Folding of a cyclin box: linking multitarget binding to marginal stability, oligomerization, and aggregation of the retinoblastoma tumor suppressor AB pocket domain

The retinoblastoma tumor suppressor (Rb) controls the proliferation, differentiation, and survival of cells in most eukaryotes with a role in the fate of stem cells. Its inactivation by mutation or oncogenic viruses is required for cellular transformation and eventually carcinogenesis. The high conservation of the Rb cyclin fold prompted us to investigate the link between conformational stability and ligand binding properties of the RbAB pocket domain. RbAB unfolding presents a three-state transition involving cooperative secondary and tertiary structure changes and a partially folded intermediate that can oligomerize. The first transition corresponds to unfolding of the metastable B subdomain containing the binding site for the LXCXE motif present in cellular and viral targets, and the second transition corresponds to the stable A subdomain. The low thermodynamic stability of RbAB translates into a propensity to rapidly oligomerize and aggregate at 37 °C (T50 = 28 min) that is suppressed by human papillomavirus E7 and E2F peptide ligands, suggesting that Rb is likely stabilized in vivo through binding to target proteins. We propose that marginal stability and associated oligomerization may be conserved for function as a "hub" protein, allowing the formation of multiprotein complexes, which could constitute a robust mechanism to retain its cell cycle regulatory role throughout evolution. Decreased stability and oligomerization are shared with the p53 tumor suppressor, suggesting a link between folding and function in these two essential cell regulators that are inactivated in most cancers and operate within multitarget signaling pathways.Fil: Chemes, Lucia Beatriz. Fundación Instituto Leloir; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquimicas de Buenos Aires; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; ArgentinaFil: Noval, María Gabriela. Fundación Instituto Leloir; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquimicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Sánchez Miguel, Ignacio Enrique. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: de Prat Gay, Gonzalo. Fundación Instituto Leloir; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquimicas de Buenos Aires; Argentin

Cooperative RNA Recognition by a Viral Transcription Antiterminator

RNA transcription of mononegavirales decreases gradually from the 3′ leader promoter toward the 5′ end of the genome, due to a decay in polymerase processivity. In the respiratory syncytial virus and metapneumovirus, the M 2–1 protein ensures transcription anti-termination. Despite being a homotetramer, respiratory syncytial virus M 2–1 binds two molecules of RNA of 13mer or longer per tetramer, and temperature-sensitive secondary structure in the RNA ligand is unfolded by stoichiometric interaction with M 2–1 . Fine quantitative analysis shows positive cooperativity, indicative of conformational asymmetry in the tetramer. RNA binds to M 2–1 through a fast bimolecular association followed by slow rearrangements corresponding to an induced-fit mechanism, providing a sequential description of the time events of cooperativity. The first binding event of half of the RNA molecule to one of the sites increases the affinity of the second binding event on the adjacent contacting protomer by 15-fold, product of increased effective concentration caused by the entropic link. This mechanism allows for high-affinity binding with an otherwise relaxed sequence specificity, and instead suggests a yet undefined structural recognition signature in the RNA for modulating gene transcription. This work provides a basis for an essential event for understanding transcription antitermination in pneumoviruses and its counterpart Ebola virus VP30.Fil: Molina, Ivana Gisele. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Esperante, Sebastian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Marino Buslje, Cristina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Chemes, Lucia Beatriz. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: de Prat Gay, Gonzalo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentin

Minute time scale prolyl isomerization governs antibody recognition of an intrinsically disordered immunodominant epitope

Conformational rearrangements in antibody·antigen recognition are essential events where kinetic discrimination of isomers expands the universe of combinations. We investigated the interaction mechanism of a monoclonal antibody, M1, raised against E7 from human papillomavirus, a prototypic viral oncoprotein and a model intrinsically disordered protein. The mapped 12-amino acid immunodominant epitope lies within a "hinge" region between the N-terminal intrinsically disordered and the C-terminal globular domains. Kinetic experiments show that despite being within an intrinsically disordered region, the hinge E7 epitope has at least two populations separated by a high energy barrier. Nuclear magnetic resonance traced the origin of this barrier to a very slow (t(1/2)∼4 min) trans-cis prolyl isomerization event involving changes in secondary structure. The less populated (10%) cis isomer is the binding-competent species, thus requiring the 90% of molecules in the trans configuration to isomerize before binding. The association rate for the cis isomer approaches 6 × 10(7) M(-1) s(-1), a ceiling for antigen-antibody interactions. Mutagenesis experiments showed that Pro-41 in E7Ep was required for both binding and isomerization. After a slow postbinding unimolecular rearrangement, a consolidated complex with K(D) = 1.2 × 10(-7) M is reached. Our results suggest that presentation of this viral epitope by the antigen-presenting cells would have to be "locked" in the cis conformation, in opposition to the most populated trans isomer, in order to select the specific antibody clone that goes through affinity and kinetic maturation.Fil: Fassolari, Marisol. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Chemes, Lucia Beatriz. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Gallo, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Smal, Clara. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Sanchez, Ignacio E.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: de Prat Gay, Gonzalo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentin

Chaperone holdase activity of human papillomavirus E7 oncoprotein

E7 oncoprotein is the major transforming activity in human papillomavirus and shares sequence and functional properties with adenovirus E1A and SV40 T-antigen, in particular by targeting the pRb tumor suppressor. HPV 16 E7 forms spherical oligomers that display chaperone activity in thermal denaturation and chemical refolding assays of two model polypeptide substrates, citrate synthase and luciferase, and it does so at substoichiometric concentrations. We show that the E7 chaperone can stably bind model polypeptides and hold them in a state with significant tertiary structure, but does not bind the fully native proteins. The E7 oligomers bind native in vitro translated pRb without the requirement of it being unfolded, since the N-terminal domain of E7 containing the LXCXE binding motif is exposed. The N-terminal domain of E7 can interfere with pRb binding but not with the chaperone activity, which requires the C-terminal domain, as in most reported E7 activities. The ability to bind up to ∼72 molecules of pRb by the oligomeric E7 form could be important either for sequestering pRb from Rb-E2F complexes or for targeting it for proteasome degradation. Thus, both the dimeric and oligomeric chaperone forms of E7 can bind Rb and various potential targets. We do not know at present if the chaperone activity of E7 plays an essential role in the viral life cycle; however, a chaperone activity may explain the large number of cellular targets reported for this oncoprotein.Fil: Alonso, Leonardo Gabriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Smal, Clara. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Garcia Alai, Maria M.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Chemes, Lucia Beatriz. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Salame, Marcelo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: de Prat Gay, Gonzalo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentin

The articles.ELM resource: Simplifying access to protein linear motif literature by annotation, text-mining and classification

Modern biology produces data at a staggering rate. Yet, much of these biological data is still isolated in the text, figures, tables and supplementary materials of articles. As a result, biological information created at great expense is significantly underutilised. The protein motif biology field does not have sufficient resources to curate the corpus of motif-related literature and, to date, only a fraction of the available articles have been curated. In this study, we develop a set of tools and a web resource, 'articles.ELM', to rapidly identify the motif literature articles pertinent to a researcher's interest. At the core of the resource is a manually curated set of about 8000 motif-related articles. These articles are automatically annotated with a range of relevant biological data allowing in-depth search functionality. Machine-learning article classification is used to group articles based on their similarity to manually curated motif classes in the Eukaryotic Linear Motif resource. Articles can also be manually classified within the resource. The 'articles.ELM' resource permits the rapid and accurate discovery of relevant motif articles thereby improving the visibility of motif literature and simplifying the recovery of valuable biological insights sequestered within scientific articles. Consequently, this web resource removes a critical bottleneck in scientific productivity for the motif biology field.Fil: Palopoli, Nicolás. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Iserte, Javier Alonso. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Chemes, Lucia Beatriz. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Marino Buslje, Cristina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Parisi, Gustavo Daniel. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Gibson, Toby James. Ruprecht Karls Universitat Heidelberg; AlemaniaFil: Davey, N.E.. The Institute of Cancer Research; Reino Unid

Short linear motif candidates in the cell entry system used by SARS-CoV-2 and their potential therapeutic implications

The first reported receptor for SARS-CoV-2 on host cells was the angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). However, the viral spike protein also has an RGD motif, suggesting that cell surface integrins may be co-receptors. We examined the sequences of ACE2 and integrins with the Eukaryotic Linear Motif (ELM) resource and identified candidate short linear motifs (SLiMs) in their short, unstructured, cytosolic tails with potential roles in endocytosis, membrane dynamics, autophagy, cytoskeleton, and cell signaling. These SLiM candidates are highly conserved in vertebrates and may interact with the μ2 subunit of the endocytosis-associated AP2 adaptor complex, as well as with various protein domains (namely, I-BAR, LC3, PDZ, PTB, and SH2) found in human signaling and regulatory proteins. Several motifs overlap in the tail sequences, suggesting that they may act as molecular switches, such as in response to tyrosine phosphorylation status. Candidate LC3-interacting region (LIR) motifs are present in the tails of integrin β3 and ACE2, suggesting that these proteins could directly recruit autophagy components. Our findings identify several molecular links and testable hypotheses that could uncover mechanisms of SARS-CoV-2 attachment, entry, and replication against which it may be possible to develop host-directed therapies that dampen viral infection and disease progression. Several of these SLiMs have now been validated to mediate the predicted peptide interactions.Fil: Mészáros, Bálint. European Molecular Biology Laboratory; AlemaniaFil: Sámano Sánchez, Hugo. European Molecular Biology Laboratory; AlemaniaFil: Alvarado Valverde, Jesús. European Molecular Biology Laboratory; Alemania. Ruprecht Karls Universitat Heidelberg; AlemaniaFil: Čalyševa, Jelena. European Molecular Biology Laboratory; Alemania. Ruprecht Karls Universitat Heidelberg; AlemaniaFil: Martinez Perez, Elizabeth. Fundación Instituto Leloir; Argentina. European Molecular Biology Laboratory; Alemania. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Alves, Renato. European Molecular Biology Laboratory; AlemaniaFil: Shields, Denis C.. Universidad de Dublin; IrlandaFil: Kumar, Manjeet. European Molecular Biology Laboratory; AlemaniaFil: Rippmann, Friedrich. Computational Chemistry & Biology; AlemaniaFil: Chemes, Lucia Beatriz. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Gibson, Toby James. European Molecular Biology Laboratory; Alemani

Multiple origins of green coloration in frogs mediated by a novel biliverdin-binding serpin

Many vertebrates have distinctive blue-green bones and other tissues due to unusually high biliverdin concentrations—a phenomenon called chlorosis. Despite its prevalence, the biochemical basis, biology, and evolution of chlorosis are poorly understood. In this study, we show that the occurrence of high biliverdin in anurans (frogs and toads) has evolved multiple times during their evolutionary history, and relies on the same mechanism—the presence of a class of serpin family proteins that bind biliverdin. Using a diverse combination of techniques, we purified these serpins from several species of nonmodel treefrogs and developed a pipeline that allowed us to assemble their complete amino acid and nucleotide sequences. The described proteins, hereafter named biliverdinbinding serpins (BBS), have absorption spectra that mimic those of phytochromes and bacteriophytochromes. Our models showed that physiological concentration of BBSs fine-tune the color of the animals, providing the physiological basis for crypsis in green foliage even under near-infrared light. Additionally, we found that these BBSs are most similar to human glycoprotein alpha-1-antitrypsin, but with a remarkable functional diversification. Our results present molecular and functional evidence of recurrent evolution of chlorosis, describe a biliverdin-binding protein in vertebrates, and introduce a function for a member of the serpin superfamily, the largest and most ubiquitous group of protease inhibitors.Fil: Taboada, Carlos Alberto. University of Duke; Estados Unidos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Museo Argentino de Ciencias Naturales "Bernardino Rivadavia"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina. Universidade de Sao Paulo; BrasilFil: Brunetti, Andrés Eduardo. Universidade de Sao Paulo; Brasil. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas | Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas; ArgentinaFil: Lucio Lyra, Mariana. Universidade Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho; Brasil. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Fitak, Robert R.. University of Duke; Estados Unidos. University of Central Florida; Estados UnidosFil: Faigon Soverna, Ana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Museo Argentino de Ciencias Naturales "Bernardino Rivadavia"; ArgentinaFil: Ron, Santiago R.. Pontificia Universidad Católica del Ecuador; EcuadorFil: Lagorio, María Gabriela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Inorgánica, Analítica y Química Física; ArgentinaFil: Baptista Haddad, Célio Fernando. Universidade Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho; BrasilFil: Peporine Lopes, Norberto. Universidade de Sao Paulo; BrasilFil: Johnsen, Sönke. University of Duke; Estados UnidosFil: Faivovich, Julián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Museo Argentino de Ciencias Naturales "Bernardino Rivadavia"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Chemes, Lucia Beatriz. Universidad Nacional de San Martín; ArgentinaFil: Bari, Sara Elizabeth. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentin

The eukaryotic linear motif resource ELM: 10 years and counting

The eukaryotic linear motif (ELM http://elm.eu.org) resource is a hub for collecting, classifying and curating information about short linear motifs (SLiMs). For >10 years, this resource has provided the scientific community with a freely accessible guide to the biology and function of linear motifs. The current version of ELM contains ∼200 different motif classes with over 2400 experimentally validated instances manually curated from >2000 scientific publications. Furthermore, detailed information about motif-mediated interactions has been annotated and made available in standard exchange formats. Where appropriate, links are provided to resources such as switches.elm.eu.org and KEGG pathways.Fil: Dinkel, Holder. European Molecular Biology Laboratory; AlemaniaFil: Van Roey, Kim. European Molecular Biology Laboratory; AlemaniaFil: Michael, Sushama. European Molecular Biology Laboratory; AlemaniaFil: Davey, Norman E.. University Of California ; Estados UnidosFil: Weatheritt, Robert J.. MRC. Laboratory of Molecular Biology; Estados UnidosFil: Born, Diana. Ruprecht-Karls-Universität; AlemaniaFil: Speck, Tobias. Ruprecht-Karls-Universität; AlemaniaFil: Kruger, Daniel. Ruprecht-Karls-Universität; AlemaniaFil: Grebnev, Gleb. University College Dublin; IrlandaFil: Kuban, Marta. Maria Sklodowska-Curie Memorial Cancer Center. Laboratory of Bioinformatics and Biostatistics; PoloniaFil: Strumillo, Marta. Maria Sklodowska-Curie Memorial Cancer Center. Laboratory of Bioinformatics and Biostatistics; PoloniaFil: Uyar, Bora. European Molecular Biology Laboratory; AlemaniaFil: Budd, Aidan. European Molecular Biology Laboratory; AlemaniaFil: Altenberg, Brigitte. European Molecular Biology Laboratory; AlemaniaFil: Seiler, Markus. European Molecular Biology Laboratory; AlemaniaFil: Chemes, Lucia Beatriz. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquimicas de Buenos Aires; Argentina. Fundación Instituto Leloir; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Glavina, Juliana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Sánchez Miguel, Ignacio Enrique. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Diella, Francesca. European Molecular Biology Laboratory; AlemaniaFil: Gibson, Toby J. European Molecular Biology Laboratory; Alemani

A Novel Bacterial Protease Inhibitor Adjuvant in RBD-Based COVID-19 Vaccine Formulations Containing Alum Increases Neutralizing Antibodies, Specific Germinal Center B Cells and Confers Protection Against SARS-CoV-2 Infection in Mice

In this work, we evaluated recombinant receptor binding domain (RBD)-based vaccine formulation prototypes with potential for further clinical development. We assessed different formulations containing RBD plus alum, AddaS03, AddaVax, or the combination of alum and U-Omp19: a novel Brucella spp. protease inhibitor vaccine adjuvant. Results show that the vaccine formulation composed of U-Omp19 and alum as adjuvants has a better performance: it significantly increased mucosal and systemic neutralizing antibodies in comparison to antigen plus alum, AddaVax, or AddaS03. Antibodies induced with the formulation containing U-Omp19 and alum not only increased their neutralization capacity against the ancestral virus but also cross-neutralized alpha, lambda, and gamma variants with similar potency. Furthermore, the addition of U-Omp19 to alum vaccine formulation increased the frequency of RBD-specific geminal center B cells and plasmablasts. Additionally, U-Omp19+alum formulation induced RBD-specific Th1 and CD8+ T-cell responses in spleens and lungs. Finally, this vaccine formulation conferred protection against an intranasal severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) challenge of K18-hACE2 mice.Fil: Coria, Mirta Lorena. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Saposnik, Lucas Martín. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Pueblas Castro, Celeste Victoria. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Castro, Eliana Florencia. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas; ArgentinaFil: Bruno, Laura Alejandra. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Stone, William B.. University of Virginia; Estados UnidosFil: Pérez, Paula Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; ArgentinaFil: Darriba, Maria Laura. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Chemes, Lucia Beatriz. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Alcain, Julieta María. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Mazzitelli, Ignacio Gabriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; ArgentinaFil: Varese, Augusto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; ArgentinaFil: Salvatori, Melina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; ArgentinaFil: Auguste, Albert J.. University of Virginia; Estados UnidosFil: Alvarez, Diego Ezequiel. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Pasquevich, Karina Alejandra. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Cassataro, Juliana. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentin

DisProt in 2022: improved quality and accessibility of protein intrinsic disorder annotation

The Database of Intrinsically Disordered Proteins (DisProt, URL: https://disprot.org) is the major repository of manually curated annotations of intrinsically disordered proteins and regions from the literature. We report here recent updates of DisProt version 9, including a restyled web interface, refactored Intrinsically Disordered Proteins Ontology (IDPO), improvements in the curation process and significant content growth of around 30%. Higher quality and consistency of annotations is provided by a newly implemented reviewing process and training of curators. The increased curation capacity is fostered by the integration of DisProt with APICURON, a dedicated resource for the proper attribution and recognition of biocuration efforts. Better interoperability is provided through the adoption of the Minimum Information About Disorder (MIADE) standard, an active collaboration with the Gene Ontology (GO) and Evidence and Conclusion Ontology (ECO) consortia and the support of the ELIXIR infrastructure.Fil: Quaglia, Federica. Università di Padova; Italia. Consiglio Nazionale delle Ricerche; ItaliaFil: Mészáros, Bálint. European Molecular Biology Laboratory; AlemaniaFil: Salladini, Edoardo. Università di Padova; ItaliaFil: Hatos, András. Università di Padova; ItaliaFil: Pancsa, Rita. Research Centre for Natural Sciences; HungríaFil: Chemes, Lucia Beatriz. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Pajkos, Mátyás. Eötvös Loránd University; HungríaFil: Lazar, Tamas. Vlaams Instituut voor Biotechnology; Hungría. Vrije Unviversiteit Brussel; BélgicaFil: Peña Díaz, Samuel. Universitat Autònoma de Barcelona; EspañaFil: Santos, Jaime. Universitat Autònoma de Barcelona; EspañaFil: Ács, Veronika. Research Centre for Natural Sciences; HungríaFil: Farahi, Nazanin. Vlaams Instituut voor Biotechnology; Bélgica. Vrije Unviversiteit Brussel; BélgicaFil: Fichó, Erzsébet. Research Centre for Natural Sciences; HungríaFil: Aspromonte, Maria Cristina. Università di Padova; Italia. Città della Speranza Pediatric Research Institute; ItaliaFil: Bassot, Claudio. Stockholms Universitet; SueciaFil: Chasapi, Anastasia. Centre for Research & Technology Hellas; GreciaFil: Davey, Norman E.. Chester Beatty Laboratories; Reino UnidoFil: Davidović, Radoslav. University of Belgrade; SerbiaFil: Laszlo Holland, Alicia Verónica. European Molecular Biology Laboratory; Alemania. Research Centre for Natural Sciences; HungríaFil: Elofsson, Arne. Stockholms Universitet; SueciaFil: Erdős, Gábor. Eötvös Loránd University; HungríaFil: Gaudet, Pascale. Swiss Institute of Bioinformatics; SuizaFil: Giglio, Michelle. University of Maryland School of Medicine; Estados UnidosFil: Glavina, Juliana. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Iserte, Javier Alonso. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Iglesias, Valentín. Universitat Autònoma de Barcelona; EspañaFil: Kálmán, Zsófia. Pázmány Péter Catholic University; HungríaFil: Lambrughi, Matteo. Danish Cancer Society Research Center; DinamarcaFil: Leonardi, Emanuela. Università di Padova; Italia. Pediatric Research Institute Città della Speranza; ItaliaFil: Rodriguez Sawicki, Luciana. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin