Categorização funcional de sequências expressas envolvidas na defesa do cafeeiro a doenças.

O entendimento dos mecanismos de defesa e da interação do cafeeiro com patógenos pode ser útil no desenvolvimento de novas alternativas para um controle eficiente das doenças. Tem sido demonstrado, em diferentes espécies de plantas, que genes R, responsáveis pelo reconhecimento dos patógenos, apresentam domínios conservados, como NBS (Nucleotide Binding Site) e LRR (Leucine Rich Repeat). Dessa forma, nesse trabalho, seqüências do Projeto Brasileiro do Genoma Café, previamente identificadas como contendo domínios NBS e LRR, foram funcionalmente categorizadas. A categorização foi realizada em 140 EST-contigs, sendo que 99 foram classificados em pelo menos uma das categorias funcionais do Gene Ontology. Essa categorização permitiu associar os produtos preditos das EST-Contigs com os processos biológicos que incluíram resposta de defesa e apoptose e com funções moleculares como ligação a nucleotídeo e atividade de transdutor de sinais. Esses e outros termos encontrados são comprovadamente relacionados com a atuação de genes de resistência no mecanismo de defesa da planta

The effect of claw horn disruption lesions and body condition score at dry-off on survivability, reproductive performance, and milk production in the subsequent lactation

The objective of this study was to evaluate the effects of claw horn disruption lesions (CHDL; sole ulcers and white line disease) and body condition score (BCS) at dry-off on survivability, milk production, and reproductive performance during the subsequent lactation. An observational prospective cohort study was conducted on a large commercial dairy in Cayuga County, New York, from September 2008 until January 2009. A total of 573 cows enrolled at dry-off were scored for body condition and hoof trimmed; digits were visually inspected for the presence of CHDL. The BCS data were recategorized into a 3-level variable BCS group (BCSG), with cows with BCS \u3c3 placed in BCSG 1 (n = 113), cows with BCS = 3 placed in BCSG 2 (n = 254), and cows with BCS \u3e3 placed in BCSG 3 (n = 206). Cows in BCSG 2 were 1.35 and 1.02 times more likely to conceive than cows in BCSG 1 and 3, respectively. The cull/death hazard for BCSG 1 cows was 1.55 and 1.47 times higher than for cows in BCSG 2 and BCSG 3, respectively. Milk yield for cows in BCSG 2 (44.6 kg/d, 95% CI 43.4–45.8) was significantly greater than that for cows in BCSG 1 (41.5 kg/d, 95% CI 39.8–43.3). Cows with previous lactation days open ≤91 had 1.6 times higher odds of being classified into BCSG 1 at dry-off; cows with previous lactation mature-equivalent 305-d milk \u3e14,054 kg had a similar 1.6 times higher odds of being classified into BCSG 1. Claw horn disruption lesions were found in 24.4% of the cows (n = 140) at dry-off. Cows without CHDL were 1.4 times more likely to conceive than cows with CHDL. Additionally, lesion cows were 1.7 times more likely to die or be culled than nonlesion cows. Absence of CHDL did not have a significant effect on milk yield. These findings highlight the importance of claw health and BCS at the end of lactation on future survival and performance

Um software para extração de ESTs, CONTIGS e SINGLETS do CAFEST.

Uma das dificuldades encontrada atualmente para os usuários da base de dados do Projeto Brasileiro do Genoma Café (CafEST) é a dificuldade em extrair manualmente todas as sequências armazenadas em seus projetos, no sistema Gene Projects. A partir dessa necessidade, foi desenvolvido um software para fazer a automatização do processo. Desta forma, o usuário do CafEST passa a dispor da comodidade de apenas informar ao programa quais projetos ele deseja que tenham as ESTs, contigs ou singlets extraídos. O programa consiste em dois scripts, um para fazer a extração das ESTs e outro para fazer a extração dos contigs e dos singlets. Os dois scripts retiram do CafEST apenas as ESTs, os contigs e singlets e salvam cada um desses em um arquivo do tipo FASTA. Isto facilita o uso dos mesmos em outras bases de dados e/ou ferramentas de bioinformátic

Vermicompost biostimulants: nutrients and auxin for root growth.

The present study was undertaken to establish if biostimulants diferently extracted from vermicompost causes root development and how mineral nutrients and plant growth substances are associated to diferent extraction methods

Identificação e caracterização de microssatélites provenientes de sequências expressas do projeto brasileiro de genoma café.

Dentre os marcadores genéticos disponíveis, os microssatélites ou SSRs (Simple Sequence Repeats) têm sido os escolhidos para diferentes estudos genéticos por apresentarem características que agregam simplicidade técnica, grande poder de resolução e alto nível de polimorfismo. Com a disponibilidade das seqüências ESTs (Expressed Sequence Tags), geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café, surgiu a oportunidade de desenvolver esses marcadores, de forma direta e eficiente, por meio de análise eletrônica. Visando o desenvolvimento futuro de marcadores SSRs para café, nesse trabalho foram identificados e caracterizados microssatélites nas seqüências expressas do genoma do cafeeiro. A mineração dos dados foi realizada utilizando-se todas as combinações de di-, tri- e tetranucleotídeos formadores dos microssatélites, perfazendo um total de 46 combinações (quatro de dinucleotídeos, 10 de trinucleotídeos e 32 de tetranucleotídeos). Foram considerados os microssatélites perfeitos e com tamanho mínimo de 12 pares de bases. Do total de 130.792 ESTs proveniente de C. arabica foram identificadas 37.826 contendo microssatélites, que após a clusterização resultou em 24.031 EST-SSR. Dentre estas, 45,11% apresentaram tetranucleotídeos, 36,67% trinucleotídeos e 18,23% dinucleotídeos. As unidades repetitivas mais abundantes dentro de cada categoria de EST-SSR foram (AG)n encontrada em 57,08% das sequências contendo dinucleotídeos, (AGG)n com 30,79% dos trinucleotídeos e (AGGG)n com 33,24% dos tetranucleotídeos. A grande quantidade de SSRs identificada nas seqüências transcritas do genoma do cafeeiro demonstra que essas são fontes valiosas para o desenvolvimento dos marcadores moleculares EST-SSRs

Germinação e infecção de ferrugem em cafeeiro conilon sob diferentes temperaturas e molhamentos foliares.

A biologia da ferrugem (Hemileia vastatrix) é bem estudada em café arábica (Coffea arabica), entretanto pouco se conhece desse assunto no cafeeiro conilon (C. canephora). Portanto, o objetivo deste trabalho foi determinar as faixas de temperatura e molhamento foliar ideais para a germinação e infecção da ferrugem no cafeeiro conilon. A idade da folha que é mais infectada pela ferrugem também foi determinada no estudo. Isolados de três cidades do ES foram coletados, obtidos na forma de isolados monopustulares e caracterizados biologicamente, sendo constituídos de dois isolados da raça II e um da raça I de H. vastatrix. As seguintes temperaturas e horas de molhamento foliar foram avaliadas nos experimentos: temperaturas de 18°C, 21°C, 24°C, 27°C e 30°C e molhamentos foliares de 4, 8, 12, 24, 48 e 72 horas. A germinação e a infectividade durante a incubação foi determinada. A germinação foi avaliada em placas de petri contendo meio ágar-água e a infectividade foi avaliada pela determinação da área foliar lesionada em discos de folha de café conilon dentro de caixas plásticas (11x11x3cm). Os resultados mostraram elevada taxa de germinação e infectividade em molhamento foliar superior a 24h e temperaturas entre 21 e 24ºC durante a incubação. As três idades da folha (jovem, adulta e velha) usadas no estudo apresentaram a mesma área foliar lesionada quando inoculadas com o isolado da raça II da H. vastatrix

Differential expression of molecular rust resistance components have distinctive profiles in Coffea arabica - Hemileia vastatrix interactions.

Countering the economic hurdle caused by coffee leaf rust disease is most appealing at this time as it has posed a major threat to coffee production around the world. Establishing differential expression profiles at different times following pathogen invasion in both innate and acquired immunities unlocks the molecular components of resistance and susceptibility. Suppression subtractive hybridization (SSH) was used to identify genes differentially over-expressed and repressed during incompatible and compatible interactions between Coffea arabica and Hemileia vastatrix. From 433 clones of expressed sequence tags (ESTs) sequenced, 352 were annotated and categorized of which the proportion of genes expressed during compatible interaction were relatively smaller. The result showed upregulation and downregulation of various genes at 12 and 24 h after pathogen inoculation in both interactions. The use of four different databases in searching for gene homology resulted in different number of similar sequences. BLASTx against EMBL-EBI (European Molecular Biology Laboratory-European Bioinformatics Institute) database being with the maximum (100%) hits for all the annotated sequences. RT-qPCR analysis of seven resistance-signaling genes showed similar expression patterns for most of the genes in both interactions, indicating these genes are involved in basal (nonspecific) defense during which immune reactions are similar. Using SSH, we identified different types of resistance related genes that could be used for further studies towards resistant cultivar development. The potential role of some of the resistance related proteins found were also discussed