On the value of the Kullback-Leibler divergence for cost-effective spectral imaging of plants by optimal selection of wavebands

The practical value of a criterion based on statistical information theory is demonstrated for the selection of optimal wavelength and bandwidth of low-cost lighting systems in plant imaging applications. Kullback–Leibler divergence is applied to the problem of spectral band reduction from hyperspectral imaging. The results are illustrated on various plant imaging problems and show similar results to the one obtained with state-of-the-art criteria. A specific interest of the proposed approach is to offer the possibility to integrate technological constraints in the optimization of the spectral bands selected

ElonCam : instrumentation et analyse d'images pour le suivi automatisé individualisé du développement de semences et de plantules

Le système ElonCam est en cours de développement dans le cadre d\u27une collaboration entre le LARIS, le GEVES-SNES et l\u27INRA d\u27Angers - IRHS. Il s’agit d’un système de vision, constitué d’un système d’acquisition d’images piloté par ordinateur, et d’un logiciel de traitement et d\u27analyse d\u27images couleur RVB, qui permet de réaliser des mesures automatisées sur les semences et les plantules au cours de leur développement. Le système d’acquisition peut incorporer différentes modalités d\u27imagerie, et il est actuellement employé en imagerie visible (voir Fig. 1). L\u27acquisition des images est effectuée en lumière verte inactinique (censée simuler l\u27obscurité et ne pas influencer le développement des plantules). Afin de minimiser l\u27apport d\u27énergie lumineuse l\u27éclairage intermittent est synchronisé avec la prise de vue. Les graines sont semées dans une boîte de Pétri contenant de la gélose (milieu de culture transparent) placée à la verticale afin de respecter le géotropisme. Le logiciel de traitement d\u27images détecte, isole, labellise puis mesure les semences et les plantules. L\u27analyse numérique des images permet d\u27aboutir à la mesure individuelle automatisée des semences au cours de la germination puis des plantules et de leurs organes d\u27intérêt en fonction du temps, selon les conditions de la croissance. Afin de gérer les croisements de plantules, un algorithme de suivi de structures arborescentes a été développé. Le système de vision vise à contribuer au phénotypage automatisé haut-débit des semences et plantules, afin de tester la capacité à germer et la vitesse de croissance pour différentes espèces et différents génotypes, et en vue d\u27améliorer leurs propriétés et rendement. Le système a été testé pour la caractérisation de différentes espèces comme Medicago truncatula, colza, blé, tournesol, et également la betterave dans le cadre du programme ANR Investissements d\u27Avenir AKER où les coauteurs sont impliqués et qui concerne l\u27amélioration de la betterave sucrière pour laquelle la France est l\u27un des premiers producteurs mondiaux. Ce travail a bénéficié d\u27une aide de l\u27État gérée par l\u27Agence Nationale de la Recherche au titre du programme "Investissements d\u27Avenir" portant la référence ANR-11-BTBR-0007 (programme AKER)

3D multimodal simulation of image acquisition by X-Ray and MRI for validation of seedling measurements with segmentation algorithms

3D multimodal simulation of image acquisition by X-Ray and MRI for validation of seedling measurements with segmentation algorithms

Différentes modalités d'imagerie (visible, thermographie, hyperspectrale) pour le phénotypage des semences et plantules

Différentes modalités d\u27imagerie (visible, thermographie, hyperspectrale) pour le phénotypage des semences et plantules

Cellular changes during Medicago truncatula hypocotyl growth depend on temperature and genotype.

Hypocotyl growth is a key characteristic for plant emergence, influenced by environmental conditions, particularly temperature, and varying among genotypes. Cellular changes in Medicago truncatula hypocotyl were characterized to study the impact of the environment on heterotrophic growth and analyze differences between genotypes. The number and length of epidermal cells, ploidy levels, and sugar contents were measured in hypocotyls grown in the dark at 20 °C and 10 °C using two genotypes with contrasting maximum hypocotyl length. Hypocotyl elongation in the dark was due to cell elongation and not to an increase in cell number. A marked increase in cell ploidy level was observed just after germination and until mid elongation of the hypocotyl under all treatments. Larger ploidy levels were also observed in the genotype with the shorter hypocotyl and in cold conditions, but they were associated with larger cells. The increase in ploidy level and in cell volume was concomitant with a marked increase in glucose and fructose contents in the hypocotyl. Finally, differences in hypocotyl length were mainly due to different number of epidermal cells in the seed embryo, shown as a key characteristic of genotypic differences, whereas temperature during hypocotyl growth affected cell volume

Instrumentation and digital image processing for multimodality imagery applied to seeds and seedlings

Instrumentation and digital image processing for multimodality imagery applied to seeds and seedlings

Suivi automatisé de l’allongement des plantules et intérêt des différentes modalités d’imagerie

Suivi automatisé de l’allongement des plantules et intérêt des différentes modalités d’imagerie

ElonCam : Système de vision pour mesurer la croissance des plantules en phase hétérotrophe

Système de vision pour mesurer la croissance des plantules en phase hétérotrophe

Transcriptomic and cellular analyses of heterotrophic growth at low temperature in Medicago truncatula

International audienc