Humoral immune response of buffalo heifers (Bubalus bubalis) vaccinated with B19 strain of Brucella abortus

RESUMO: A brucelose se encontra distribuída mundialmente. No Brasil apresenta maior prevalência para a espécie Brucella abortus que apesar de ser endêmica, encontra-se distribuída de forma heterogênea entre as diferentes regiões do Brasil. O presente estudo teve por objetivo avaliar a resposta imune humoral de bezerras bubalinas criadas na Mesorregião do Médio Amazonas, vacinadas com a cepa B19 de B. abortus na idade preconizada pelo Programa Nacional de Controle e Erradicação da Brucelose e Tuberculose (PNCEBT). Os animais selecionados foram 36 fêmeas (grupo teste) e 6 machos (grupo controle) com idades entre 3-8 meses. No dia 0 foi realizada a colheita de sangue em todos os animais, em seguida as fêmeas receberam vacina comercial com amostra B19 em dose padrão, com posteriores coletas de sangue ate aos 390 dias. Os soros sanguíneos foram avaliados nas provas de soro aglutinação: Antígeno Acidificado Tamponado - AAT e 2- Mercaptoetanol - 2ME. Os resultados para todas as amostras coletas no dia 0 apresentaram resultado negativo na reação. Aos 30 e 60 dias todas as fêmeas apresentaram 100% de reação na prova AAT e titulação de 200, iniciando o declínio da reação aos 90 dias nas duas provas. Durante o estudo um animal se mante reativo nas duas provas até 360 dias e, somente aos 390 dias 100% das fêmeas obtiveram reação negativa nas duas provas, durante todo o estudo os machos foram não reativos. A vacinação mostrou-se eficaz para a imunização, sendo uma ferramenta importante na profilaxia da brucelose na espécie estudada, bem como as provas aplicadas para o diagnostico dessa enfermidade em búfalos a nível regional

Phylogenetic analysis of rabies surveillance samples from north and northeast Brazil

Viruses of the Lyssavirus genus are classified into several genotypes (GT1 to GT7), of which only GT1 (classic rabies virus—RABV) has a cosmopolitan distribution and circulates in Brazil. GT1 is subdivided into several antigenic variants (AgV) maintained in independent cycles with a narrow host range and distinct geographic distributions, namely, AgV1 and AgV2 found in dogs, AgV3 in the vampire bats Desmodus rotundus, and AgV4 and AgV6 in bats non-hematophagous Tadarida brasiliensis and Lasiurus cinereus, a common variant of marmoset (Callithrix jacchus), and crab-eating fox (Cerdocyon thous). In this study, we performed phylogenetic analysis to identify at the antigenic variant level; six RABV genomes derived from the Rabies Surveillance in the north and northeast regions of Brazil. The analysis resulted in the formation of 11 monophyletic clusters, each corresponding to a particular variant, with high bootstrap support values. The samples were positioned inside the AgV3, AgV6, and Callithrix variant clades. This is the first report of the AgV6 variant found in northern Brazil, which provides valuable information for rabies surveillance in the country. The possibility of viral spillover has been much debated, as it deals with the risk of shifting transmission from a primary to a secondary host. However, more genomic surveillance studies should be performed, with a greater number and diversity of samples to better understand the transmission dynamics of each variant to detect changes in its geographic distribution and spillover events

Estudo epidemiológico da raiva, caracterização antigênica de cepas do vírus da raiva isoladas na Amazônia brasileira

Aiming to evaluate the epidemiology of rabies, new diagnostic procedures – antigenic and genetic characterization - were included in this study to investigate the epidemiologic profile of animal rabies in the Brazilian Amazon region, between January 2000 and July 2009. A careful revision of information of Central Nervous System (CNS) samples received and examined at Rabies Laboratory of Instituto Evandro Chagas was performed. A total of 265 rabies virus strains isolated from CNS samples of humans (33) and domestic/sylvatic animals (232) were antigenically characterized by indirect immunofluorescent assay (IFA) using a panel of eight monoclonal antibodies against the rabies virus nucleoprotein produces by the CDC; moreover, from 21 of them the nucleoprotein (gene N) was partially characterized by nucleotide sequencing followed by phylogenetic analyzes. Obtained sequences were compared internally and with other rabies virus sequences from Brazil and other American countries, using the Bayesian and maximum likelihood methods. It was observed a lower transmission of rabies virus in urban areas; the detection of the rural cycle of rabies in almost all Amazonian states; the occurrence of aerial rabies cycle in Pará and Amapá states; identification of rabies virus variant 2 (AgV2) among domestic dogs and cats as the main viral transmission mechanism; detection of circulating antigenic variants AgV3, AgV4 and “Eptesicus” variant in sylvan animals; and finally, reduction of dog-to-man transmission of rabies virus which was replaced by an increasing of bat-to-man transmission cycle, especially in Pará state. In conclusion, the association of antigenic and molecular techniques resulted in a better understanding of rabies molecular epidemiology in the Amazon region.Com o objetivo de avaliar a epidemiologia da raiva, procedimentos complementares ao diagnóstico - caracterização antigênica e genética - foram incluídos neste estudo para investigar o perfil epidemiológico da raiva animal na Amazônia brasileira, entre janeiro de 2000 e julho de 2009. Foi realizada uma revisão cuidadosa das informações de amostras do sistema nervoso central (SNC) recebidas e analisadas no Laboratório de Raiva do Instituto Evandro Chagas. Um total de 265 cepas de vírus rábico isoladas de amostras do SNC de seres humanos (n=33) e animais domésticos/silvestres (n=232) foram caracterizadas antigenicamente por imunofluorescência indireta (IFI), utilizando um painel de oito anticorpos monoclonais preparados pelo CDC contra a nucleoproteína do vírus da raiva; Além disso, 21 delas tiveram a nucleoproteína (gene N) caracterizada geneticamente por sequenciamento nucleotídico parcial seguida de análise filogenética. As sequências obtidas foram comparadas entre si e com outras sequências de vírus da raiva do Brasil e outros países das Américas, utilizando os métodos de máxima verossimilhança e bayesiano. Foi observada uma menor transmissão do vírus da raiva em áreas urbanas; detecção do ciclo rural da raiva em quase todos os estados da Amazônia; ocorrência do ciclo aéreo nos estados do Pará e Amapá; identificação da variante antigênica 2 (AgV2) do vírus da raiva, entre cães e gatos domésticos como o principal mecanismo de transmissão viral, detecção de circulação de variantes antigênicas AgV3, AgV4 e variante "Eptesicus" entre animais silvestres e, finalmente, a redução da transmissão cão-homem do vírus da raiva, que foi substituído por um aumento da transmissão morcego-homem, especialmente no estado de Pará. Em conclusão, a associação de técnicas antigênica e moleculares permitiu uma melhor compreensão da epidemiologia molecular do vírus da raiva na Amazônia Brasileira

Immunopathology of antigenic variants 2 and 3 of the rabies virus

The rabies is considered a zoonosis due have as host, reservoirs and transmitters the domestic or wild mammals. It´s characterized in acute disease caused by rabies virus (RABV) that affects the central nervous system (CNS) characterized by encephalitis with fatal prognosis in almost all cases, in any mammalian species. The aim of this study was to describe pathological findings and immunopathology of different strains of rabies virus in the tissues of the central nervous system, checking cellular and humoral immune response during experimental infection of Mus musculus mice. The animals were inoculated with two antigenic variants of RABV (VAg2 and VAg3), by different routes of infection, and a control group. The animals were observed for development of clinical signs and symptoms, collected and euthanized following a kinetic. The tissues were fixed in formaldehyde 10%, embedded in paraffin, stained with hematoxylin-eosin for histopathological analysis and with specific antibodies for immunohistochemical to characterize and quantify in situ distribution of the antigen and the inflammatory response. RABV antigens were found in the CNS in a diffuse way, but mainly in neurons. It was observed suppression of CD4+ lymphocytes, with increase of CD8+ lymphocytes. It was observed significant apoptosis with glial cell death and an increase of proinflammatory cytokines (TNF-α, IFN-γ, IL-6, IL-1β and IL-8), anti-inflammatory (TGF-β and IL-4) and iNOS in both antigenic variants of RABV, but without observation of a TH17 profile. The analyses enable the characterization of rabies as meningoencephalitis, since it affects the meningeal, perivascular and intraparenchymal microenvironments. And the inflammatory process was observed even in the presence of inclusion bodies, but with less intensity.CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorCNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoA raiva é uma zoonose por ter como hospedeiros, reservatórios e transmissores, mamíferos silvestres ou domésticos, caracterizada por doença aguda, causada pelo vírus da raiva (RABV) que compromete o sistema nervoso central, caracterizando-se por encefalite, com prognóstico fatal em quase todos os casos, em qualquer espécie de mamíferos. O objetivo deste trabalho foi descrever achados patológicos e imunopatologia de diferentes cepas de vírus da raiva nos tecidos do sistema nervoso central (SNC) verificando a resposta imunologica celular e humoral durante infecção experimental de camundongos Mus musculus. Os animais foram inoculados experimentalmente com duas variantes antigênicas do RABV (VAg2 e VAg3), por diferentes vias de infecção, e um grupo controle. Os animais foram observados quanto ao desenvolvimento de sinais clínicos e sintomas, sendo coletados e eutanasiados seguindo uma cinética. Os tecidos foram fixados em formaldeído a 10%, incluídos em blocos de parafina, corados por hematoxilina-eosina para análise histopatológica, e marcados com anticorpos específicos para imunohistoquímica a fim de caracterizar e quantificar in situ a distribuição do antígeno e a resposta inflamatória. Antígenos do RABV foram encontrados no SNC de maneira difusa, mas principalmente nos neurônios. Foi observada supressão dos linfócitos TCD4+, com aumento dos linfócitos TCD8+. Observou-se apoptose importante, com morte de células da glia. Houve aumento de citocinas pro-inflamatórias (TNF-α, IFN-γ, IL-6, IL- 1β e IL-8), anti-inflamatórias (TGF-β e IL-4) e iNOS em ambas as variantes antigênicas do RABV, mas sem observação de um perfil TH17. Esta análise possibilitou caracterizar a raiva como uma meningoencefalite, por acometer os microambientes meningeal, perivascular e intraparenquimatoso. E o processo inflamatório foi verificado mesmo quando na presençaa de corpusculos de Negri, porém com menor intensidade

Prevalence of arbovirus antibodies against the family Bunyaviridae in water buffaloes

The State of Pará comprises 26% of Brazilian Amazon region where a large diversity of arboviruses has been described. This study sought to assess the prevalence and distribution of haemagglutination-inhibition antibodies against antigens of nine different types of arbovirus of the Bunyaviridae family, where eight were Orthobunyavirus: Guaroa virus, Maguari virus, Tacaiuma virus, Utinga virus, Belem virus, Caraparu virus, Oropouche virus and Catu virus, and one Phlebovirus: Icoaraci virus in sera samples of water buffaloes in Pará State, Brazil. For all Arboviruses investigated there were antibodies, with the exception of Belem virus. Antibodies to Maguari viruswere more prevalent (7.33%). The water buffaloes of the present study showed variable levels of antibodies in monotypic and heterotypic reactions that may indicate there are movements from most bunyavirus studied in domestic buffaloes in the state of Pará, and the Maguari virus presents the largest circulation. Therefore, further studies are needed to investigate the role of water buffalo in the maintenance and dispersal of arboviruses, as well as whether these viruses can cause disease in that species, especially in cases of birth defects and abortions.O Estado do Pará corresponde a 26% da Amazônica brasileira, onde uma grande quantidade de Arbovírus tem sido descrito. O presente trabalho teve como objetivo determinar a prevalência de anticorpos detectados pela técnica de inibição de hemaglutinação contra nove tipos diferentes de arbovírus da família Bunyaviridae, sendo oito do gênero Orthobunyavirus: vírus Guaroa, vírus Maguari, vírus Tacaiuma, vírus Utinga, vírus Belem, vírus Caraparu, vírus Oropouche e vírus Catu e um do gênero Phlebovirus: vírus Icoaraci, em soros de búfalos de água no Estado do Pará, Brasil. Para todos os Arbovírus investigados houve presença de anticorpos, com exceção do vírus Belém. Anticorpos para o vírus Maguari foram mais prevalentes (7,33%). O rebanho bubalino do presente estudo mostrou variáveis níveis de anticorpos em reações heterotípicas e monotípicas podendo indicar que há circulação da maioria dos bunyavírus estudados em búfalos domésticos no estado do Pará, e que o vírus Maguari é o de maior circulação. Por isso, são necessários outros estudos para investigar o papel dos búfalos de água na manutenção e dispersão de arbovírus, assim como se esses vírus podem causar enfermidades na referida espécie, principalmente, em casos de defeitos congênitos e abortamentos

Challenges of rabies surveillance in the eastern Amazon: the need of a one health approach to predict rabies spillover

Federal University of Pará. Institute of Biological Sciences. Belém, PA, Brazil / Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Federal University of Pará. Institute of Biological Sciences. Belém, PA, Brazil / Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Federal University of Pará. Institute of Biological Sciences. Belém, PA, Brazil.Federal Rural University of the Amazon. Institute of Animal Health and Production. Belém, PA, Brazil.Federal Rural University of the Amazon. Institute of Animal Health and Production. Belém, PA, Brazil.Amazon Metropolitan College. Belém, PA, Brazil.Pará State Health Secretary. Health Surveillance Directorate. Belém, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Brazil has been promoting essential improvements in health indicators by implementing free-access health programs, which successfully reduced the prevalence of neglected zoonosis in urban areas, such as rabies. Despite constant efforts from the authorities to monitor and control the disease, sylvatic rabies is a current issue in Amazon's communities. The inequalities among Amazon areas challenge the expansion of high-tech services and limit the implementation of active laboratory surveillance to effectively avoid outbreaks in human and non-human hosts, which also reproduces a panorama of vulnerability in risk communities. Because rabies is a preventable disease, the prevalence in the particular context of the Amazon area highlights the failure of surveillance strategies to predict spillovers and indicates the need to adapt the public policies to a "One Health" approach. Therefore, this work assesses the distribution of free care resources and facilities among Para's regions in the oriental Amazon; and discusses the challenges of implanting One Health in the particular context of the territory. We indicate a much-needed strengthening of the sylvatic and urban surveillance networks to achieve the "Zero by 30" goal, which is inextricable from multilateral efforts to combat the progressive biome's degradation

Prevalence of antibodies to equine alphaviruses in the State of Pará, Brazil

ABSTRACT: The State of Pará comprises 26% of Brazilian Amazon region, where a large diversity of arboviruses has been described. This study sought to assess the prevalence and distribution of hemagglutination inhibition (HI) antibodies against antigens of four alphaviruses (Togaviridae: Alphavirus ) from the species: Eastern equine encephalitis (EEEV), Western equine encephalitis (WEEV), Mayaro virus (MAYV), and Mucambo virus (MUCV) in 753 serum samples of horses in Pará State, Brazil. All investigated arboviruses were detected and indicate that horses are susceptible to these alphaviruses, and show evidences of their active circulation in farm animals in the Brazilian Amazon

Novel rodent arterivirus detected in the Brazilian Amazon

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (88882.449761/2019-01—CAPES) and resources conceded by Evandro Chagas Institute, Health and Environment Surveillance Secretariat, Ministry of Health.Pará State University. Parasite Biology in the Amazon Region Graduate Program. Belém, PA, Brazil / Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Pará State University. Parasite Biology in the Amazon Region Graduate Program. Belém, PA, Brazil / Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Laboratorio de Geoprocessamento. Ananindeua, PA, Brasil.Pará State University. Parasite Biology in the Amazon Region Graduate Program. Belém, PA, Brazil / Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Pará State University. Parasite Biology in the Amazon Region Graduate Program. Belém, PA, Brazil / Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.As part of a continuous effort to investigate the viral communities associated with wild mammals at the human–animal interface in an Amazonian metropolitan region, this study describes the detection of a novel rodent-borne arterivirus. A sample containing pooled organs of Oecomys paricola was submitted to RNA sequencing, and four sequences taxonomically assigned as related to the Arteriviridae family were recovered, corresponding to an almost complete genome of nearly 13 kb summed. In the phylogenetic analysis with the standard domains used for taxa demarcation in the family, the tentatively named Oecomys arterivirus 1 (OAV-1) was placed within the clade of rodent- and porcine-associated viruses, corresponding to the Variarterivirinae subfamily. The divergence analysis, based on the same amino acid alignment, corroborated the hypothesis that the virus may represent a new genus within the subfamily. These findings contribute to the expansion of the current knowledge about the diversity, host and geographical range of the viral family. Arterivirids are non-human pathogens and are usually species-specific, but the susceptibility of cell lines derived from different organisms should be conducted to confirm these statements for this proposed new genus in an initial attempt to assess its spillover potential

First isolation of West Nile virus in Brazil

BACKGROUND Serological evidence of West Nile virus (WNV) infection has been reported in different regions of Brazil from equine and human hosts but the virus had never been isolated in the country. OBJECTIVES We sought to identify the viral etiology of equine encephalitis in Espírito Santo state. METHODS We performed viral culture in C6/36 cells, molecular detection of WNV genome, histopathology and immunohistochemistry from horse cerebral tissue. We also carried out sequencing, phylogenetic analysis and molecular clock. FINDINGS Histopathologic analysis from horse cerebral tissue showed injury related to encephalitis and WNV infection was confirmed by immunohistochemistry. The virus was detected by reverse transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) from brain tissue and subsequently isolated in C6/36 cells. WNV full-length genome was sequenced showing the isolated strain belongs to lineage 1a. The molecular clock indicated that Brazilian WNV strain share the same common ancestor that were circulating in US during 2002-2005. MAIN CONCLUSIONS Here we report the first isolation of WNV in Brazil from a horse with neurologic disease, which was clustered into lineage 1a with others US WNV strains isolated in beginning of 2000’s decade

Zika virus in the Americas: Early epidemiological and genetic findings

Submitted by sandra infurna ([email protected]) on 2016-06-21T16:53:42Z No. of bitstreams: 1 gonzalo2_bello_etal_IOC_2016.pdf: 1066180 bytes, checksum: d43c1cf1b828de79e634ed276cc62178 (MD5)Approved for entry into archive by sandra infurna ([email protected]) on 2016-06-21T17:27:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 gonzalo2_bello_etal_IOC_2016.pdf: 1066180 bytes, checksum: d43c1cf1b828de79e634ed276cc62178 (MD5)Made available in DSpace on 2016-06-21T17:27:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 gonzalo2_bello_etal_IOC_2016.pdf: 1066180 bytes, checksum: d43c1cf1b828de79e634ed276cc62178 (MD5) Previous issue date: 2016Submitted by Angelo Silva ([email protected]) on 2016-07-07T11:16:45Z No. of bitstreams: 3 gonzalo2_bello_etal_IOC_2016.pdf.txt: 51037 bytes, checksum: bebf604bcb5623ddff92fec2bebc02a5 (MD5) gonzalo2_bello_etal_IOC_2016.pdf: 1066180 bytes, checksum: d43c1cf1b828de79e634ed276cc62178 (MD5) license.txt: 2991 bytes, checksum: 5a560609d32a3863062d77ff32785d58 (MD5)Approved for entry into archive by sandra infurna ([email protected]) on 2016-07-07T11:43:23Z (GMT) No. of bitstreams: 3 license.txt: 2991 bytes, checksum: 5a560609d32a3863062d77ff32785d58 (MD5) gonzalo2_bello_etal_IOC_2016.pdf: 1066180 bytes, checksum: d43c1cf1b828de79e634ed276cc62178 (MD5) gonzalo2_bello_etal_IOC_2016.pdf.txt: 51037 bytes, checksum: bebf604bcb5623ddff92fec2bebc02a5 (MD5)Made available in DSpace on 2016-07-07T11:43:23Z (GMT). No. of bitstreams: 3 license.txt: 2991 bytes, checksum: 5a560609d32a3863062d77ff32785d58 (MD5) gonzalo2_bello_etal_IOC_2016.pdf: 1066180 bytes, checksum: d43c1cf1b828de79e634ed276cc62178 (MD5) gonzalo2_bello_etal_IOC_2016.pdf.txt: 51037 bytes, checksum: bebf604bcb5623ddff92fec2bebc02a5 (MD5) Previous issue date: 2016Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, Brasil / University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.University of Oxford. Wellcome Trust Centre for Human Genetics. Oxford, UK.University of Oxford. Wellcome Trust Centre for Human Genetics. Oxford, UK.Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK / Metabiota. San Francisco, CA 94104, USA.University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.Fundação Oswaldo Cruz. Salvador, BA, Brasil.Universidade Estadual de Feira de Santana, Feira de Santana. Departamento de Saúde. Centro de Pós-Graduação em Saúde Coletiva. Feira de Santana, BA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Salvador, BA, Brasil.University of Washington. Institute for Health Metrics and Evaluation,. Seattle, WA, USA / University of Oxford. Wellcome Trust Centre for Human Genetics. Oxford, UK.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, BrasilMinistério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, BrasilMinistério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, BrasilMinistério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, BrasilMinistério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, BrasilMinistério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, BrasilMinistério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, BrasilMinistério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, BrasilFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Li Ka Shing Knowledge Institute. St. Michael’s Hospital. Toronto, Canada / University of Toronto. Department of Medicine. Division of Infectious Diseases. Toronto, Canada.University of Toronto.Dalla Lana School of Public Health. Toronto, Canada;Brasil. Ministério da Saúde. Brasília, DF, Brasil.Brasil. Ministério da Saúde. Brasília, DF, Brasil.University of Texas Medical Branch. Department of Pathology. Galveston, TX, USA.University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK / Metabiota. San Francisco, CA 94104, USA.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, Brasil / University of Texas Medical Branch. Department of Pathology. Galveston, TX, USA.Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.Brazil has experienced an unprecedented epidemic of Zika virus (ZIKV), with ~30,000 cases reported to date. ZIKV was first detected in Brazil in May 2015 and cases of microcephaly potentially associated with ZIKV infection were identified in November 2015. Using next generation sequencing we generated seven Brazilian ZIKV genomes, sampled from four self-limited cases, one blood donor, one fatal adult case, and one newborn with microcephaly and congenital malformations. Phylogenetic and molecular clock analyses show a single introduction of ZIKV into the Americas, estimated to have occurred between May-Dec 2013, more than 12 months prior to the detection of ZIKV in Brazil. The estimated date of origin coincides with an increase in air passengers to Brazil from ZIKV endemic areas, and with reported outbreaks in Pacific Islands. ZIKV genomes from Brazil are phylogenetically interspersed with those from other South American and Caribbean countries. Mapping mutations onto existing structural models revealed the context of viral amino acid changes present in the outbreak lineage; however no shared amino acid changes were found among the three currently available virus genomes from microcephaly cases. Municipality-level incidence data indicate that reports of suspected microcephaly in Brazil best correlate with ZIKV incidence around week 17 of pregnancy, although this does not demonstrate causation. Our genetic description and analysis of ZIKV isolates in Brazil provide a baseline for future studies of the evolution and molecular epidemiology in the Americas of this emerging virus