Risk factors associated with failing pre-transmission assessment surveys (pre-TAS) in lymphatic filariasis elimination programs: Results of a multi-country analysis.

Achieving elimination of lymphatic filariasis (LF) as a public health problem requires a minimum of five effective rounds of mass drug administration (MDA) and demonstrating low prevalence in subsequent assessments. The first assessments recommended by the World Health Organization (WHO) are sentinel and spot-check sites-referred to as pre-transmission assessment surveys (pre-TAS)-in each implementation unit after MDA. If pre-TAS shows that prevalence in each site has been lowered to less than 1% microfilaremia or less than 2% antigenemia, the implementation unit conducts a TAS to determine whether MDA can be stopped. Failure to pass pre-TAS means that further rounds of MDA are required. This study aims to understand factors influencing pre-TAS results using existing programmatic data from 554 implementation units, of which 74 (13%) failed, in 13 countries. Secondary data analysis was completed using existing data from Bangladesh, Benin, Burkina Faso, Cameroon, Ghana, Haiti, Indonesia, Mali, Nepal, Niger, Sierra Leone, Tanzania, and Uganda. Additional covariate data were obtained from spatial raster data sets. Bivariate analysis and multilinear regression were performed to establish potential relationships between variables and the pre-TAS result. Higher baseline prevalence and lower elevation were significant in the regression model. Variables statistically significantly associated with failure (p-value ≤0.05) in the bivariate analyses included baseline prevalence at or above 5% or 10%, use of Filariasis Test Strips (FTS), primary vector of Culex, treatment with diethylcarbamazine-albendazole, higher elevation, higher population density, higher enhanced vegetation index (EVI), higher annual rainfall, and 6 or more rounds of MDA. This paper reports for the first time factors associated with pre-TAS results from a multi-country analysis. This information can help countries more effectively forecast program activities, such as the potential need for more rounds of MDA, and prioritize resources to ensure adequate coverage of all persons in areas at highest risk of failing pre-TAS

The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: insights from rapidly expanding genomic surveillance

Investment in SARS-CoV-2 sequencing in Africa over the past year has led to a major increase in the number of sequences generated, now exceeding 100,000 genomes, used to track the pandemic on the continent. Our results show an increase in the number of African countries able to sequence domestically, and highlight that local sequencing enables faster turnaround time and more regular routine surveillance. Despite limitations of low testing proportions, findings from this genomic surveillance study underscore the heterogeneous nature of the pandemic and shed light on the distinct dispersal dynamics of Variants of Concern, particularly Alpha, Beta, Delta, and Omicron, on the continent. Sustained investment for diagnostics and genomic surveillance in Africa is needed as the virus continues to evolve, while the continent faces many emerging and re-emerging infectious disease threats. These investments are crucial for pandemic preparedness and response and will serve the health of the continent well into the 21st century

Pf7: an open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 20,000 worldwide samples

We describe the MalariaGEN Pf7 data resource, the seventh release of Plasmodium falciparum genome variation data from the MalariaGEN network.  It comprises over 20,000 samples from 82 partner studies in 33 countries, including several malaria endemic regions that were previously underrepresented.  For the first time we include dried blood spot samples that were sequenced after selective whole genome amplification, necessitating new methods to genotype copy number variations.  We identify a large number of newly emerging crt mutations in parts of Southeast Asia, and show examples of heterogeneities in patterns of drug resistance within Africa and within the Indian subcontinent.  We describe the profile of variations in the C-terminal of the csp gene and relate this to the sequence used in the RTS,S and R21 malaria vaccines.  Pf7 provides high-quality data on genotype calls for 6 million SNPs and short indels, analysis of large deletions that cause failure of rapid diagnostic tests, and systematic characterisation of six major drug resistance loci, all of which can be freely downloaded from the MalariaGEN website

The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance.

Investment in severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) sequencing in Africa over the past year has led to a major increase in the number of sequences that have been generated and used to track the pandemic on the continent, a number that now exceeds 100,000 genomes. Our results show an increase in the number of African countries that are able to sequence domestically and highlight that local sequencing enables faster turnaround times and more-regular routine surveillance. Despite limitations of low testing proportions, findings from this genomic surveillance study underscore the heterogeneous nature of the pandemic and illuminate the distinct dispersal dynamics of variants of concern-particularly Alpha, Beta, Delta, and Omicron-on the continent. Sustained investment for diagnostics and genomic surveillance in Africa is needed as the virus continues to evolve while the continent faces many emerging and reemerging infectious disease threats. These investments are crucial for pandemic preparedness and response and will serve the health of the continent well into the 21st century

The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance

INTRODUCTION Investment in Africa over the past year with regard to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) sequencing has led to a massive increase in the number of sequences, which, to date, exceeds 100,000 sequences generated to track the pandemic on the continent. These sequences have profoundly affected how public health officials in Africa have navigated the COVID-19 pandemic. RATIONALE We demonstrate how the first 100,000 SARS-CoV-2 sequences from Africa have helped monitor the epidemic on the continent, how genomic surveillance expanded over the course of the pandemic, and how we adapted our sequencing methods to deal with an evolving virus. Finally, we also examine how viral lineages have spread across the continent in a phylogeographic framework to gain insights into the underlying temporal and spatial transmission dynamics for several variants of concern (VOCs). RESULTS Our results indicate that the number of countries in Africa that can sequence the virus within their own borders is growing and that this is coupled with a shorter turnaround time from the time of sampling to sequence submission. Ongoing evolution necessitated the continual updating of primer sets, and, as a result, eight primer sets were designed in tandem with viral evolution and used to ensure effective sequencing of the virus. The pandemic unfolded through multiple waves of infection that were each driven by distinct genetic lineages, with B.1-like ancestral strains associated with the first pandemic wave of infections in 2020. Successive waves on the continent were fueled by different VOCs, with Alpha and Beta cocirculating in distinct spatial patterns during the second wave and Delta and Omicron affecting the whole continent during the third and fourth waves, respectively. Phylogeographic reconstruction points toward distinct differences in viral importation and exportation patterns associated with the Alpha, Beta, Delta, and Omicron variants and subvariants, when considering both Africa versus the rest of the world and viral dissemination within the continent. Our epidemiological and phylogenetic inferences therefore underscore the heterogeneous nature of the pandemic on the continent and highlight key insights and challenges, for instance, recognizing the limitations of low testing proportions. We also highlight the early warning capacity that genomic surveillance in Africa has had for the rest of the world with the detection of new lineages and variants, the most recent being the characterization of various Omicron subvariants. CONCLUSION Sustained investment for diagnostics and genomic surveillance in Africa is needed as the virus continues to evolve. This is important not only to help combat SARS-CoV-2 on the continent but also because it can be used as a platform to help address the many emerging and reemerging infectious disease threats in Africa. In particular, capacity building for local sequencing within countries or within the continent should be prioritized because this is generally associated with shorter turnaround times, providing the most benefit to local public health authorities tasked with pandemic response and mitigation and allowing for the fastest reaction to localized outbreaks. These investments are crucial for pandemic preparedness and response and will serve the health of the continent well into the 21st century

Organisation du financement du dépistage du VIH à base communautaire en Côte d'Ivoire : une recherche d'efficience potentiellement contre-productive ?

Objectif : Depuis le début des années 2010, le President's Emergency Plan for AIDS Relief (Pepfar) et le Fonds mondial de lutte contre le VIH/ sida, la tuberculose et le paludisme ont accentué leurs stratégies de gestion axée sur les résultats (GAR). Les conditions de décaissements sont de plus en plus exigeantes pour les organisations non gouvernementales (ONG) financés (atteinte d'objectifs chiffrés, réalisation de compte rendu et de contrôles des activités fréquents) et leur rémunération dépend des résultats atteints. Cet article vise à analyser les effets de ce renforcement des politiques fondées sur le new public management sur la mise en oeuvre locale des activités, à travers l'exemple du dépistage du VIH à base communautaire. Méthodes : Dans trois districts sanitaires de la Côte d'Ivoire, nous avons réalisé, en 2015 et 2016, une cartographie des acteurs impliqués dans le dépistage communautaire et des entretiens semi-directifs auprès de membres des ONG dites "communautaires" (n = 18). Résultats : Le financement des organisations en charge du dépistage au niveau local transite par des organisations intermédiaires selon un système pyramidal complexe. Combiné à la lourdeur des comptes rendus d'activité et de la validation des données, cela génère des retards dans le décaissement des fonds et réduit fortement le temps effectif de mise en oeuvre des activités, soit moins de la moitié du temps prévu à cet effet. Conclusion : Cette managérialisation aussi bien du Pepfar que du Fonds mondial produit ainsi des effets contre-productifs contre lesquels elle était censée lutter

Organisation du financement du dépistage du VIH à base communautaire en Côte d'Ivoire : une recherche d'efficience potentiellement contre-productive ?

Objectif : Depuis le début des années 2010, le President's Emergency Plan for AIDS Relief (Pepfar) et le Fonds mondial de lutte contre le VIH/ sida, la tuberculose et le paludisme ont accentué leurs stratégies de gestion axée sur les résultats (GAR). Les conditions de décaissements sont de plus en plus exigeantes pour les organisations non gouvernementales (ONG) financés (atteinte d'objectifs chiffrés, réalisation de compte rendu et de contrôles des activités fréquents) et leur rémunération dépend des résultats atteints. Cet article vise à analyser les effets de ce renforcement des politiques fondées sur le new public management sur la mise en oeuvre locale des activités, à travers l'exemple du dépistage du VIH à base communautaire. Méthodes : Dans trois districts sanitaires de la Côte d'Ivoire, nous avons réalisé, en 2015 et 2016, une cartographie des acteurs impliqués dans le dépistage communautaire et des entretiens semi-directifs auprès de membres des ONG dites "communautaires" (n = 18). Résultats : Le financement des organisations en charge du dépistage au niveau local transite par des organisations intermédiaires selon un système pyramidal complexe. Combiné à la lourdeur des comptes rendus d'activité et de la validation des données, cela génère des retards dans le décaissement des fonds et réduit fortement le temps effectif de mise en oeuvre des activités, soit moins de la moitié du temps prévu à cet effet. Conclusion : Cette managérialisation aussi bien du Pepfar que du Fonds mondial produit ainsi des effets contre-productifs contre lesquels elle était censée lutter

Dépistage du VIH « hors les murs » en Côte d’Ivoire : des prestataires communautaires sous pression

Contexte : L’objectif 90-90-90 des Nations Unies vise à atteindre une couverture universelle du dépistage du VIH. Ainsi, plusieurs stratégies ont été implémentées en Côte d´Ivoire dont le dépistage dit « hors les murs » qui vise à aller au-devant des populations cibles. Dans un contexte de limitation des financements, certains bailleurs, cherchant à maximiser le rendement au test par la mesure du taux de séropositivité ont adopté depuis quelques années une politique visant à limiter un dépistage « tout-venant » jugé inefficace au profit de stratégies de plus en plus ciblées. D’autres maintiennent par contre le dépistage en population générale avec des objectifs quantifiés.Objectifs : Comment les contraintes induites par les politiques des bailleurs influent-elles la pratique du dépistage « hors les murs » par les ONGs chargées de sa mise en œuvre ?Méthodes : Cette étude a été réalisée à partir d’une recherche qualitative conduite dans trois districts sanitaires de la Côte d’Ivoire en 2015-2016. 21 activités de dépistage « hors les murs » du VIH ont été observées et 74 entretiens ont été réalisés avec 22 prestataires de santé, 6 acteurs associatifs, 11 responsables communautaires et 35 personnes dépistées ou à qui le test a été proposé.Résultats : Les orientations stratégiques des bailleurs sont déclinées par les partenaires techniques et financiers sous formes de cibles restreintes et d’objectifs mesurables, définis par zones géographiques et imposés aux ONGs de mise en œuvre. Face à cela, certaines ONGs adoptent des stratégies de contournement pour atteindre leurs résultats : interventions dans d´autres zones que celles définies, dépistage de personnes « hors cible », contraction de la durée dédiée au conseil et au dépistage, dépistage quémandé et forcé. Aussi, le dépistage est réalisé dans des conditions de manque de confidentialité et d’hygiène, par des prestataires non légalement formés au dépistage et non issus de la population cible.Conclusions : Face aux contraintes induites par les directives des bailleurs, les ONGs de mise en œuvre adoptent des stratégies de contournement pour atteindre leurs objectifs. La conséquence en est une dégradation de la qualité et de l’efficacité du dépistage « hors les murs » du VIH. Un meilleur dialogue entre partenaires et ONGs de mise en œuvre serait souhaitable dans la définition des politiques de dépistage et des cibles à atteindre

Dépistage du VIH hors les murs en Côte d'Ivoire : des prestataires communautaires sous pression

Contexte : Les stratégies de dépistage du virus de l'immunodéficience humaine (VIH) ' hors les murs ' ont fortement contribué à augmenter le nombre des personnes connaissant leur statut sérologique en Afrique subsaharienne. Cet article analyse l'articulation entre les exigences des bailleurs et les contraintes du terrain dans le cadre de la mise en oeuvre du dépistage hors les murs en Côte d'Ivoire. Méthodes : Une recherche qualitative a été menée dans trois districts sanitaires de Côte d'Ivoire (Man, Cocody-Bingerville et Aboisso) en 2015-2016. Les données étaient issues d'entretiens conduits auprès de prestataires communautaires d'organisations non gouvernementales (ONG) d'exécution, et de personnes dépistées, ainsi que par l'observation d'activités de dépistage du VIH hors les murs. Résultats : Les organisations d'exécution se sentent ' sous pression ' face aux objectifs des bailleurs jugés inatteignables et au déficit de formation et de financement. Dès lors, les prestataires n'observent pas systématiquement les règles en matière de conseil, consentement éclairé et confidentialité, dites des ' trois C ', et dépistent des personnes ' hors cibles ' (géographiques et populationnelles). Discussion : Deux types de contraintes pèsent sur les ONG d'exécution : celles issues du fonctionnement de l'aide internationale (financements inadéquats par rapport aux coûts réels, objectifs trop élevés, chaîne d'intermédiaires importante) et celles liées au contexte local (espaces non adaptés pour garantir la confidentialité et activité professionnelle des populations cibles). Conclusion : Les pressions que subissent à différents niveaux les ONG d'exécution se font au détriment de la qualité du dépistage. Il apparaît aujourd'hui essentiel de développer une approche plus qualitative dans la définition des stratégies et de ses critères d'évaluation