Kinetics of error generation in homologous B-family DNA polymerases

The kinetics of forming a proper Watson–Crick base pair as well incorporating bases opposite furan, an abasic site analog, have been well characterized for the B Family replicative DNA polymerase from bacteriophage T4. Structural studies of these reactions, however, have only been performed with the homologous enzyme from bacteriophage RB69. In this work, the homologous enzymes from RB69 and T4 were compared in parallel reactions to determine the relative abilities of the two polymerases to incorporate correct nucleotides as well as to form improper pairings. The kinetic rates for three different exonuclease mutants for each enzyme were measured for incorporation of an A opposite T and an A opposite furan as well as for the formation of A:C and T:T mismatches. The T4 exonuclease mutants were all ∼2- to 7-fold more efficient than the corresponding RB69 exonuclease mutants depending on whether a T or furan was in the templating position and which exonuclease mutant was used. The rates for mismatch formation by T4 were significantly reduced compared with incorporation opposite furan, much more so than the corresponding RB69 mutant. These results show that there are kinetic differences between the two enzymes but they are not large enough to preclude structural assumptions for T4 DNA polymerase based on the known structure of the RB69 DNA polymerase

Involvement of the TPR2 subdomain movement in the activities of ϕ29 DNA polymerase

The polymerization domain of ϕ29 DNA polymerase acquires a toroidal shape by means of an arch-like structure formed by the specific insertion TPR2 (Terminal Protein Region 2) and the thumb subdomain. TPR2 is connected to the fingers and palm subdomains through flexible regions, suggesting that it can undergo conformational changes. To examine whether such changes take place, we have constructed a ϕ29 DNA polymerase mutant able to form a disulfide bond between the apexes of TPR2 and thumb to limit the mobility of TPR2. Biochemical analysis of the mutant led us to conclude that TPR2 moves away from the thumb to allow the DNA polymerase to replicate circular ssDNA. Despite the fact that no TPR2 motion is needed to allow the polymerase to use the terminal protein (TP) as primer during the initiation of ϕ29 TP–DNA replication, the disulfide bond prevents the DNA polymerase from entering the elongation phase, suggesting that TPR2 movements are necessary to allow the TP priming domain to move out from the polymerase during transition from initiation to elongation. Furthermore, the TPR2-thumb bond does not affect the equilibrium between the polymerization and exonuclease activities, leading us to propose a primer-terminus transference model between both active sites

Epidémiologie moléculaire des virus dans les voies respiratoires et association avec les signes cliniques d’asthme équin modéré

Equine influenza virus (EIV), α-herpesvirus (EHV-1 & EHV-4), Equine rhinitis virus A and B (ERAV & ERBV), Equine adenovirus 1 and 2 (EAdV1 & EAdV2) Herpesvirus (EHV-2 & EHV-5) and Equine coronavirus (ECoV)) are not currently being investigated by qPCR for mild equine asthma (MEA) in training horses. The objectives of this project are to: 1) determine the prevalence and incidence of viral genome detection and / or quantification in the respiratory tract of racehorses during training; 2) to study the concordance between two compartments of the respiratory tract; 3) specify the relationship between detection and / or viral quantification and a) the clinical signs of MEA and b) performance. A longitudinal prospective study was conducted from November 2012 to January 2015, both nasopharyngeal swabs (NS) and tracheal washes (TW) were collected monthly on 52 Strandardbred racehorses at training. The ten viruses of interest were systematically investigated by qPCR in NS and TW. Clinical signs of MEA (nasal discharge, cough) and tracheal mucus score were noted during each examination. The viral genomes most frequently detected in NS and TW are EHV-5, EHV-2 and ERBV. No significant association was found between viral detection / quantification in NS and clinical signs. Detection of EHV-2 in TW was significantly associated with cough (OR 3. 1, P = 0. 01) and excess tracheal mucus (OR 2. 1, P = 0. 02). Detection (OR 5. 3; P <0. 001) and quantification of ERBV (OR 15. 0; P <0. 001) in LT were significantly associated with cough.Les virus (Influenza virus équin (EIV), α-herpèsvirus (EHV-1 & EHV-4), Virus de la rhinite équine A et B (ERAV & ERBV), Adénovirus équin 1 et 2 (EAdV1 & EAdV2), γ-herpèsvirus (EHV-2 & EHV-5) et Coronavirus équin (ECoV)) n’ont actuellement pas tous été recherchés par qPCR dans le cadre de l’asthme équin modéré (AEM) chez les chevaux à l’entrainement. Les objectifs de ce projet sont :1) déterminer la prévalence et l'incidence de la détection et/ou quantification des génomes viraux dans les voies respiratoires des chevaux de course à l’entrainement ; 2) étudier la concordance entre deux compartiments des voies respiratoires; 3) préciser les relations entre la détection et/ou quantification virale et a) les signes cliniques d’AEM et b) les performances. Une étude prospective longitudinale a été conduite de Novembre 2012 à Janvier 2015, sur 52 Trotteurs Français différents ont été prélevés mensuellement : des écouvillons naso-pharyngés (ENP) et du liquide de lavage trachéal (LT). Les dix virus d’intérêt ont été systématiquement recherchés par qPCR dans les ENP et les LT. Les signes cliniques d’AEM (jetage nasal, toux) et le score de mucus trachéal ont été notés lors de chaque examen. Les génomes viraux les plus fréquemment détectés dans les ENP et LT sont EHV-5, EHV-2 et ERBV. Aucune association significative n'a été trouvée entre la détection/quantification virale dans les ENP et les signes cliniques. La détection d’EHV-2 dans le LT a été significativement associée à la toux (OR 3,1; P=0,01) et à l’excès de mucus trachéal (OR 2,1; P=0,02). La détection (OR 5,3; P < 0,001) et la quantification d’ERBV (OR 15,0; P < 0,001) dans le LT ont été significativement associés à la toux

Apprendre à comprendre et à s'exprimer à l'oral : vers une autonomisation de l'apprenant pour une intégration scolaire (plus) réussie

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La pneumocystose à pneumocystis carinii (description, diagnostic & traitements)

En 1981, l'apparition de cas sporadiques de pneumocystose aux USA chez des homosexuels en bonne santé a été mise sur le compte d'une immunodépression dont l'agent pathogène le VIH fut découvert plus tard. Cette période marqua le début de l'ère du sida et l'incidence de la p.p.c a évolué progressivement et parallèlement à cette épidémie. La pneumocystose à Pneumocystis carinii augure sans équivoque l'entrée dans le stade Sida. Sans les thérapeutiques préventives et curatives bien codifiées elle aurait pris une extension plus importante. Actuellement, l'infection à P.carinii atteint non seulement les personnes infectées par le sida mais aussi des sujets ayant un déficit immunitaire acquis ou secondaire. Les signes cliniques et radiologiques ne sont pas spécifiques et le diagnostic de certitude repose sur le lavage broncho-alvéolaire. Une thérapie qui conjugue efficacité et tolérance revêt donc un caractère très important, d'où l'apport de l'atovaquone qui au-delà de ces deux caractéristiques a démontré un intérêt thérapeutique large tel que le traitement de la toxoplasmose ou la prophylaxie du paludismeAMIENS-BU Santé (800212102) / SudocSudocFranceF

Ein Einsatzmodell zur Identifizierung der wesentlichen Einflussgrößen von Portalstaplern auf die Containerterminal-Umschlagleistung

Der Einsatz von Portalstaplern (Van Carrier (VC)) in einem Containerterminal in Seehäfen stellt ein komplexes System dar. Es gibt viele Parameter, seien es Terminalparameter oder Fahrzeugparameter, die die Umschlagleistung eines Portalstaplers beeinflussen können. Um den Einfluss dieser Parameter auf die Umschlagleistung zu ermitteln, wurde ein einfaches mathematisches Modell gebildet, welches dem realen System ähnlich ist. Das Einsatzmodell beinhaltet alle relevanten VC-Arbeitsspiele (Insgesamt 7 Arbeitsspiele für den Containertransport zwischen Schiff, Lager, Bahn- und Lkw-Umschlag)

Apprendre à comprendre et à s'exprimer à l'oral : vers une autonomisation de l'apprenant pour une intégration scolaire (plus) réussie

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