INFO-RNA—a server for fast inverse RNA folding satisfying sequence constraints

INFO-RNA is a new web server for designing RNA sequences that fold into a user given secondary structure. Furthermore, constraints on the sequence can be specified, e.g. one can restrict sequence positions to a fixed nucleotide or to a set of nucleotides. Moreover, the user can allow violations of the constraints at some positions, which can be advantageous in complicated cases

In-hospital Delay Increases the Risk of Perforation in Adults with Appendicitis

Background: The influence of in-hospital delay (time between admission and operation) on outcome after appendectomy is controversial. Methods: A total of 1,827 adult patients underwent open or laparoscopic appendectomy for suspected appendicitis in eleven Swiss hospitals between 2003 and 2006. Of these, 1,675 patients with confirmed appendicitis were included in the study. Groups were defined according in-hospital delay (≤12 vs. >12h). Results: Delay>12h was associated with a significantly higher frequency of perforated appendicitis (29.7 vs. 22.7%; P=0.010) whereas a delay of 6 or 9h was not. Size of institution, time of admission, and surgical technique (laparoscopic vs. open) were independent factors influencing in-hospital delay. Admission during regular hours was associated with higher age, higher frequency of co-morbidity, and higher perforation rate compared to admission after hours. The logistic regression identified four independent factors associated with an increased perforation rate: age (≤65years vs. >65years, odds ratio (OR) 4.5, P0 vs. Charlson index=0, OR 2.3, P12 vs. ≤12h, OR 1.5, P=0.005). Perforation was associated with an increased reintervention rate (13.4 vs. 1.6%; P<0.001) and longer length of hospital stay (9.5 vs. 4.4days; P<0.001). Conclusions: In-hospital delay negatively influences outcome after appendectomy. In-hospital delay of more than 12h, age over 65years, time of admission during regular hours, and the presence of co-morbidity are all independent risk factors for perforation. Perforation was associated with a higher reintervention rate and increased length of hospital sta

Fluctuations of inspired concentrations of nitric oxide and nitrogen dioxide during mechanical ventilation

BACKGROUND: Nitric oxide (NO) is a very reactive agent with potentially toxic oxidation products such as nitrogen dioxide (NO(2)). Therefore, during NO inhalation a constant inspired concentration and accurate measurement of NO and NO(2) concentrations are essential. The objective of this study was to test the NO concentrations at various positions along the inspiratory limb of the breathing circuit using a recently developed system to administer NO in phase with inspiratory flow during mechanical ventilation (Servo 300 NO-A, Siemens, Sweden). Furthermore, we tested whether an active heating system would interfere with inspired NO concentrations. RESULTS: A sharp decline in the NO concentration was found between the respirator's inspiratory outlet and more distal points along the inspiratory limb of the circuit. This finding was most evident when an active heating system was mounted between those points. CONCLUSIONS: The concentrations of NO and NO(2) should be measured as near to the patient as possible, as significant fluctuations of these concentrations might be found along the inspiratory limb of the respiratory circuit especially when an active heating system is used

Lower Vibrio spp. abundances in Zostera marina leaf canopies suggest a novel ecosystem function for temperate seagrass beds

Seagrasses, a polyphyletic group of about 60 marine angiosperm species, are the foundation of diverse and functionally important marine habitats along sheltered sedimentary coasts. As a novel ecological function with high societal relevance, a role of the seagrass leaf canopy for reducing potentially harmful bacteria has recently been hypothesized in tropical regions, but data for temperate regions are lacking. Here, we tested whether or not the abundance of general bacteria and more specifically, those belonging to the genus Vibrio were reduced within temperate Zostera marina (eelgrass) meadows compared to adjacent sand flats and sampled 5 sites in the south-western Baltic Sea using SCUBA. Compared to non-vegetated area, we found an average reduction of 39% for all Vibrio and 63% for the potentially harmful V. vulnificus/cholerae subtype based on robust plate counting data on Vibrio selective agar. The underlying mechanism of the reduction in bacterial load is currently elusive and clearly merits further study. Our results underline the critical importance of seagrasses in maintaining shallow water ecosystem functioning including water quality and provide further motivation for their protection and restoration

Regionalfenster

Von November 2011 bis Januar 2012 erarbeiteten die Marketinggesellschaft GUTES AUS HESSEN (MGH) und das Forschungsinstitut für biologischen Landbau (FiBL) im Auftrag des Bundesministeriums für Ernährung, Landwirtschaft und Verbraucherschutz (BMELV) das Gutachten „Entwicklung von Kriterien für ein bundesweites Regionalsiegel“. Die daraus folgende Diskussion hatte zum Ergebnis, dass der Ansatz eines „Regionalfensters“ vielversprechend ist. Das Regionalfenster ist ein Informationsfeld, das die Verbraucher über Herkunft und Verarbeitungsort eines Lebensmittels informiert: Das Regionalfenster beinhaltet ausschließlich Aussagen zur Herkunft der eingesetzten landwirtschaftlichen Zutaten, dem Ort der Verarbeitung und optional zu den Vorstufen der Landwirtschaft (wie z.B. Futtermittel oder Saatgut). Aussagen zur Art der Erzeugung (z.B. fair, nachhaltig, ökologisch, ohne Gentechnik, tiergerecht) sind im Regionalfenster nicht zugelassen. Die Region muss für den Rohwarenbezug eindeutig und nachprüfbar benannt werden (z.B. Landkreis, Bundesland oder Angabe eines Radius in Kilometern) und kleiner als die Bundesrepublik Deutschland sein; sie kann jedoch Staats- oder Ländergrenzen überschreiten (z.B. Getreide aus der Eifel oder 100 Kilometer um Aachen). Die erste Hauptzutat und wertgebende Bestandteile müssen zu 100 Prozent aus dieser definierten Region stammen. Beträgt die erste Hauptzutat weniger als 50 Prozent des Produktendgewichtes, so müssen auch die weiteren Hauptzutaten, in ihrer Gänze, jeweils zu 100 Prozent aus der definierten Region stammen, damit der Gewichtsanteil der regionalen Zutaten über 51 Prozent des Endproduktes liegt. Von Juli 2012 bis August 2013 wurde in drei Teilprojekten das Konzept für das Regionalfenster weiter ausgearbeitet und die Akzeptanz geprüft: 1. Projekt Nr.: 2812NA053 „Regionalfenster - Erprobung und Evaluierung“ Bearbeitung: FiBL Deutschland e.V., Autoren: Dr. Robert Hermanowski, Axel Wirz, Boris Liebl 2. Projekt Nr.: 2812NA057 „Regionalfenster - Prüf- und Sicherungssystem“ Bearbeitung: FiBL Projekte GmbH, Autoren: Peter Klingmann, Rolf Mäder 3. Projekt Nr.: 2812NA058 „Regionalfenster - Evaluierung der Verbraucherakzeptanz“ Bearbeitung: Universität Kassel, Autoren: Claudia Busch, Denise Gider, Prof. Dr. Ulrich Hamm, Dr. Meike Janssen, David Kilian, Antje Korn Das Teilprojekt „Erprobung“ hatte zum Ziel, den bundesweiten Testmarkt für den Kommunikationsansatz „Regionalfenster“ aufzubauen und umzusetzen. Es wurden Testregionen in fünf Bundesländern ausgewählt. Der Testmarkt umfasste 20 Testgeschäfte, in denen 200 unterschiedliche Produkte angeboten wurden. Damit verschiedene Situationen der Kennzeichnung mit dem Regionalfenster getestet werden konnten, waren sowohl verpackte wie unverpackte Ware, Monoprodukte wie auch zusammengesetzte Produkte in den Testmärkten erhältlich. Sowohl der klassische Lebensmitteleinzelhandel (LEH) mit großer Verkaufsfläche als auch kleinere Fachgeschäfte wurden als Vertriebsschienen berücksichtigt. Die Verkaufsstätten wurden so ausgewählt, dass sie unterschiedliche Zielgruppen von Verbrauchern abdecken. Sowohl städtischen als auch ländlichen Regionen waren vertreten. In den Test wurden Produkte und Produktgruppen mit bereits existierender regionaler Auslobung aufgenommen. Zu Beginn der Testphase fand eine zweitägige Einführungs- und Informationsaktion in jedem der teilnehmenden Märkte statt. In Kooperation mit den regionalen LandFrauen-Verbänden stellten LandFrauen das Regionalfenster vor und boten Produkte zur Verkostung an. Die Laufzeit des Tests unter realen Verkaufsbedingungen war auf drei Monate angelegt. In dieser Zeit erfolgte auch die Evaluierung in Form von Markttests und Verbraucherbefragungen (siehe Teilprojekt „Evaluierung“). Zeitgleich wurde eine Informationsbroschüre „Herkunftssicherung“ erstellt. Sie erfasst das komplexe Thema Regionalität praxisnah und gibt Anregungen zur individuellen Umsetzung der Kennzeichnung. Da in den Bereichen Zierpflanzen und Pilze auch ein reges Interesse der Branchenteilnehmer an dem Kennzeichnungsansatz mit dem Regionalfenster bestand, wurden mögliche Vergabekriterien für diese Produkte entwickelt. Ebenso erfolgte eine Anpassung des Prüf- und Sicherungssystem für Zierpflanzen und Pilze. Um die Besonderheiten von Regionalprodukten für Verbraucher transparent zu machen, wurde eine internetbasierte Datenbank entwickelt. Verbraucher finden damit zukünftig auf der Seite www.regionalfenster.de Detailinformationen zu mit dem Regionalfenster gelabelten Produkten. Ziel des Teilprojektes „Prüf- und Sicherungssystem“ war die Entwicklung eines Prüf- und Sicherungssystems für Produkte, die mit dem Regionalfenster gekennzeichnet werden. Das Prüf- und Sicherungssystem dient dazu, die auf dem Deklarationsfeld gemachten Angaben zur Herkunft und zum Verarbeitungsort zu verifizieren und von externer Stelle zu überprüfen. In einem ersten Schritt wurden im Rahmen einer Status quo-Erhebung bestehende Prüf- und Sicherungssysteme identifiziert und analysiert. Auf Basis der Status quo-Erhebung wurde dann zusammen mit Vertretern von Kontrollstellen in Abstimmung mit Vertretern des Regionalfenster e.V. ein Prüf- und Sicherungssystem für die Verwendung des Regionalfensters mit den Elementen Pflichtenheft, Firmen- und Produktregistrierung, Zulassung von Zertifizierungsstellen, Zertifizierungsverfahren und Anerkennung bestehender Standards entwickelt. Die für die praktische Umsetzung erstellten Dokumente wurden einem Praxistest unterzogen, um die praktische Anwendbarkeit sicher zu stellen. Als wichtiges Element wurde die Gruppenzertifizierung identifiziert und ein Leitfaden zur Gruppenzertifizierung entwickelt. So können Erzeuger oder Verkaufsstellen zu Gruppen zusammengefasst und im Rahmen eines internen Kontrollsystems des Lizenznehmers überprüft werden. Dadurch kann der Aufwand für die Vorort-Begehung durch die externe Zertifizierungsstelle erheblich reduziert werden. Ziel des Projekts „Evaluierung“ war es, die Akzeptanz des Regionalfensters bei Verbrauchern und Händlern zu evaluieren. Dies erfolgte in vier aufeinander aufbauenden Phasen: 1. Leitfadeninterviews mit Verbrauchern 2. Computergestützte Verbraucherbefragung in den Testgeschäften 3. Mystery Shopping in den Testgeschäften 4. Telefonische Händlerbefragung Insgesamt ist festzuhalten, dass sich der Ansatz, regionale Lebensmittel mit dem Regionalfenster zu kennzeichnen, in seinen wesentlichen Elementen sowohl bei Verbrauchern als auch bei Händlern bewährt hat. Ein wesentlicher Pluspunkt ist die übersichtliche Präsentation der Informationen zur Herkunft der landwirtschaftlichen Rohstoffe sowie zum Verarbeitungs- bzw. Verpackungsort. Die große Mehrheit der Verbraucher und Händler bewertete das Regionalfenster als verständlich und informativ. Durch den gewährleisteten tatsächlichen Herkunftsnachweis und die unabhängigen Kontrollen hat das Regionalfenster das Potenzial, sich zukünftig mit diesem Alleinstellungsmerkmal auf dem deutschen Markt zu profilieren und eine hohe Verbraucherakzeptanz zu gewinnen. Die Autoren der drei Projekte kommen aufgrund Erfahrungen in der Testphase und den Ergebnissen übereinstimmend zur Einschätzung, dass die Einführung des Regionalfensters auf jeden Fall zu empfehlen ist

Seed-based IntaRNA prediction combined with GFP-reporter system identifies mRNA targets of the small RNA Yfr1

Motivation: Prochlorococcus possesses the smallest genome of all sequenced photoautotrophs. Although the number of regulatory proteins in the genome is very small, the relative number of small regulatory RNAs is comparable with that of other bacteria. The compact genome size of Prochlorococcus offers an ideal system to search for targets of small RNAs (sRNAs) and to refine existing target prediction algorithms