LEVANTAMENTO DE AGENTES ZOONÓTICOS ENCONTRADOS EM PEQUENOS MARSUPIAIS DA AMÉRICA DO SUL

Zoonoses são doenças que são transmitidas de animais vertebrados para o homem e também do homem para os animais, principalmente quando seu ciclo ecológico é alterado, seja por intervenção natural ou pela intervenção humana. Incluem doenças emergentes e reemergentes distribuí­das mundialmente e de preocupação para a saúde pública, pois causam vários prejuí­zos e mortes na população humana. Estudos revelam que as zoonoses estão ligadas a várias espécies de mamí­feros, incluindo os marsupiais, que atuam como hospedeiros de algumas destas doenças zoonóticas. Apesar da maioria dos estudos se concentrarem em marsupiais didelfí­deos de porte maior, identificamos várias espécies de pequenos marsupiais dos gêneros Monodelphis, Marmosa (Marmosa), Marmosa (Micoureus), Gracilinanus e Thylamys como hospedeiras de agentes zoonóticos causadores de doenças, como toxoplasmose, leishmaniose, tripanossomí­ase, verminoses, coccidiose, arboviroses, microsporidiose, peste negra e fasciolí­ase, na América do Sul, e no Brasil. Algumas destas informações sobre marsupiais como hospedeiros não podem ser recuperadas em função da falta de espécimes testemunhos, aliado  s mudanças taxonômicas ocorridas dentro do grupo

The role of cytogenetic variation in Akodon cursor species complex speciation (Rodentia: Sigmodontinae)

Chromosome polymorphism in populations of Akodon cursor complex (124 specimens) and the karyotypes of other Akodon species (92 specimens) from Brazil were analyzed. Five species were analyzed: Akodon cursor with 2n = 14, and Akodon aff. cursor with 2n = 16, Akodon montensis with 2n = 24, Akodon paranaensis with 2n = 44 and Akodon serrensis with 2n = 46. Chromosome polymorphism was observed in A. cursor and A. aff. cursor showing pericentric inversions, and also in A. paranaensis and A. montensis presenting supernumerary chromosomes. Pericentric inversion polymorphism affecting two autosomes pairs in A. cursor karyotype was found in Hardy-Weinberg equilibrium. Akodon with 2n = 16 occurred from Bahia to Rio Grande do Norte states and A. cursor with 2n = 14 from Bahia to Paraná states. Molecular analyses showed high genetic distance estimates between such set of samples, suggesting that karyomorphic type 2n = 16 is fixed in the northern part of the distribution of Akodon cursor complex. Captive hybrids males between Akodon [2n = 14] x [2n = 16] are apparently sterile, suggesting these populations may represent two full species

Correlación entre el número de variantes de falsos positivos y la calidad de los resultados en la secuenciación con Ion Torrent PGM™ para seleccionar genes BRCA

Introduction: Next Generation Sequencing (NGS) is cost-effective and a faster method to study genes, but its protocol is challenging.Objective: To analyze different adjustments to the protocol for screening the BRCA genes using Ion Torrent PGM sequencing and correlate the results with the number of false positive (FP) variants.Material and methods: We conducted a library preparation process and analyzed the number of FP InDels, the library concentration, the number of cycles in the targetamplification step, the purity of the nucleic acid, the input, and the number of samples/Ion 314 chips in association with the results obtained by NGS.Results: We carried out 51 reactions and nine adjustments of protocols and observed eight FP InDels in homopolymer regions. No FP Single-Nucleotide Polymorphism variant was observed; 67.5% of protocol variables were jointly associated with the quality of the results obtained (p<0.05). The number of FP InDels decreased when the quality of results increased.Conclusion: The Ion AmpliSeq BRCA1/BRCA2 Community Panel had a better performance using four samples per Ion-314 chip instead of eight and the optimum number of cycles in the amplification step, even when using high-quality DNA, was 23. We observed better results with the manual equalization process and not using the Ion Library Equalizer kit. These adjustments provided a higher coverage of the variants and fewer artifacts (6.7-fold). Laboratories must perform internal validation because FP InDel variants can vary according to the quality of results while the NGS assay should be validated with Sanger.Introducción. La secuenciación de nueva generación es un método rentable y rápido para el estudio de los genes, pero su protocolo entraña desafíos.Objetivo. Investigar diferentes ajustes del protocolo de selección de los genes BRCA mediante secuenciación de Ion Torrent PGM™ y correlacionar los resultados con el número de variantes de falso positivo.Materiales y métodos. El proceso de preparación de la biblioteca, el número de falsos positivos InDels, la concentración de la biblioteca, el número de ciclos en el paso de amplificación de objetivos, la pureza del ácido nucleico, la entrada y el número de muestras por chip del Ion-314 se analizaron en asociación con los resultados obtenidos por secuenciación de nueva generación secuenciación de nueva generación.Resultados. Se hicieron 51 reacciones y nueve ajustes de los protocolos, y se observaron ocho falsos positivos InDels en las regiones de homopolímeros. No se observó ninguna variante de polimorfismo de nucleótido simple falso positivo. En 67,5 % de los casos, las variables de protocolo en su conjunto se asociaron con la calidad de los resultados obtenidos (p<0,05). El número de falsos positivos InDels disminuyó al aumentar la calidad de los resultados.Conclusiones. El panel comunitario Ion AmpliSeq BRCA1/BRCA2 tuvo un mejor rendimiento, con cuatro muestras por chip Ion-314 en lugar de ocho, y el número de ciclos en el paso de amplificación, incluso con ADN de alta calidad, fue mejor con 23. Se observaron mejores resultados con el proceso de ecualización manual y sin el uso del kit Ion Library Equalizer. Estos ajustes proporcionaron una mayor cobertura de las variantes y menos artefactos. Los laboratorios deben realizar la validación interna porque las variantes de falsos positivos InDel pueden variar según la calidad de los resultados. La secuenciación de próxima generación debe validarse con Sanger

LEVANTAMENTO DE AGENTES ZOONÓTICOS ENCONTRADOS EM PEQUENOS MARSUPIAIS DA AMÉRICA DO SUL

Zoonoses são doenças que são transmitidas de animais vertebrados para o homem e também do homem para os animais, principalmente quando seu ciclo ecológico é alterado, seja por intervenção natural ou pela intervenção humana. Incluem doenças emergentes e reemergentes distribuí­das mundialmente e de preocupação para a saúde pública, pois causam vários prejuí­zos e mortes na população humana. Estudos revelam que as zoonoses estão ligadas a várias espécies de mamí­feros, incluindo os marsupiais, que atuam como hospedeiros de algumas destas doenças zoonóticas. Apesar da maioria dos estudos se concentrarem em marsupiais didelfí­deos de porte maior, identificamos várias espécies de pequenos marsupiais dos gêneros Monodelphis, Marmosa (Marmosa), Marmosa (Micoureus), Gracilinanus e Thylamys como hospedeiras de agentes zoonóticos causadores de doenças, como toxoplasmose, leishmaniose, tripanossomí­ase, verminoses, coccidiose, arboviroses, microsporidiose, peste negra e fasciolí­ase, na América do Sul, e no Brasil. Algumas destas informações sobre marsupiais como hospedeiros não podem ser recuperadas em função da falta de espécimes testemunhos, aliado  s mudanças taxonômicas ocorridas dentro do grupo

Review of Cerradomys

46 p. : ill., maps ; 26 cm.Includes bibliographical references (p. 35-38).Cerradomys is a monophyletic genus that includes four known species, Cerradomys subflavus, C. maracajuensis, C. marinhus, and C. scotti, distributed throughout the open vegetation belt across South America, from northeastern Brazil to southeastern Bolivia, and from eastern to northwestern Paraguay. We revised the status of the species currently assigned to this genus by analyzing skins, skulls, karyotypes, and cytochrome b DNA sequences. We also described two novel species, one distributed in the Brazilian states of Minas Gerais, Bahia, and Sergipe, and the other in the states of Paraíba, Pernambuco, Piauí, Ceará, and Maranhão. Molecular analysis suggested the following phylogenetics arrangement: (((C. subflavus-C. sp.n.2) C. sp.n.1) C. scotti)(C. marinhus-C. maracajuensis)). Apparently, both novel species inhabit the Caatinga domain and penetrated the coastal Atlantic rainforest, differing from the remaining congeneric species that are typical open-area inhabitants

Morphological and genetic diversity in Callithrix hybrids in an anthropogenic area in southeastern Brazil (Primates: Cebidae: Callitrichinae)

Two species of Callithrix, C. jacchus (Linnaeus, 1758) and C. penicillata (É. Geoffroy, 1812), are considered invasive in Rio de Janeiro. This study determined the genetic and morphological diversity and verified the species involved in the hybridization of 10 individuals from the municipalities of Silva Jardim (N = 9) and Rio das Ostras (N = 1). We compared the external morphology and skull of C. jacchus (N = 15) and C. penicillata (N = 14) specimens deposited in the collection of the National Museum of Rio de Janeiro (MN- UFRJ). Phylogenetic (maximum likelihood and Bayesian inference) and phylogeographical analyses (network analysis) were performed based on cytochrome b sequences. These analyses included hybrids from the metropolitan region of Rio de Janeiro (N = 3), C. penicillata (N = 2), C. jacchus (N = 2), C. geoffroyi (N = 2), C. kuhlii (N = 2), C. aurita (N = 1), and as outgroups, Mico emiliae (N = 1) and Saguinus mystax (N = 1). The pelage and skull characters of most hybrids were more closely related to C. jacchus. Skull morphometric analysis revealed an intermediate state for the hybrids. Phylogenetic analyses revealed a high similarity between the hybrids and C. penicillata. Six haplotypes of hybrids were identified. Network analysis including them and C. penicillata recovered the topology generated by phylogenetic analysis. The results corroborate that C. jacchus and C. penicillata participate in the hybridization process. There was no geographic structure between hybrids from the coastal lowlands and from the metropolitan region of Rio de Janeiro

The geographic distribution of Didelphis imperfecta (Marsupialia: Didelphimorphia): an endemic species to the Guiana Shield, Eastern Amazonia

Made available in DSpace on 2015-08-19T13:49:39Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1914 bytes, checksum: 7d48279ffeed55da8dfe2f8e81f3b81f (MD5) fabiana_caramaschi_etal_IOC_2013.pdf: 801595 bytes, checksum: bbaad8c70ec5b6ea93895a56299b783b (MD5) Previous issue date: 2013Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia e Parasitologia de Mamíferos Silvestres Reservatórios. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Medicina Tropical. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia e Parasitologia de Mamíferos Silvestres Reservatórios. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Instituto Nacional de Câncer. Departamento de Genética. Rio de Janeiro, RJ, Brasil