Is protein folding problem really a NP-complete one ? First investigations

To determine the 3D conformation of proteins is a necessity to understand their functions or interactions with other molecules. It is commonly admitted that, when proteins fold from their primary linear structures to their final 3D conformations, they tend to choose the ones that minimize their free energy. To find the 3D conformation of a protein knowing its amino acid sequence, bioinformaticians use various models of different resolutions and artificial intelligence tools, as the protein folding prediction problem is a NP complete one. More precisely, to determine the backbone structure of the protein using the low resolution models (2D HP square and 3D HP cubic), by finding the conformation that minimize free energy, is intractable exactly. Both the proof of NP-completeness and the 2D prediction consider that acceptable conformations have to satisfy a self-avoiding walk (SAW) requirement, as two different amino acids cannot occupy a same position in the lattice. It is shown in this document that the SAW requirement considered when proving NP-completeness is different from the SAW requirement used in various prediction programs, and that they are different from the real biological requirement. Indeed, the proof of NP completeness and the predictions in silico consider conformations that are not possible in practice. Consequences of this fact are investigated in this research work.Comment: Submitted to Journal of Bioinformatics and Computational Biology, under revie

Relation entre le contact et la distance sociale à l’égard des personnes avec une maladie mentale.

Cet article présente les résultats d'une étude s'intéressant à la relation entre l'expérience de contact avec dès personnes ayant une maladie mentale et la distance sociale exprimée à leur égard. L'échantillon est composé de 275 citoyens adultes de la région de Québec, qui se disent favorables à l'implantation d'une ressource résidentielle, dans leur voisinage immédiat, pour un groupe de deux à six personnes avec une maladie mentale. Les résultats révèlent une relation inversée entre le contact et la distance sociale. Cette relation est significative chez les deux sexes, chez les célibataires de 35 à 44 ans, les personnes mariées ou en union de fait de 45 à 54 ans et celles de 65 ans et plus. Ces sous-groupes présentent des expériences de contact plus fréquentes et plus diversifiées ainsi qu'une distance sociale exprimée plus faible. L'identification de segments cibles favorables dans la population permettra aux décideurs et responsables de la réinsertion sociale de mieux formuler et planifier des stratégies d'intervention différenciées plus efficaces pour le maintien d'une attitude de tolérance à l'égard de voisins avec une différence

L’Empire du riz en Louisiane française, 1717-1724

Cet article s’intéresse aux conditions spécifiques de la création de la riziculture et de l’économie du riz en Louisiane française, entre 1717 et 1724, en analysant une description d’une habitation, celle de Claude Joseph Dubreuil, dans la région des Chapitoulas. L’étude des assises matérielles du pouvoir nous permet d’observer les rouages de l’Empire en tenant compte de la contribution des groupes socioculturels à la colonisation. Le riz s’avère une solution imprévue à l’insécurité alimentaire de la colonie provoquée par l’irruption massive de migrants et de personnes d’origine africaine réduites à l’esclavage. Pour les Premières Nations, l’établissement des plantations de riz sur les rives du delta mississippien implique une appropriation territoriale et culturelle.This paper sheds light on the specific conditions in which rice cultivation and economy was created in French Louisiana, by analysing a description of Claude Joseph Dubreuil’s plantation in the Chapitoulas region. Studying the material basis of power allows us to take a closer look at both the machinery of Empire and the contributions of different sociocultural groups to the colonization of America. Rice proves to be an unplanned solution to the food insecurity provoked by the massive irruption of migrants and enslaved people in the colony. For the First Nations, the establishment of rice plantations on the banks of the Mississippi River delta means territorial and cultural appropriation

JAZF1: A metabolic actor subunit of the NuA4/TIP60 chromatin modifying complex

The multisubunit NuA4/TIP60 complex is a lysine acetyltransferase, chromatin modifying factor and gene co-activator involved in diverse biological processes. The past decade has seen a growing appreciation for its role as a metabolic effector and modulator. However, molecular insights are scarce and often contradictory, underscoring the need for further mechanistic investigation. A particularly exciting route emerged with the recent identification of a novel subunit, JAZF1, which has been extensively linked to metabolic homeostasis. This review summarizes the major findings implicating NuA4/TIP60 in metabolism, especially in light of JAZF1 as part of the complex

Décrochage, raccrochage et rétention scolaires selon les Jeunes franco-ontariens

L’article présente les résultats d’une recherche menée dans les écoles de langue française de l’Ontario sur le décrochage de l’école secondaire, en soulignant le phénomène du « décrochage culturel », selon lequel les jeunes quittent l’école de langue française pour poursuivre leurs études en anglais. À partir du point de vue de jeunes qui vivent, qui ont vécu ou qui sont à risque de vivre le décrochage, les auteurs illus­trent la complexité de cette question dans une perspective multi­factorielle et multidimensionnelle.The paper presents the results of a province-wide study of drop-outs in Ontarian French-language secondary schools. It highlights the phenomena of cultural drop-outs, relating to students who decide to pursue their studies in English-language schools instead of continuing in French. The authors illustrate the complexity of the issue through the multidi­men­sional perspect­ives of youths who have dropped out of school or are at risk of doing so

Tadoussac : sentinelle ornithologique de la forêt boréale au parc national du Saguenay

Les suivis démographiques d'espèces animales réalisés dans des sites stratégiques permettent de détecter les cas problématiques en matière de gestion et de conservation de la faune. L'Observatoire d'oiseaux de Tadoussac, situé dans le parc national du Saguenay, est une organisation ornithologique qui recueille, depuis 1993, des données sur les oiseaux de proie et les passereaux de la forêt boréale, particulièrement sur des espèces en difficulté. On présente ici cinq séries de données, obtenues à l'Observatoire d'oiseaux de Tadoussac, qui illustrent les tendances démographiques de quelques représentants de l'avifaune québécoise et qui mettent en évidence certains cycles de population

Système Scolaire et Économie Solidaire Chez les Nasa de Colombie

Le modèle scolaire développé par les Nasa de Colombie a été construit en synergie avec son mode de développement économique communautaire ancestral et sert d’assise à sa quête d’autonomie comme peuple. Cette expérience scolaire permet aux élèves de participer, dès le secondaire, à des activités économiques solidaires qui sont environnementalement responsables. Le Projet éducatif communautaire nasa (PÉC) est en effet central au modèle économique et permet la transmission concrète et quotidienne de la philosophie nasa ainsi que des pratiques ancestrales nasa. Cet article fait état d’une étude de cas menée dans le cadre d’un mémoire de maîtrise en travail social sur le site d’une école secondaire du système scolaire nasa. Elle a été menée par le biais d’observations directes et d’entretiens auprès de ses acteurs, c’est-à-dire les leaders communautaires, les éducateurs, les parents et les élèves.In Colombia, the school system of the Nasa people integrates directly into their curriculum practical and theoretical aspects of their indigenous communitarian economy so as to contribute to their survival. This educational model calls on high school students to take charge of economic projects involving environmental and community solidarity. The Community Educational Project (PEC) is central to the Nasa educational experience that also integrates Nasa philosophy and directly supports their economic model. This case study results from fieldwork for a master’s thesis in social work in one of the Nasa high schools. Data collection methods comprised direct observation and interviews with stakeholders, including community leaders, educators, parents and students

Synthesis and biological evaluation of novel N-phenyl ureidobenzenesulfonate derivatives as potential anticancer agents. Part 2. Modulation of the ring B

DNA double strand-breaks (DSBs) are the most deleterious lesions that can affect the genome of living beings and are lethal if not quickly and properly repaired. Recently, we discovered a new family of anticancer agents designated as N-phenyl ureidobenzenesulfonates (PUB-SOs) that are blocking the cells cycle progression in S-phase and inducing DNA DSBs. Previously, we have studied the effect of several modifications on the molecular scaffold of PUB-SOs on their cytocidal properties. However, the effect of the nature and the position of substituents on the aromatic ring B is still poorly studied. In this study, we report the preparation and the biological evaluation of 45 new PUB-SO derivatives substituted by alkyl, alkoxy, halogen and nitro groups at different positions on the aromatic ring B. All PUB-SOs were active in the submicromolar to low micromolar range (0.24–20 μM). The cell cycle progression analysis showed that PUB-SOs substituted at position 2 by alkyl, halogen or nitro groups or substituted at position 4 by a hydroxyl group arrest the cell cycle progression in S-phase. Interestingly, all others PUB-SOs substituted at positions 3 and 4 arrested the cell cycle in G2/M-phase. PUB-SOs arresting the cell cycle progression in S-phase also induced the phosphorylation of H2AX (γH2AX) which is indicating the generation of DNA DSBs. We evidenced that few modifications on the ring B of PUB-SOs scaffold lead to cytocidal derivatives arresting the cell cycle in S-phase and inducing γH2AX and DSBs. In addition, this study shows that these new anticancer agents are promising and could be used as alternative to circumvent some of the biopharmaceutical complications that might be encountered during the development of PUB-SOs

A Scalable Genome-Editing-Based Approach for Mapping Multiprotein Complexes in Human Cells

SummaryConventional affinity purification followed by mass spectrometry (AP-MS) analysis is a broadly applicable method used to decipher molecular interaction networks and infer protein function. However, it is sensitive to perturbations induced by ectopically overexpressed target proteins and does not reflect multilevel physiological regulation in response to diverse stimuli. Here, we developed an interface between genome editing and proteomics to isolate native protein complexes produced from their natural genomic contexts. We used CRISPR/Cas9 and TAL effector nucleases (TALENs) to tag endogenous genes and purified several DNA repair and chromatin-modifying holoenzymes to near homogeneity. We uncovered subunits and interactions among well-characterized complexes and report the isolation of MCM8/9, highlighting the efficiency and robustness of the approach. These methods improve and simplify both small- and large-scale explorations of protein interactions as well as the study of biochemical activities and structure-function relationships