DeepNano: Deep Recurrent Neural Networks for Base Calling in MinION Nanopore Reads

Motivation: The MinION device by Oxford Nanopore is the first portable sequencing device. MinION is able to produce very long reads (reads over 100~kBp were reported), however it suffers from high sequencing error rate. In this paper, we show that the error rate can be reduced by improving the base calling process. Results: We present the first open-source DNA base caller for the MinION sequencing platform by Oxford Nanopore. By employing carefully crafted recurrent neural networks, our tool improves the base calling accuracy compared to the default base caller supplied by the manufacturer. This advance may further enhance applicability of MinION for genome sequencing and various clinical applications. Availability: DeepNano can be downloaded at http://compbio.fmph.uniba.sk/deepnano/. Contact: [email protected]

Matematički modeli za višekriterijumske procene u sistemima učenja na daljinu

Učenje na daljinu (eng. Distance Learning System - DLS) je sveprisutniji savremeni koncept obrazovanja. To je koncept zasnovan na tutorskom sistemu i njegovim modulima (moduli asistenta, tutora, moduli za praćenje i prepoznavanje emocija, motivacije, itd.) koji deluju u korelaciji sa povratnim informacijama iz sistema. Ova modularnost značajna je pre svega u korektivnoj ulozi, adaptivnom kapacitetu, automatizaciji i samoregulaciji DL sistema. Novi koncept DL sistema omogućio je lakše uvođenje, široku zastupljenost i veću funkcionalnost savremenih sistema za upravljanje učenjem (eng. Learning Management System - LMS). LMS sistemi koriste se za kreiranje, organizaciju, realizaciju, administraciju, verifikaciju kurseva u skladu sa obrazovnim okruženjem. Definisanje okruženja i priprema za nastavu počinje prepoznavanjem karakteristika studenata, nastavne grupe, podelom u podgrupe po orjentaciji, predznanju, predispozicijama, odnosno prepoznavanju idividualnih karakteristika, sklonosti i mogućnosti studenata. Pristupanjem kursu, tokom kursa, a posebno pri rešavanju problemskih zadataka, dolazi do nejasnoća i nerazumevanja, razvijaju se različite emocije, padovi koncentracije, motivacije, i sl. Tada DL sistem i pripadajući moduli moraju signalzirati nepravilnosti i slabosti koncepta učenja u skladu sa individualnim potrebama, a uz pomoć modula korektivnih funkcija prevazilaziti ih. Iz tog razloga vrlo je važno u startu indetifikovati validne činioce obrazovnog okruženja i karakteristike studenta. U skladu stim neophodno je grupi/pojedincu dodeliti adektavtan skupa modula DL sistemu za uspešno praćenje kursa i kvalitetne procene uspešnosti okončanja kursa. Različitost činioca koji definišu okruženje neophodno je definisati težinskim faktorom, obzorom na posledične efekte. Dakle, neophodno je izraditi matematičke modele za ocenjivanje rada studenata koji studiraju na daljinu, na osnovu ulaznih parametara sa jedne strane (opšti uspeh, uspeh iz srodnih predmeta prethodnog nivoa školovanja, motivisanost studenta za studije, i sl.), te na osnovu reakcija tokom kursa na zadate probleme i zadatke, dobijenih u cilju uspešnog savlađivanja gradiva, sa druge strane. Takođe, neophodno je izraditi matematičke modele višekriterijumskog (VK) ocenjivanja odgovarajućih platformi za DL studije sa ciljem da se odredi za date situacije odgovarajući način održavanja nastave za pojedine studente ili grupe. Prosta primena poznatih metoda VKA ponekad nije moguća, zbog same strukture metoda. Dakle, u cilju postizanja odgovarajućih rezultata, razvija se prilagođeni VK metoda za ocenjivanje za kokretni slučaj, tj. za kokretno obrazovno okruženje

Some extinct plant taxa on the territory of Novi Sad and their vulnerability status in Vojvodina and Serbia

Natural habitats on the territory of Novi Sad are almost fully destroyed today, as well as their characteristic plant taxa. The reason for disappearance of natural habitats is the development of suburban communities, which is an irreversible process. Plant taxa, specific for wet, salty, and sandy ecosystems grew on those habitats twenty years ago and earlier. This paper presents the overview of 9 taxa (Suaeda maritima subsp. maritima, Androsace elongata subsp. elongata, Cirsium boujartii subsp. boujartii, Aster sedifolius subsp. canus, Blackstonia perfoliata subsp. serotina, Plantago maritima subsp. maritima, Salvia nutans, Allium angulosum, and Typha schuttleworthii). These taxa presented integral parts of autochthonous flora of Novi Sad. Since some of these taxa were found in the field 21 years ago and some even 93 years ago, they are extinct from the flora of Novi Sad