Computational Approaches for the Characterization of the Structure and Dynamics of G Protein-Coupled Receptors: Applications to Drug Design

G Protein-Coupled Receptors (GPCRs) constitute the most pharmacologically relevant superfamily of proteins. In this thesis, a computational pipeline for modelling the structure and dynamics of GPCRs is presented, properly combined with experimental collaborations for GPCR drug design. These include the discovery of novel scaffolds as potential antipsychotics, and the design of a new series of A3 adenosine receptor antagonists, employing successful combinations of structure- and ligand-based approaches. Additionally, the structure of Adenosine Receptors (ARs) was computationally assessed, with implications in ligand affinity and selectivity. The employed protocol for Molecular Dynamics simulations has allowed the characterization of structural determinants of the activation of ARs, and the evaluation of the stability of GPCR dimers of CXCR4 receptor. Finally, the computational pipeline here developed has been integrated into the web server GPCR-ModSim (http://gpcr.usc.es), contributing to its application in biochemical and pharmacological studies on GPCRs

Unsupervised state representation learning with robotic priors: a robustness benchmark

Our understanding of the world depends highly on our capacity to produce intuitive and simplified representations which can be easily used to solve problems. We reproduce this simplification process using a neural network to build a low dimensional state representation of the world from images acquired by a robot. As in Jonschkowski et al. 2015, we learn in an unsupervised way using prior knowledge about the world as loss functions called robotic priors and extend this approach to high dimension richer images to learn a 3D representation of the hand position of a robot from RGB images. We propose a quantitative evaluation of the learned representation using nearest neighbors in the state space that allows to assess its quality and show both the potential and limitations of robotic priors in realistic environments. We augment image size, add distractors and domain randomization, all crucial components to achieve transfer learning to real robots. Finally, we also contribute a new prior to improve the robustness of the representation. The applications of such low dimensional state representation range from easing reinforcement learning (RL) and knowledge transfer across tasks, to facilitating learning from raw data with more efficient and compact high level representations. The results show that the robotic prior approach is able to extract high level representation as the 3D position of an arm and organize it into a compact and coherent space of states in a challenging dataset.Comment: ICRA 2018 submissio

Análisis multidimensional de la segregación por razón de género en la Universidad en Europa

El objetivo de este trabajo es ofrecer una medida de la segregación vertical en la carrera profesional en el ámbito universitario europeo, a partir de los datos de 24 países para el 2006, centrado en las dificultades de las mujeres para conseguir los mismos logros que los hombres. Adaptamos el Índice de Pobreza Multidimensional (Alkire-Foster, 2011), para determinar las dificultades que tienen las mujeres para conseguir la misma representación que los hombres en las diferentes categorías profesionales: A, B, C y D. La descomponibilidad de la segregación total por categorías y países nos permite en primer lugar cuantificar cuáles son las carencias de las mujeres en el acceso a la carrera universitaria (D+C), en el ascenso a la categoría B (suelo pegajoso) y en el ascenso a las cátedras (techo de cristal), para el conjunto europeo y por países. Concluimos que la dificultad de promoción se produce en todas las categorías, no existe una correlación entre un mayor nivel de segregación y ninguna de las categorías estudiadas. La tercera es que si bien es cierto que el techo de cristal se toma como referencia de los problemas de segregación vertical, nuestros datos nos indican que la realidad de la segregación en el ámbito de la universidad europea es mucho más compleja, de forma que la estrategia de reducción del techo de cristal puede ser una buena solución para determinados países pero no para el conjunto de estos

Estudi dels condicionants associats a la gestió de viatgers a gran profunditat en sistemes de transport: El cas de les infraestructures ferroviàries

L’actual tendència a construir infraestructures de gran capacitat, per tal de donar major nivell de servei, ha portat a una evolució continuada del seu soterrament, cada cop a més fondària. En l’àmbit urbà l’alta ocupació de la superfície ha comportat la colonialització d’un subsòl, que a data d’avui es troba també molt densificat. Aquest fet, ha comportat una redefinició dels criteris de disseny i explotació que s’apliquen en l’actualitat a les infraestructures. La present Tesina, analitza aquesta redefinició centrant-se en els aspectes funcionals lligats a l’accessibilitat i ventilació d’estacions profundes de ferrocarril metropolità. Aquesta anàlisi s’ha complementat amb l’aplicació al cas pràctic de la nova Línia 9 del Metro de Barcelona

Dry sand as a specialized layer to improve the acoustic insulation between rooms one above another = La arena como capa intermedia especializada para la mejora del aislamiento acústico entre recintos superpuestos

Se comprueba la mejora en el aislamiento acústico entre recintos de la colocación de una capa de arean entre el solado y el forjad

Evaluation of device reliability based on accelerated tests

Reliability evaluation based on degradation is very useful in systems with scarce failures. In this paper a new degradation model based on Weibull distribution is proposed. The model is applied to the degradation of Light Emitting Diodes (LEDs) under different accelerated tests. The results of these tests are in agreement with the proposed model and reliability function is evaluated

Evolución histórica y comportamiento acústico a ruido aéreo y de impacto de los forjados de edificación en la Ciudad Universitaria de Madrid

Es conocida la existencia de numerosos trabajos que analizan el aislamiento acústico de recintos superpuestos, relacionando de distintos modos los resultados obtenidos con la composición y disposición de los elementos constructivos que componen ambos recintos. Sin embargo, en el caso de grandes recintos de los años 30 a 50 del pasado siglo, realizados con hormigón no es posible encontrar un estudio que aborde el problema y que además lo haga teniendo en cuenta tres puntos de vista diferentes a un tiempo, el histórico, el constructivo y el acústico. El estudio que estamos realizando aborda el problema desde los tres puntos de vista, realizando ensayos in situ, acústicos y de impacto, en recintos de superficie mayor de 100 metros cuadrados a lo largo de la historia de la Ciudad Universitaria de Madrid. Los resultados acústicos se relacionan con la disposición y composición de los elementos constructivos teniendo en cuenta la época en la que se construyeron, para así poder ir obteniendo conclusiones

VIH y SARS-CoV-2: un tema de agenda

Desde su inicio en diciembre del 2019 a la actualidad, el virus del SARS-CoV-2 ha generado un alto impacto en los sistemas de salud a nivel mundial, adoptando diversas medidas para evitar su propagación y poder enfrentar las graves repercusiones que la pandémica enfermedad produce (COVID-19). 1 Mientras esto ocurre, otra pandemia, la del VIH, convive con nosotros, mostrando aún hoy su trágica cara en forma de casos nuevos, enfermedad crónica y muert