Development and validation of high-density SNP array in ducks

Development and validation of high-density SNP array in ducks. XIth European symposium on poultry genetics (ESPG

Le cheval a-t-il un avenir?

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Up to date results from the ongoing in situ genetic management of the local breed Noire de Challans

Session 25. Molecular measures of diversity and their role in monitoring andmanagement of breedsInternational audienc

Le cheval a-t-il un avenir?

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Mise au point d'un panel d'assignation de parenté SNP unique pour deux espèces de canards et leur hybride

International audienceIn avian species, parentage assignment is one of the key to get the pedigree of animals breed without cages nor insemination. To allow its use in a large number of in dividuals (several hundred each generation in each line), the SNP marker panel should be as cheap as possible (96 SNP). In ducks, another need is the possibility of assigning two different species, the common duck and the Muscovy duck, and also hybrids from these two species: the mules duck. The objective of this study was to develop a small SNP chip panel efficient for both species and their hybrid. First, 192 SNP from the 670K SNP chip were selected, based on the feasibility of moving from one genotyping technology to a new one, on their quality, and on their polymorphism. The 192 SNP were genotyped on 334 samples, including the parents of experimental lines for which a parentage assignment was needed, and samples already genotyped on the 670K SNP chip for validation purpose. Among the 192 SNP, the 96 best SNP were chosen based on several quality filters: call rate < 0.95, zero mendelian incompatibility, high minor allelic frequency, and low linkage disequilibrium. Progenies of the experimental lines were successfully assigned with the 96 selected SNP. As the 192 SNP used here come from a high-density SNP chip developed using several commercial breeds, specific panels of 96 SNP should be informative for parentage assignment of other breeds than the two experimental lines targeted in this study.En espèces avicoles, l'assignation de parenté représente une alternative au suivi du pedigree réalisé via la cage individuelle et l'insémination avec la semence d'un mâle identifié. Compte-tenu des effectifs d'animaux par génération et de la valeur de chaque individu, un enjeu majeur est le coût du panel d'assignation, conditionné par le nombre de marqueurs. Un défi supplémentaire existe chez le canard, où deux espèces sont croisées pour obtenir un hybride : l'assignation du mulard nécessite des marqueurs fonctionnant chez le mulard, ainsi que chez le canard commun et le canard de Barbarie. L'objectif est le développement d'un panel d'assignation de parenté de 96 marqueurs SNP pour l'assignation de canetons Pékin, Barbarie et mulards obtenus sans recours à la cage. Compte-tenu des effectifs importants éclos par génération, il est important que le panel soit de la plus petite taille possible afin de minimiser son coût d'utilisation. A partir de la puce bi-espèce canard 670K SNP, 192 marqueurs ont été présélectionnés. Les critères de choix ont porté sur la faisabilité d'un changement de technologie, et sur la qualité et le polymorphisme des marqueurs. Les 192 marqueurs retenus ont été génotypés sur les parents des animaux des lignées expérimentales à assigner, ainsi que sur des animaux ayant des liens de filiation connus, pour un total de 334 échantillons. Les marqueurs présentant un taux de génotypage supérieur à 95% et aucune incompatibilité mendélienne ont été conservés, puis un tri a été effectué sur la fréquence allélique, et le déséquilibre de liaison. Une liste de 96 marqueurs a été proposée à l'issue de ces filtres. Les taux d'assignation élevés obtenus avec ces 96 marqueurs (autour de 98%) ont permis de valider la qualité du panel. Les 192 marqueurs utilisés étant issus d'une puce développée sur plusieurs lignées commerciales aux orientations diverses, il devrait être possible de proposer des listes de 96 marqueurs opérationnelles pour d'autres lignées

Etablissement d'une stratégie de gestion génétique in situ pour la race locale "Noire de de Challans"

International audience“Noire de Challans” is a local breed originating from the area located between Nantes and Challans in Vendée(France). The population is maintained within its geographic range thanks to several farmers breeding the animalsto ensure the permanency of the flock. As in many local breeds, genetic management of this population is difficultbecause of incomplete or sparse pedigrees. The goal of this study was to develop a management strategy of thegenetic diversity within the breed “Noire de Challans” using molecular markers. Ninety-six SNP markers havebeen selected from a list obtained through a previous project. Within “Noire de Challans”, these markers displayeda high level of diversity (the average minor allele frequency is 0.358). A slight heterozygote deficit caused by aWahlund effect has been detected within the population. An in silico analysis confirmed that this set of markers isperfectly suitable for parentage assignment within the breed (probability of identity: 4.24x10-27, exclusionprobability: 0.999). Finally, optimal mating plans were designed using an iterative procedure based on a simulatedannealing algorithm to maximise the molecular distance between sires and dams. This posterior reconstruction ofthe pedigrees using these molecular markers allows the genetic management of the “Noire de Challans” by limitingthe increase of inbreeding within the population. This proof of concept can be transferred to other local breeds forwhich genealogical information is often rare or inaccurateLa poule Noire de Challans est une race locale originaire de la région s’étendant entre Nantes et Challans enVendée. La population est actuellement maintenue dans son aire de répartition grâce à l’activité de plusieurséleveurs assurant le renouvellement des cheptels. A l’instar de nombreuses races locales, la gestion génétique dela population est difficile en raison de généalogies imparfaitement connues. Le but de cette étude a été de mettreen place une gestion in situ de la diversité génétique de la Noire de Challans par l’utilisation de marqueursmoléculaires. Quatre-vingt-seize marqueurs SNPs ont été sélectionnés à partir d’une liste obtenue lors de travauxantérieurs. Testés au sein de la population de Noire de Challans, ces marqueurs présentent un niveau élevé dediversité (Fréquence moyenne de l’allèle minoritaire égale à 0.358). Un léger déficit en hétérozygote causé par uneffet Wahlund a été détecté dans la population. Une analyse in silico a ensuite permis de confirmer que lesmarqueurs choisis étaient parfaitement compatibles avec leur utilisation dans le cadre d’une assignation de parentéchez la Noire de Challans (probabilité d’identité de 4.24x10-27 et probabilité d’exclusion de 0.999). Finalement,une procédure itérative reposant sur un algorithme de type “recuit-simulé” a été mise en place afin de définir leplan de croisements permettant de maximiser la distance génétique moléculaire observée entre mâles et femellesà associer. La reconstruction a posteriori du pedigree à l’aide de ces marqueurs permettra de gérer in situ lespopulations de Noire de Challans en limitant l'accroissement de la consanguinité. Ces résultats représentent unepreuve de concept qu’il sera possible d’étendre à d’autres races locales pour lesquelles les informationsgénéalogiques sont partielles ou absentes

Development of genomic predictions for female reproduction traits in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)

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Development of genomic predictions for female reproduction traits in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)

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Développement d'un panel de marqueurs SNP pour détecter l'hybridation entre la caille des blés et la caille japonaise

National audienceLa Caille des Blés (Coturnix coturnix) est une espèce migratrice couramment chassée en Europe. Des lâchers sont effectués dans les pays où cette pratique est autorisée afin de supplémenter les populations naturelles de cette espèce. De récentes études ont prouvé que certains individus de lâchers sont issus de l’hybridation avec la Caille japonaise (Coturnix japonica), espèce élevée pour sa chair et ses oeufs. L’objectif de cet article est donc de proposer un jeu de marqueurs et une méthodologie statistique permettant de distinguer les individus C. coturnix des individus C. japonica et de leurs hybrides. A partir de données de séquençage issues de 20 C. japonica et 2 C. coturnix, 1.7 millions de SNP ont été détectés. Parmi ceux-ci, 192 marqueurs candidats ont été choisis comme potentiellement discriminants et testés sur des populations de référence. Comme attendu, la différenciation génétique estimée sur la base de ces marqueurs entre les deux espèces est forte (FST=0.80). Trente-deux marqueurs diagnostics de l’espèce ont pu être mis en évidence. Ils ont été inclus dans un panel de 96 marqueurs sélectionnés pour leur puissance statistique à discriminer les individus des deux espèces. Un traitement statistique ad hoc a été utilisé afin d’exploiter l’information produite par ce panel. Les résultats de simulations indiquent que la méthode permet de distinguer les individus issus de rétrocroisement jusqu’à la 3ème génération avec un taux d’erreur d’assignation d’environ 1%. Testée sur des individus issus d’élevage, cette méthode démontre son utilité pour écarter les individus issus d’hybridation. Cette méthode est un nouvel outil permettant de contrôler le niveau d’introgression génétique de C. japonica dans les populations naturelles de C. coturnix