La structure de population d’Escherichia coli producteurs de bêta-lactamases à spectre étendu et de Staphylococcus aureus résistant à la méticilline acquis en milieu communautaire dans une région française ne montre pas de différence entre les zones urbaines et rurales

La résistance aux antimicrobiens constitue un problème de santé mondial, et la prévalence élevée d'Escherichia coli producteurs de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) et de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM) est particulièrement préoccupante. L'analyse du séquençage complet du génome d’isolats communautaires est essentielle pour comprendre la circulation de ces bactéries multirésistantes. Notre principal objectif était de déterminer la structure de la population des souches d’E. coli BLSE et de SARM cliniques isolés en milieu communautaire d'une région française. À cette fin, des isolats ont été collectés à partir de 23 sites appartenant à 6 laboratoires de biologie médicale privés de la région Bourgogne-Franche-Comté. Cent quatre-vingt-dix E. coli BLSE et 67 SARM ont été séquencés à l'aide de la technologie Illumina. Des analyses génomiques ont été réalisées pour rechercher la présence de gènes de résistance aux antibiotiques et aux métaux ainsi que de gènes de virulence. L'analyse a révélé que ST131 était le principal clone d’E. coli BLSE circulant dans la région, représentant 42,1 % des isolats d’E. coli BLSE. Les gènes blaCTX-M représentaient 98 % de blaESBL, la majorité étant blaCTX-M-15 (53,9 %). La population de SARM se composait principalement de complexes clonaux CC8 (50,7 %) et CC5 (38,8 %). De manière intéressante, nous avons constaté une prévalence de 40 % du gène de résistance au zinc czrC dans notre population de SARM. Nous n'avons observé aucune différence dans nos populations d’E. coli BLSE ou de SARM entre les zones urbaines et rurales de notre région française, suggérant ainsi qu'il n'y a pas d'impact de la densité de population ou de l'environnement rural

SARS‐CoV‐2 respiratory viral loads and association with clinical and biological features

International audienceTo determine the distribution of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) respiratory viral loads (VL) during the acute phase of infection and their correlation with clinical presentation and inflammation-related biomarkers. Nasopharyngeal swabs from 453 adult SARS-CoV-2-infected patients from the Department of Infectious Diseases, Besançon, France, were collected at the time of admission or consultation for reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) analysis. Clinical information and concentrations of biological parameters (C-reactive protein [CRP], fibrinogen, lactate dehydrogenase [LDH], prealbumin) were noticed. Mean respiratory VL homogeneously decreased from 7.2 log10 copies/ml (95% confidence interval [CI]: 6.6-7.8) on the first day of symptoms until 4.6 log10 copies/ml (95% CI: 3.8-5.4) at day 10 (slope = -0.24; R2 = .95). VL were poorly correlated with COVID-19 symptoms and outcome, excepted for dyspnea and anosmia, which were significantly associated with lower VL (p < .05). CRP, fibrinogen, and LDH concentrations significantly increased over the first 10 days (median CRP concentrations from 36.8 mg/L at days 0-1 to 99.5 mg/L at days 8-10; p < .01), whereas prealbumin concentrations tended to decrease. Since SARS-CoV-2 respiratory VL regularly decrease in the acute phase of infection, determining the level of VL may help predicting the onset of virus shedding in a specific patient. However, the role of SARS-CoV-2 VL as a biomarker of severity is limited

Performance of discs, sensititre EUMDROXF microplates and MTS gradient strips for the determination of the susceptibility of multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa to cefiderocol

To evaluate the performance of commercially available tests to determine the susceptibility of multidrug-resistant (MDR) clinical Pseudomonas aeruginosa strains to cefiderocol

Effect of a karst system (France) on extended spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing Escherichia coli

International audienceKarst aquifers are an important water resource worldwide particularly exposed to anthropogenic pollution, including antibiotic-resistance. The release of antibiotic-resistant bacterial pathogens in the environment is a major public health challenge worldwide. In this One Health study, we aimed to determine the effect of karst on antibiotic-resistant bacteria. For this purpose, we determined the concentrations of extended-spectrum β-lactamases-producing Escherichia coli (ESBL-Ec) for 92 weeks in a rural karst hydrosystem providing drinking water. ESBL-Ec isolates (n = 130) were sequenced by whole genome sequencing. We analysed the isolates at different levels of granularity, i.e., phylogroup, sequence type, presence of antibiotic-resistance genes, mutations conferring antibiotic-resistance, and virulence genes. The ESBL-Ec concentrations were spatially and temporally heterogeneous in the studied karst hydrosystem. ESBL-Ec isolates survived in the karst and their concentrations were mostly explained by the hydrodynamic of the hydrosystem. We demonstrate that the studied karst has no filtration effect on ESBL-Ec, either quantitatively (i.e., in the ESBL-Ec concentrations) or qualitatively (i.e., in the genetic characteristics of ESBL-Ec isolates)