Modificações no procedimento para o teste de tukey e poder e eficiência de testes de comparações múltiplas

Multiple pairwise comparison tests of treatment means are of great interest in applied research. Two modifications for the Tukey test were proposed. The power of unilateral and bilateral Student, Waller-Duncan, Duncan, SNK, REGWF, REGWQ, Tukey, Bonferroni, Sidak, unilateral Dunnet statistical tests and the modified tests, Sidak, Bonferroni 1 and 2, Tukey 1 and 2, has been compared using the Monte Carlo method. Data were generated for 600 experiments with eight treatments in a randomized block design, of which 400 had four and 200 eight blocks. The differences between the treatment means in relation to the control were 30%, 20%, 15%, 10%, 5%. Two extra treatments did not differ from the control. A coefficient of variation of 10% and a probability Type I error of α = 0.05 were adopted. The power of all the tests decreased when the differences to the control, decreased. The unilateral and bilateral Student t, Waller-Duncan and Duncan tests showed greater number of significative differences, followed by unilateral Dunnett, modified Sidak, modified Bonferroni 1 and 2, modified Tukey 1, SNK, REGWF, REGWQ, modified Tukey 2, Tukey, Sidak and Bonferroni. There is great loss of efficiency for all tests in relation to the unilateral Student t test for each difference of the treatment to the control, when the differences between means decrease. The modified tests were always more efficient than their original ones.Testes de comparações múltiplas entre médias de tratamentos são de grande interesse na pesquisa aplicada. Duas propostas de modificação do teste de Tukey são apresentadas e, usando-se simulação pelo método Monte Carlo, foi comparado o poder dos testes estatísticos: Student unilateral e bilateral, Waller-Duncan, Duncan, SNK, REGWF, REGWQ, Tukey, Bonferroni, Sidak, Dunnet unilateral, e dos testes modificados de Sidak, Bonferroni 1 e 2 e Tukey 1 e 2. Foram gerados dados para 600 experimentos em um delineamento casualizado em blocos com oito tratamentos, sendo 400 com quatro repetições e 200 com oito repetições. Foram adotados coeficiente de variação de 10% e erro tipo I com probabilidade α = 0.05. As diferenças entre as médias dos tratamentos e o controle foram de 30%, 20%, 15%, 10%, 5%; sendo, ainda incluídos, dois tratamentos que, parametricamente, não diferiram da média do controle. Para todos os testes, o poder decresceu quando as diferenças das médias em relação à média do controle decresceram; pela ordem, t de Student unilateral, t de Student bilateral e Waller-Duncan apresentaram maior número de diferenças significativas; seguindo-se Duncan, Dunnett unilateral, Sidak modificado e Bonferroni modificados 1 e 2 e Tukey modificado 1, SNK, REGWF, REGWQ, Tukey modificado 2 e os testes de Tukey, Sidak e Bonferroni. Houve grande perda de eficiência para todos os testes em relação ao teste t de Student unilateral, usado para comparar cada tratamento com o controle, quando o valor da diferença entre médias diminui. Os testes modificados foram sempre mais eficientes do que os respectivos testes originalmente propostos

Curvas de crescimento de efeitos mistos na avaliação de touros Nelore

Cattle breeding programmes need objective criteria in order to evaluate and subsequently improve production systems. This work uses a logistic growth curve model for evaluating sires based on their progeny weight measured repeatedly over time. The parameters of the curve are described as a linear function of fixed and random effects. A Bayesian approach is used for the estimation. Analysis of the weights recorded on animals of the Nellore breed shows that growth curve models with fixed and random effects can be useful to evaluate and selecting sires.Programas de melhoramento de bovinos necessitam critérios objetivos para avaliar e subsequentemente melhorar o sistema de produção. Este trabalho faz uso de um modelo de curva de crescimento logístico para avaliar touros com base nos pesos de suas progênies registrados repetidamente ao longo do tempo. Os parâmetros da curva são descritos como funções lineares de efeitos fixos e aleatórios. Uma abordagem Bayesiana é considerada para a estimação dos parâmetros. Análise de dados de pesos de animais da raça Nelore mostra que os modelos de curva de crescimento com efeitos fixos e aleatórios podem ser úteis para avaliar e selecionar touros.Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior (CAPES)CNP

Curvas de crescimento de efeitos mistos na avaliação de touros Nelore

Cattle breeding programmes need objective criteria in order to evaluate and subsequently improve production systems. This work uses a logistic growth curve model for evaluating sires based on their progeny weight measured repeatedly over time. The parameters of the curve are described as a linear function of fixed and random effects. A Bayesian approach is used for the estimation. Analysis of the weights recorded on animals of the Nellore breed shows that growth curve models with fixed and random effects can be useful to evaluate and selecting sires.Programas de melhoramento de bovinos necessitam critérios objetivos para avaliar e subsequentemente melhorar o sistema de produção. Este trabalho faz uso de um modelo de curva de crescimento logístico para avaliar touros com base nos pesos de suas progênies registrados repetidamente ao longo do tempo. Os parâmetros da curva são descritos como funções lineares de efeitos fixos e aleatórios. Uma abordagem Bayesiana é considerada para a estimação dos parâmetros. Análise de dados de pesos de animais da raça Nelore mostra que os modelos de curva de crescimento com efeitos fixos e aleatórios podem ser úteis para avaliar e selecionar touros

Modelagem espaço-temporal do padrão de infestação da broca do café levando em consideração excesso de zeros e dados faltantes

The study of pest distributions in space and time in agricultural systems provides important information for the optimization of integrated pest management programs and for the planning of experiments. Two statistical problems commonly associated to the space-time modelling of data that hinder its implementation are the excess of zero counts and the presence of missing values due to the adopted sampling scheme. These problems are considered in the present article. Data of coffee berry borer infestation collected under Colombian field conditions are used to study the spatio-temporal evolution of the pest infestation. The dispersion of the pest starting from initial focuses of infestation was modelled considering linear and quadratic infestation growth trends as well as different combinations of random effects representing both spatially and not spatially structured variability. The analysis was accomplished under a hierarchical Bayesian approach. The missing values were dealt with by means of multiple imputation. Additionally, a mixture model was proposed to take into account the excess of zeroes in the beginning of the infestation. In general, quadratic models had a better fit than linear models. The use of spatially structured parameters also allowed a clearer identification of the temporal increase or decrease of infestation patterns. However, neither of the space-time models based on standard distributions was able to properly describe the excess of zero counts in the beginning of the infestation. This overdispersed pattern was correctly modelled by the mixture space-time models, which had a better performance than their counterpart without a mixture component.O estudo da distribuição de pragas em espaço e tempo em sistemas agrícolas fornece informação importante para a otimização de programas de manejo integrado de pragas e para o planejamento de experimentos. Dois problemas estatísticos comumente associados à modelagem espaço-temporal desse tipo de dados que dificultam sua implementação são o excesso de zeros nas contagens e a presença de dados faltantes devido ao esquema de amostragem adotado. Esses problemas são considerados no presente artigo. Para estudar a evolução da infestação da broca do café a partir de focos iniciais de infestação foram usados dados de infestação da praga coletados em condições de campo na Colômbia. Foram considerados modelos com tendência de crescimento da infestação linear e quadrática, assim como diferentes combinações de efeitos aleatórios representando variabilidade espacialmente estruturada e não estruturada. As análises foram feitas sob uma abordagem Bayesiana hierárquica. O método de imputação múltipla foi usado para abordar o problema de dados faltantes. Adicionalmente, foi proposto um modelo de mistura para levar em consideração o excesso de zeros nas contagens no início da infestação. Em geral, os modelos quadráticos tiveram um melhor ajuste que os modelos lineares. O uso de parâmetros espacialmente estruturados permitiu uma identificação mais clara dos padrões temporais de acréscimo ou decréscimo na infestação. No entanto, nenhum dos modelos espaço-tempo baseados em distribuições padrões descreveu, apropriadamente, o excesso de zeros no início da infestação. Esse padrão de sobredispersão foi corretamente modelado pelos modelos de mistura espaço-tempo, os quais tiveram um melhor desempenho que seus homólogos sem mistura.CNP

Detecção de padrões espaciais na ocorrência do tripes (Thrips tabaci) na cultura da cebola

Onion (Allium cepa) is one of the most cultivated and consumed vegetables in Brazil and its importance is due to the large laborforce involved. One of the main pests that affect this crop is the Onion Thrips (Thrips tabaci), but the spatial distribution of this insect, although important, has not been considered in crop management recommendations, experimental planning or sampling procedures. Our purpose here is to consider statistical tools to detect and model spatial patterns of the occurrence of the onion thrips. In order to characterize the spatial distribution pattern of the Onion Thrips a survey was carried out to record the number of insects in each development phase on onion plant leaves, on different dates and sample locations, in four rural properties with neighboring farms under different infestation levels and planting methods. The Mantel randomization test proved to be a useful tool to test for spatial correlation which, when detected, was described by a mixed spatial Poisson model with a geostatistical random component and parameters allowing for a characterization of the spatial pattern, as well as the production of prediction maps of susceptibility to levels of infestation throughout the area.A cebola é uma das hortaliças mais cultivadas e consumidas no Brasil e sua importância social se deve à grande demanda por mão-de-obra. Uma das principais pragas que afeta essa cultura é o tripes do prateamento (Thrips tabaci) e sua distribuição espacial, embora importante, não tem sido considerada nas recomendações de manejo da cultura, planejamento de experimentos ou estudos amostrais. O objetivo desse artigo foi considerar métodos estatísticos para detectar e modelar padrões espaciais na ocorrência do tripes do prateamento da cebola. Para caracterizar o padrão espacial da dispersão do tripes do prateamento da cebola foi feito um levantamento anotando-se o número de insetos por fase de desenvolvimento em folhas de plantas de cebola, em diferentes datas e pontos amostrais dentro de quatro propriedades com fazendas vizinhas apresentando diferentes níveis de infestação e métodos de plantio. O teste de aleatorização de Mantel mostrou-se útil para testar a presença de padrão espacial, que quando detectado foi descrito por um modelo de Poisson misto espacial com componente aleatório geoestatístico com parâmetros que possibilititam a caracterização do padrão espacial, bem como a obtenção de mapas de predição dos níveis de susceptibilidade à infestação na área.Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior (CAPES

Spatial pattern detection modeling of thrips (Thrips tabaci) on onion fields

Onion (Allium cepa) is one of the most cultivated and consumed vegetables in Brazil and its importance is due to the large laborforce involved. One of the main pests that affect this crop is the Onion Thrips (Thrips tabaci), but the spatial distribution of this insect, although important, has not been considered in crop management recommendations, experimental planning or sampling procedures. Our purpose here is to consider statistical tools to detect and model spatial patterns of the occurrence of the onion thrips. In order to characterize the spatial distribution pattern of the Onion Thrips a survey was carried out to record the number of insects in each development phase on onion plant leaves, on different dates and sample locations, in four rural properties with neighboring farms under different infestation levels and planting methods. The Mantel randomization test proved to be a useful tool to test for spatial correlation which, when detected, was described by a mixed spatial Poisson model with a geostatistical random component and parameters allowing for a characterization of the spatial pattern, as well as the production of prediction maps of susceptibility to levels of infestation throughout the area.A cebola é uma das hortaliças mais cultivadas e consumidas no Brasil e sua importância social se deve à grande demanda por mão-de-obra. Uma das principais pragas que afeta essa cultura é o tripes do prateamento (Thrips tabaci) e sua distribuição espacial, embora importante, não tem sido considerada nas recomendações de manejo da cultura, planejamento de experimentos ou estudos amostrais. O objetivo desse artigo foi considerar métodos estatísticos para detectar e modelar padrões espaciais na ocorrência do tripes do prateamento da cebola. Para caracterizar o padrão espacial da dispersão do tripes do prateamento da cebola foi feito um levantamento anotando-se o número de insetos por fase de desenvolvimento em folhas de plantas de cebola, em diferentes datas e pontos amostrais dentro de quatro propriedades com fazendas vizinhas apresentando diferentes níveis de infestação e métodos de plantio. O teste de aleatorização de Mantel mostrou-se útil para testar a presença de padrão espacial, que quando detectado foi descrito por um modelo de Poisson misto espacial com componente aleatório geoestatístico com parâmetros que possibilititam a caracterização do padrão espacial, bem como a obtenção de mapas de predição dos níveis de susceptibilidade à infestação na área

Diferenças em colonização do hospedeiro por isolados de Xylella fastidiosa de citros e cafeeiro em inoculações recíprocas

Clorose variegada dos citros (CVC) e atrofia dos ramos do cafeeiro (ARC) são doenças importantes no Brasil, associadas a estirpes de Xylella fastidiosa que são geneticamente próximas. Entretanto, pouco se sabe a respeito de plantas hospedeiras em comum e da importância de citros e cafeeiro como fontes de inóculo dessas estirpes. Neste estudo, realizaram-se experimentos de inoculação recíproca para determinar se isolados de X. fastidiosa de CVC e de ARC são biologicamente semelhantes em plantas de citros e café. Estes dois hospedeiros foram mecanicamente inoculados com um isolado de CVC e um isolado de ARC, em quatro concentrações que variaram de 10³ a 10(9) unidades formadoras de colônias UFC mL-1. Aos dois, quatro e oito meses após a inoculação, a eficiência de infecção e a população bacteriana dos isolados em cada hospedeiro foram determinadas por cultura. O isolado de CVC infectou tanto plantas de citros quanto de café, mas desenvolveu populações mais baixas em cafeeiro. O isolado de ARC não colonizou citros. A inoculação de plantas de café com o isolado de CVC resultou em baixas taxas de infecção e exigiu uma concentração de inóculo dez vezes mais alta que a necessária para obter uma taxa de infecção semelhante (25%) em citros. A reduzida taxa de infecção e a baixa população bacteriana do isolado de CVC em cafeeiro em relação a citros sugerem que cafeeiro não é um hospedeiro adequado para atuar como fonte de inóculo da estirpe de CVC para disseminação deste patógeno para pomares de laranja ou dentro de cafezais.Citrus variegated chlorosis (CVC) and coffee stem atrophy (CSA) are important diseases in Brazil associated with closely-related strains of Xylella fastidiosa, but little is know about host aoverlappingnd importance of citrus and coffee as inoculum sources of these strains. In this study, reciprocal-inoculation experiments were performed to determine if CVC and CSA isolates are biologically similar within citrus and coffee plants. These two hosts were mechanically inoculated with a CVC and a CSA isolate of X. fastidiosa at four concentrations ranging between10³ and 10(9) colony forming units CFU mL-1. At two, four and eight months after inoculation, the infection efficiency and bacterial populations of the isolates in each host were determined by culturing. The CVC isolate infected both citrus and coffee plants, but developed lower populations in coffee. The CSA isolate did not colonize citrus. Inoculation of coffee plants with the CVC isolate resulted in low rates of infection and required an inoculum concentration ten-fold higher than that necessary to obtain a similar (25%) rate of infection in citrus. The relatively low infection rates and bacterial numbers of the CVC isolate in coffee plants compared with those observed in citrus suggest that coffee is not a suitable host to serve as a source of inoculum of the CVC strain for primary spread to citrus or within coffee plantations

Phosphoethanolamine and omega-3 in patients with asthma

The effect of omega-3 (n-3) in asthma has been inconclusive. One explanation for it may be the low incorporation of these fatty acids in clinical studies. Phosphoethanolamine (PEtn) can increase the synthesis of phosphatidylethanolamine, which can, in turn, increase the incorporation of n-3 in cell membranes. The aim of this study is to evaluate the effect of synthetic PEtn in patients with asthma who are receiving n-3. This randomized, double-blind, placebo-controlled study was carried out over a two month period by using spirometry, the Asthma Control Test questionnaire (ACT) and medicine intake. Forty-one patients with asthma were studied. Twenty-one patients received n-3 daily (1.080 mg of EPA, 720 mg of DHA) and 800 mg of PEtn (PEtn group), and twenty patients received the same doses of n-3 and placebo (control group). All patients continued receiving their conventional treatment for asthma. The hospital ethics committee approved the study. Five patients of each group required systemic corticosteroids, being the total consumption, smaller in the PEtn group (127.4 mg of prednisone/patient versus 416.0 mg of prednisone/patient in the control group, p-value = 0.0269). There were no significant differences in the changing of ATC and FEV1, as well as in the intake of formoterol or budesonide between the groups. In this study, patients who received phosphoethanolamine and omega-3 needed a smaller dose of systemic corticosteroid for asthma control than patients who only received omega-3. However, as the trial was conducted on a small scale, more studies are necessary

Contagem de células somáticas e produção de leite em vacas holandesas de alta produção

The goal of this paper was to evaluate if losses in milk yield due to increase in somatic cells count are proportional or independent of the level of production. A total of 7,756 observations, monthly collected from a single herd from September/2000 up to June/2002, were used. The lactation curve was modeled by the incomplete gamma function, considering the effects of lactation order, calving season, peripartum disorder incidence and body condition score at calving. Somatic cells count was added to the model as a multiplicative factor, representing relative losses, and as an additive factor, representing absolute losses. The best model was chosen based on the information criteria of Schwarz (BIC). The losses are absolute, becoming evident from 14,270 cells/mL, and they are 184 and 869 g/day for each increase of one unit in the natural logarithm scale, starting from that somatic cells count, for primiparous and multiparous cows, respectively.A mastite bovina pode ser clínica, com sinais visíveis, e subclínica, diagnosticada pela contagem das células somáticas. As perdas econômicas causadas pela mastite subclínica devem ser quantificadas para atender à demanda nacional de produtos lácteos. O objetivo deste trabalho foi verificar se as perdas na produção de leite, pelo aumento do número de células somáticas, são proporcionais ou independentes do nível de produção. Foram utilizadas 7.756 observações, colhidas mensalmente de um único rebanho, de setembro de 2000 a junho de 2002. A curva de lactação foi modelada pela função gama incompleta, e os efeitos de ordem de lactação, época do parto, ocorrência de doenças no periparto e escore de condição corporal ao parto também foram considerados. A contagem de células somáticas foi incluída nesse modelo como fator multiplicativo, representando perdas relativas, e como fator aditivo, representando perdas absolutas. A escolha do melhor modelo foi baseada no critério de informação de Schwarz (BIC). As perdas são absolutas, evidentes a partir de 14.270 células/mL e para cada aumento de uma unidade na escala do logaritmo natural a partir desse valor, estimam-se perdas de 184 e 869 g/dia para vacas primíparas e multíparas, respectivamente