SelTarbase, a database of human mononucleotide-microsatellite mutations and their potential impact to tumorigenesis and immunology

About 15% of human colorectal cancers and, at varying degrees, other tumor entities as well as nearly all tumors related to Lynch syndrome are hallmarked by microsatellite instability (MSI) as a result of a defective mismatch repair system. The functional impact of resulting mutations depends on their genomic localization. Alterations within coding mononucleotide repeat tracts (MNRs) can lead to protein truncation and formation of neopeptides, whereas alterations within untranslated MNRs can alter transcription level or transcript stability. These mutations may provide selective advantage or disadvantage to affected cells. They may further concern the biology of microsatellite unstable cells, e.g. by generating immunogenic peptides induced by frameshifts mutations. The Selective Targets database (http://www.seltarbase.org) is a curated database of a growing number of public MNR mutation data in microsatellite unstable human tumors. Regression calculations for various MSI–H tumor entities indicating statistically deviant mutation frequencies predict TGFBR2, BAX, ACVR2A and others that are shown or highly suspected to be involved in MSI tumorigenesis. Many useful tools for further analyzing genomic DNA, derived wild-type and mutated cDNAs and peptides are integrated. A comprehensive database of all human coding, untranslated, non-coding RNA- and intronic MNRs (MNR_ensembl) is also included. Herewith, SelTarbase presents as a plenty instrument for MSI-carcinogenesis-related research, diagnostics and therapy

Dazap2 modulates transcription driven by the Wnt effector TCF-4

A major outcome of the canonical Wnt/β-catenin-signalling pathway is the transcriptional activation of a specific set of target genes. A typical feature of the transcriptional response induced by Wnt signalling is the involvement of Tcf/Lef factors that function in the nucleus as the principal mediators of signalling. Vertebrate Tcf/Lef proteins perform two well-characterized functions: in association with β-catenin they activate gene expression, and in the absence of Wnt ligands they bind TLE/Groucho proteins to act as transcriptional repressors. Although the general characteristics of Tcf/Lef factors are well understood, the mechanisms that control their specific roles in various cellular backgrounds are much less defined. In this report we reveal that the evolutionary conserved Dazap2 protein functions as a TCF-4 interacting partner. We demonstrate that a short region proximal to the TCF-4 HMG box mediates the interaction and that all Tcf/Lef family members associate with Dazap2. Interestingly, knockdown of Dazap2 not only reduced the activity of Wnt signalling as measured by Tcf/β-catenin reporters but additionally altered the expression of Wnt-signalling target genes. Finally, chromatin immunoprecipitation studies indicate that Dazap2 modulates the affinity of TCF-4 for its DNA-recognition motif

Alternative splicing of Tcf7l2 transcripts generates protein variants with differential promoter-binding and transcriptional activation properties at Wnt/β-catenin targets

Alternative splicing can produce multiple protein products with variable domain composition from a single gene. The mouse Tcf7l2 gene is subject to alternative splicing. It encodes TCF4, a member of the T-cell factor (TCF) family of DNA-binding proteins and a nuclear interaction partner of β-catenin which performs essential functions in Wnt growth factor signalling. Multiple TCF4 isoforms, potentially exhibiting cell-type-specific distribution and differing in gene regulatory properties, could strongly influence tissue-specific Wnt responses. Therefore, we have examined mouse Tcf7l2 splice variants in neonatal tissues, embryonic stem cells and neural progenitors. By polymerase chain reaction amplification, cloning and sequencing, we identify a large number of alternatively spliced transcripts and report a highly flexible combinatorial repertoire of alternative exons. Many, but not all of the variants exhibit a broad tissue distribution. Moreover, two functionally equivalent versions of the C-clamp, thought to represent an auxiliary DNA-binding domain, were identified. Depending upon promoter context and precise domain composition, TCF4 isoforms exhibit strikingly different transactivation potentials at natural Wnt/β-catenin target promoters. However, differences in C-clamp-mediated DNA binding can only partially explain functional differences among TCF4 variants. Still, the cell-type-specific complement of TCF4 isoforms is likely to be a major determinant for the context-dependent transcriptional output of Wnt/β-catenin signalling

Prise en charge d'un patient polytraumatisé en équipe en condition NRBC

Objectif : l’objectif principal de notre étude était de comparer le temps de prise en charge globale d’un patient traumatisé en tenue de protection NRBC de type 3 versus une prise en charge habituelle. Les objectifs secondaires étaient de comparer les temps de prise en charge en condition NRBC lors d’un deuxième passage à 3 mois et, plus en détails, les temps de réalisation des gestes techniques lors des trois passages. Méthode : il s’agit d’une étude prospective randomisée en cross-over, débutée en septembre 2018 en salle d’entraînement aux urgences de l’hôpital de la Timone à Marseille. Chaque équipe de l’étude était composée d’un médecin et d’un infirmier. Un unique scénario était proposé et correspondait à un patient traumatisé sévère dans une usine de compostage. En condition SSE, le patient était exposé à un risque biologique lié aux bio-aérosols. En condition normale, il n’existait pas de risque biologique avéré. Le mannequin utilisé pour la simulation était un Laerdal® Simulateur Anne Ressuscitation. L’étude se déroulait en 2 phases distinctes. Durant la première phase chaque équipe réalisait 2 passages. L’une en tenue de protection individuelle NRBC de type 3, nommé « EPI-1 », et l’autre en tenue habituelle nommé « Normal ». Durant la deuxième phase, 3 à 6 mois après, chaque équipe réalisait de nouveau un passage en tenue NRBC de type 3 nommé « EPI-2 ». Parmi les gestes réalisés, étaient analysés la pose du scope, d’un KTIO, et d’une VVP, ainsi que la préparation des drogues, la préparation de l’IOT et l’IOT. L’ensemble des passages était filmé et enregistré par une caméra de type GoPro® permettant le recueil du temps global et des gestes à postériori. Résultats : 15 équipes ont été incluses dans l’étude. Le temps de prise en charge global pour le passage Normal (687.3 sec [565.0; 780.5]), était significativement plus court que pour le passage EPI-1 (1030.4 sec [870.5; 1118.0]) (p<0,05). Le temps de prise en charge pour le passage EPI-2(896.4 sec [856.0; 979.0]), était significativement plus court que pour le passage EPI-1(1030.4 sec [870.5; 1118.0]) (p<0,05) mais plus long que pour le passage Normal (687.3 sec [565.0; 780.5]) (p<0,05). L’ensemble des gestes étudiés était significativement plus long à réaliser lors du passage EPI-1 que pour le passage Normal (p<0,05), à l’exception de l’intubation orotrachéale (200,5 sec [138.5 ; 237.0] versus 143.5 sec [108.5; 146.5] avec p =0.06). Entre les passage EPI-1 et EPI-2, tendance à une amélioration pour l’ensemble des gestes, significativement pour la pose du scope (93.7 sec [79.5 ; 106.0] versus 70.2 sec [59.0 ; 80.0]) et la préparation des drogues (140.6 sec [109.5; 161.0] versus 95.6 sec [75.0 ; 110.0]) (p<0,05). Conclusion : la prise en charge globale des patients traumatisés sévères en condition de protection individuelle semble possible au vu des résultats de notre étude, mais plus longue qu’en condition habituelle. Néanmoins cet écart de temps pourrait se réduire avec un entrainement par simulation et une protocolisation de la prise en charge: KTIO, seringues pré-remplies et IOT par vidéo laryngoscopie. Il pourrait être utile de confirmer ces résultats via de nouvelles études mais également de généraliser l'entraînement en EPI, dans le cadre de la simulation haute ou basse fidélité afin d’améliorer les performances et la gestion des risques en condition NRBC

Le pôle spécialisé des urgences pédiatriques de l'hôpital d'enfants du CHU de Nancy (analyse de son recrutement)

NANCY1-SCD Medecine (545472101) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

Instabilité des microsatellites et lymphome gastrique (étude immunohistochimique de l'expression des protéines hMLH1 et hMSH2)

PARIS-BIUM (751062103) / SudocCentre Technique Livre Ens. Sup. (774682301) / SudocSudocFranceF

Generation of a finite element MESH from stereolithography (STL) files

The aim of the method proposed here is to show the possibility of generating adaptive surface meshes suitable for the finite element method, directly from an approximated boundary representation of an object created with CAD software. First, we describe the boundary representation, which is composed of a simple triangulation of the surface of the object. Then we will show how to obtain a conforming size-adapted mesh. The size adaptation is made considering geometrical approximation and with respect to an isotropic size map provided by an error estimator. The mesh can be used "as is" for a finite element computation (with shell elements), or can be used as a surface mesh to initiate a volume meshing algorithm (Delaunay or advancing front). The principle used to generate the mesh is based on the Delaunay method, which is associated with refinement algorithms, and smoothing. Finally, we will show that not using the parametric representation of the geometrical model allows us to override some of the limitations of conventional meshing software that is based on an exact representation of the geometry. (C) 2001 Published by Elsevier Science Ltd

Pistage paramétrable auto-adaptatif pour une veille aérienne multi-capteurs

Les bâtiments de surface élaborent une situation aérienne à partir, d'une part de mesures issues de capteurs de type radar, infrarouge, d'autre part des pistes externes issues d'autres plates-formes (bâtiments de surface, entités terrestres, aériennes). Dans la grande majorité des cas, le choix des algorithmes est figé et ne permet pas toujours d'être optimal. L'amélioration du système de veille nécessite la mise en oeuvre d'un système de gestion centralisé permettant d'une part de piloter les capteurs, d'autre part le pistage. Le but de cet article est de présenter un pistage paramétrable et auto-adaptatif

Prise en compte des pistes externes dans un système de veille multicapteurs

Les bâtiments de surface de la Marine Nationale élaborent leur situation aérienne à partir des mesures ournies par les capteurs embarqués (radars, détecleurs infrarouge,...), mais aussi des pistes externes ssues d'autres plate-formes via des liaisons hertzienies spécialisées. L'exploitation automatique des mesures permet d'élaborer des pistes multicapteurs. Le présent article décrit un traitement automatique de fusion entre ces pistes et les pistes externes 'eçues par une liaison à faible débit