PubRunner: a light-weight framework for updating text mining results

Biomedical text mining promises to assist biologists in quickly navigating the combined knowledge in their domain. This would allow improved understanding of the complex interactions within biological systems and faster hypothesis generation. New biomedical research articles are published daily and text mining tools are only as good as the corpus from which they work. Many text mining tools are underused because their results are static and do not reflect the constantly expanding knowledge in the field. In order for biomedical text mining to become an indispensable tool used by researchers, this problem must be addressed. To this end, we present PubRunner, a framework for regularly running text mining tools on the latest publications. PubRunner is lightweight, simple to use, and can be integrated with an existing text mining tool. The workflow involves downloading the latest abstracts from PubMed, executing a user-defined tool, pushing the resulting data to a public FTP or Zenodo dataset, and publicizing the location of these results on the public PubRunner website. We illustrate the use of this tool by re-running the commonly used word2vec tool on the latest PubMed abstracts to generate up-to-date word vector representations for the biomedical domain. This shows a proof of concept that we hope will encourage text mining developers to build tools that truly will aid biologists in exploring the latest publications

Mode de vie et cancer du sein: quels conseils pour la prise en charge de l’après cancer ?

National audienceIt is widely admitted that after adjuvant therapy, about one half of women with localized breast cancer experience a weight gain of 3 kg. It can however reach 8 to 10 kg in numerous cases. Risk factors associated with weight gain are unclear, but women undergoing chemotherapy seem to have an increased risk, especially before the menopause. Retrospective studies suggest that post-treatment weight gain mightincrease the risk of relapse. Furthermore, the only intervention trial in adjuvant breast cancer, though impaired by methodological pitfalls, suggests that limiting weight gain could increase disease free survival. The use of nutritional complements by cancer patients is usually underestimated. Several compounds, such as vitamins C and, E, selenium or carotenoids, have been investigated in clinical trials whose quality is usually poor. Available date nevertheless suggest a deleterious effect of supplementation with anti-oxydants, in particular at supraphysiological doses. The WHEL trial is the only large randomised trial investigating an healthy diet with vegetables, fruits and fiber after localized breast cancer. An effect of survival is observed in the experimental arm only in patients with sufficient level of physical activity. Physical activity, when practiced regularly, improves asthenia, quality of life and even survival, without any detrimental effect. It should however be initiated after an evaluation of patient’s ability and comorbidities, and be realized in specific centers with careful medical follow-up. Its mechanisms of action include regulation of estrogen, insulin, IGF1 and adipokines. Adapted physical activity should be proposed to patients fulfilling precise inclusion criteria.On estime que près de la moitié des femmes traitées pour un cancer du sein localisé sont affectées par un gain de l’ordre de 3 kg, mais des prises de poids de l’ordre de 8 à 10 kg ne sont pas exceptionnelles. Les facteurs de risque ne sont pas clairement individualisés, mais les patientes recevant une chimiothérapie semblent plus concernées, en particulier avant la ménopause. Les études rétrospectives montrent que la prise de poids pourrait être un facteur de risque de rechute, qui plus est, le seules said’ intervention actuellement publié dans le cancer du sein, bien que sujet à des critiques d’ordre méthodologique, suggère un effet positif de la réduction du surpoids sur la survie sans récidive. L’utilisation de compléments nutritionnels par les patients est, quant à elle, largement sous-estimée. De nombreux composés ont fait l’objet d’essais cliniques dont la méthodologie est globalement peu convaincante (vitamines C et E, sélénium, caroténoïdes). Les données disponibles suggèrent un effet négatif de la supplémentation en antioxydants(en particulier à des doses supra-physiologiques) pouvant éventuellement affecter l’efficacité du traitement antitumoral. L’essai WHEL (Women’s Healthy Eating and Living) est le seul grand essai randomisé d’intervention, basé sur une supplémentation en fruits et légumes après traitement d’un cancer du sein localisé : il suggère un effet positif de la supplémentation uniquement si elle est associée à une activité physique suffisante. L’ activité physique régulière lors des soins en cancérologie améliore la qualité de vie, la fatigue, la survie, enparticulier pour les patientes por-teuses de cancer du sein, et ce, sans effet secondaire à condition d’être mise en place après un bilan précis des capacités, des comorbidités, d’être réalisée dans des structures adaptées avec un suivi médical des progrès et des difficultés. Les mécanismes d’action passent par des modifications de sécrétion d’estrogène, d’insuline, d’IGF1 et des adipokines. L’activité physique adaptée en cancérologie doit être proposée aux malades répondant à des critères d’inclusion précis