Mapping the stranger: genetic diversity of Manila clam in European coastal lagoons.

Manila clam Ruditapes philippinarum - synonym Venerupis philippinarum (Adams and Reeve, 1850) is one of the most successful marine invaders worldwide and represents almost 20% of worldwide mollusc total production. Originally distributed in the Indo-Pacific region, the species was introduced for aquaculture and fisheries in North America, Polynesia, the US Virgin Islands, as well as in Atlantic and Mediterranean coasts of Europe. Due to the commercial value of the species, population genetics and stock composition are of primary importance both in natural and invaded environments. Moreover, molecular genetics can provide valuable data in invasion biology, as, for example, the structure of the exploited populations, the origin of source populations and the routes of invasions. Furthermore, molecular data might be useful for the tracking of seafood products, as requested by the European Commission for European seafood products (see EC laws n° 178/2002, 509/2006, 510/2006 and their improvements). Despite all these considerations genetic data are lacking, especially for introduced populations, and should be urgently provided. In a framework of an European network of researchers involved in Manila clam studies, clams were collected in coastal lagoons and estuaries in both Mediterranean (Northern Adriatic Sea, Italy) and Atlantic (Spain and Portugal) coasts of Europe. Both mitochondrial and nuclear molecular markers were applied to investigate the genetic structure of populations, specifically by the direct sequencing of 16S rDNA gene fragments and by the genotyping of 7 microsatellite markers previously used in native populations. Results demonstrated the occurrence of multiple haplotypes for 16S rDNA, even if one main haplotype was identified in the European analyzed populations. However, few sequences were available in Genbank to make comparisons with native populations. Concerning the microsatellite data, the genotyping of Manila clam populations showed low genetic diversity among them, considering the Fst values, and a lack of genetic structuring when analysed by Structure software. Both these data suggest the absence of geographic differentiation among the introduced populations of Manila clam, as a result of introgression due to translocations and other human activities. The levels of genetic diversity within introduced populations were comparable to those described from native regions, suggesting that multiple introduction events and mixed source populations can counterbalance the loss of genetic diversity caused by the founder effect. However, it must be remarked that microsatellites showed a strong occurrence of null alleles when tested by Micro-checker, as previously observed in other bivalves, suggesting that the problem is differently distributed among Manila clam populations or specific loci, thus microsatellites should be carefully checked before used in extensive population studies. In the near future, population genetics and stock identification of this species on a large scale should be assessed using new powerful markers such as those obtained by NGS (Next Generation Sequencing) methods. In conclusion, this research represents the very first extensive genetic investigation on Manila clam’s European populations, defining the levels of genetic diversity that will help to inform management practices

Les flotilles concernées par le phénomène de captation de quotas en Atlantique. Cas des navires rattachés aux quartiers maritimes de Bayonne et de la Rochelle

*IFREMER, Laboratoire Halieutique d'Aquitaine, Saint Pée sur Nivelle (FRA) Diffusion du document : IFREMER, Laboratoire Halieutique d'Aquitaine, Saint Pée sur Nivelle (FRA)National audienc

L'approche écosystémique à l'épreuve des faits, comme outil de gestion des pêcheries côtières, dans le contexte du changement global

National audienceFace aux changements globaux, la protection simultanée des pêcheries côtières, des communautés littorales et de la ressource halieutique est soumise à une très forte pression. De nouveaux problèmes écologiques, économiques et sociaux se posent et quelques enjeux classiques reprennent de l'importance (Gormley et al, 2015). Dans ce contexte mouvant, la mise en place d'outils de gestion adaptés aux nouveaux enjeux devient de plus en plus urgente. Cette exigence est d'autant plus pressante quand on constate que la vulnérabilité des écosystèmes marins et des pêcheries côtières est liée non seulement à leur matérialité, mais aussi au jeu institutionnel des acteurs et à l'identité de certains territoires qui ont pu se construire en partie sur des pratiques de pêcheries côtières spécifiques. Confrontés à ces enjeux, des scientifiques et acteurs publics influents souhaitent privilégier « l'approche écosystémique » (AE) comme une forme de gouvernance adaptée aux problèmes émergents (Curtin et Prellezo, 2010 ; Garcia et Prouzet 2009 ; FAO, 2003). Selon leurs discours, l'AE permet de corriger des défaillances de la gouvernance précédente qui était basée sur une approche « command and control ». Non seulement elle peut composer avec des tensions entre la « conservation » et « l'exploitation », mais aussi avec des ensembles spatio-temporels Homme-nature (Gianelli et al, 2015). En effet, un large consensus a été construit à l'échelle globale et européenne autour de l'efficience de l'AE dans la mesure où, depuis 2013, l'AE est devenu l'approche centrale de la nouvelle politique commune de la pêche (Rätz et al, 2010). Cette politique européenne a donc un double objectif, à court et à long terme et a priori antinomiques: celui d'exploiter mais aussi celui de conserver simultanément, afin de prévenir une exploitation qui supplanterait la conservation et/ou inversement tout en prenant en compte plusieurs dimensions. Mais l'AE ne se limite pas à saisir une éthique d'équilibre entre écologie, économie et social dans la fluidité des socio-écosystèmes complexes. Le concept est aussi à rapprocher de celui de la bonne gouvernance, renvoyant aux interactions entre l'État, le corps politique et la société, mais aussi les lobbys et les coalitions en visant à rendre l'action publique plus légitime, plus efficace et proche du bien public et de l'intérêt général des territoires littoraux. A partir de deux exemples régionaux de la Nouvelle Aquitaine - les pêcheurs de merlu du gouf de Capbreton et les pêcheurs à pied de palourdes du Bassin d'Arcachon - cet article évalue la mise en oeuvre de l'approche écosystémique comme outil de gestion des pêcheries côtières. Même si ces deux pêcheries côtières ont peu de poids sur l'économie française, ils ont une importance d'un point de vue social et territorial à l'échelle locale. En s'appuyant sur la perception de l'AE et des changements globaux (dont climatiques) par les pêcheurs, sur la base d'enquêtes réalisées auprès d'un certain nombre d'entre-eux et d'entretien auprès d'acteurs professionnels (OP, comité locaux, DDTM) et scientifiques , nous analysons le « travail politique » (Jullien et Smith, 2014) des acteurs autour de leurs propres problèmes et la place de l'AE comme outil de gestion pour les gouverner. Par ex. pour la pêche du merlu, les principaux enjeux concernent moins l'état du stock que les règles de cohabitation entre les différents métiers (Sanchez et al, 2013); les quotas des autres espèces pêchées dans une pêcherie mixte; et les nouveaux entrants. A travers ces enjeux nous observons un clivage important entre les 'petits' et les 'gros' armateurs dans l'ordre institutionnel local (Cadiou et Itçaina, 2011: 211). Les enjeux principaux de la pêche de palourde concernent la diminution de la population de palourdes et la maladie du muscle marron engendrant une surmortalité, ainsi que des questions relatives à la taille de capture de la palourde. Dans ce second cas d'étude, il s'agit donc davantage de défis relatifs à la vente et la gestion du stock alors que nous observons un travail politique de certains acteurs pour modifier les règles européennes afin de réduire la taille minimale de capture des palourdes. Nos résultats démontrent une connaissance et une appropriation de l'AE inégales en fonction des acteurs rencontrés ; aucun pêcheur ne connait ce terme, en tout cas sous ce vocable. En revanche, dans leurs discours, on retrouve les thèmes que recouvre cette approche avec un accent sur le volet «social». Tandis que beaucoup d'études s'inscrivent dans une réflexion propre aux conditions de mise en oeuvre de l'AE dans une visée normative (Curtin et Prellezo, 2010), notre approche met en évidence les conséquences de sa mise en oeuvre vis-à-vis des inégalités et des tensions qu'elle génère. En outre, les interdépendances entre les instruments de gestion « pèsent » (François, 2011) de façon importante sur la fluidité associée à l'AE, qui n'est pas toujours évidente. Finalement, notre article constitue une analyse objective des interrelations entre scientifiques, pêcheurs, et acteurs publics et qui pourra permettre dans un deuxième temps de faciliter les dialogues à venir

Embouche du thon rouge pêché à la canne par les flotilles françaises et espagnoles

*IFREMER, Laboratoire Halieutique d'Aquitaine, Saint Pee sur Nivelle (FRA) Diffusion du document : IFREMER, Laboratoire Halieutique d'Aquitaine, Saint Pee sur Nivelle (FRA)National audienc

De nouveaux packages pour sélectionner des points d'échantillonnage spatialement équilibrés sous R.

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Is wetland degradation impacting eel population? Identification of landuses in the Adour Barthes and its potential effects on European eel (Anguilla anguilla) habitat

Cet article résume les impacts des activités anthropiques sur les populations d'anguilles dans les zones humides du bassin de l'Adour, à partir d'une approche géographique et sociologique.info:eu-repo/semantics/publishe

Data filtering to identify reference fleets to account for abundance of fish species: strengths and weaknesses through three applications- Striped red mullet (Mullus surmulletus), Whiting (Merlangius merlangus) and Pollack (Pollachius pollachius) of the Bay of Biscay

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Optimization of a survey using spatially balanced sampling: a single-year application of clam monitoring in the Arcachon Bay (SW France)

Bivalves are important components of benthic marine and freshwater ecosystems throughout the world. One of the most exploited bivalves used for human consumption is manila clam (Venerupis philippinarum). In Arcachon Bay (SW France), commercial fishers and scientists have developed a monitoring survey to estimate clam stocks to assist in implementing a sustainable management strategy. The survey design that is currently used is based on standard stratified random sampling (StRS). The survey has been undertaken every 2 years since 2006. Each survey costs approximately €50 000, with funding provided by ∼20% of the commercial fishers. The survey is quite expensive, given that this resource is managed mostly at a regional level. In 2016 for instance, the survey was not done because of a shortfall in funds to support it. Recent studies on survey designs have focused on new developments that allow for higher statistical efficiency (lower sampling error) coupled with lower survey effort. Among these is the spatially balanced generalized random tessellation stratified (GRTS) design. The aim of this study is to compare the performance of the common StRS method with the GRTS design. To do this, we created a semi-virtual clam population by extrapolating the 2012 field survey results in the whole bay and simulated survey events with the two designs. We then assessed the two survey designs using three threshold precision levels (5%, 10% and 20% precision) for the two estimators of interest (biomass and abundance). We recommend the use of the GRTS design for clam surveys in Arcachon Bay. To achieve the same level of precision, GRTS requires less survey effort than StRS

A system dynamics model for the management of the Manila clam, Ruditapes philippinarum (Adams & Reeve, 1850) in the Bay of Arcachon (France)

The Manila clam Ruditapes philippinarum (Adams and Reeve, 1850) is one of the mollusc species that, driven mainly by the shellfish market industry, has extended throughout the world, far beyond the limits of its original habitat. The Manila clam was introduced into France for aquaculture purposes, between 1972 and 1975. In France, this venerid culture became increasingly widespread and, since 1988, this species has colonised most of the embayments along the French Atlantic coast. In 2004, this development resulted in a fishery of ca. 520 t in Arcachon Bay