Elucidation of the ATP7B N-Domain Mg2+-ATP Coordination Site and Its Allosteric Regulation

The diagnostic of orphan genetic disease is often a puzzling task as less attention is paid to the elucidation of the pathophysiology of these rare disorders at the molecular level. We present here a multidisciplinary approach using molecular modeling tools and surface plasmonic resonance to study the function of the ATP7B protein, which is impaired in the Wilson disease. Experimentally validated in silico models allow the elucidation in the Nucleotide binding domain (N-domain) of the Mg2+-ATP coordination site and answer to the controversial role of the Mg2+ ion in the nucleotide binding process. The analysis of protein motions revealed a substantial effect on a long flexible loop branched to the N-domain protein core. We demonstrated the capacity of the loop to disrupt the interaction between Mg2+-ATP complex and the N-domain and propose a role for this loop in the allosteric regulation of the nucleotide binding process

Using the structural diversity of RNA: protein interfaces to selectively target RNA with small molecules in cells: methods and perspectives

International audienceIn recent years, RNA has gained traction both as a therapeutic molecule and as a therapeutic target in several human pathologies. In this review, we consider the approach of targeting RNA using small molecules for both research and therapeutic purposes. Given the primary challenge presented by the low structural diversity of RNA, we discuss the potential for targeting RNA: protein interactions to enhance the structural and sequence specificity of drug candidates. We review available tools and inherent challenges in this approach, ranging from adapted bioinformatics tools to in vitro and cellular high-throughput screening and functional analysis. We further consider two critical steps in targeting RNA/protein interactions: first, the integration of in silico and structural analyses to improve the efficacy of molecules by identifying scaffolds with high affinity, and second, increasing the likelihood of identifying on-target compounds in cells through a combination of high-throughput approaches and functional assays. We anticipate that the development of a new class of molecules targeting RNA: protein interactions to prevent physio-pathological mechanisms could significantly expand the arsenal of effective therapeutic compounds

Palaiseau (Essonne), Lieu-dit "Les Trois Mares" : avenue de la Vauve : rapport de fouille

La fouille, réalisée à Palaiseau entre les mois de juillet et novembre 2012, préalablement à l'aménagement d'un bassin de rétention d'eau, au nord du centre Danone-Vitapole, a permis de mettre au jour près de 500 structures archéologiques réparties sur une parcelle de plus de 1,7 hectares. Les différents vestiges ont pu être datés du Paléolithique à l'époque Moderne/Contemporaine.Le Paléolithique est représenté par la présence d'une industrie lithique varié, comprenant un outillage de silex, retrouvé à l'état résiduel, ne permettant pas de définir clairement l'occupation, ou d'identifier un quelconque habitat. Ces vestiges provenant des phases de fouilles et du diagnostic se rattachent à la période du Paléolithique supérieur, probablement magdalénienne.La période située entre le Bronze final et le Hallstatt est attestée par la présence de quelques rares vestiges céramiques, témoignant d'une probable fréquentation du site.Retrouvés à l'état résiduel, dans quelques rares structures, ils ne permettent pas non plus de caractériser une réelle occupation.L'occupation gauloise est la plus représentée. Les vestiges de cette occupation, datés de La Tène C2 jusqu'à la période augustéenne, ont permis d'identifier un vaste établissement rural de type habitat groupé, présentant les vestiges d'un artisanat du fer conséquent.L'occupation de cet établissement couvrant plusieurs siècles, est en lien direct avec plusieurs parcelles fouillées ou diagnostiquées, situées en périphérie immédiate.A partir du Ier siècle ap. J.-C., à l'époque Gallo-romaine, on note un déclin rapide de l'occupation générale du site, bien que certaines structures fossoyées, bâties soient conservées. La présence de constructions en pierre et le comblement de plusieurs structures attestent d'une occupation plus ou moins importante jusqu'au IIIe siècle.La période médiévale semble attestée par la présence d'un réseau viaire empierré, dans la partie nord de la parcelle. Bien que plusieurs états soient notables, il est cependant difficile de proposer une datation fine. Les rares vestiges mobiliers étant situés entre le HMA et la période moderne.Enfin, d'anciens réseaux parcellaires, datés de l'époque moderne à l'époque contemporaine, ont pu être appréhendés. Ils témoignent de la mise en place du vaste réseau de drainage mis en place sur le plateau entre la fin du XVIIe et la fin du XIXe siècle

Targeting Degradation of EGFR through the Allosteric Site Leads to Cancer Cell Detachment-Promoted Death

International audienceTargeting epidermal growth factor receptor (EGFR) with tyrosine kinase inhibitors (TKI)has been widely exploited to disrupt aberrant phosphorylation flux in cancer. However, a bottleneckof potent TKIs is the acquisition of drug resistance mutations, secondary eects, and low abilityto attenuate tumor progression. We have developed an alternative means of targeting EGFRthat relies on protein degradation through two consecutive routes, ultimately leading to cancercell detachment-related death. We describe furfuryl derivatives of 4-allyl-5-[2-(4-alkoxyphenyl)-quinolin-4-yl]-4H-1,2,4-triazole-3-thiol that bind to and weakly inhibit EGFR tyrosine phosphorylationand induce strong endocytic degradation of the receptor in cancer cells. The compound-promoteddepletion of EGFR resulted in the sequestration of non-phosphorylated Bim, which no longer ensuredthe integrity of the cytoskeleton machinery, as shown by the detachment of cancer cells from theextracellular matrix (ECM). Of particular note, the longer CH3(CH2)n chains in the terminal moiety ofthe anti-EGFR molecules confer higher hydrophobicity in the allosteric site located in the immediatevicinity of the catalytic pocket. Small compounds accelerated and enhanced EGFR and associatedproteins degradation during EGF and/or glutamine starvation of cultures, thereby demonstratinghigh potency in killing cancer cells by simultaneously modulating signaling and metabolic pathways.We propose a plausiblemechanismof anti-cancer action by small degraders through the allosteric site ofEGFR. Our data represent a rational and promising perspective in the treatment of aggressive tumors

Palaiseau, Campus de l’école Polytechnique, boulevard des Maréchaux, École Nationale Supérieure de TechniquesAvancées. « Un établissement rural de la Tène moyenne », Rapport de fouille archéologique, 2 vol. (424, 172 p.) : 255 fig., + 1 plan

La fouille réalisée à Palaiseau entre les mois d'avril et juillet 2010, préalablement au transfert de l'ENSTA sur le site de l'Ecole Polytechnique, a permis de mettre au jour près de 250 structures archéologiques réparties sur une parcelle de plus de 1,7 hectares. Les différents vestiges ont pu être datés du Néolithique à l'époque moderne / contemporaine.Le Néolithique est attestée par la présence de quelques tessons céramiques épars et d'une industrie lithique variée, comprenant un outillage de silex (lames, hache polie...) et en grès (meule, burin...) retrouvé à l'état résiduel, ne permettant pas de définir clairement l'occupation, ou d'identifier un quelconque habitat. Ces vestiges provenant des phases de fouilles et du diagnostic se rattachent à la période du Néolithique récent - final. L'occupation gauloise est la plus représentée. Les vestiges de cette occupation, datés de La Tène C1-C2, ont permis d'identifier un établissement rural à double enclos fossoyé, au sein duquel plusieurs ensembles architecturaux ont été mis en évidence. Le protocole mis en place sur le terrain, a permis, outre la fouille exhaustive de toutes les structures et les prélèvements sédimentaires réguliers, la fouille intégrale des fossés structurant l'enclos bipartite. Ce dispositif a donné lieu à de nombreuses cartes de répartitions du mobilier, visant à la compréhension générale de l'organisation spatiale du site. De plus, il faut noter la présence de mobilier céramique, mis au jour au sein de la plupart des fossés d'enclos, daté entre le Hallstatt final ou le début de La Tène ancienne. Ces éléments suggèrent une occupation du site, antérieure à La Tène moyenne.Des fosses dépotoirs, quelques fossés et trois importantes carrières d'extraction attestent d'une occupation ponctuelle plus tardive à l'époque gallo-romaine.Enfin, d'anciens réseaux parcellaires, datés de l'époque moderne à l'époque contemporaine, ont pu être appréhendés. Ils témoignent de la mise en place du vaste réseau de drainage mis en place sur le plateau entre la fin du XVIIe et la fin du XIXe siècle

Targeting RNA:protein interactions with an integrative approach leads to the identification of potent YBX1 inhibitors

International audienceRNA-protein interactions (RPIs) are promising targets for developing new molecules of therapeutic interest. Nevertheless, challenges arise from the lack of methods and feedback between computational and experimental techniques during the drug discovery process. Here, we tackle these challenges by developing a drug screening approach that integrates chemical, structural and cellular data from both advanced computational techniques and a method to score RPIs in cells for the development of small RPI inhibitors; and we demonstrate its robustness by targeting Y-box binding protein 1 (YB-1), a messenger RNA-binding protein involved in cancer progression and resistance to chemotherapy. This approach led to the identification of 22 hits validated by molecular dynamics (MD) simulations and nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy of which 11 were found to significantly interfere with the binding of messenger RNA (mRNA) to YB-1 in cells. One of our leads is an FDA-approved poly(ADP-ribose) polymerase 1 (PARP-1) inhibitor. This work shows the potential of our integrative approach and paves the way for the rational development of RPI inhibitors

Palaiseau, ZAC du quartier de l’Ecole Polytechnique - (tranche 1) - Bassin de rétention n°2, à l’est de l’avenue de La Vauve (RD 128), et les parcelles N 2.1 et N 2.2, Île-de-France, Essonne (91), Rapport de fouille archéologique, 3 vol. (422, 342, 347 p.) : 341 fig.

Dans le cadre du développement de la ZAC de l’École Polytechnique, située sur la commune de Palaiseau, une fouille a été prescrite par le Service régional de l'archéologie d'Île-de-France sur une emprise de près de 2 ha. Les principaux vestiges mis au jour ont pu être datés des époques gauloise, romaine et médiévale. De manière très ponctuelle, quelques vestiges du Paléolithique, du Néolithique et de la transition Bronze final - Hallstatt ancien ont également été mis au jour.Le Paléolithique est identifié par la présence d'une industrie lithique variée, comprenant un outillage de silex, retrouvé à l'état résiduel, ne permettant pas de définir clairement l'occupation ou d'identifier un quelconque habitat. Ces vestiges provenant des phases de fouilles et de diagnostic se rattachent à la période du Paléolithique supérieur.Le Néolithique est identifié par quelques vestiges mobiliers lithique et céramique et par la présence d'un ensemble fossoyés discontinu, à mettre potentiellement en relation avec un système d'enceinte.La période située entre le Bronze final et le Hallstatt est attestée par la présence de quelques rares vestiges céramiques, témoignant d'une probable fréquentation du site. Retrouvé à l'état résiduel, dans quelques rares structures, ils ne permettent pas non plus de caractériser une réelle occupation. L'occupation gauloise, principalement datée de La Tène finale, a pu être identifiée par la présence d'un vaste système fossoyé et de nombreuses structures en creux de type puits, fosses et trous de poteau. Les fossés en "V" atteignent plus de 2,5 mètres de largeur pour des profondeurs pouvant aller de 1 à 2 mètres. Leurs comblements relativement similaires sont souvent marqués par des vestiges mobiliers abondants. Plusieurs bâtiments sur poteaux ont pu être identifiés, et plusieurs autres ensembles de structures suggèrent la présence d'unités architecturales variées (bâtiments de stockage, habitats, palissade, structures de franchissement...). Les vestiges mobiliers sont très variés, et on recense de nombreux éléments céramiques, lithiques, fauniques et métalliques. Un artisanat lié à la métallurgie du fer (nombreux vestiges d'un atelier de forge), ainsi qu'aux activités de mouture (meules, rotatives en grès et en pierre à meulière), y est fortement illustré. De plus, la présence d'un dépôt, mêlant amphore et fragment de meules, liés à un culte et/ou à une probable inhumation, a pu être mise au jour.L'occupation antique semble reprendre la trame fixée à l'époque gauloise, et se développer par la suite, avec la création de bâtiment sur poteau et de bâtiment maçonnées, potentiels vestiges de la pars rustica d'une villa. Les vestiges mobiliers également nombreux, au regard des structures fouillées, sont également très variés, et très bien conservés. Ils comprennent de nombreux vestiges scoriacés, des éléments céramiques (dont certains complets), fauniques, métalliques (monnaies, clous, éléments de parure...) et architecturaux (torchis, imbrices, tegulae...). Certaines structures, témoignent d'une activité liée à la métallurgie du fer (foyer de forge). Le mobilier céramique, daté entre le règne des Julio-Claudiens (27 av. J.-C./69 ap. J.-C.) jusqu'à la seconde moitié du IIe ou le IIIe siècle permet de plus, d'envisager une continuité entre les deux occupations, ce qui avait été également observé lors des fouilles de 2001 et 2012 situées sur les parcelles adjacentes (Les Trois Mares, phase 1 et 2) où enclos laténiens et bâtiments gallo-romains avaient déjà été mis en relation.Bien qu'elle n'est pu être décelée lors de la phase de diagnostic, une occupation médiévale est largement attestée dans la partie orientale de la parcelle. Le site n'a livré que très peu de vestiges pour la période comprise entre le IVe siècle et la fin du Xe siècle, et ce n'est qu'au XI-XIIe siècle qu'une nouvelle occupation structurée se révèle à travers la présence d'un enclos d'une superficie de près de 2000 m2.Dispositif central de l'établissement du Moyen Âge, l'enclos de plan ovale délimité par des fossés se développait sur 50 m de long et 40 m de large. L'accès se faisait par une interruption dans le tracé fossoyé sur le flanc est. A l'intérieur de l'enclos, plus de quatre-vingt-dis trous de poteaux témoignent de l'existence d'un ou plusieurs bâtiments à ossature de bois, de grandes dimensions. La taille des trous de poteaux atteste du caractère imposant et ostentatoire du bâtiment principal.A l'écart de la zone bâtie, plusieurs vestiges évoquent les restes de structures de stockage, et de zones potentiellement dédiés à l'artisanat (structures excavées de type "fond de cabane"). De manière générale, les vestiges mobiliers, relativement variés (céramiques, restes osseux, métal, verre, terre cuite architecturale...) sont peu nombreux et n'offrent pas de spécificités particulières. L'originalité de l'occupation réside plus dans sa forme et sa taille, qui semble s'apparenter à un site de type "habitat à plat sur plate-forme fossoyée", dont peu d'exemples sont à répertoriés en Île-de-France.Enfin, d'anciens réseaux parcellaires, datés de l'époque moderne à l'époque contemporaine, ont pu être appréhendés. Ils témoignent de la mise en place d'un vaste réseau de drainage sur le plateau entre la fin du XVIIe et la fin du XIXe siècle

Cucurbitacin I elicits the formation of actin/phospho-myosin II co-aggregates by stimulation of the RhoA/ROCK pathway and inhibition of LIM-kinase

International audienceCucurbitacins are cytotoxic triterpenoid sterols isolated from plants. One of their earliest cellular effect is the aggregation of actin associated with blockage of cell migration and division that eventually lead to apoptosis. We unravel here that cucurbitacin I actually induces the co-aggregation of actin with phospho-myosin II. This co-aggregation most probably results from the stimulation of the Rho/ROCK pathway and the direct inhibition of the LIMKinase. We further provide data that suggest that the formation of these co-aggregates is independent of a putative pro-oxidant status of cucurbitacin I. The results help to understand the impact of cucurbitacins on signal transduction and actin dynamics and open novel perspectives to use it as drug candidates for cancer research

YB-1, an abundant core mRNA-binding protein, has the capacity to form an RNA nucleoprotein filament: a structural analysis

International audienceThe structural rearrangements accompanying mRNA during translation in mammalian cells remain poorly understood. Here, we discovered that YB-1 (YBX1), a major partner of mRNAs in the cytoplasm, forms a linear nucleoprotein filament with mRNA, when part of the YB-1 unstructured C-terminus has been truncated. YB-1 possesses a cold-shock domain (CSD), a remnant of bacterial cold shock proteins that have the ability to stimulate translation under the low temperatures through an RNA chaperone activity. The structure of the nucleoprotein filament indicates that the CSD of YB-1 preserved its chaperone activity also in eukaryotes and shows that mRNA is channeled between consecutive CSDs. The energy benefit needed for the formation of stable nucleoprotein filament relies on an electrostatic zipper mediated by positively charged amino acid residues in the YB-1 C-terminus. Thus, YB-1 displays a structural plasticity to unfold structured mRNAs into extended linear filaments. We anticipate that our findings will shed the light on the scanning of mRNAs by ribosomes during the initiation and elongation steps of mRNA translation