομάδας ελέγχου ως προς την ηλικία, το ύψος, το βάρος, την αρτηριακή πίεση και την καρδιακή συχνότητα. Η ομάδα Β περιέλαβε 30 ασθενείς με μετρίου βαθμού τουλάχιστον ανεπάρκεια μιτροειδούς και 30 υγιείς εθελοντές (ομάδα ελέγχου). Κανείς από το υλικό της ομάδας Β δεν έπασχε από στεφανιαία νόσο, αρτηριακή υπέρταση, νόσημα του περικαρδίου ή των πνευμόνων, πνευμονική υπέρταση, αναιμία ή άλλο συστηματικό νόσημα. Κανείς δεν ελάμβανε φάρμακα ή είχε γίνει διακοπή για 48 ώρες τουλάχιστον πριν την διενέργεια της εξέτασης με το Doppler. Οι ασθενείς με ανεπάρκεια μιτροειδούς δεν έπασχαν από άλλη βαλβιδοπάθεια. Όλοι είχαν φλεβοκομβικό ρυθμό στο ΗΚΓ, χωρίς διαταραχές του ρυθμού ή της αγωγής. Δεν υπήρχε στατιστικά σημαντική διαφορά μεταξύ των ασθενών με ανεπάρκεια μιτροειδούς και της ομάδας ελέγχου ως προς την ηλικία, το ύψος, το βάρος, την αρτηριακή πίεση και την καρδιακή συχνότητα. Η ομάδα Γ περιέλαβε 20 ασθενείς πάσχοντες ταυτόχρονα από ανεπάρκεια αορτής και μιτροειδούς και 20 υγιείς εθελοντές (ομάδα ελέγχου). Κανείς από το υλικό της ομάδας Γ δεν έπασχε από στεφανιαία νόσο, αρτηριακή υπέρταση, άλλη βαλβιδοπάθεια, νόσημα του περικαρδίου ή των πνευμόνων, πνευμονική υπέρταση, αναιμία ή άλλο συστηματικό νόσημα. Όλοι είχαν φλεβοκομβικό ρυθμό στο ΗΚΓ, χωρίς διαταραχές του ρυθμού ή της αγωγής. Κανείς δεν ελάμβανε φάρμακα ή είχε γίνει διακοπή για 48 ώρες τουλάχιστον πριν την διενέργεια της εξέτασης με το Doppler. Δεν υπήρχε στατιστικά σημαντική διαφορά μεταξύ των ασθενών που έπασχαν ταυτόχρονα από ανεπάρκεια αορτής και μιτροειδούς, και της ομάδας ελέγχου ως προς την ηλικία, το ύψος, το βάρος, την αρτηριακή πίεση και την καρδιακή συχνότητα. Το υλικό της μελέτης υποβλήθηκε σε διαθωρακικό Doppler ηχοκαρδιογράφημα με ταυτόχρονη καταγραφή του ΗΚΓ. Από το σήμα της διατριγλωχινικής και της διά της πνευμονικής βαλβίδας, ροής, υπολογίσθηκαν οι διαστολικοί δείκτες της δεξιάς κοιλίας σ' όλο το υλικό της μελέτης και στην συνέχεια έγινε σύγκριση των δεικτών μεταξύ των ασθενών και των φυσιολογικών κάθε ομάδας. Στην ομάδα Α: Ο λόγος E/A ήταν μικρότερος στην ομάδα της αορτικής ανεπάρκειας συγκριτικά με την ομάδα ελέγχου, με στατιστικά σημαντική διαφορά (0,81 ±0,19 έναντι 1,20±0,15, p <0,001). Ο χρόνος επιβράδυνσης του κύματος E (DT) ήταν σημαντικά παρατεταμένος στους ασθενείς με αορτική ανεπάρκεια, σε σύγκριση με την ομάδα ελέγχου με στατιστικά σημαντικά διαφορά (0,22 ±0,04 sec έναντι 0,14 ±0,01 sec, p <0,001). Το κλάσμα κολπικής πλήρωσης (RAFF) ήταν επίσης σημαντικά μεγαλύτερο στην ομάδα της αορτικής ανεπάρκειας συγκριτικά με την ομάδα ελέγχου με στατιστικά σημαντικά διαφορά (40,30±7,61% έναντι 33,60±3,41%, p <0,001). Ο χρόνος ισοογκικής χάλασης της δεξιάς κοιλίας ήταν σημαντικά παρατεταμένος στους ασθενείς με αορτική ανεπάρκεια σε σύγκριση με την ομάδα ελέγχου, με στατιστικά σημαντικά διαφορά (0,07±0,02 sec έναντι 0,03±0,01 sec, p <0,001). Δεν υπήρχε στατιστικά σημαντική συσχέτιση μεταξύ των διαστολικών δεικτών και του πάχους του μεσοκοιλιακού διαφράγματος, καθώς και του δείκτη μάζας της αριστερής κοιλίας. Στην ομάδα Β: Ο λόγος E/A ήταν μικρότερος στην ομάδα της ανεπάρκειας της μιτροειδούς συγκριτικά με την ομάδα ελέγχου, με στατιστικά σημαντική διαφορά (0,85±0,12 έναντι 1,21 ±0,16, p <0,001). Ο χρόνος επιβράδυνσης του κύματος E (DT) ήταν σημαντικά παρατεταμένος στους ασθενείς με ανεπάρκεια μιτροειδούς σε σύγκριση με την ομάδα ελέγχου, 165 με στατιστικά σημαντικά διαφορά (0,21±0,02sec έναντι 0,14±0,01 sec, p<0,001). Το κλάσμα κολπικής πλήρωσης (RAFF) ήταν επίσης σημαντικά μεγαλύτερο στην ομάδα της ανεπάρκειας μιτροειδούς συγκριτικά με την ομάδα ελέγχου με στατιστικά σημαντικά διαφορά (38,58±4,59% έναντι 32,58± 3,14 %, p <0,001). Ο χρόνος ισοογκικής χάλασης της δεξιάς κοιλίας ήταν σημαντικά παρατεταμένος στους ασθενείς με ανεπάρκεια μιτροειδούς, σε σύγκριση με την ομάδα ελέγχου με στατιστικά σημαντικά διαφορά (0,07±0,02sec έναντι 0,03±0,01 sec, p <0,001). Όπως και στην προηγούμενη ομάδα δεν υπήρχε στατιστικά σημαντική συσχέτιση μεταξύ των διαστολικών δεικτών και του πάχους του μεσοκοιλιακού διαφράγματος, καθώς και του δείκτη μάζας της αριστερής κοιλίας. Στην ομάδα Γ: Ο λόγος E/A ήταν μικρότερος στην ομάδα με συνύπαρξη ανεπάρκειας αορτής και μιτροειδούς συγκριτικά με την ομάδα ελέγχου, με στατιστικά σημαντική διαφορά (0,83±0,18 έναντι 1,18±0,16, p<0,001). Ο χρόνος επιβράδυνσης του κύματος E (DT) ήταν σημαντικά παρατεταμένος στους ασθενείς με συνύπαρξη ανεπάρκειας αορτής και μιτροειδούς σε σύγκριση με την ομάδα ελέγχου, με στατιστικά σημαντικά διαφορά (0,23±0,02 sec έναντι 0,14±0,01 sec, p <0,001). Το κλάσμα κολπικής πλήρωσης (RAFF) ήταν επίσης σημαντικά μεγαλύτερο στην ομάδα με συνύπαρξη ανεπάρκειας αορτής και μιτροειδούς συγκριτικά με την ομάδα ελέγχου, με στατιστικά σημαντικά διαφορά (39,04±6,11% έναντι 33,79±2,86%, p <0,001). Ο χρόνος ισοογκικής χάλασης της δεξιάς κοιλίας ήταν σημαντικά παρατεταμένος στους ασθενείς με συνύπαρξη ανεπάρκειας αορτής και μιτροειδούς σε σύγκριση με την ομάδα ελέγχου με στατιστικά σημαντικά διαφορά (0,07±0,02sec έναντι 0,03±0,01 sec, p <0,001). Επίσης και σ' αυτή την ομάδα δεν υπήρχε στατιστικά σημαντική συσχέτιση μεταξύ των διαστολικών δεικτών και του πάχους του μεσοκοιλιακού διαφράγματος, καθώς και του δείκτη μάζας της αριστερής κοιλίας. Φαίνεται λοιπόν ότι η διαστολική λειτουργία της δεξιάς κοιλίας είναι επηρεασμένη σε ασθενείς με υπερφόρτιση όγκου της αριστερής κοιλίας. Οι μεταβολές συνίστανται σε παράταση του χρόνου ισοογκικής χάλασης, ελάττωση του λόγου E/A με παρατεταμένο χρόνο επιβράδυνσης του Ε κύματος, καθώς και αύξηση του κλάσματος κολπικής πλήρωσης, στοιχεία τα οποία συνηγορούν για διαταραχή της ενεργού χάλασης της δεξιάς κοιλίας. Οι μεταβολές αυτές είναι ίδιες με τις αντίστοιχες της αριστερής κοιλίας στις ίδιες παθήσεις. Η κοιλιακή αλληλεπίδραση είναι πιθανώς ο κυριότερος παθογενετικός μηχανισμός αυτών των μεταβολών

Σχεδιασμός και ανάπτυξη ηλεκτρονικών συστημάτων μη συμβατικού υπολογισμού με τη χρήση παράλληλων βιοεμπευσμένων μοντέλων

Since 1965, Moore’s law is pushing the technology and industry to their limits. The prediction that the number of transistors in a dense integrated circuit will double about every two years has become a realization. But, it seems that this is coming to a close. The roadmap of semiconductors’ construction predicts that the Moore’s theory will be dead during the next five to ten years. The demand in processing power while reducing the amount of energy needed is increasing rapidly. New methodologies are being studied to maintain the industry’s momentum, many of them by moving forward to unconventional methods and combining different scientific fields. Electronics is not the only form of computer hardware. This technology’s growth occurred because it offered the ability to create faster, smaller, cheaper and better computing systems. Since the Moore’s law has been proved safe for many years the whole industry focused only on silicon based computing systems. But, in this transitional stage it is time for other technologies to arise creating new horizons. Self-aware and self-expressive physical systems are inspiring new methodologies for engineering solutions of complex computing problems and this is the base idea on which this thesis is developed: The study of different physical or chemical substrates. Among many other examples, biological structures have proved their ability to solve hard computational problems and survive for thousands of years in competitive environments. The research on understanding the complex procedures in multi-cellular organisms is still in primary levels. The first steps have already began in more simple life forms that present remarkable computing abilities.An example is the slime mold Physarum Polycephalum, a single cell visible by unaided eye, which exhibits self-awareness and self-expressiveness while adapting to changes in its dynamical environment and solving resource-consuming problems like shortest path, proximity graphs or optimization of transport networks. The most interest is concentrated in plasmodium, the vegetative stage of acellular slime mold. This single cell has myriad of nuclei which contribute to a network of biochemical oscillators responsible for the slime mold’s distributed sensing, concurrent information processing and decision making, and parallel actuation. The modeling of slime mold’s behavior is essential when designing bio-inspired algorithms and hardware prototypes. This is the first task that was developed in this thesis. The result is a combination of a computer model called Cellular Automata (CA) with the adaptive potential of Physarum, which creates many opportunities in the field of studying biological computing alternatives. In this thesis, a CA model and a multi-agent approach are proposed to imitate the plasmodium’s behavior. Then, the efficacy of the proposed model on graph problems such as the maze problem or the Traveling Salesman Problem (TSP) is tested. The virtual Physarum model is evaluated on a data set for pattern recognition purposes and achieves to form very effectively the letters of the alphabet, especially when compared with real experiments performed to prove the efficacy of the proposed model. Furthermore, in order to exploit the CA’s inherent parallelism and make the model’s responses faster, both GPU and hardware implementations are proposed and compared. At the next step, the path planning problem is realized by simulating a real problem with a robot in a maze. The solution is based on a parallel chemotaxis bioinspired model. The goal is the effective search of a route, which can connect the starting position of an autonomous robot with a final requested destination. To find this route the robot has to take under consideration its geometry, elements of its environment such as movements’ restrictions by obstacles and other characteristics of the topology. Chemotaxis is a term found in biology and refers to the movement of an organism in response to a chemical stimulus. Among numerous examples of such biological form here we get inspiration by Physarum Polycephalum, since this slime mold has shown the ability to find the shortest path in a maze between two spots, where chemicals exist, by following the gradient of the chemo-attractants. Inspired by this behavior, chemotaxis is used to lead a robot to its desired destination inside a labyrinth. A device transmitting signals can be considered as an equivalent chemical source and the robot’s receiver will follow the increased gradient of signal’s amplitude. Moreover, an effective model, that has the ability to simulate such a problem reducing the calculations’ complexity and in the same time mimicking the specific behavior, namely Cellular Automata (CA) is coupled with chemotaxis. The design and implementation of a CA based bio-inspired algorithm is proposed and an E-Puck robot uses the exact algorithm to find the shortest path in different topologies as a proof of concept. Presented with a spatial configuration of sources of nutrients, the slime mold spans the sources with networks of its protoplasmic tube. These networks belong to a family of planar proximity graphs. The protoplasmic networks also show a degree of similarity to vehicular transport networks. Researchers have shown that the foraging behavior of the slime mold can be applied in archaeological research to complement and enhance conventional geographic information system tools. The results produced suffered from limitation of a flat substrate: transport routes imitated by the slime mold did not reflect patterns of elevations. To overcome the limitation of the ‘flat world’, a three-dimensional model of Balkans is constructed. In laboratory experiments and computer modelling the patterns of the foraging behavior that might shed a light onto development of Roman roads in the Balkans during the imperial period (1st century BC – 4th century AD) are uncovered. As a result of the above, an accelerated virtual lab is developed which uses a multi-agent CA model to describe the behavior of plasmodium and can be used as an intelligent, autonomous, self-adaptive system in various heterogeneous andunknown environments spanning from different types of graph problems up to real life-time applications.Emergent behavior from simple components can also be found in chemistry. Chemical computation refers to computation using chemical reactions. There are several theoretical mathematical expressions that describe those reactions leading to reaction-diffusion computers. The reaction-diffusion (RD) models describe the change in the behavior of one or more chemical substances through space and time. The RD interaction can create waves of chemical concentration when the chemical systems used are far from equilibrium. The velocity and direction of those waves can be controlled and altered using excitable media or inhibitors. In particular, excitable media are spatially distributed systems characterized by their ability to propagate signals undamped over long distances, while inhibitors are used to reduce the propagation of those signals. The behavior of chemical oscillators are based on such media. A mixture that uses reacting chemical compounds in which the concentration of one of these compounds changes periodically has been characterized as chemical oscillator or chemical clock. The choice of an appropriate chemical clock in a two-dimensional thin film can lead to the generation of mechanical forces that produce travelling chemical waves and the result is locomotion. The properties of these waves, such as velocity and direction, can be controlled and altered if the chemical system includes photosensitive components. The most studied example is the Belousov-Zhabotinsky (BZ) reaction which includes some fundamental and essential characteristics that attract chemists, biologists, and computer scientists. Interaction of excitation wave-fronts in BZ system, can be interpreted in terms of logical gates and applied in design of unconventional hardware components. Logic gates and other more complicated components are already proposed using different topologies and particular characteristics. In this thesis, the inherent parallelism and simplicity of Cellular Automata (CA) modelling is combined with the Oregonator model of light-sensitive version of BZ reaction. The resulting parallel and computationally-inexpensive model has the ability to simulate a topology that can be considered as an one-bit full adder digital component towards the design of an Arithmetic Logic Unit (ALU). Furthermore, this Cellular Automaton (CA) model is used in different topologies and by exploiting the light-sensitive and collision based behavior of the Belousov- Zhabotinsky (BZ)chemical oscillator, is used to create a switching element which is capable of distinguishing two binary states, namely a BZ transistor. Inspired by the CMOS technology, we connect two of those BZ transistors to create the basic logic gates such as OR, NOT and the universal logic gates NAND and NOR. The model is designed in the open-source development platform ”Processing”. In order to exploit the parallel characteristics of the chemical reaction that are embodied in the CA model a General Purpose Graphic Processing Unit (GPGPU) is employed using the CUDA-C programming environment. Another engineered system that exhibit a variety of interesting properties such as collective dynamics that are inherited in their building blocks, is the artificial spin ice meta-materials. The building block of such a system is a dipolar nanomagnet with sub-micrometer dimensions. These nanomagnets are arranged in specific designs usually in square shapes and are coupled together by their magnetic interactions. With external magnetic fields it is possible to create magnetic moments or monopoles that cause a frustration to the system. Because of the local interactions those moments travel through the topology. Artificial spin ices were originally developed to mimic the behaviour of spins in their crystal counterparts, such as the rare- earth titanate pyrochlores, which have spins positioned on the corners of tetrahedra. The first concept came from nature and more specific the organization of ice crystal and more specific the way that oxygen and hydrogen molecules are being arranged. In this crystal every oxygen has four hydrogens around it which two are close to it and the two others are shared from the neighboring oxygens. It was found by Linus Pauling that even in very low temperatures the hydrogen atoms remain disordered and follow this two-near, two-far ice rule. Spin ices are materials that consist of regular corner-linked tetrahedra of magnetic ions, each of which has a non-zero magnetic moment, often called spin, which satisfy the "two-in, two-out" rule on each tetrahedron making the crystalline structure. The observation of such structures is a very challenging procedure, because of the extremely fast flipping process of the spins. This is why the researchers use mesoscopic systems with materials such as colloids or spheres of nanomagnets which are placed inside of islands in periodic lattices that generate frustration by design. The interactions between those nanomagnets are based on Coulomb forces and are usually modeled by Brownian equations. In this thesis, we propose a simple CA model that can describe effectively the dynamics between nanomagnets in a square lattice structure. The manipulation of the initial positions of nanomagnets via an external magnetic field and the movement of magnetic moments from one site to another are capable to create Boolean logic. Using the CA model we propose the design of logic gates and computing structures such as half adders and memory elements capable to read and write bits of information.Από το 1965, ο νόμος του Μουρ πιέζει την τεχνολογία και τη βιομηχανία στα όριά τους. Η πρόβλεψη ότι ο αριθμός των τρανζίστορ σε ένα ολοκληρωμένο κύκλωμα θα διπλασιάζεται κάθε δύο χρόνια έχει γίνει πραγματικότητα. Αλλά, φαίνεται ότι αυτή η πρόβλεψη φτάνει σε ένα τέλος. Ο σχεδιασμός των κατασκευαστών ημιαγωγών προβλέπει ότι η θεωρία του Μουρ θα παύσει να ισχύει εντός των επόμενων πέντε με δέκα ετών. Οι ανάγκες σε επεξεργαστική ισχύ, μειώνοντας ταυτόχρονα την ποσότητα της απαιτούμενης ενέργειας αυξάνονται ραγδαία. Νέες μεθοδολογίες μελετώνται για να διατηρηθεί αυτή η ορμή της βιομηχανίας, πολλές από αυτές κινούμενες σε διαφορετικές κατευθύνσεις και αναζητώντας μη συμβατικές μεθόδους και συνδυάζοντας διαφορετικά επιστημονικά πεδία. Τα κλασικά ηλεκτρονικά στοιχεία δεν αποτελούν το μοναδικό υλικό για υπολογισμούς. Η ανάπτυξη αυτής της τεχνολογίας συνέβη επειδή προσέφερε τη δυνατότητα δημιουργίας ταχύτερων, μικρότερων, φθηνότερων και καλύτερων υπολογιστικών συστημάτων. Από τη στιγμή που ο νόμος του Μουρ έχει αποδειχθεί ότι είναι ασφαλής για πολλά χρόνια, όλη η βιομηχανία επικεντρώθηκε μονο στα υπολογιστικά συστήματα που βασίζονται στο πυρίτιο. Αλλά, σε αυτό το μεταβατικό στάδιο, είναι η στιγμή νέες τεχνολογίες να αναδειχθούν και να δημιουργήσουν καινούριους ορίζοντες. Τα αυτο-συνειδητά και αυτο-εκφραστικά φυσικά συστήματα εμπνέουν νέες μεθοδολογίες στα πεδία των μηχανικών για την επίλυση σύνθετων υπολογιστικών προβλημάτων και αυτή είναι η βασική ιδέα πάνω στην οποία αναπτύσσεται αυτή η διατριβή: Η μελέτη διαφορετικών φυσικών ή χημικών υποστρωμάτων με στόχο το σχεδιασμό κυκλωμάτων που είναι ικανά να επιτύχουν υπολογισμούς. Μεταξύ πολλών άλλων παραδειγμάτων, οι βιολογικές δομές έχουν αποδείξει την ικανότητά τους να επιλύουν δύσκολα υπολογιστικά προβλήματα και να επιβιώνουν για χιλιάδες χρόνια σε ανταγωνιστικά περιβάλλοντα. Η έρευνα για την κατανόηση των πολύπλοκων διαδικασιών σε πολυκύτταρους οργανισμούς βρίσκεται ακόμη σε πρωτογενή επίπεδα. Τα πρώτα βήματα έχουν ήδη ξεκινήσει με πιο απλές μορφές ζωής που παρουσιάζουν αξιοσημείωτες υπολογιστικές ικανότητες. Ένα παράδειγμα είναι ο μυξομύκητας Physarum Polycephalum, ένας μονοκύτταρος οργανισμός ορατός με το μάτι, ο οποίος παρουσιάζει αυτογνωσία και αυτο-εκφραστικότητα ενώ προσαρμόζεται στις αλλαγές στο δυναμικό του περιβάλλον και επιλύει προβλήματα κατανάλωσης πόρων, όπως είναι η εύρεση της βέλτιστης διαδρομής, η εφαρμογή σε διάφορα προβλήματα γράφων και η βελτιστοποίηση δικτύων μεταφορών. Το μεγαλύτερο ενδιαφέρον συγκεντρώνεται στο πλασμώδιο, το στάδιο κατα το οποίο ο συγκεκριμένος μυξομύκητας τρέφεται. Αυτό το μονό κύτταρο έχει μυριάδες πυρήνες που συμβάλλουν σε ένα δίκτυο βιοχημικών ταλαντωτών που είναι υπεύθυνοι για την κατανεμημένη αίσθηση, τις ταυτόχρονες πληροφορίες για επεξεργασία, τη λήψη αποφάσεων και την παράλληλη ενεργοποίηση. Η μοντελοποιηση της συμπεριφοράς του συγκεκεκριμένου μυξομύκητα είναι πολύ σημαντική για τη δημιουργία των βιοεμπνευσμένων αλγορίθμων και των πρωτοτύπων σε υλικό. Αρχικά, σε αυτή τη διδακτορική διατριβή έχει αναπτυχθεί ένα επιταχυμένο εικονικό εργαστήριο που χρησιμοποιεί ένα μοντέλο ΚΑ με πολλαπλούς πράκτορες για να περιγράψει τη συμπεριφορά του πλασμωδίου και μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως ένα έξυπνο, αυτόνομο, αυτοπροσαρμοζόμενο σύστημα σε διάφορα ετερογενή και άγνωστα περιβάλλοντα και η χρήση του εκτείνεται από διαφορετικούς τύπους προβλημάτων γράφων έως και εφαρμογές που μπορούν να λειτουργήσουν σε πραγματικό χρόνο.Πιο συγκεκριμένα, προτείνεται ένα μοντέλο KA και μια προσέγγιση πολλαπλών πρακτόρων οι οποίοι μιμούνται τη συμπεριφορά του πλασμωδίου. Στη συνέχεια, δοκιμάζεται η αποτελεσματικότητα του προτεινόμενου μοντέλου σε προβλήματα γράφων, όπως είναι το πρόβλημα εύρεσης βέλτιστης διαδρομής σε λαβύρινθο ή το πρόβλημα του Πλανώδιου Πωλητή. Το εικονικό μοντέλο του Physarum αξιολογείται σε ένα σύνολο δεδομένων για σκοπούς αναγνώρισης προτύπων και επιτυγχάνει να σχηματίσει πολύ αποτελεσματικά τα γράμματα του αλφαβήτου. Επιπλέον πραγματικά πειράματα, που πραγματοποιήθηκαν για να αποδειχθεί η αποτελεσματικότητα του προτεινόμενου μοντέλου, επιβεβαιώνουν το αποτέλεσμα των προσομοιώσεων. Επιπλέον, προκειμένου να αξιοποιηθεί ο εγγενής παραλληλισμός των ΚΑ και να γίνουν ταχύτερες οι αποκρίσεις του μοντέλου, προτείνονται και συγκρίνονται τόσο οι υλοποιήσεις σε μηχανή γραφικών για υπολογισμούς όσο και ειδικά προσαρμοσμένες υλοποιήσεις σε υλικό, όπως είναι μια FPGA.Επιπλέον, για το πρόβλημα σχεδιασμού διαδρομών προσομοιώθηκε η συμπεριφορά ενός πραγματικού ρομπότ σε λαβύρινθο που κάνει χρήση του βιοεμπνευσμένου μοντέλου. Η λύση βασίζεται σε ένα παράλληλο βιοεμπνευσμένο μοντέλο χημειοταξίας. Ο στόχος είναι η αποτελεσματική αναζήτηση μιας διαδρομής, η οποία μπορεί να συνδέσει την αρχική θέση ενός αυτόνομου ρομπότ με έναν τελικό ζητούμενο προορισμό. Για να βρεθεί αυτή η διαδρομή, το ρομπότ πρέπει να λάβει υπόψη τη γεωμετρία του, στοιχεία από το περιβάλλον του, όπως είναι ο περιορισμός των κινήσεων λόγω εμποδίων και άλλα χαρακτηριστικά της τοπολογίας. Η χημειοταξία είναι ένας όρος που απαντάται στη βιολογία και αναφέρεται στην κίνηση ενός οργανισμού ως απόκριση σε μια χημική ουσία που δρα ως ερέθισμα. Μεταξύ πολλών παραδειγμάτων τέτοιων βιολογικών δομών, στη συγκεκριμένη διατριβή εμπνευστήκαμε από το Physarum Polycephalum, αφού αυτός ο μυξομύκητας έχει δείξει την ικανότητα να βρει το συντομότερο μονοπάτι σε ένα λαβύρινθο μεταξύ δύο σημείων, όπου υπάρχουν χημικά ερεθίσματα, ακολουθώντας την διασπορά και εξάπλωση των χημικών ουσιών που διαχέονται από τα ερεθίσματα στο χώρο. Έτσι, η χημειοταξία χρησιμοποιείται για να οδηγήσει το ρομπότ στον επιθυμητό προορισμό του μέσα σε ένα λαβύρινθο. Μια συσκευή που μεταδίδει σήματα μπορεί να θεωρηθεί ως ισοδύναμη χημική πηγή και το ρομπότ, που είναι ο δέκτης, θα ακολουθήσει την αυξανόμενη ποσότητα του σήματος όσο κινείται στο χώρο. Επιπλέον, ένα αποτελεσματικό εργαλείο, που έχει τη δυνατότητα προσομοίωσης ενός τέτοιου προβλήματος μειώνοντας την πολυπλοκότητα των υπολογισμών και ταυτόχρονα μιμούμενο τη συγκεκριμένη συμπεριφορά, είναι τα ΚΑ και στη συγκεκριμένη περίπτωση συνδυάζονται με τη χημειοταξία. Σε αυτή τη διατριβή παρουσιάζεται ο σχεδιασμός και η εφαρμογή ενός ΚΑ βασισμένου σε αλγόριθμο εμπνευσμένου από τη βιολογία. Επιπλέον ένα ρομπότ E-Puck χρησιμοποιεί τον συγκεκριμένο αλγόριθμο για να βρει τη συντομότερη διαδρομή σε διαφορετικές τοπολογίες. Στη συγκεκριμένη διδακτορική διατριβή προτείνεται επίσης ο σχεδιασμός ενός μοντέλου ΚΑ, που είναι βασισμένο στη συμπεριφορά του πλασμωδίου, με εφαρμογή στην αρχαιολογία. Έχοντας μια χωρική διαμόρφωση με πηγές θρεπτικών συστατικών, ο μυξομύκητας εκτείνεται σε αυτές τις πηγές με δίκτυα του πρωτοπλασματικού του σωλήνα. Αυτά τα δίκτυα ανήκουν σε μια οικογένεια γραφημάτων επίπεδης εγγύτητας. Τα πρωτοπλασματικά δίκτυα δείχνουν επίσης έναν βαθμό ομοιότητας με τα δίκτυα μεταφορών οχημάτων. Οι ερευνητές έχουν δείξει ότι η συμπεριφορά του πλασμωδίου κατά το στάδιο αναζήτησης τροφής μπορεί να χρησιμοποιηθεί και να εφαρμοστεί στην αρχαιολογική έρευνα για να συμπληρώσει και να ενισχύσει τα συμβατικά εργαλεία γεωγραφικών συστημάτων πληροφοριών. Τα αποτελέσματα που προέκυψαν υπέφεραν από τον περιορισμό ενός επίπεδου υποστρώματος που σημαίνει οι διαδρομές μεταφοράς που μοντελοποιούνται δεν χρησιμοποιούν μοτίβα με διαφορετικά ύψη. Για να ξεπεραστεί ο περιορισμός του «επίπεδου κόσμου», κατασκευάστηκε ένα τρισδιάστατο μοντέλο των Βαλκανίων. Με εργαστηριακά πειράματα και με τη μοντελοποίηση με τη χρήση υπολογιστών αναδεικνύονται μοτίβα συμπεριφοράς του πλασμωδίου που μπορούν να ρίξουν φως στο σχεδιασμό τον ρωμαϊκών δρόμων στα Βαλκάνια κατά την αυτοκρατορική περίοδο (1ος αιώνας π.Χ. - 4ος αιώνας μ.Χ.).Η αναδυόμενη συμπεριφορά από απλά συστατικά μπορεί επίσης να απαντηθεί στη χημεία. Ο χημικός υπολογισμός αναφέρεται στον υπολογισμό χρησιμοποιώντας χημικές αντιδράσεις. Τέτοια παραδείγματα είναι τα χημικά συστήματα αντίδρασης-διάχυσης. Τα μοντέλα αντίδρασης-διάχυσης περιγράφουν την αλλαγή στη συμπεριφορά μιας ή περισσότερων χημικών ουσιών στο χώρο και το χρόνο. Η αλληλεπίδραση αντίδρασης-διάχυσης μπορεί να δημιουργήσει χημικά χωρικά κύματα όταν τα συστήματα που χρησιμοποιούνται δε βρίσκονται σε ισορροπία. Η ταχύτητα και η κατεύθυνση αυτών των κυμάτων μπορεί να ελεγχθεί και να αλλάξει χρησιμοποιώντας κάποιες ουσίες που δρουν ως διεγέρτες ή καταστολείς. Πιο συγκεκριμένα, τα χημικά μέσα που χρησιμοποιούν χημικούς διεγέρτες ειναι συστήματα χωρικά κατανεμημένα που χαρακτηρίζονται από την ικανότητά τους να μεταδίδουν σήματα χωρίς αποσβέσεις σε μεγάλες αποστάσεις, ενώ αυτά που χρησιμοποιούν καταστολείς χρησιμοποιούνται για να εμποδίσουν τη μετάδοση αυτών των σημάτων. Οι χημικοί ταλαντωτές βασίζονται σε τέτοιες συμπεριφορές. Μια χημική ένωση από αντιδρώντα χημικά συστατικά, όπου η συγκέντρωση ενός από αυτά τα συστατικά αλλάζει περιοδικά χαρακτηρίζεται ως χημικός ταλαντωτής ή χημικό ρολόι. Η επιλογή του κατάλληλου χημικού ρολογιού σε ένα διδιάστατο λεπτό υπόστρωμα μπορεί να οδηγήσει στην εμφάνιση περιοδικών μηχανικών δυνάμεων που παράγουν χημικά κύματα που ταξιδεύουν στο χώρο και το αποτέλεσμα είναι να υπάρχει μετακίνηση. Οι ιδιότητες αυτών των κυμάτων, όπως είναι η ταχύτητα και η κατεύθυνση μπορούν να ελεγχθούν και να μεταβληθούν αν το χημικό σύστημα περιέχει φωτοευαίσθητα συστατικά. Το παράδειγμα που έχει μελετηθεί περισσότερο στη βιβλιογραφία είναι η αντίδραση Belousov-Zhabotinsky (BZ), η οποία περιλαμβάνει κάποια θεμελιώδη και ουσιαστικά χαρακτηριστικά που ελκύουν επιστήμονες από το χώρο της χημείας, της βιολογίας καθώς και της πληροφορικής. Αυτή η αλληλεπίδραση των διεγερμένων χημικών κυμάτων σε ένα σύστημα ΒΖ μπορεί να μεταφραστει σε όρους της άλγεβρας Boole και να χρησιμοποιηθεί για το σχεδιασμό μη συμβατικού υλικού για υπολογισμούς. Λογικές πύλες και πολύπλοκες συσκευές έχουν ήδη προταθεί χρησιμοποιώντας διαφορετικές τοπολογίες και συγκεκριμένα χαρακτηριστικά. Σε αυτή τη διδακτορική διατριβή, η εγγενής παραλληλία και η απλότητα των ΚΑ συνδυάζεται με το διαδεδομένο μοντέλο Oregonator σε μια

A GPGPU Physarum Cellular Automaton Model

Scientists have been gaining inspiration from several natural processes and systems to find fine solutions in many complex hard to solve engineering problems for many years now. Nevertheless, most of these natural systems suffer from great amount of time to perform; thus, scientists are seeking for computational tools and methods that could encapsulate in a conscious way nature’s genius, dealing at the same moment with time complexity. In this conquest, Cellular Automata (CA) proposed long time ago by John von Neumann, can be considered as a promising candidate. CA have the ability to capture the essential features of systems in which global complicated behavior emerges from the collective effect of simple components, which interact locally. These characteristics are immanent in many natural systems; namely Physarum polycephalum,an amoeba, is such a system. This simple organism presents the intelligence of finding effective solutions to demanding engineering problems such as shortest path(s) problems, various graph problems, evaluation of transport networks or even robotic control. In this paper, we move forward by taking advantage of a Graphical Processing Unit (GPU) and the Compute Unified Device Architecture (CUDA) programming model, to make use of the CA inherit parallelism when biomimicking the behavior of P. polycephalum in maze, providing the ability to find the minimum path between two spots. In this way we are able to produce a virtual easy-to-access lab speeding up significantly the biological paradigm when modeled by CA implemented in General Purpose computing on Graphics Processing Units (GPGPU) environment

Predicting Consumer Service Price Evolution during the COVID-19 Pandemic: An Optimized Machine Learning Approach

This research analyzes the impact of the COVID-19 pandemic on consumer service pricing within the European Union, focusing on the Transportation, Accommodation, and Food Service sectors. Our study employs various machine learning models, including multilayer perceptron, XGBoost, CatBoost, and random forest, along with genetic algorithms for comprehensive hyperparameter tuning and price evolution forecasting. We incorporate coronavirus cases and deaths as factors to enhance prediction accuracy. The dataset comprises monthly reports of COVID-19 cases and deaths, alongside managerial survey responses regarding company estimations. Applying genetic algorithms for hyperparameter optimization across all models results in significant enhancements, yielding optimized models that exhibit RMSE score reductions ranging from 3.35% to 5.67%. Additionally, the study demonstrates that XGBoost yields more accurate predictions, achieving an RMSE score of 17.07

A More Targeted and Selective Use of Implantable Loop Recorders Improves the Effectiveness of Syncope Units: A Single-Center Experience

Purpose: Syncope remains a common medical problem. Recently, the role of dedicated syncope units and implantable loop recorders has emerged in the investigation of unexplained syncope. This study aims to investigate the possibilities for a more rational and targeted use of various diagnostic tools. Methods: In this retrospective single-center study, 196 patients with unexplained syncope were included between March 2019 and February 2023. Various diagnostic tools were utilized during the investigation, according to clinical judgement. Patients were retrospectively allocated into Group A (including those who, among other tests, underwent loop recorder insertion) and Group B (including patients investigated without loop recorder implantation). Data were compared with Group C, including patients assessed prior to syncope unit establishment. Results: There was no difference between Group A (n = 133) and Group B (n = 63) in the diagnostic yield (74% vs. 76%, p = 0.22). There were significant differences between Groups A and B regarding age (67.3 ± 16.9 years vs. 48.3 ± 19.1 years, p p p p < 0.001). In Group C, the diagnostic yield was 57.9% and the electrocardiography-based diagnostic yield was 18.3%. Conclusions: A selective use of loop recorders according to clinical and electrocardiographic characteristics increases the effectiveness of the structured syncope unit approach and further preserves financial resources