Disentangling the complexity of the rumen microbial diversity through fractionation using a sucrose density gradient

The ruminal microbial community is an important element in health, nutrition, livestock productivity, and climate impact. Despite the historic and current efforts to characterize this microbial diversity, many of its members remain unidentified, making it challenging to associate microbial groups with functions. Here we present a low-cost methodology for rumen sample treatment that separates the microbial community based on cell size, allowing for the identification of subtle compositional changes. In brief, the sample is centrifuged through a series of sucrose density gradients, and cells migrate to their corresponding density fraction. From each fraction, DNA is extracted an

Functional and phylogenetic characterization of bacteria in bovine rumen using fractionation of ruminal fluid

Cattle productivity depends on our ability to fully understand and manipulate the fermentation process of plant material that occurs in the bovine rumen, which ultimately leads to the improvement of animal health and increased productivity with a reduction in environmental impact. An essential step in this direction is the phylogenetic and functional characterization of the microbial species composing the ruminal microbiota. To address this challenge, we separated a ruminal fluid sample by size and density using a sucrose density gradient. We used the full sample and the smallest fraction (5%), allowing the enrichment of bacteria, to assemble metagenome-assembled genomes (MAGs). We obtained a total of 16 bacterial genomes, 15 of these enriched in the smallest fraction of the gradient. According to the recently proposed Genome Taxonomy Database (GTDB) taxonomy, these MAGs belong to Bacteroidota, Firmicutes_A, Firmicutes, Proteobacteria, and Spirochaetota phyla. Fifteen MAGs were novel at the species level and four at the genus level. The functional characterization of these MAGs suggests differences from what is currently known from the genomic potential of well-characterized members from this complex environment. Species of the phyla Bacteroidota and Spirochaetota show the potential for hydrolysis of complex polysaccharides in the plant cell wall and toward the production of B-complex vitamins and protein degradation in the rumen. Conversely, the MAGs belonging to Firmicutes and Alphaproteobacteria showed a reduction in several metabolic pathways; however, they have genes for lactate fermentation and the presence of hydrolases and esterases related to chitin degradation. Our results demonstrate that the separation of the rumen microbial community by size and density reduced the complexity of the ruminal fluid sample and enriched some poorly characterized ruminal bacteria allowing exploration of their genomic potential and their functional role in the rumen ecosystem

Divergence in Gene Regulation Contributes to Sympatric Speciation of \u3ci\u3eShewanella baltica\u3c/i\u3e Strains

Niche partitioning and sequence evolution drive genomic and phenotypic divergence, which ultimately leads to bacterial diversification. This study investigated the genomic composition of two Shewanella baltica clades previously identified through multilocus sequencing typing and recovered from the redox transition zone in the central Baltic Sea. Comparative genomic analysis revealed significantly higher interclade than intraclade genomic dissimilarity and that a subset of genes present in clade A were associated with potential adaptation to respiration of sulfur compounds present in the redox transition zone. The transcriptomic divergence between two representative strains of clades A and D, OS185 and OS195, was also characterized and revealed marked regulatory differences. We found that both the transcriptional divergence of shared genes and expression of strain-specific genes led to differences in regulatory patterns between strains that correlate with environmental redox niches. For instance, under anoxic conditions of respiratory nitrate ammonification, OS185—the strain isolated from a nitrate-rich environment—upregulated nearly twice the number of shared genes upregulated by OS195—the strain isolated from an H2S-containing anoxic environment. Conversely, OS195 showed stronger induction of strain-specific genes, especially those associated with sulfur compound respiration, under thiosulfate-reducing conditions. A positive association between the level of transcriptional divergence and the level of sequence divergence for shared genes was also noted. Our results provide further support for the hypothesis that genomic changes impacting transcriptional regulation play an important role in the diversification of ecologically distinct populations

Risk factors associated with methicillin-resistant Staphylococcus aureus skin and soft tissue infections in hospitalized patients in Colombia

Q2Q160-66Pacientes hospitalizadosObjectives: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) skin and soft tissue infections (SSTIs) represent a major clinical problem in Colombia. The aim of this study was to evaluate the risk factors associated with MRSA SSTI in Colombia. Methods: A multicenter cohort study with nested case–control design was performed. Patients with an SSTI with at least 48 h of inpatient care were included. Patients with an MRSA SSTI were considered the case group and patients with either a non-MRSA SSTI or with an Methicillin-susceptible S. aureus (MSSA) SSTI were the control groups. A multivariate logistic regression approach was used to evaluate risk factors associated with MRSA SSTI with two different statistical models. Results: A total 1134 patients were included. Cultures were positive for 498 patients, of which 52% (n = 259) were Staphylococcus aureus. MRSA was confirmed in 68.3% of the S. aureus cultures. In the first model, independent risk factors for MRSA SSTI were identified as the presence of abscess (P<0.0001), cellulitis (P = 0.0007), age 18–44 years (P = 0.001), and previous outpatient treatment in the previous index visit (P = 0.003); surgical site infection was a protective factor (P = 0.008). In the second model, the main risk factor found was previous outpatient treatment in the previous index visit (P = 0.013). Conclusions: Community-acquired SSTIs in Colombia are commonly caused by MRSA. Therefore, clinicians should consider MRSA when designing the initial empirical treatment for purulent SSTI in Colombia, although there seems to be low awareness of this fact

Semilleros de Investigación 2013

El Instituto Unidad de Investigaciones Jurídico-Sociales Gerardo Molina (Unijus) promueve y apoya el desarrollo e implementación de programas y proyectos de investigación que aporten al conocimiento de la realidad nacional e internacional, de las instituciones jurídicas, políticas y sociales, así como de las teorías jurídicas y políticas que contribuyan a la construcción de nuevas propuestas para la solución de las problemáticas que aquejan la sociedad. Por tal motivo, es fundamental el apoyo constante a la formación de semilleros de investigación en la Facultad de Derecho, Ciencias Políticas y Sociales de la Sede Bogotá, así como la consolidación de los semilleros ya existentes. En el año 2013, se desarrollaron las Convocatorias No. 01 y 02 de 2013 para la Selección de Semilleros de Investigación de la Facultad de Derecho, Ciencias Políticas y Sociales. Como resultado de dicho proceso fueron seleccionadas trece propuestas de investigación integradas por un total de 47 estudiantes, quienes a su vez se encontraban vinculados a 7 grupos de investigación. La presente publicación está compuesta por los artículos que resultaron de los proyectos aprobados. Grupo de investigación Relaciones Internacionales y Asuntos Globales Acercamiento a la reforma del Consejo de Seguridad de las Naciones Unidas: una mirada a las propuestas de México, Argentina y Brasil Busca identificar los factores por los cuales tres países latinoamericanos (Argentina, Brasil y México) —con características históricas similares, que comparten un origen medianamente común y que participan en los espacios de integración regional de la misma—, divergen en sus posiciones con respecto a la reforma del Consejo de Seguridad de la Organización de las Naciones Unidas (ONU). El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Gustavo Adolfo Puyo

Semilleros de Investigación 2013, n.° 28

"Unijus promueve y apoya el desarrollo e implementación de programas y proyectos de investigación que aporten al conocimiento de la realidad nacional e internacional, de las instituciones jurídicas, políticas y sociales, así como de las teorías jurídicas y políticas que contribuyan a la construcción de nuevas propuestas para la solución de las problemáticas que aquejan la sociedad. Por tal motivo, es fundamental el apoyo constante a la formación de semilleros de investigación en la Facultad de Derecho, Ciencias Políticas y Sociales de la Sede Bogotá, así como la consolidación de los semilleros ya existentes. En el año 2013, se desarrollaron las Convocatorias No. 01 y 02 de 2013 para la Selección de Semilleros de Investigación de la Facultad de Derecho, Ciencias Políticas y Sociales. Como resultado de dicho proceso fueron seleccionadas trece propuestas de investigación integradas por un total de 47 estudiantes, quienes a su vez se encontraban vinculados a 7 grupos de investigación.""Presentación Acercamiento a la reforma del Consejo de Seguridad de las Naciones Unidas: Una mirada a las propuestas de México, Argentina y Brasil Reflections on Legal Education: an Approach to the Escuela de Derecho Propio Laureano Inampués Cuatín Iliana Jineth Yepes Acuña, Simón Camilo Hernández Gaona, Paula Alejandra Poveda Cocuy, Francisco Javier Quito Córdoba, Sonia Catalina Villamizar Almeyda Grupo de investigación en Relaciones Internacionales y Asuntos Globales - RIAG Intervención en el Bronx: Análisis descriptivo de una apuesta alternativa en política pública de seguridad humana Intervention in the Bronx: Descriptive Analysis of an alternative bet on Public Policy and human security Ana María Tarazona Galvis, Carolina Cristancho Zarco, Andrés Felipe Espinosa Zuluaga, Fredy Hernando Caro y Sergio Iván González Machetá Grupo de Investigación en Seguridad y Defensa -GISDE Conflictos socioterritoriales en la región Andina Oriental de Colombia: una mirada al campesinado y a las formas contemporáneas de la lucha por la tierra y el territorio Socio-territorial Conflicts in the East Andes Region of Colombia: A glance at the Peasantry and Contemporary Ways of Struggle for Land and Territory Catherine Moore Torres, Julián Eduardo Naranjo Vasco Grupo Interdisciplinario de Estudios Políticos y Sociales - Theseus Territorios, resistencias y espacialidad en la geopolítica de la globalización Territory, Strength and Spatiality in the Geopolitics of Globalization Sindy Katherine Castro Herrera, Camila Andrea Galindo Martínez, Paula Andrea Ricaurte Ávila, Natalia Briceño Hernández, John Freddy Gómez Celi, Ángela Beatriz Torres Tamayo Grupo Interdisciplinario de Estudios Políticos y Sociales - Theseus Territorio y construcción de subjetividades en Bogotá. Transferencias entre lo rural y lo urbano en las localidades de Chapinero, Usme y Ciudad Bolívar Territory and construction of subjectivities in Bogotá. Transfers between the rural and the urban in the localities of Chapinero, Usme and Ciudad Bolívar Javier Alejandro Jiménez González, David Fernando Salamanca Paternina, Diana Paola López Bojacá Grupo de Investigación Presidencialismo y Participación Los jóvenes y la paz: la incógnita de La Habana Young People and Peace: the Unknown of Havana Sara Camila Arias Castañeda, Reina Alejandra Jiménez Díaz, Brahiam Fernando Quintana Martínez, Fernando Villada Agudelo Grupo de investigación Presidencialismo y Participación Análisis jurídico-crítico de la producción normativa en materia ambiental en el período 2003-2013 con énfasis en el Proyecto de reforma al Código Nacional de Recursos Naturales Renovables Legal-Critical Analysis of Legislation Production in Environmental Law in the Period of 2003-2013 with an Emphasis on the National Code of Renewable Natural Resources Diana Sofía Díaz Castro, Natalia Alejandra Rodríguez Vargas, Adriana María Guerrero Arias Grupo de Investigación en Derechos Colectivos y Ambientales - GIDCA Conflictividad ambiental por monocultivos de palma aceitera en Tibú, Norte de Santander Environmental Conflict for Oil Palm Plantations in Tibú, North of Santander José Agustín Labrador Forero, Carlos Eduardo Olaya Díaz Grupo de Investigación en Derechos Colectivos y Ambientales - GIDCA Campañas electorales: lo que se puede y lo que se debería comunicar Electoral Campaigns: what can be communicated and what should be communicated Daniela Alvarado Rincón, Freddy Leonardo González Araque y Augusto Federico Padilla Grupo de investigación Cultura Jurídico Política, Instituciones y Globalización Tratamiento jurídico-social de la obscenidad en Colombia: Aproximación desde la jurisprudencia de la Corte Constitucional Legal and social treatment of obscenity in Colombia: Approximation from the jurisprudence of the Constitutional Court Germán Darío Rodríguez González, Luisa Fernanda Ortiz Rodríguez, Diego Ricardo Cárdenas Nonsoque Grupo de investigación Cultura Jurídico Política, Instituciones y Globalización Mujeres indígenas y prácticas de justicia Indigenous Women and Practices of Justice Luisa María Ocaña Muñoz, Sibelys Katina Mejía Rodríguez, Viviana Patricia López Rubio, Damaris Alejandra Quintero Leyva Grupo de investigación Escuela de Justicia Comunitaria de la Universidad Nacional (EJCUN) Justicia en red: Caminando hacia el empoderamiento y la construcción de ciudadanía para Bogotá Justice in Network: towards the Empowerment and the Construction of Citizenship in Bogotá Alejandra Méndez Molano, Jenny Alejandra Tamayo Tamayo Grupo de investigación Escuela de Justicia Comunitaria de la Universidad Nacional (EJCUN) Reflexiones sobre la educación legal: Una aproximación a la Escuela de Derecho Propio Laureano Inampués Cuatín Reflections on Legal Education: an Approach to the Escuela de Derecho Propio Laureano Inampués Cuatín Krisly Tatiana Amaya Osorio, Juan Sebastián Urdaneta Forero, Miguel Ángel Salas Dorado Grupo de investigación Escuela de Justicia Comunitaria de la Universidad Nacional (EJCUN)

Semilleros de Investigación 2014, n.° 29

Unijus promueve y apoya el desarrollo e implementación de programas y proyectos de investigación que aporten al conocimiento de la realidad nacional e internacional, de las instituciones jurídicas, políticas y sociales, así como de las teorías jurídicas y políticas que contribuyan a la construcción de nuevas propuestas para la solución de las problemáticas que aquejan la sociedad. Por tal motivo, es fundamental el apoyo constante a la formación de semilleros de investigación en la Facultad de Derecho, Ciencias Políticas y Sociales de la Sede Bogotá, así como la consolidación de los semilleros ya existentes. En el año 2014, se desarrolló la Convocatoria n.° 074 para la selección de Semilleros de Investigación, modalidades I y II. Como resultado de dicho proceso fueron seleccionadas trece propuestas de investigación integradas por un total de 43 estudiantes, quienes a su vez se encontraban vinculados a ocho grupos de investigación adscritos a Unijus."Presentación Sección I ¿Cómo se significan las víctimas del conflicto social y armado colombiano? Reflexiones en el marco de los diálogos de paz de La Habana How are the victims of the Colombian social and armed conflict signified? Lina María López Castillo, Daniela Mahe Soto, Natalia Mosquera Pedreros, Andrés Ignacio Sánchez Zúñiga Grupo de Investigación Seguridad y Defensa Medios de Comunicación, Poder Punitivo y Proceso de paz Mass media, Punitive Power and Peace Dialoges Juan Manuel Bañol Arias, Juanita Camila Triana Quimbaya, Michael Stiven Reyes Barreto Grupo Investigación Cultura Jurídico-Política, Instituciones y Globalización La Cumbre Agraria, Campesina, Étnica y Popular y los diálogos de paz de La Habana The Agrarian, Peasant, Ethnic and Popular Summit and the peace talks of Havana Andrés Felipe Pardo Jiménez, Luisa María Guevara Álvarez Grupo de Investigación Estudios Políticos y Sociales El papel de los politólogos egresados en el marco del Proceso de Paz y un eventual posconflicto The role of political scientists graduates under the peace process and eventually post-conflict María Camila Contreras Becerra, Sergio Alejandro Gómez Velázquez, Juan Sebastián Moncada Casallas Grupo de Investigación Partidos Políticos y Sistemas Electorales Sección II Justicia comunitaria en la zona de reserva campesina de Cabrera, Sumapaz Community Justice in the area of peasant reserve of Cabrera, Sumapaz John Mario Montenegro, Carlos Mauricio Cruz, David Andrés Rodríguez Grupo de Investigación Escuela de Justicia Comunitaria Evaluación del programa de territorios de vida y paz en la upz La Sabana, Bogotá 2012-2014 Evaluation of the Program of Life and Peace Territories in the Upz La Sabana, Bogota 2012-2014 Carolina Cristancho, Ana María Tarazona, Sergio Iván González, Andrés Felipe Espinosa Grupo de Investigación Seguridad y Defensa Una lucha más allá de las fronteras nacionales: el caso del pueblo indígena Awá, 2009-2014 A Fight Beyond National Borders the Case of Indigenous Awa, 2009-2014 Danna Carolina Aguilar Gómez, Jefferson José Cruz Medina, Juan David Sánchez Vargas, Sergio Esteban Torres Chaves Grupo de Investigación Relaciones interétnicas y minorías culturales Derecho a la vivienda, victimas y políticas públicas. Caso: proyecto Usme metro 136 Right to Housing, Victims, and Public Policies. Case: project Usme metro 136 Sebastián Alberto Betancourt Cruz, Iliana Jineth Yepes Acuña, Sara Camila Arias Castañeda Grupo de Investigación presidencialismo y participación Atravesando Fronteras: relatos de Colombianos en el Exterior Crossing Borders: stories of Colombians Abroad Jonathan Daniel Barón Barreto, Gonzalo Andrés Duarte Hurtado, Alejandro Aguirre González Grupo de Investigación Partidos Políticos y Sistemas Electorales Sección III Los paradigmas democráticos y el modelo colombiano: un análisis desde el sujeto, el voto y la representación The democratic Paradigms and the Colombian model: A Perspective from the subject, the vote and the representation Diana Marcela Daza Gacha, Jacobo Díaz Blandón, Laura Cristina Montenegro Sarmiento Grupo de Investigación Derecho Constitucional y Derechos Humanos Balance legislativo sobre el territorio y la identidad raizal en San Andrés, Providencia y Santa Catalina Legislative Assesment About Raizal Territory and Identity in San Andres, Providencia Y Santa Catalina Aixa Tatiana Cordero Romero, Laura Juliana Cortés Buitrago, Brenda Gabriela Muskus González, Silvia Juliana Tello Solano Grupo de Investigación Relaciones interétnicas y minorías culturales La maternidad subrogada en Colombia Surrogacy maternity in Colombia Andrea Carolina Reyes Olmos, David Felipe Morales Martínez, José Nicolás Pulido Nieto Grupo de Investigación vinculado al departamento de Derecho Análisis del comportamiento legislativo del Acto Legislativo 02 de 2015 “Por medio del cual se adopta una reforma de Equilibrio de Poderes y Reajuste Institucional y se dictan otras disposiciones” durante su proceso de aprobación en el Congreso de la República Analysis of legislative behavior of Legislative Act 02 of 2015 where by reform balance of powers and Institutional Readjustment is adopted and other provisions during its approval process in Congress Juan Pablo Garnica Munévar, Isaac Morales Pérez, Andrés Leonardo Villamil Duarte Grupo de Investigación Partidos Políticos y Sistemas Electorales

The role of horizontal gene transfer in bacterial evolution

Horizontal gene transfer (HGT) is probably the most important mechanism for functional novelty and adaption in bacteria. However, a robust understanding of the rates of HGT for most bacterial species and the influence of the ecological settings on the rates remain elusive. Four whole-genome comparative studies of free-living bacteria will be described that integrated physiological and ecological data with novel detection bioinformatic pipelines to elucidate the magnitude of HGT at three distinct levels of genetic relatedness: i) the species level, where overlapping ecological niche among co-occurring bacteria in the water column of the Baltic Sea has caused HGT to have been so rampant that it has served as the force of species cohesion; ii) the genus level, where HGT appeared to predominantly mobilize a limited number of genes with ecological/selective advantage (e.g., antibiotic resistance genes) among distinct pathogenic Campylobacter species and hence, did not lead to species convergence; and iii) the phylum level, where HGT was found to be, in general, less frequent than the genus level but, over evolutionary time, has assembled a large part of the metabolic functions of natural microbial communities, especially within organic matter rich, anaerobic habitats. In conclusion, this work advances the methods to link ecological relationships with HGT and suggests that HGT among very divergent organisms may have been more frequent than previously thought and led to successful adaptation.Ph.D

Proteínas extremas

Estudia las respuestas del shock térmico ne algunos organismos, en los cuales se producen una serie de proínas denominadas proteínas de shock térmico o HSP. Ellas se encuetran entre las proteínas más conservadas en la historia evolutiva de los organismo pues cumplen un papel similar en todos los organismos. El estudio corrobora resultados anteriores que sugieren que algunas sHSP, en su evolución, han incrementado su termoestabilidad con cambios en le contenido de ciertos aminoácidos, como el glutamato, la arginina, la glutamina, la treonina y la asparagin