Clones de alto risco de Klebsiella pneumoniae produtores de ESBL colonizando pacientes de UTI em Natal, Nordeste do Brasil

Background and objectives: colonization by extended-spectrum β-lactamase (ESBL)-producing Klebsiella pneumoniae in Intensive Care Unit (ICU) patients is considered a risk factor for infections, and poses as a source of spreading these strains in hospital facilities. This study aimed to perform the genetic characterization of ESBL-producing K. pneumoniae isolates recovered from surveillance swabs in an ICU in northeastern Brazil. Methods: the isolates were recovered between 2018-2019 from the nasal, axillary, and rectal sites of 24 patients admitted to the ICU. Bacterial identification was performed by traditional biochemical tests. Antimicrobial susceptibility was assessed by disk diffusion, and ESBL phenotype was detected by double-disc synergy test. Polymerase chain reaction (PCR) for blaCTX-M, blaSHV, and blaTEM genes, PFGE, and MLST were carried out in representative isolates. Results: a total of 27 isolates were recovered from 18 patients (75%). The ESBL production was detected in 85% of isolates. Resistance to ciprofloxacin, sulfamethoxazole/trimethoprim and most of the β-lactams tested was recurrent, except for carbapenems. The blaSHV, blaTEM, and blaCTX-M genes were found in high frequency, and the CTX-M-(1, 2 and 9) groups were identified. Seven sequence types (ST11, ST14, ST17, ST395, ST709, ST855, and ST3827) were described, most of them considered high-risk. Conclusion: these findings emphasize the potential threat of well-established high-risk clones in an ICU, and highlight the importance of monitoring these clones to prevent infections.Justificación y objetivos: la colonización por Klebsiella pneumoniae productora de β-lactamasas de espectro extendido (BLEE) en pacientes de Unidades de Cuidados Intensivos (UCI) se considera un factor de riesgo para infecciones, y se presenta como una fuente de propagación de estas cepas en instalaciones hospitalarias. Este estudio tuvo como objetivo realizar la caracterización genética de aislamientos de K. pneumoniae productores de BLEE recuperados de hisopos de vigilancia en una UCI en el noreste de Brasil. Métodos: los aislamientos se recuperaron entre 2018-2019 de sitios nasales, axilares y rectales de 24 pacientes ingresados en la UCI. La identificación bacteriana se realizó mediante pruebas bioquímicas tradicionales. La susceptibilidad antimicrobiana se evaluó mediante difusión en disco, y el fenotipo BLEE se detectó mediante la prueba de sinergia de doble-disco. La polymerase chain reaction (PCR) para los genes blaCTX-M, blaSHV y blaTEM, PFGE y MLST se llevaron a cabo en aislamientos representativos. Resultados: se recuperaron 27 aislamientos de 18 pacientes (75%). La producción de ESBL se detectó en 85% de los aislamientos. La resistencia a ciprofloxacino, sulfametoxazol/trimetoprima y a la mayoría de los β-lactámicos evaluados fue recurrente, excepto a los carbapenémicos. Los genes blaSHV, blaTEM y blaCTX-M se encontraron en alta frecuencia, y se identificaron los grupos CTX-M-(1, 2 y 9). Se describieron siete sequence types (ST11, ST14, ST17, ST395, ST709, ST855 y ST3827), la mayoría consideradas de alto riesgo. Conclusión: estos hallazgos enfatizan la amenaza potencial de los clones de alto riesgo bien establecidos en una UCI, y resaltan la importancia de monitorear estos clones para prevenir infecciones.Justificativa e objetivos: a colonização por Klebsiella pneumoniae produtora de β-lactamase de espectro estendido (ESBL) em pacientes de Unidade de Terapia Intensiva (UTI) é considerada um fator de risco para infecções, e representa uma fonte de disseminação dessas cepas em instalações hospitalares. Este estudo objetivou realizar a caracterização genética de isolados de K. pneumoniae produtores de ESBL recuperados de swabs de vigilância em uma UTI no Nordeste do Brasil. Métodos: os isolados foram recuperados entre 2018-2019 dos sítios nasal, axilar e retal de 24 pacientes internados na UTI. A identificação bacteriana foi realizada por testes bioquímicos tradicionais. A suscetibilidade antimicrobiana foi avaliada por disco-difusão, e o fenótipo ESBL foi detectado pelo teste de sinergia de duplo-disco. Polymerase chain reaction (PCR) para os genes blaCTX-M, blaSHV e blaTEM, PFGE e MLST foram realizados em isolados representativos. Resultados: foram recuperados 27 isolados de 18 pacientes (75%). A produção de ESBL foi detectada em 85% dos isolados. A resistência à ciprofloxacina, sulfametoxazol/trimetoprima e à maioria dos β-lactâmicos testados foi recorrente, exceto para os carbapenêmicos. Os genes blaSHV, blaTEM e blaCTX-M foram encontrados em alta frequência, e os grupos CTX-M-(1, 2 e 9) foram identificados. Sete sequence types (ST11, ST14, ST17, ST395, ST709, ST855 e ST3827) foram descritos, a maioria deles considerados de alto risco. Conclusão: esses achados enfatizam a ameaça potencial de clones de alto risco bem estabelecidos em uma UTI, e destacam a importância do monitoramento desses clones para prevenir infecções

Brazilian Amazon Plants: An Overview of Chemical Composition and Biological Activity

Currently, the number of diseases has been increasing and reaching the population directly, and the deliberate use of drugs is creating resistance of pathogens in several drugs, a fact evidenced by the increased ineffectiveness of drugs and the persistence of infections in the body. Given this, it is necessary to search for new alternative drugs that can effectively promote effective therapy. It is possible to highlight, in Brazil, the diversity of the Amazonian flora, which has several species with considerable potential as a source of new molecules with identified biological activity. Thus, a literature review was conducted in order to describe the applications of some Amazonian extracts and their chemical characteristics and biological activity. The Amazon rain forest has considerable diversity of plant species with biological properties that may be useful to public health. Further research is needed to identify new compounds with health benefits

HIV-1 Subtipo F no Brasil: Características moleculares, patogênese, importância na dispersão da epidemia e geração dos recombinantes BF do vírus / HIV-1 Subtype F in Brazil: Molecular characteristics, pathogenesis, importance in the spread of the epidemic and generation of BF recombinants of the vírus

 Introdução: O presente estudo objetivou avaliar o papel do HIV-1 subtipo F na epidemia de Aids no Brasil, na patogênese da doença e origem dos recombinantes BF. Métodos: Realizou-se uma pesquisa bibliográfica nos bancos de dados do Pubmed e Scielo, com a finalidade de avaliar os artigos relacionados com a epidemiologia molecular do HIV-1 subtipo F no país. Revisão bibliográfica: A primeira identificação do subtipo F, no Brasil, aconteceu em quatro amostras coletadas entre 1989-1990, entretanto, o primeiro estudo sobre a história evolucionária desse subtipo estimou que o início desta epidemia ocorreu no início da década de 1980. Alguns estudos relacionam a presença do subtipo F com a transmissão heterossexual e na demonstração que o mesmo possuía mais mutações relacionadas à alguns antirretrovirais, como para Inibidores de Protease (IPs). Além disso, outros trabalhos relacionam a presença deste subtipo a alguns grupos epidemiológicos e à menor carga viral e maior contagem de células T CD4+. Conclusão: Assim, revela-se a importância da epidemiologia e caracterização molecular destas variantes para um melhor entendimento da sua dinâmica na epidemia brasileira do HIV-1 e na ampliação do conhecimento quanto às suas peculiaridades genéticas que podem interferir nas suas patogêneses, transmissões, respostas à terapia antirretroviral e a vacinas.    

Genomic insights of high-risk clones of ESBL-producing Escherichia coli isolated from community infections and commercial meat in southern Brazil

During a microbiological and genomic surveillance study conducted to investigate the molecular epidemiology of extended-spectrum β-lactamase (ESBL)-producing Escherichia coli from community-acquired urinary tract infections (UTI) and commercial meat samples, in a Brazilian city with a high occurrence of infections by ESBL-producing bacteria, we have identified the presence of CTX-M (-2, -14, -15, -24, -27 and -55)-producing E. coli of international clones ST38, ST117, ST131 and ST354. The ST131 was more prevalent in human samples, and worryingly the high-risk ST131-C1-M27 was identified in human infections for the first time. We also detected CTX-M-55-producing E. coli ST117 from meat samples (i.e., chicken and pork) and human infections. Moreover, the clinically relevant CTX-M-24-positive E. coli ST354 clone was detected for the first time in human samples. In summary, our results highlight a potential of commercialized meat as a reservoir of high-priority E. coli lineages in the community, whereas the identification of E. coli ST131-C1-M27 indicates that novel pandemic clones have emerged in Brazil, constituting a public health issue

mgrB Mutations Mediating Polymyxin B Resistance in Klebsiella pneumoniae Isolates from Rectal Surveillance Swabs in Brazil

Submitted by Sandra Infurna ([email protected]) on 2017-03-09T13:19:52Z No. of bitstreams: 1 caio_ayres_etal_IOC_2016.pdf: 874444 bytes, checksum: 5b33c5701ea3b74fb7ad544aff3dc935 (MD5)Approved for entry into archive by Sandra Infurna ([email protected]) on 2017-03-09T13:30:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 caio_ayres_etal_IOC_2016.pdf: 874444 bytes, checksum: 5b33c5701ea3b74fb7ad544aff3dc935 (MD5)Made available in DSpace on 2017-03-09T13:30:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 caio_ayres_etal_IOC_2016.pdf: 874444 bytes, checksum: 5b33c5701ea3b74fb7ad544aff3dc935 (MD5) Previous issue date: 2016Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.We aimed to investigate polymyxin B (PMB) resistance and its molecular mechanisms in 126 Klebsiella pneumoniae isolates from rectal swabs in Brazil. Ten isolates exhibited PMB resistance with interruption of mgrB gene by insertion sequences or missense mutations. Most of the PMB-resistant isolates harbored blaKPC-2 (n = 8) and belonged to clonal complex 258 (CC258) (n = 7). These results highlight the importance of monitoring the spread of polymyxin-resistant bacteria in hospitals, since few options remain to treat multidrug-resistant isolates

Clonal Dissemination of OXA-370-Producing Klebsiella pneumoniae in Rio de Janeiro, Brazil

Submitted by sandra infurna ([email protected]) on 2016-03-10T12:23:00Z No. of bitstreams: 1 miria_borghi_etal_IOC_2015.pdf: 485495 bytes, checksum: ce068a779c016a17021c3615e301fe69 (MD5)Approved for entry into archive by sandra infurna ([email protected]) on 2016-03-10T14:33:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 miria_borghi_etal_IOC_2015.pdf: 485495 bytes, checksum: ce068a779c016a17021c3615e301fe69 (MD5)Made available in DSpace on 2016-03-10T14:33:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 miria_borghi_etal_IOC_2015.pdf: 485495 bytes, checksum: ce068a779c016a17021c3615e301fe69 (MD5) Previous issue date: 2015Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Laboratório Central de Saúde Pública do Rio de Janeiro Noel Nutels. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Enzymes of the OXA-48 family have become some of the most important beta-lactamases in the world. A new OXA-48 variant (OXA-370) was first described for an Enterobacter hormaechei strain isolated in Rio Grande do Sul (southern region of Brazil) in 2013. Here we report detection of the blaOXA-370 gene in 24 isolates belonging to three Enterobacteriaceae species (22 Klebsiella pneumoniae isolates, 1 Enterobacter cloacae isolate, and 1 Enterobacter aerogenes isolate) collected from five hospitals in Rio de Janeiro, Brazil, in 2013 and 2014. The isolates showed a multidrug resistance profile, and 12.5% were resistant to polymyxin B. Besides blaOXA-370, no other carbapenemase genes were observed by PCR, whereas blaOXA-1 was found in all isolates and 22 isolates (91.6%) possessed blaCTX-M-15. Molecular typing of the K. pneumoniae isolates by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) showed the presence of two clonal groups, i.e., KpA (21 isolates) and KpB (1 isolate). KpA was characterized as sequence type 16 (ST16) and KpB as ST1041 by multilocus sequence typing (MLST). ST16 has been observed for KPC-producing K. pneumoniae in Rio de Janeiro. Plasmid analysis performed with six representative OXA-370-producing isolates showed plasmids harboring the blaOXA-370 gene in all strains, ranging from 25 kb to 150 kb. This study suggests that there is an urgent need to investigate the presence of OXA-370 and dissemination of the K. pneumoniae ST16 clone carrying this gene in Brazil

Plantas medicinais e fitoterápicos no cuidado da saúde mental em tempos de pandemia: uma revisão da literatura

Apesar do uso de plantas medicinais para tratamento de problemas de saúde ser tradicionalmente aceito, esta prática da medicina popular ainda encontra resistência por profissionais da saúde, sobretudo sob a alegação da falta de comprovação de seus efeitos. Durante o surto de Covid-19, houve aumento significativo do estresse, sintomas ansiosos e insônia e o uso de plantas medicinais e fitoterápicos surge como uma alternativa terapêutica. O objetivo deste estudo foi realizar uma revisão da literatura sobre a eficácia de plantas medicinais como terapia alternativa e/ou complementar para transtornos de ansiedade e insônia. As plantas investigadas foram selecionadas a partir do Formulário de Fitoterápicos e Memento Fitoterápico da Farmacopeia Brasileira, sendo utilizados como descritores o nome científico da planta e os termos “anxiety” e “insomnia” com recorte temporal de 2015 a 2020. 230 resultados foram encontrados, 42 selecionados (27 em humanos e 15 em animais). Foi possível demonstrar efeitos ansiolíticos para as plantas capim santo (Cymbopogon citratus), lavanda (Lavandula officinalis), melissa (Melissa officinalis), maracujá (Passiflora incarnata) e valeriana (Valeriana officinalis) e sedativos para melissa, maracujá e valeriana. A kava-kava (Piper methysticum) demonstrou apenas efeito sedativo e a camomila (Matricaria chamomilla) apresentou eficácia clínica ansiolítica. Portanto, a potencial aplicação clínica dessas plantas é indicada para tratamento dos sintomas de ansiedade e insônia, ajudando a reduzir os sintomas psicológicos decorrentes da pandemia de Covid-19. Contudo, vale ressaltar a necessidade da padronização dos procedimentos metodológicos e avanço da fitoterapia na prática médica.Although the use of medicinal plants to treat health problems is traditionally accepted, this practice of popular medicine still finds resistance from health professionals, especially under the allegation of lack of scientific proof of its effects. During the outbreak of COVID-19, there was a significant increase in stress, anxiety, and insomnia symptoms, and the use of plants and herbal medicines emerged as a possible therapeutic alternative. The objective of this study was to conduct a literature review about the effectiveness of medicinal plants as an alternative and/or complementary therapy for anxiety and insomnia disorders. The main medicinal plants were selected from the Phytotherapeutic Formulary and Phytotherapeutic Memento of the Brazilian Pharmacopoeia, using the ‘scientific name’ and terms ‘anxiety’ and ‘insomnia’ as descriptors between 2015-2020. 230 results were found and 42 studies were selected (27 in humans and 15 in animals). Anxiolytic effects have been demonstrated to Cymbopogon citratus, Lavandula officinalis, Melissa officinalis, Passiflora incarnata, and Valeriana officinalis and sedatives effects to M. officinalis, P. incarnata, and V. officinalis. Piper methysticum revealed only a sedative effect and Matricaria chamomilla showed anxiolytic clinical efficacy. Then, the potential clinical application of these plants in the treatment of anxiety and insomnia symptoms is indicated, helping to reduce the psychological symptoms resulting from the Covid-19 pandemic. However, it is worth emphasizing the need to standardize methodological procedures and advance phytotherapy in medical practice

Emergence of the Plasmid-Mediated mcr-1 Gene in Clinical KPC-2-Producing Klebsiella pneumoniae Sequence Type 392 in Brazil

Submitted by Sandra Infurna ([email protected]) on 2018-02-12T14:10:01Z No. of bitstreams: 1 caio_ayres_etal_IOC_2017.pdf: 172248 bytes, checksum: 02a0c103cbde7e46f0925fde1a8e1a7d (MD5)Approved for entry into archive by Sandra Infurna ([email protected]) on 2018-02-12T14:23:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 caio_ayres_etal_IOC_2017.pdf: 172248 bytes, checksum: 02a0c103cbde7e46f0925fde1a8e1a7d (MD5)Made available in DSpace on 2018-02-12T14:23:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 caio_ayres_etal_IOC_2017.pdf: 172248 bytes, checksum: 02a0c103cbde7e46f0925fde1a8e1a7d (MD5) Previous issue date: 2017Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.,Hospital Santa Casa da Misericórdia de Vitória. Comissão de Controle de Infecção Hospitalar. Vitória, ES, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Microbiologia Paulo de Góes. Laboratório de Investigação em Microbiologia Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Microbiologia Paulo de Góes. Laboratório de Investigação em Microbiologia Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade do Estado do Rio de Janeiro. Instituto de Biologia Roberto Alcântara Gomes. Departamento de Bioquímica, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil

Multiclonal Expansion of Klebsiella pneumoniae Isolates Producing NDM-1 in Rio de Janeiro, Brazil

Submitted by Sandra Infurna ([email protected]) on 2018-02-22T11:44:03Z No. of bitstreams: 1 marise_asensi_etal_IOC_2017.pdf: 497018 bytes, checksum: dc58d964828de09e36dd354edb80c9a0 (MD5)Approved for entry into archive by Sandra Infurna ([email protected]) on 2018-02-22T11:56:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 marise_asensi_etal_IOC_2017.pdf: 497018 bytes, checksum: dc58d964828de09e36dd354edb80c9a0 (MD5)Made available in DSpace on 2018-02-22T11:56:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 marise_asensi_etal_IOC_2017.pdf: 497018 bytes, checksum: dc58d964828de09e36dd354edb80c9a0 (MD5) Previous issue date: 2017Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.Laboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Secretaria Estadual de Saúde. Coordenação Estadual de Controle de Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade do Estado do Rio de Janeiro. Departamento de Bioquímica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.We characterized NDM-1-producingKlebsiellaisolates from Rio de Janeiro, Brazil. PCR was applied for resistance and virulence determinants. The genetic context ofblaNDMwas determined by S1 nuclease pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and hybridization. Genotyping was performed by PFGE and multilocus sequence typing (MLST). Most isolates carried multiple resistance genes and remained susceptible to amikacin, fosfomycin-trometamol, polymyxin B, and tigecycline. The spread of NDM-1-producingKlebsiella pneumoniaewas not associated with clonal expansion and appears to be associated with Tn3000