Diversidade nucleotídica de genes envolvidos na biossíntese de ácidos clorogênicos de cafeeiros.

Os ácidos clorogênicos (CGAs) são compostos químicos importantes de Coffea spp. para a qualidade da bebida, pois eles interferem na adstringência e podem alterar o aroma e sabor da bebida. Aproximadamente 310.000 ESTs de Coffea estão disponíveis e possibilitam o acesso à variabilidade nucleotídica da planta e o desenvolvimento de marcadores moleculares ligados à qualidade da bebida para as principais enzimas da via de biossíntese dos CGAs: PAL, C4H, 4CL, CQT e C3?H. Neste trabalho foram detectados polimorfismos dos tipos SNP, INDEL ou SSR dentro das sequências nucleotídidicas disponíveis no Projeto Genoma Café e no NCBI. As sequências de ESTs de CGAs foram clusterizadas pelo programa Codon Code Aligner, assim como a detecção de polimorfismos e validação dos mesmos (qualidade de cromatograma). Foram identificadas seis isoformas para PAL, uma para C4H, seis para 4CL, duas para CQT e duas para C3?H. Os contigs formados apresentaram um total de 248 polimorfismos (236 SNPs e 12 INDELs), sendo 201 na região codante (127 não sinônimos e 74 sinônimos). A frequência dos polimorfismos foi maior nas regiões UTRs (1pol/54pb), em relação à codante (1pol/81pb). A análise das sequências de C. arabica permitiu a identificação de 2 subgrupos diferentes de sequências, referentes aos seus genomas ancestrais (C. canephora e C. eugenioides). Foi observada a presença de 67,4% dos polimorfismos entre os grupos ancestrais e 32,6% dentro dos grupos em C. arabica. Esses resultados vêm permitindo definir genes tanto para estudos de expressão de homeólogos de CGAs como para o desenvolvimento de marcadores moleculares para o mapeamento genético

On the Prospect of Identifying Adaptive Loci in Recently Bottlenecked Populations

Identifying adaptively important loci in recently bottlenecked populations – be it natural selection acting on a population following the colonization of novel habitats in the wild, or artificial selection during the domestication of a breed – remains a major challenge. Here we report the results of a simulation study examining the performance of available population-genetic tools for identifying genomic regions under selection. To illustrate our findings, we examined the interplay between selection and demography in two species of Peromyscus mice, for which we have independent evidence of selection acting on phenotype as well as functional evidence identifying the underlying genotype. With this unusual information, we tested whether population-genetic-based approaches could have been utilized to identify the adaptive locus. Contrary to published claims, we conclude that the use of the background site frequency spectrum as a null model is largely ineffective in bottlenecked populations. Results are quantified both for site frequency spectrum and linkage disequilibrium-based predictions, and are found to hold true across a large parameter space that encompasses many species and populations currently under study. These results suggest that the genomic footprint left by selection on both new and standing variation in strongly bottlenecked populations will be difficult, if not impossible, to find using current approaches

Transcriptoma de frutos de Coffea arabica L. ao longo do seu desenvolvimento inicial.

Neste trabalho foi realizado o seqüenciamento de RNA em larga escala de 12 bibliotecas de Coffea arabica cv. IAPAR59: folha, flor, frutos ao longo do seu desenvolvimento e frutos tratados com o indutor de metabolismo secundário metiljasmonato. Foram gerados no total 84.798.835 sequências (Illumina, HiSeq2000), que foram montadas em 127.600 contigs com tamanho médio de 1264bp, dos quais 65480 foram considerados como variantes de splicing únicos (unigenes). Neste trabalho, reportamos a montagem de novo do transcriptoma realizada com as sequências destas bibliotecas e os dados preliminares de anotação funcional e categorização. Trata-se do primeiro trabalho de sequenciamento Illumina com frutos de cafeeiro, que pode trazer importantes informações sobre genes candidatos relacionados a produção de compostos-chave envolvidos na qualidade do café e maturação de frutos

Successful pain relief in chronic low back pain patients undergoing multimodal physiotherapy are associated with an early response to treatment

Trabalho apresentado no 10th Congress of European Pain Federation (EFIC), 6-9 setembro 2017, Copenhaga, DinamarcaN/

Identificação e caracterização de microssatélites de Coffea arabica a partir de dados de sequenciamento de RNA e de BACS.

O café é uma das principais commodities agrícolas mundiais, sendo consumido regularmente por 40% de toda população. As espécies, Coffea arabica L. e Coffea canephora P. são as de maior importância respondendo por 65% e 35% da produção mundial, respectivamente. Em C. arabica , o desenvolvimento de novas cultivares é demorado, podendo levar mais de 20 anos para finalização dos trabalhos. Além disso, estreita base genética de C. arabica dificulta a obtenção de cultivares resistentes a várias pragas e doenças, assim como uma maior tolerância a estresses abióticos. A utilização de marcadores moleculares para análise da diversidade e seleção de genótipos representa uma importante ferramenta para auxiliar o melhoramento e tentar diminuir esses problemas. Neste trabalho foi realizada identificação e análise in silico de SSR?s a partir de dados de RNA-seq de Iapar 59 e de sequências de BACs de Hibrido de Timor 832/2 (CaHT). Para Iapar 59 foram analisados 77 contigs, encontrados 39 SSR?s e desenhados 21 pares de oligonucleotídeos. Para CaHT foram analisados também 77 contigs, encontrados 35 SSR?s e desenhados 29 pares de oligonucleotídeos. Os motivos com maior frequência foram di, tri e tetranucleotídeos, sendo (AT) no motivo mais frequente entre os dois genótipos. Esta busca de sequências repetitivas é de grande importância para futura validação e aumento desses marcadores para estudos de diversidade genética, mapeamento, e a ssociação com características agronômicas de interesse

Fatores associados ao uso de medicamentos na coorte de nascimentos de Pelotas 2004

OBJETIVO: Identificar factores asociados al uso de medicamentos en los niños de la cohorte de nacimientos de 2004 de Pelotas, Sur de Brasil. MÉTODOS: Estudio de delineamiento prospectivo, utilizando como resultado final el uso de medicamentos por los niños a los tres, 12 y 24 meses (independientemente del motivo, indicación o grupo terapéutico). El estudio incluye 3.985 niños en el seguimiento a los tres meses, 3.907 en el de 12 meses y 3.868 en el último seguimiento a los 24 meses. Se realizó entrevista con las madres, con relación al uso de medicamento durante el período recordatorio de 15 días anteriores. El desenlace fue analizado de acuerdo con variables sociodemográficas, perinatales, de la percepción materna de salud del niño y de amamantamiento. Se realizaron análisis bruto y ajustado utilizando regresión de Poisson y siguiendo un modelo jerarquizado del análisis. RESULTADOS: La prevalencia del uso de medicamentos varió entre 55% y 65% en los tres seguimientos. Posterior al análisis ajustado algunas variables permanecieron asociadas al uso de medicamentos sólo en el acompañamiento de los tres meses, con mayor utilización entre los niños con madres más jóvenes, cuando hubo algún problema de salud en el momento del parto, bajo peso al nacer, en los niños que nunca mamaron y cuando hubo internación hospitalaria del niño. También se asoció al mayor uso de medicamentos: a los tres y 12 meses el hecho de ser primogénito, a los 12 y 24 meses la percepción de salud del niño por la madre como regular o mala y el hecho de la madre poseer seguro de salud; y en los tres acompañamientos, la mayor escolaridad de las madres. CONCLUSIONES: Variables diferentes influencian la utilización de medicamentos en los dos primeros años de vida en función del avance de la edad del niño, en particular factores asociados a la madre del niño y a problemas de salud del niño.OBJETIVO: Identificar fatores associados ao uso de medicamentos nas crianças da coorte de nascimentos de 2004 de Pelotas, RS. MÉTODOS: Estudo de delineamento prospectivo, utilizando como desfecho o uso de medicamentos pelas crianças aos três, 12 e 24 meses (independentemente do motivo, indicação ou grupo terapêutico). O estudo inclui 3.985 crianças no seguimento aos três meses, 3.907 no de 12 meses e 3.868 no último seguimento aos 24 meses. Foi realizada entrevista com as mães, referente ao uso de medicamento durante período recordatório de 15 dias anteriores. O desfecho foi analisado de acordo com variáveis sociodemográficas, perinatais, da percepção materna de saúde da criança e de amamentação. Foram realizadas análises bruta e ajustada utilizando regressão de Poisson e seguindo um modelo hierarquizado de análise. RESULTADOS: A prevalência do uso de medicamentos variou entre 55% e 65% nos três seguimentos. Após análise ajustada, algumas variáveis permaneceram associadas ao uso de medicamentos apenas no acompanhamento dos três meses, com maior utilização entre as crianças com mães mais jovens, quando houve algum problema de saúde no momento do parto, baixo peso ao nascer, nas crianças que nunca mamaram e quando houve internação hospitalar da criança. Também se associou ao maior uso de medicamentos: aos três e 12 meses o fato de ser primogênito; aos 12 e 24 meses a percepção de saúde da criança pela mãe como regular ou ruim e o fato de a mãe possuir plano de saúde; e nos três acompanhamentos, a maior escolaridade das mães. CONCLUSÕES: Variáveis diferentes influenciam a utilização de medicamentos nos primeiros dois anos de vida em função do avanço da idade da criança, sobretudo fatores associados à mãe da criança e a problemas de saúde da criança.OBJECTIVE: To identify factors associated to medicine use among children from the 2004 Pelotas Birth Cohort, Brazil. METHODS: Prospective study to evaluate medicine use in children aged 3, 12 and 24 months regardless of the reasons, therapeutic indication or class. The study included 3,985 children followed up at three months of age, 3,907 at 12 months, and 3,868 at the last follow-up time of 24 months. Mothers were interviewed to collect information on medicine use during the recall period of 15 days prior to the interview. The outcome was studied according to sociodemographic and perinatal variables, mother's perception of child's health and breastfeeding status. Crude and adjusted analyses were performed by Poisson regression following a hierarchical model. RESULTS: The prevalence of medicine use ranged from 55% to 65% in the three follow-ups. After controlling for confounders, some variables remained associated to medicine use only at the three-month follow-up with greatest use among children of younger mothers, those children who had intrapartum complications, low birthweight, were never breastfed and were admitted to a hospital. Greatest medicine use was also associated with being a firstborn child at 3 and 12 months; mother's perception of their child health as fair or poor and children whose mothers have private health insurance at 12 and 24 months; highest maternal education level at all follow-up times. CONCLUSIONS: Different variables influence medicine use among children during the first two years of life and they change as the child ages especially maternal factors and those associated to the child's health problems