HTself2: Combining p-values to Improve Classification of Differential Gene Expression in HTself

HTself is a web-based bioinformatics tool designed to deal with the classification of differential gene expression for low replication microarray studies. It is based on a statistical test that uses self-self experiments to derive intensity-dependent cutoffs. The method was previously described in Vêncio et al, (DNA Res. 12: 211- e 214, 2005). In this work we consider an extension of HTself by calculating p-values instead of using a fixed credibility level α. As before, the statistic used to compute single spots p-values is obtained from the gaussian Kernel Density Estimator method applied to self-self data. Different spots corresponding to the same biological gene (replicas) give rise to a set of independent p-values which can be combined by well known statistical methods. The combined p-value can be used to decide whether a gene can be considered differentially expressed or not. HTself2 is a new version of HTself that uses the idea of p-values combination. It was implemented as a user-friendly desktop application to help laboratories without a bioinformatics infrastructure

Comparison of extraction and transesterification methods on the determination of the fatty acid contents of three Brazilian seaweed species

Seaweeds are photosynthetic organisms important to their ecosystem and constitute a source of compounds with several different applications in the pharmaceutical, cosmetic and biotechnology industries, such as triacylglycerols, which can be converted to fatty acid methyl esters that make up biodiesel, an alternative source of fuel applied in economic important areas. This study evaluates the fatty acid profiles and concentrations of three Brazilian seaweed species, Hypnea musciformis (Wulfen) J.V. Lamouroux (Rhodophya), Sargassum cymosum C. Agardh (Heterokontophyta), and Ulva lactuca L. (Chlorophyta), comparing three extraction methods (Bligh & Dyer - B&D; AOAC Official Methods - AOM; and extraction with methanol and ultrasound - EMU) and two transesterification methods (7% BF3 in methanol - BF3; and 5% HCl in methanol - HCl). The fatty acid contents of the three species of seaweeds were significantly different when extracted and transesterified by the different methods. Moreover, the best method for one species was not the same for the other species. The best extraction and transesterification methods for H. musciformis, S. cymosum and U. lactuca were, respectively, AOM-HCl, B&D-BF3 and B&D-BF3/B&D-HCl. These results point to a matrix effect and the method used for the analysis of the fatty acid content of different organisms should be selected carefully

Astaxanthin Restrains Nitrative-Oxidative Peroxidation in Mitochondrial-Mimetic Liposomes: A Pre-Apoptosis Model

Astaxanthin (ASTA) is a ketocarotenoid found in many marine organisms and that affords many benefits to human health. ASTA is particularly effective against radical-mediated lipid peroxidation, and recent findings hypothesize a "mitochondrial-targeted" action of ASTA in cells. Therefore, we examined the protective effects of ASTA against lipid peroxidation in zwitterionic phosphatidylcholine liposomes (PCLs) and anionic phosphatidylcholine: phosphatidylglycerol liposomes (PCPGLs), at different pHs (6.2 to 8.0), which were challenged by oxidizing/nitrating conditions that mimic the regular and preapoptotic redox environment of active mitochondria. Pre-apoptotic conditions were created by oxidized/nitr(osyl) ated cytochrome c and resulted in the highest levels of lipoperoxidation in both PCL and PCPGLs (pH 7.4). ASTA was less protective at acidic conditions, especially in anionic PCPGLs. Our data demonstrated the ability of ASTA to hamper oxidative and nitrative events that lead to cytochrome c-peroxidase apoptosis and lipid peroxidation, although its efficiency changes with pH and lipid composition of membranes.Fundacao de Amparo a Pesquisa do Estado de Sao Paulo (FAPESPBPE fellowship)Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico e Tecnologico (Bolsa Produtividade em Pesquisa, Nivel 2, CNPq, Brazil)Programa Iberoamericano de Ciencia y Tecnologia para el Desarollo (CYTEDRed iberoamericana para el estudio de nuevos carotenoides bioactivos como ingredientes de alimentos, Spain)Univ Sao Paulo IQUSP, Inst Quim, Dept Bioquim, BR-05508000 Sao Paulo, SP, BrazilUniv Cruzeiro Sul, ICAFE, BR-01506000 Sao Paulo, SP, BrazilSuperintendencia Policia Tecn Cient, BR-05507060 Sao Paulo, SP, BrazilLychnoflora Pesquisa & Dev Prod Nat LTDA, BR-14030090 Ribeirao Preto, SP, BrazilGrp Fleury, BR-04344070 Sao Paulo, SP, BrazilUniv Fed Sao Paulo, Dept Ciencias Exatas & Terra, UNIFESP, BR-09972270 Diadema, SP, BrazilUniv Sao Paulo IQUSP, Inst Quim, Dept Quim Fundamental, BR-05508000 Sao Paulo, SP, BrazilCSIC, IATA, Dept Ciencia Alimentos, Calle Catedrat Agustin Escardino 7, Paterna 46980, SpainUniv Fed Sao Paulo, Dept Ciencias Exatas & Terra, UNIFESP, BR-09972270 Diadema, SP, BrazilFAPESP: 017/06032-2CNPq: 304663/2015-8RIENCBI: 112RT0445Web of Scienc

A Fragmentation study of di-acidic mycosporine-like amino acids in electrospray and nanospray mass spectrometry

Two mycosporine (MAAs), containing an extra acid function, were analyzed by nanospray and electrospray ionization tandem mass spectrometry. In contrast to the previous studies it is demonstrated that no significant characteristic methyl radical loss occurred in positive mode. The fragmentation pathway in negative mode was also proposed in this work, along with theoretical calculations to characterize the site of protonation.No presente estudo, duas micosporinas (MAAs) contendo um segundo ácido carboxílico foram submetidas à fragmentação em eletrospray e nanospray em diferentes equipamentos. Em contraste com resultados anteriores, a eliminação de radical metila no modo positivo de análise foi um processo minoritário de fragmentação. Neste trabalho apresentamos também a via de fragmentação destas substâncias em modo negativo e cálculos teóricos para caracterizar os sítios de protonação.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq

ANALISIS VERBA BERPREFIKS DENGAN VERBA DASAR KOMMEN DALAM BAHASA JERMAN

Verba merupakan suatu komponen yang mempunyai peranan penting dalam kalimat, karena verba digunakan untuk menyatakan tindakan (Handlungen), keadaan (Zustände) dan peristiwa (Vorgänge). Dalam bahasa Indonesia verba dapat dikombinasikan dengan imbuhan atau prefiks. Hal yang sama berlaku dalam bahasa Jerman. Akan tetapi berbeda dengan bahasa Indonesia, prefiks yang menyertai verba bahasa Jerman dapat mengubah makna dari verba dasarnya, seperti contoh verba kommen yang berarti ‘berasal’, ditambahkan prefiks ent- di awal verba, menjadi entkommen, maka maknanya berubah menjadi ‘melarikan diri’. Hal tersebut sangat penting untuk dipelajari dan dipahami oleh pembelajar. Berdasarkan hal tersebut peneliti tertarik untuk melakukan penelitian mengenai verba berprefiks dengan verba dasar kommen. Adapun tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui : 1) prefiks pada verba kommen, 2) jenis prefiks yang menyertai verba kommen berprefiks, dan 3) arti dari prefiks yang menyertai verba kommen berprefiks. Objek penelitian ini ialah verba kommen berprefiks yang terdapat dalam buku Tintenherz karya Cornelia Punke dan Majalah Brigitte terbitan 18 januari 2017. Adapun referensi yang digunakan untuk arti dari verba kommen berprefiks ialah Langenscheidt Groβwörterbuch Deutsch als Fremdsprache. Data yang ditemukan dalam penelitian ini adalah 47 kalimat dengan verba kommen berprefiks. Dari 47 kalimat tersebut ditemukan 12 macam verba kommen berprefiks, yaitu ankommen (3x), entkommen (4x), entgegenkommen (1x), heraufkommen (1x), herkommen (12x), mitkommen (7x), nachkommen (1x), vorbeikommen (3x), vorkommen (4x), wiederkommen (2x), zukommen (1x), dan zurückkommen (9x). Prefiks yang menyertai verba kommen terbagi menjadi dua jenis yaitu prefiks terikat dan tidak terikat, ada 9 macam prefiks yang masuk ke dalam jenis prefiks tidak terikat, dan 3 macam jenis prefiks terikat. Dari keseluruhan jumlah prefiks tersebut 2 macam prefiks memiliki arti lebih dari satu, yaitu prefiks her- dan vor-, sedangkan 10 prefiks lainnya yaitu prefiks an-, entgegen-, ent-, herauf-, mit-, nach-, vorbei-, wieder-, zu-, dan zurück- memiliki 1 arti. Berdasarkan hasil penelitian disarankan agar pembelajar dapat memperdalam prefiks melalui buku-buku gramatik dan membaca teks berbahasa Jerman berupa roman anak maupun artikel majalah. Adapun peneliti lain yang akan meneliti tentang prefiks disarankan untuk menggunakan referensi dan sumber data yang lebih banyak dan beragam. ABSTRAKT Verb ist ein Komponent, das eine wichtige Rolle in einem Satz spielt, da man ein Verb verwendet, um Handlungen, Zustände und Vorgänge zu bezeichnen. Im Indonesischen sind Verben mit Sufixen, Präfixen und so weiter kombinerbar. Das Phänomen gilt auch im Deutschen. Aber im Gegenteil zu Indonesisch kann das deutsche Präfix die Bedeutung von den Stammverben ändern, beispielweise, das Verb kommen heißt `berasal´ auf Indonesisch, aber wenn man zu dem Verb das Präfix ent- setzt, dann bedeutet das Verb ´melarikan diri´ auf Indonesisch. Solches linguistisches Phänomen ist sehr wichtig zu lernen und zu verstehen. In Bezug darauf interessiert sich die Verfasserin dafür, eine Untersuchung über die Analyse der Verben mit Präfixen am Beispiel vom Verb “kommen” im Deutschen durchzuführen. Diese Untersuchung hat den Zweck, folgende Punkte herauszufinden: 1) Präfixen vom Verb kommen; 2) die Arten von Präfixen vom Verb kommen; 3) die Bedeutung der Präfixe vom Verb kommen. Objekt dieser Untersuchung sind die Verben kommen mit Präfixen, die sich im Roman „Tintenherz“ von Cornelia Punke und in der Magazine „Brigitte“ befinden, die am 18. Januar 2017 erschienen. Als Quelle für die Bedeutungen der Verben kommen verwendet man das Langenscheidt Groβwörterbuch Deutsch als Fremdsprache. Die Ergebnisse der Untersuchung sind 47 Sätze mit Verb kommen mit Präfixen. In diesen 47 Sätzen wurden 12 Arten vom Verb kommen mit Präfixen gefunden. Sie sind nämlich, ankommen (3x), entkommen (4x), entgegenkommen (1x), heraufkommen (1x), herkommen (12x), mitkommen (7x), nachkommen (1x), vorbeikommen (3x), vorkommen (4x), wiederkommen (2x), zukommen (1x), und zurückkommen (9x). Die Präfixen bestehen aus zwei Arten, nämlich untrennbare und trennbare Präfixen. Es gibt 9 Präfixsorten, die zu den trennbaren Präfixen gehören und 3 Präfixsorten zu den untrennbaren Präfixen. Aus den Datenquellen werden 2 Präfixsorten gefunden, die zwei Bedeutungen haben. Sie sind Präfix her- und vor. Allerdings haben die 10 anderen Präfixe, namlich an-, entgegen-, ent-, herauf-, mit-, nach-, vorbei-, wieder-, zu-, und zurück-, nur eine Bedeutung. Basierend auf den Untersuchungsergebnissen sollten die Deutschlernenden mithilfe der grammatischen Bücher die Beherrschung von Präfixen vertiefen und Texte im Deutschen lesen, beispielsweise Kinderromane und Artikel in Magazinen. Darüber hinaus sollten andere weitere Untersucher in demselben Untersuchungsraum zahlreichere und vielfältige Referenzen und Datenquellen benutzen

Antioxidant activity and chemical composition of the non polar fraction of Gracilaria domingensis (Kützing) Sonder ex Dickie and Gracilaria birdiae (Plastino & Oliveira)

Gracilaria domingensis (Kützing) Sonder ex Dickie and Gracilaria birdiae (Plastino & Oliveira) (Gracilariales, Rhodophyta) are seaweeds that occur on the Brazilian coast. Based on their economic and pharmaceutical importance, we investigated the antioxidant activity of the methanolic, ethyl acetate and hexane extracts of both species. The hexane extracts display a high antioxidant activity and comparative analyses indicated G. birdiae as the most active species. Chemical investigation of these fractions showed several carotenoids and fatty acids, as well as cholesterol and sitosterol derivatives. HPLC-DAD analysis of G. birdiae showed violaxanthin (0.04 μg.mg-1 of dry material), antheraxanthin (5.31 μg.mg-1), aloxanthin (0.09 μg.mg-1), zeaxanthin (0.45 μg.mg-1) and β-carotene (0.37 μg.mg-1) as the major carotenoids. G. domingensis showed a similar carotenoid profile, however, with much lower concentration than G. birdiae. Gas chromatography coupled to mass spectrometry was used to determine other nonpolar compounds of these seaweeds. The main compounds detected in both studied species were the fatty acids 16:0; 18:1 Δ9; 20:3 Δ6,9,12, 20:4 Δ5,8,11,14. We found no specificity of compounds in either species. However, G. birdiae, presented higher contents of carotenoids and arachidonic acid than G. domingensis