Grape selector: a Shiny application for grapevine breeding

Both variety and clonal selection programs require the study of many traits. Selecting the best accession becomes a challenge when the number of accessions and traits being studied increases. Grape selector is a user-friendly tool that allows finding the best compromises according to a set of criteria (selection index). This tool can be used with phenotypic data at the variety or clone scale. The application was tested with existing phenotypic data from a breeding program and provided consistent selection with the one done manually

Vitioeno, un centre de ressources numériques pour la production de données scientifiques FAIR

Résumé INRAE et l’IFV ont mis en place un centre de ressources numériques ouvertes et librement accessibles, avec l’objectif d’aider et de faciliter la structuration et la qualification des données selon les principes FAIR. Ce centre de ressource pour l’aide à la gestion des données « Vitioeno » est disponible en ligne, en français et en anglais, à l’adresse https://vitioeno.mistea.inrae.fr/resource/app/. Il recense et donne un accès ouvert à différents types de ressources numériques existantes, en particulier des référentiels (matériel végétal et variables expérimentales), des documents téléchargeables de type protocoles, et des applications ou liens utiles

Quelle place pour les adventices dans l’épidémiosurveillance ? Rapport au Comité National d’Epidémiosurveillance

La gestion des adventices est à juste titre considérée comme un frein majeur à l’adoption deméthodes intégrées de conduite des cultures peu dépendantes en produits phytosanitaires.Leur dynamique d’infestation se construisant sur plusieurs saisons culturales du fait du stock desemences dans le sol, les plantes adventices ne peuvent être gérées comme le seraient d’autresravageurs dépendant des seuls paramètres saisonniers pour déclencher leur épidémie. Pourautant notre groupe conclut que l’épidémiosurveillance des adventices peut être utile à unerationalisation des moyens de lutte. Elle peut permettre, sur le pas de temps court, d’optimiseren saison le choix tactique et le timing des interventions de tout ordre ayant un impact sur lesadventices et doit pour cela apparaître clairement dans les Bulletins de Santé du Végétal (BSV).Sa compilation sur plusieurs saisons permettra de mieux saisir l’évolution de la flore et depointer du doigt les facteurs responsables sous-jacents. Ceux-ci constituent autant d’éléments àintégrer dans l’analyse du risque et les préconisations stratégiques qui peuvent en découler. (...

Résumé

Résum

Semantic Description of Plant Phenological Development Stages, starting with Grapevine

The final authenticated version is available online at https://doi.org/10.1007/978-3-030-71903-6_25International audienceThe French project Data to Knowledge in Agronomy and Biodiversity (D2KAB) will make available a semantically-enabled Frenchagricultural alert newsletter. In order to describe/annotate crop phenological development stages in the newsletters, we need a specific semanticresource to semantically represent each stages. Several scales already exist to describe plant phenological development stages. BBCH, considereda reference, offers several sets of stages –one per crop called ’individual scales’– and a general one. The French Wine and Vine Institute (IFV)has aligned several existing scales in order to identify the most useful grapevine development stages for agricultural practices. Unfortunatelythese scales are not available in a semantic form preventing their use in agricultural semantic applications. In this paper, we present our work ofcreating an ontological framework for semantic description of plant development stages and transforming specific scales into RDF vocabularies;we introduce the BBCH-based Plant Phenological Description Ontology and we illustrate this framework with four scales related to grapevine

Application du modèle de bilan hydrique WaLIS pour prédire le potentiel hydrique foliaire de tige sur cépage Colombard en Côtes de Gascogne

Proceedings 18th International Symposium of the GiESCO, Porto, 7-11 juillet 2013National audienceRésumé : Le modèle WaLIS (WAter baLance for Intercropped Systems) est un modèle de bilan hydrique qui simule l’évolution de la teneur en eau du sol au pas de temps journalier. Il est adapté pour tenir compte, en viticulture, de la compétition vis-à vis de l’eau due à la présence d’un enherbement sur la parcelle. Il existe une relation entre la fraction d’eau disponible dans le sol pour la plante (FTSW), qui peut être mesurée ou simulée, et le potentiel hydrique foliaire de base (Ψp) qui est un indicateur de l’état hydrique de la vigne. Dans les conditions pédo-climatiques du vignoble des Côtes de Gascogne, l’état hydrique de la vigne se caractérise, au cours du cycle, par des déficits faibles à modérés. Dans ce cas, l’indicateur préférentiel d’état hydrique utilisé est le potentiel foliaire de tige (Ψstem). L’ objectif de cette étude est d’appliquer le modèle WaLIS pour prédire le potentiel hydrique foliaire de tige sur cépage Colombard dans des situations de contraintes hydriques modérées. Les indicateurs (FTSW, Ψp, Ψstem) ont été reliés sur la base de 5 classes de contrainte hydrique. La relation Ψp = f(FTSW) a ainsi été transformée en Ψstem= f(FTSW). Le modèle a été paramétré pour produire une valeur de Ψstem simulée. Nous avons ensuite contrôlé les Ψstem sur un dispositif de 3 parcelles de Colombard avec et sans irrigation entre 2010 et 2012. Les résultats montrent une prédiction correcte dans un objectif de classification simple de la contrainte hydrique. Dans l’ensemble le modèle sous-estime légèrement le potentiel mesuré. L’utilisation de ce modèle pourrait permettre de diagnostiquer à l’échelle du vignoble les situations de déficits à risque en relation avec les profils de vin attendus et de fournir, le cas échéant, une indication pour un pilotage de l’irrigation

Dataset of spray deposit distribution in vine canopy for two contrasted performance sprayers during a vegetative cycle associated with crop indicators (LWA and TRV)

International audienceIn 2016, spray deposit measurements have been carried out according to ISO22522:2007 on a vine estate (Domaine Mas Piquet, 15 ha, Languedoc). On this estate, plots vigor ranges from low to medium compared to other vineyards. On 4 days (28th April, 25th May, 23rd June and 18th July 2016), spray deposition has been measured on 5 plots of different vine varieties chosen for their distinct vigor. Two different sprayers have been used: a low performance sprayer (pneumatic arch sprayer used every 4 rows) and a high performance sprayer (air assisted side by side sprayer). Spray deposition was measured using a tracer (Tartrazine E102) sprayed on sampling 40 cm² PVC collectors placed within the vegetation: on each plot, 4 trees have been sampled for each sprayer. On each tree, collectors were positioned on leaves within the canopy according to a profile perpendicular to the row, following a grid 20 cm high and 10 cm wide with one collector per pixel. A total amount of 3048 collectors have been analyzed individually. The dataset provide the normalized deposit expressed per unit of leaves area for one gram of tracer sprayed per hectare (unit: ng dm' 2 for 1 g ha'1) on each collector. In addition, the dataset propose crop parameters measured manually on each sampled tree: inter-row distance, height, average of thickness in order to calculate two crop structure indicators: TRV (Tree Row volume) and LWA (Leaf Wall Area)

Investigation on LiDAR-based indicators for predicting agrochemical deposition within a vine field

International audienceOne strategy to reduce usage of crop protection agrochemicals in viticulture is to adjust the spray rate according to local vegetation characteristics. Acquisitions of mobile 2D LiDAR data and deposition rate measurements with a face-to-face sprayer were made on plant blocks in 5 fields and at 4 dates in a Mediterranean vineyard. Two indicators were calculated: the leaf wall area by points and the tree area index. Univariate deposition prediction models using either indicator were estimated from data acquired in 2 fields, and evaluated with regards to data from 3 other fields. In this experiment with a 3 m spatial resolution, the model based on LWApts was found a little more accurate

Description sémantique des stades de développement phénologique des plantes, cas d’étude de la vigne

National audienceThe French ANR project "Data to Knowledge in Agronomy and Biodiversity" (D2KAB) builds an archive of French agricultural alert newsletters. In order to annotate plant development stages, we need a new semantic resource. Several phenological scales already exist to describe plant development stages. The French Wine and Vine Institute (IFV) has aligned several existing scales related to grapevine. In this paper, we present our work of creating an ontological framework for semantic description of plant development stages ; we introduce the BBCH-based Plant Phenological Description Ontology.Le projet ANR "Des Données aux Connaissances en Agronomie et Biodiversité" (D2KAB) met à disposition une archive de bulletins agricoles publiée sur le Web. Pour annoter les bulletins à l’aide des stades de développement des plantes, nous avons besoin d’une nouvelle ressource sémantique. Plusieurs échelles phénologiques existent, chacune de ces échelles définit un ensemble spécifique de stades. L’Institut Français de la Vigne et du vin (IFV) a aligné plusieurs échelles existantes associées à la vigne. Nous présentons ici la création d’un cadre méthodologique pour la description sémantique des stades de développement des plantes fondé sur l’ontologie PPDO (BBCH-based Plant Phenological Description Ontology)

Ripp-Viti: un projet ECOPHYTO pour réfléchir à la réduction d'usage et d'impact des produits phytosanitaires en viticulture méridionale à l'échelle territoriale

National audienc