Diagnosis and treatment of osteoporosis in spinal cord injury patients: A literature review

AbstractObjectiveTo present an up-to-date literature review of osteoporosis in spinal cord injury (SCI) patients, in view of the seriousness of this complication (with a high risk of fractures) and the complexity of its diagnosis, evaluation and treatment.MethodsA Medline search with the following keywords: immobilization osteoporosis, spinal cord injury, bone loss, dual energy X-ray absorptiometry (DEXA), bisphosphonate.ResultsOur analysis of the literature noted a bone metabolism imbalance in SCI patients, with accelerated early bone resorption (particularly during the first 6months post-injury). Although dual energy X-ray absorptiometry constitutes the “gold standard” diagnostic method, the decrease in bone mineral density only becomes significant 12months after the injury. Bisphosphonate therapy has proven efficacy. Despite the frequent use of various physical therapies, these methods have not been found to be effective.ConclusionAlthough our literature review did not identify any guidelines on the strategy for diagnosing and treating osteoporosis in SCI patients, several findings provide guidance on procedures for early diagnosis and preventive treatment

Evaluation de la fertilite femelle des arabusta par le niveau de ploidie et les generations d’hybrides

Les hybrides Arabusta sont caractérisés par une faible fertilité exprimée par des taux de caracolis élevés et des taux de loges vides importants induisant des productivités faibles. Pour une stratégie plus efficiente des sélections, il est important de connaître les niveaux de fertilité femelle des différents types de caféiers Arabusta. Ainsi donc, les fertilités femelles de quatre générations (G1, G2, G3, G4) de Coffea X arabusta et d’un rétrocroisement (back-cross) sur le parent arabica (BC) ont-elles été observées ainsi que celles de quatre groupes de caféiers de niveaux de ploïdie différents (diploïdes, triploïdes, tétraploïdes et pentaploïdes). Ces fertilités ont été déterminées par 4 paramètres ou estimateurs de fertilité : le taux d’écailles, le taux de caracolis, le taux de loges vides et le taux de remplissage des fruits. Les  valeurs  moyennes  de  ces  estimateurs  obtenues  chez  les  générations  et  le  back-cross  sont respectivement de : 35,16 % ; 59,70 % ; 30,37 % ; 45,34 %. En ce qui concerne les caféiers de différents niveaux de ploïdie, les valeurs moyennes des 4 estimateurs sont les suivants : taux d’écailles  31,66 % ; taux de caracolis  51,26 % ; taux de loges vides  20,13 % et taux de remplissage des fruits  55,33 %. Les résultats ont montré que la fertilité dépend de deux facteurs : un facteur génétique lié à la fertilité gamétique (écailles et caracolis), qui peut s’améliorer au cours des générations et un facteur physiologique lié à la fertilité zygotique (loges vides et fructification ou remplissage des fruits), qui est fortement influencé par l’environnement géo-morpho-climatique. Par ailleurs, le rétrocroisement des Arabusta sur le parent arabica n’est pas envisageable dans le contexte caféicole de Côte d’Ivoire. Enfin, cette étude a permis d’établir les normes d’utilisation des diploïdes, des triploïdes et des pentaploïdes. Ces derniers ont un niveau de fertilité comparable aux tétraploïdes et constituent une voie à explorer.Mots clés : Hybrides interspécifiques, fertilité femelle, génération

Transcriptome analysis in Coffea eugenioides, an Arabica coffee ancestor, reveals differentially expressed genes inleaves and fruits.

Studies in diploid parental species of polyploid plants are important to understand their contributions to the formation of plant and species evolution. Coffea eugenioides is a diploid species that is considered to be an ancestor of allopolyploid Coffea arabica together with Coffea canephora. Despite its importance in the evolutionary history of the main economic species of coffee, no study has focused on C. eugenioides molecular genetics. RNA-seq creates the possibility to generate reference transcriptomes and identify coding genes and potential candidates related to important agronomic traits. Therefore, the main objectives were to obtain a global overview of transcriptionally active genes in this species using next generation sequencing and to analyze specific genes that were highly expressed in leaves and fruits with potential exploratory characteristics for breeding and understanding the evolutionary biology of coffee. A de novo assembly generated 36,935 contigs that were annotated using eight databases. We observed a total of ~5000 differentially expressed genes between leaves and fruits. Several genes exclusively expressed in fruits did not exhibit similarities with sequences in any database. We selected ten differentially expressed unigenes in leaves and fruits to evaluate transcriptional profiles using qPCR. Our study provides the first gene catalog for C. eugenioides and enhances the knowledge concerning the mechanisms involved in the C. arabica homeologous. Furthermore, this work will open new avenues for studies into specific genes and pathways in this species, especially related to fruit, and our data have potential value in assisted breeding applications

Identificação de polimorfismos em genótipos de Coffea arabica de uma coleção da Etiópia.

Os marcadores moleculares são ferramentas importantes para acelerar os programas de melhoramento. Para o cafeeiro, uma espécie perene, o uso de marcadores é particularmente desejável devido ao tempo e recursos gastos para o lançamento de uma nova cultivar. Duas espécies do gênero Coffea são responsáveis por quase toda a produção de café: Coffea arabica e C. canephora. Contudo, para C. arabica, o número de marcadores polimórficos é relativamente baixo comparado a C. canephora e outras culturas, uma vez que a espécie apresenta baixa diversidade genética. Muitos estudos com marcadores genéticos foram feitos para analisar a diversidade da C. arabica, mas os resultados não foram eficientes para a discriminação genotípica detalhada e mapeamento genético. O Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) possui uma coleção de 132 acessos de C. arabica originários da Etiópia, que apresentam variabilidade fenotípica com potencial para serem utilizados para exploração da diversidade. Neste sentido, este estudo buscou analisar a diversidade nucleotídica pela identificação de polimorfismos, SNPs e INDELs, de uma população do centro de origem de C. arabica, associado com o sequenciamento de nova geração. O RNA-seq de dois tecidos, frutos e folhas, de quatro genótipos de C. arabica de uma população da Etiópia, C. arabica cv. Mundo Novo e de um dos seus ancestrais de C. arabica ? C. eugenioides, foram sequenciados pela metodologia Illumina HiSeq2000. Os reads obtidos foram processados e posteriormente as sequências foram mapeadas em uma referência de C. canephora para identificação dos polimorfismos. Foram feitas duas estratégias: i) na primeira estratégia, foi utilizado uma ferramenta chamada SNiPloid com critérios de cobertura para o polimorfismo identificado e ii) uma segunda estratégia que considera os polimorfismos encontrados diretamente dos arquivos de detecção dos polimorfismos. Os resultados identificaram um número grande de polimorfismos. Na primeira estratégia, foram encontrados pelo menos 5.500 SNPs potenciais para a genotipagem e na segunda, 103.791 SNPs potenciais. Para essa última, ainda é necessário estabelecer critérios e filtros para escolher os polimorfismos que serão inicialmente genotipados. Os dados também mostraram a importância de utilizar um grupo mais diverso de genótipos associado com o sequenciamento de nova geração para detecção de SNPs. Este trabalho será importante para direcionar futuros trabalhos na caracterização da diversidade genética em C. arabica, além de estudos de mapeamento genético por associação

Concentração de nutrientes minerais em acessos da Etiópia de Coffea arabica.

O sucesso do manejo nutricional em plantas depende de diversos fatores, como características químicas, biológicas e físicas do solo, além da influência do genótipo. Apesar do manejo agronômico visando à adequação do solo para a cultura do cafeeiro estar bem estabelecido, pouco se sabe sobre o efeito do genótipo na absorção e acúmulo de nutrientes minerais. Tradicionalmente, o melhoramento genético do cafeeiro foca-se em características morfológicas, resistência a doenças e na produtividade; dessa forma, a exigência nutricional foi deixada em plano secundário ao longo deste processo. Com a necessidade cada vez maior de variedades que apresentem boa produtividade com impactos menores ao meio ambiente, a introgressão de características de genótipos silvestres é uma relevante estratégia para incremento da eficiência nutricional. Neste contexto, o presente trabalho tem como objetivo caracterizar a concentração de nutrientes em 12 acessos silvestres de Coffea arabica provenientes da Etiópia, identificando genótipos de cafeeiro que apresentam acumulação diferencial de nutrientes minerais (N, P, K, Ca, Mg, Cu, Zn, B e Mn) com relação a três tecidos: folhas, caule e raiz. Entre os acessos da Etiópia, destacou-se a concentração diferencial de P em folhas do acesso CAF032, e o acúmulo em raiz de N (CAF009), Zn (CAF131) e Mn (CAF023). Bourbon teve acúmulo diferencialmente menor de P no caule e maior de Ca na raiz e Catuaí Vermelho apresentou concentração diferencial de Mg no caule. O presente trabalho é uma importante contribuição na definição de genótipos silvestres de Coffea arabica com potencial de introgressão de características relacionadas à eficiência nutricional

Identificação de novos acessos de Coffea Arábica introduzidos na coleção da Etiópia do IAPAR.

Marcadores microssatélites foram utilizados na discriminação de novos acessos de Coffea arabica que foram introduzidos na coleção da Etiópia do IAPAR, provenientes de uma coleção similar na República de Camarões. Inicialmente 46 acessos de Camarões foram repassados para a Embrapa CPAC (Embrapa Cerrados ? Planaltina - DF), onde ficaram em quarentena. Em seguida, estes acessos foram transferidos para o IAPAR, porém durante os processos de quarentena e transferênc ia, alguns dos acessos foram misturados. Visando identificar corretamente os acessos e também validar os SSRs previamente identificados, todos os 46 acessos foram analisados em géis de poliacrilamida. Os 8 locos microssatélites utilizados geraram um total de 19 alelos, com uma média de 2,3 alelos por loco. A variação alélica foi de 2 a 3 alelos por loco. Para realizar as análises de divergência genética uma matriz de distância foi computada e utilizada para obter uma árvore (dendograma) de diversidade global. Observou-se 3 diferentes agrupamentos entre os acessos ET34, Java e ET19. A análise genotípica dos diferentes locos microssatélites indicou quais acessos corresponderiam corretamente a ET34, Java ou ET19, já que este último teve o papel de controle positivo. Os marcadores microssatélites foram eficientes para discriminar os acessos de C. arabica provenientes de Camarões e o número de locos utilizado (8) também foi suficiente para a separação entre os acessos com seus respectivos genótipos

Investigation of Chernobyl 4-th unit materials by gamma activation method

Isotope and element content the samples of Chornobyl 4-th wrecking unit materials (concrete fragments and lava-like materials) were investigated by γ-activation method using bremsstrahlung of the electron accelerator. The concentration of a number of nuclides (U-238, Cs-137, Sr-90, Ni-58, Zr-90 etc.) and their depth distribution into concrete were determined as well as the corresponding correlation ratio. The comparison of the obtained data with the structure-phase analysis results was carried out