Using UV Mutagenesis for Generation and Isolation of Novel Cell Division Cycle Mutants in Kluyveromyces lactis

Cell division cycle mutants, cells with malfunctioning genes that disrupt cell replication and division, have been studied and used in research to better understand the genetic aspect of cancer. The goal of the this research was to create and study novel temperature-sensitive cell division cycle (ts/cdc) mutants that have not been previously identified or studied in the budding yeast Kluyveromyces lactis. Previous work from Redlands students has yielded ten cdc mutants, created by ethyl methane sulfonate (EMS) mutagenesis, which arrested with large buds and were placed into eight complementation groups. To expand the number and variety of cdc mutants, ultraviolet (UV) light was used to create additional ts/cdc mutants in K. lactis because UV has a broad mutagenic spectrum, unlike ethyl methane sulfonate. The screening for ts conditional mutants was performed by overlaying the images of replica plates at the restrictive temperature onto replica plate images at the permissive temperature. Using UV mutagenesis, 61 K. lactis ts mutants were generated. Screening nine of our ts mutants and eight previously identified ts mutants for the characteristic uniform morphology, bud-size and nuclear configuration revealed five mutants of the cell division cycle. Four of the five cdc mutants found revealed novel phenotypes in this experiment. One, UV1BS4.32, displayed the previously seen large-budded phenotype. Two mutants, UV1BS4.32 and UV1BS5.36, showed the novel phenotype of small-budded morphology. The other two cdc mutants UV1BS1.4 and RCY1110 had unbudded phenotypes, which are also new to this research, and possibly new to this species

ESPEN guideline on home parenteral nutrition

This guideline will inform physicians, nurses, dieticians, pharmacists, caregivers and other home parenteral nutrition (HPN) providers, as well as healthcare administrators and policy makers, about appropriate and safe HPN provision. This guideline will also inform patients requiring HPN. The guideline is based on previous published guidelines and provides an update of current evidence and expert opinion; it consists of 71 recommendations that address the indications for HPN, central venous access device (CVAD) and infusion pump, infusion line and CVAD site care, nutritional admixtures, program monitoring and management. Meta-analyses, systematic reviews and single clinical trials based on clinical questions were searched according to the PICO format. The evidence was evaluated and used to develop clinical recommendations implementing Scottish Intercollegiate Guidelines Network methodology. The guideline was commissioned and financially supported by ESPEN and members of the guideline group were selected by ESPEN

Custom digital workflows: A new framework for design analysis integration

Flexible information exchange is critical to successful design integration, but current top-down, standards-based and model-oriented strategies impose restrictions that are contradictory to this flexibility. In this paper we present a bottom-up, user-controlled and process-oriented approach to linking design and analysis applications that is more responsive to the varied needs of designers and design teams. Drawing on research into scientific workflows, we present a framework for integration that capitalises on advances in cloud computing to connect discrete tools via flexible and distributed process networks. Adopting a services-oriented system architecture, we propose a web-based platform that enables data, semantics and models to be shared on the fly. We discuss potential challenges and opportunities for the development thereof as a flexible, visual, collaborative, scalable and open system

Data transformations in custom digital workflows: Property graphs as a data model for user-defined mappings

This paper describes the use of property graphs for mapping data between AEC software tools, which are not linked by common data formats and/or other interoperability measures. The intention of introducing this in practice, education and research is to facilitate the use of diverse, non-integrated design and analysis applications by a variety of users who need to create customised digital workflows, including those who are not expert programmers. Data model types are examined by way of supporting the choice of directed, attributed, multi-relational graphs for such data transformation tasks. A brief exemplar design scenario is also presented to illustrate the concepts and methods proposed, and conclusions are drawn regarding the feasibility of this approach and directions for further research

IDEA+ An Integrated Design Environment for Architecture

nrpages: 1status: publishe

Connecting digital architectural archives with MACE

In the domain of architecture, a huge amount of digital contents useful to academic and professional users is available online and in principle accessible from all over the world. However, because they reside in many different and unconnected systems, these contents are often hard to find with traditional search engines. MACE (Metadata for Architectural Contents in Europe) is a European eContentplus project [1] to connect architectural repositories and archives, providing a framework for community based services such as finding, acquiring, using and discussing about e-learning contents that were previously reachable only to small user groups. Methodology The MACE system provides its services on the base of collected information about available content (metadata harvesting). The actual content is left with the original repository owners, who keep an independent role, maintaining their own access and right policies. To make digital architectural archives interoperable, the MACE system utilizes open standards. The Open Archives Initiative Protocol for Metadata Harvesting (OAI-PMH) [2] is used as the communication protocol, with which metadata instances are collected (harvested). These metadata instances follow the IEEE 1484.12.1 - 2002 Standard for Learning Object Metadata (LOM) [3], which was extended into the MACE Application Profile to better describe Architectural Content. This extension builds on several existing classifications systems, such as CI/SfB, Uniclass and the Getty Art and Architecture Thesaurus. To provide multi-lingual facilities, classification terms are being translated into different European languages. When repositories are willing to connect with MACE, it is not necessary to provide actual content, since only metadata (content descriptions) are required. Collected metadata are used to provide web services, such as searching facilities and the addition of more metadata (enrichment). This requires the development of the OAI-PMH communication interface and setting up a mapping between the repository structure and the MACE structure, for which MACE partners will provide assistance. Benefits The searching and community facilities can be applied to retrieve content descriptions. Additionally, content can be further enriched using keywords, comments, ratings, competences, geo-locations and classification information. By connection with MACE, the scope of architectural repositories and archives can be enlarged, making them retrievable towards a larger audience. The MACE classification approach can also assist other repositories in structuring their content. Moreover, collected and enriched metadata are shared with end users and developers. More information The public portal [4], which is still in development, already allows visitors to try some of these services, such as searching and tagging. References [1] http://ec.europa.eu/information_society/activities/econtentplus/projects/edu/mace/index_en.htm [2] http://www.openarchives.org/pmh [3] http://ltsc.ieee.org/wg12 [4] http://www.mace-project.eustatus: publishe

Bridging Building Information Modeling and Parametric Design

Building Information Modeling is receiving an ever-increasing acceptance in the building industry and in construction-related education or research. More and more, Architects, Engineers, but also Contractors and Building Owners are starting to understand the benefits and the potential of BIM. Legislation and trade organizations are developing recommendations and requirements for BIM-based processes. The adoption of BIM is gradually approaching 50% of all users, if we are to believe some of the studies that are published on this subject, although wide differences can be witnessed between countries and regions. However, there are still many practitioners and researchers who are still not convinced about the benefits of BIM, either out of lack of experience or based on a different point-of-view on the design process, where BIM is often disregarded. A good example can be found in the large amount of designers who integrate parametric modeling and visual programming into their design workflow, using applications such as Grasshopper. While they might involve BIM as a part of their projects, its role is usually limited to post-design elaboration, to create construction documentation. This paper discusses some of the limitations in BIM, by positioning and comparing it with Parametric Modeling. BIM usability throughout the design process is strengthened, by improving the integration between both approaches.status: publishe

Reflections on the digital reconstruction of the portico and garden pavilion of the Rubens House

This article presents a digital, geometrical analysis of the relative positioning of the portico and garden pavilion of the Rubens house in Antwerp (Belgium) in regard to the main entrance of the house. While this is not a fully accurate historical reconstruction, the creation of a three-­‐dimensional model allowed assessing certain geometrical properties of the site and how they can be related back to the depiction of the architecture into the iconography of Rubens. Based on a combination of available blueprints from fairly recent site measurements and photographic imagery taken on site, we were able to derive a reasonably accurate 3D reconstruction in a limited timeframe, sufficient for 2D and 3D visualization and a geometrical analysis of the optical effects that are apparent in the site. In addition, the article reflects on the applied software-­‐based methodology, including the benefits and pitfalls of Building Information Modeling (BIM), which is increasingly being used for the modeling and management of digital building models worldwide, but is not oriented towards historical models. However, the use of BIM allowed maintaining a consistent link between 2D and 3D graphics, which is not available with other CAD-­‐based 3D modeling or 2D drafting techniques.status: publishe

Connecting digital architectural archives with MACE

In the domain of architecture, a huge amount of digital contents useful to academic and professional users is available online and in principle accessible from all over the world. However, because they reside in many different and unconnected systems, these contents are often hard to find with traditional search engines. MACE (Metadata for Architectural Contents in Europe) is a European eContentplus project to connect architectural repositories and archives, providing a framework for community based services such as finding, acquiring, using and discussing about e-learning contents that were previously reachable only to small user groups. This article will describe the MACE methodology and explain how it can assist with interconnecting architectural repositories and archives through the application of open standards and protocols.status: publishe

Design phase and scale level transitions in a digital building model

Dit onderzoek beschrijft een aantal mechanismen om de ondersteuning van de vroege fazen van het ontwerp te verbeteren in ontwerpsoftware voor architecten. Specifiek wordt gekeken hoe een ontwerp kan evolueren doorheen ontwerpfazen en schaalniveaus. Er wordt vertrokken van een overzicht van ontwerpapplicaties, voornamelijk gericht op Computer Aided Design en 3D modellering. Hieruit worden een aantal trends en beperkingen afgeleid. Ook wordt gekeken naar de problemen rond het uitwisselen van ontwerpdata. Dit overzicht leidt tot de uitwerking en ontwikkeling van een aangepaste datastructuur voor de beschrijving van een digitaal gebouwmodel. Deze structuur is flexibel en generiek opgebouwd en biedt ondersteuning voor overgangen tussen ontwerpfasen en schaalniveaus. Dit wordt toegepast in een prototype applicatie, om aan aantal van de voorgestelde mechanismen tot verbetering te illustreren.Preface Nederlandstalige Samenvatting Acronyms Contents Introduction I Context 1 Overview of Design Applications 2 Trends and evolutions in design applications 3 Exchange of CAD Data and Building Data 4 Academic Research II Concepts 5 The Data Structure 6 Representation of building information 7 Transitions between Scale Levels and Design Phases 8 Integrating Evaluation tests 9 The Project Data 10 Interacting with building data 11 The Geometric Model III Implementation 12 The data structure 13 Representations 14 Transitions 15 Evaluation Tests 16 Interaction in IDEA+ 17 The Geometric Model 18 Object Oriented Programming in IDEA+ 19 Implementing the prototype 20 Final Conclusions Bibliography Publications Curriculum Vitae IV Appendices CAD & 3D Database IDEA+ File format IndexSinds verschillende jaren maken architecten gebruik van software voor computergesteund ontwerpen of Computer Aided Design (CAD). Dit gaat van het uittekenen van plannen tot het maken van 3D modellen voor simulaties of voor visualisaties. Dit onderzoek vertrekt van een algemeen overzicht van applicaties die door ontwerpers en ingenieurs worden ingezet. Dit is samengevat in een applicatiedatabank, die online kan geraadpleegd worden (http://asro.sbuild.com). In een ontwerppraktijk zal men dikwijls een hybride gamma van applicaties inzetten, waarbij voor verschillende toepassingen andere software gebruikt wordt. Dit leidt echter tot een groeiend probleem van data uitwisseling. Een bespreking van courante bestandsformaten en uitwisseling tussen formaten is daarom ook opgenomen in het overzicht. Vanuit dit algemeen overzicht, wordt specifiek gekeken naar het gebruik van Building Information Modeling (BIM) software. Deze software gaat uit van een digitaal gebouwmodel, van waaruit andere documenten zoals plannen, doorsneden, maar ook meetstaten en lastenboeken kunnen afgeleid worden. De inzet van deze software is doorgaans gericht op het uitwerken van documenten voor de bouwaanvraag en voor de realisatie op de bouwwerf, waar constructieplannen en lijsten noodzakelijk zijn. Bij gebruik tijdens de ontwerpfase tonen deze toepassingen echter nog belangrijke beperkingen. Hiervoor wil dit onderzoek een aantal verbeteringen voorstellen. Model van het ontwerpproces Binnen onderzoeksgroep Ontwerp- en Bouwmethodiek van het departement Architectuur, Stedenbouw en Ruimtelijke Ordening aan de K.U.Leuven is een conceptueel model opgesteld dat het ontwerpproces beschrijft. Het is een formalisering van de verschillende ontwerpfazen in dit proces en van de verschillende schaalniveaus waarop een ontwerp wordt uitgedacht. Binnen dit kader kunnen dan evaluatietests bedacht worden die relevant zijn voor een bepaald schaalniveau of voor een bepaalde ontwerpfase. Het model gaat uit van een ontwerp gesteund op rasters en heeft niet de ambitie om iedere mogelijk ontwerpmethode te ondersteunen. Er wordt wel van uitgegaan dat dit model bruikbaar is voor de meeste gangbare ontwerpen. Dit conceptueel model is vervolgens vertaald in een object model, waarin het model een concrete structuur heeft gekregen, met het oog op verdere implementatie. Deze twee modellen vormen het uitgangspunt van dit doctoraatsonderzoek. Een datastructuur voor een digitaal gebouwmodel Er is een datastructuur opgezet, die toelaat een ontwerp voor te stellen als een digitaal gebouwmodel. Daarnaast is een prototype applicatie uitgewerkt, steunend op deze datastructuur, om de verschillende overgangen te testen die tijdens het ontwerpproces plaatsvinden. Het is niet de bedoeling om het systeem volledig te implementeren, omdat daarvoor de mankracht en middelen ontbreken. De focus ligt eerder op het uitwerken van een aantal mechanismen binnen dit systeem, die helpen bij de ondersteuning van de overgangen tussen schaalniveaus en ontwerpfasen. In de datastructuur worden ontwerpentiteiten gedefinieerd. Deze omvatten zowel fysieke als conceptuele entiteiten. De fysieke entiteiten zijn de gebouwelementen zoals muren, vloeren, daken en kolommen. De conceptuele entiteiten zijn immateriële entiteiten, zoals ruimtes, functies, ontwerprasters en gebouwblokken. Beide zijn belangrijk voor een architect. Er worden daarnaast ook verschillende soorten representaties aangeboden, gaande van grafische tot alfanumerieke. Ieder van deze representaties is een manier om het gebouwmodel voor te stellen. De interactie met de verschillende ontwerpentiteiten gebeurt via deze representaties. De entiteiten kunnen hierin aangemaakt, geselecteerd en gewijzigd worden. Overgangen Een belangrijk aspect van de voorgestelde datastructuur is de ondersteuning voor overgangen tussen schaalniveaus en ontwerpfazen. Door het ontwerp te bekijken op verschillende schaalniveaus kan de ontwerper rekening houden met de impact van de ontwerpbeslissingen op schaal van het gebouw als een geheel, binnen de site, maar ook op schaal van de individuele gebouwelementen binnen dat gebouw. Om wijzigingen aan het ontwerp coherent te houden tussen de verschillende schaalniveaus zijn er referentiepunten opgezet. Deze laten toe om entiteiten over verschillende schaalniveaus aan elkaar te verankeren. Dit is nodig om de samenhang van het gebouw te waarborgen, als er op verschillende schaalniveaus aanpassingen gebeuren. Daarnaast zijn er ook verschillende ontwerpfasen gedefinieerd. Deze verlopen over het algemeen chronologisch, van het schetsontwerp over het voorontwerp tot het uitvoeringsontwerp. De ontwerper kan echter opteren om tijdelijk over te stappen naar een latere fase om bepaalde bouwknopen of details te onderzoeken en nadien terugkeren naar een vroegere fase om het globale ontwerp verder aan te passen. De representaties laten toe om de gepaste voorstelling van de ontwerpentiteiten te genereren, zonder de reeds ingestelde parameters te verliezen. Conclusie Het prototype bevat bij het afronden van het onderzoek nog niet alle functionaliteit, maar enkele van de voorgestelde verbeteringen t.o.v. bestaande toepassingen zijn uitgewerkt, om de concepten verder te verkennen. Verder onderzoek kan zich toespitsen op het integreren van aangepaste evaluatietests binnen het prototype, maar ook op het verkennen van de gewenste interactiviteit in dergelijke ontwerptoepassing. Hiervoor is het noodzakelijk dat dit prototype bijkomend getoetst wordt door architecten tijdens ontwerpoefeningen. Dit kan de nodige feedback opleveren om de functionaliteit bij te sturen of aan te vullen, om de applicatie beter bruikbaar te maken in de ontwerppraktijk.nrpages: 468status: publishe