Transcriptome analyses of inhibitor-treated Schistosome females provide evidence for cooperating Src-kinase and TGFbeta receptor pathways controlling mitosis and egshell formation

Schistosome parasites cause schistosomiasis, one of the most prevalent parasitemias worldwide affecting humans and animals. Constant pairing of schistosomes is essential for female sexual maturation and egg production, which causes pathogenesis. Female maturation involves signaling pathways controlling mitosis and differentiation within the gonads. In vitro studies had shown before that a Src-specific inhibitor, Herbimycin A (Herb A), and a TGFb receptor (TbR) inhibitor TRIKI) have physiological effects such as suppressed mitoses and egg production in paired females. As one Herb A target, the gonad-specifically expressed Src kinase SmTK3 was identified. Here, we comparatively analyzed the transcriptome profiles of Herb A- and TRIKI-treated females identifying transcriptional targets of Src-kinase and TbRI pathways. After demonstrating that TRIKI inhibits the schistosome TGFbreceptor SmTbRI by kinase assays in Xenopus oocytes, couples were treated with Herb A, TRIKI, or both inhibitors simultaneously in vitro. RNA was isolated from females for microarray hybridizations and transcription analyses. The obtained data were evaluated by Gene Ontology (GO) and Ingenuity Pathway Analysis (IPA), but also by manual classification and intersection analyses. Finally, extensive qPCR experiments were done to verify differential transcription of candidate genes under inhibitor influence but also to functionally reinforce specific physiological effects. A number of genes found to be differentially regulated are associated with mitosis and differentiation. Among these were calcium-associated genes and eggshell-forming genes. In situ hybridization confirmed transcription of genes coding for the calcium sensor hippocalcin, the calcium transporter ORAI-1, and the calcium-binding protein calmodulin-4 in the reproductive system pointing to a role of calcium in parasite reproduction. Functional qPCR results confirmed an inhibitor-influenced, varying dependence of the transcriptional activities of Smp14, Smp48, fs800, a predicted eggshell precursor protein and SmTYR1. The results show that eggshell-formation is regulated by at least two pathways cooperatively operating in a balanced manner to control egg production

Combinatory microarray and SuperSAGE analyses identify pairing-dependently transcribed genes in Schistosoma mansoni males, including Follistatin

Background: Schistosomiasis is a disease of world-wide importance and is caused by parasitic flatworms of the genus Schistosoma. These parasites exhibit a unique reproduction biology as the female’s sexual maturation depends on a constant pairing-contact to the male. Pairing leads to gonad differentiation in the female, and even gene expression of some gonad-associated genes is controlled by pairing. In contrast, no morphological changes have been observed in males, although first data indicated an effect of pairing also on gene transcription in males. Methodology/Principal Findings: To investigate the influence of pairing on males, we performed a combinatory approach applying SuperSAGE and microarray hybridization, generating the most comprehensive data-set on differential transcription available to date. Of 6,326 sense transcripts detected by both analyses, 29 were significantly differentially transcribed. Besides mutual confirmation, the two methods complemented each other as shown by data comparison and real-time PCR, which revealed a number of genes with consistent regulation across all methods. One of the candidate genes, follistatin of S. mansoni (SmFst) was characterized in more detail by in situ hybridization and yeast two-hybrid (Y2H) interaction analyses with potential binding partners. Conclusions/Significance: Beyond confirming previously hypothesized differences in metabolic processes between pairingexperienced (EM) and pairing-unexperienced males (UM), our data indicate that neuronal processes are involved in malefemale interaction but also TGFb-signaling. One candidate revealing significant down-regulation in EM was the TGFbpathway controlling molecule follistatin (SmFst). First functional analyses demonstrated SmFst interaction with the S. mansoni TGFb-receptor agonists inhibin/activin (SmInAct) and bone morphogenic protein (SmBMP), and all molecules colocalized in the testes. This indicates a yet unknown role of the TGFb-pathway for schistosome biology leading to male competence and a possible influence of pairing on the male gonad

Warm-Start AlphaZero Self-Play Search Enhancements

Recently, AlphaZero has achieved landmark results in deep reinforcement learning, by providing a single self-play architecture that learned three different games at super human level. AlphaZero is a large and complicated system with many parameters, and success requires much compute power and fine-tuning. Reproducing results in other games is a challenge, and many researchers are looking for ways to improve results while reducing computational demands. AlphaZero's design is purely based on self-play and makes no use of labeled expert data ordomain specific enhancements; it is designed to learn from scratch. We propose a novel approach to deal with this cold-start problem by employing simple search enhancements at the beginning phase of self-play training, namely Rollout, Rapid Action Value Estimate (RAVE) and dynamically weighted combinations of these with the neural network, and Rolling Horizon Evolutionary Algorithms (RHEA). Our experiments indicate that most of these enhancements improve the performance of their baseline player in three different (small) board games, with especially RAVE based variants playing strongly

Distinct IL-1α-responsive enhancers promote acute and coordinated changes in chromatin topology in a hierarchical manner

How cytokine-driven changes in chromatin topology are converted into gene regulatory circuits during inflammation still remains unclear. Here, we show that interleukin (IL)-1α induces acute and widespread changes in chromatin accessibility via the TAK1 kinase and NF-κB at regions that are highly enriched for inflammatory disease-relevant SNPs. Two enhancers in the extended chemokine locus on human chromosome 4 regulate the IL-1α-inducible IL8 and CXCL1-3 genes. Both enhancers engage in dynamic spatial interactions with gene promoters in an IL-1α/TAK1-inducible manner. Microdeletions of p65-binding sites in either of the two enhancers impair NF-κB recruitment, suppress activation and biallelic transcription of the IL8/CXCL2 genes, and reshuffle higher-order chromatin interactions as judged by i4C interactome profiles. Notably, these findings support a dominant role of the IL8 “master” enhancer in the regulation of sustained IL-1α signaling, as well as for IL-8 and IL-6 secretion. CRISPR-guided transactivation of the IL8 locus or cross-TAD regulation by TNFα-responsive enhancers in a different model locus supports the existence of complex enhancer hierarchies in response to cytokine stimulation that prime and orchestrate proinflammatory chromatin responses downstream of NF-κB

B10-84

Buro de Brug heeft in opdracht van De Crom Landschapsinrichting een gecombineerd bureauonderzoek (deel A) uitgevoerd voor twee plangebieden aan de Hoogeloonsedijk te Zandoerle, gemeente Veldhoven. Het gaat om perceel G712 (plangebied A) en Hoogeloonsedijk 10 (plangebied B). In plangebied A zal een visvijver gegraven worden; in plangebied B wordt een aantal loodsen gesloopt en worden nieuwe loodsen bijgebouwd, deels op de bestaande bouw. Voor plangebied B (Hoogeloonsedijk 10) is aansluitend een verkennend booronderzoek uitgevoerd (deel B). Vanwege de aanwezigheid van diverse bewoningssporen (waaronder veel AMK-terreinen) in de omgeving uit de Steentijd, Bronstijd, IJzertijd en Romeinse tijd, geldt een hoge verwachting voor het aantreffen van vondsten of sporen uit de periode Laat Paleolithicum tot en met de Romeinse tijd in beide plangebieden. Vanaf de Middeleeuwen was Zandoerle een vrijheid. Het gebied rondom Zandoerle werd gebruikt als landbouwgrond. Beide plangebieden liggen op (de rand van) een esdek en langs de Hoogeloonsedijk, waardoor de verwachting op het aantreffen van sporen uit de Middeleeuwen tot de Nieuwe tijd eveneens hoog is. Uit de gemeentelijke archeologiekaart blijkt dat plangebied A al ontgrond is en er geen archeologische verwachting meer is. Verder archeologisch onderzoek is hier dus niet noodzakelijk en Buro de Brug adviseert plangebied A vrij te geven. De bodem in plangebied B bestaat volgens de bodemkaart uit een hoge zwarte enkeerdgrond, wat op de aanwezigheid van een conserverend plaggendek wijst. Op een deel van het terrein staan loodsen, die gesloopt zullen worden. Het is bekend dat voorafgaand aan de bouw van de oude stallen de grond tot op het dekzand is afgegraven, wat betekent dat de bodem alhier verstoord is tot onder het verwachte plaggendek. De nieuwbouw vindt voor een groot deel plaats op de locatie van de te slopen bebouwing. 700 m2 nieuwbouw vindt echter plaats op locaties die tot nu toe onbebouwd zijn geweest. Verspreid over het terrein zijn 5 verkennende boringen uitgevoerd. De top van de oorspronkelijke bodem is opgenomen in het esdek. Over het gehele terrein is het esdek gedeeltelijk verstoord. In boring 2 is het esdek vergraven tot aan de top van de oorspronkelijke bodem. In verschillende boringen is de basis van het esdek “grauw” van kleur van het aanwezige houtskoolstof. Ter plaatse van boring 4 is een monster genomen van ca. 10 liter van de basis van het esdek. Dit bevat veel houtskool, enkele fragmenten verbrand bot en gebroken steen. Aardewerk is niet aangetroffen. Op grond hiervan zou een proefsleuvenonderzoek gerechtvaardigd zijn. De mate van daadwerkelijke verstoring is, met de gekozen bouwwijze, echter gering. Voor de nieuwbouw buiten de eerder bebouwde en verstoorde zone zullen namelijk smalle funderingssleuven (breedte c. 60 à 70 cm) worden gegraven tot op het zand. De vloeren van deze nieuwbouw worden op maaiveld aangelegd en verstoren eventueel onderliggende sporen niet. Uiteindelijk zal hierdoor op het totale plangebied van 2465m2 slechts circa 100m2 daadwerkelijk verstoord door het graven van de funderingssleuven. Een proefsleuvenonderzoek is bij deze bouwwijze niet uitvoerbaar zonder extra bodemverstoringen te veroorzaken. Door de geringe omvang en de verspreide ligging van deze funderingssleuven over het plangebied zijn de onderzoeksmogelijkheden zeer beperkt en zal slechts een zeer fragmentarisch beeld van de ondergrond verkregen kunnen worden. Buro de Brug acht dergelijke „postzegelonderzoeken‟ maatschappelijk niet gewenst. Buro de Brug stelt voor het plangebied, gegeven de huidige bouwwijze, vrij te geven voor vervolgonderzoek. Indien het bouwplan wordt gewijzigd, dient dit advies echter heroverwogen en zonodig herzien te worden

Archeologisch onderzoek beleidskaart Hoogeveen

Tijdens de archeologisache analyse van het AHN, ten behoeve van de archeologische verwachtingskaart voor de gemeente Hoogeveen is op het AHN2 is een celtic field waargenomen. De Rijksuniversiteit Groningen heeft dit celtic field middels een eigen AHN analyse bevestigd

Archeologisch Bureau- en booronderzoek Biedermeierlocatie, Seringenstraat e.o. te Maastricht

Dit archeologisch bureauonderzoek en booronderzoek is uitgevoerd door Buro de Brug in opdracht van Woonpunt Projectontwikkeling te Maastricht. De aanleiding tot dit onderzoek is de geplande herontwikkeling van een gebied in het bestemmingsplan Mariaberg in Maastricht. Het voorliggende onderzoek geeft inzicht in de eventueel aanwezige archeologische resten in het plangebied. Uit het bureauonderzoek is gebleken dat de archeologische waarnemingen in de omgeving van het plangebied erg waardevol zijn. Het is op basis van het bureauonderzoek niet vast te stellen in hoeverre er sprake is van verstoringen in het gebied. Uit de resultaten van het booronderzoek is gebleken dat de bodem in het gehele plangebied verstoord is tot 1 m –mv. Daarnaast zijn in geen van de bodemprofielen bodemvormende kenmerken of archeologische indicatoren aangetroffen. Hierdoor is het aannemelijk dat er geen archeologisch niveau in het plangebied meer aanwezig is, wat zorgt voor een kleine kans op aanwezigheid van archeologische waarden. Op basis hiervan adviseert Buro de Brug om geen vervolgonderzoek te laten plaatsvinden