Optimized metabarcoding with Pacific biosciences enables semi-quantitative analysis of fungal communities

Recent studies have questioned the use of high-throughput sequencing of the nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region to derive a semi-quantitative representation of fungal community composition. However, comprehensive studies that quantify biases occurring during PCR and sequencing of ITS amplicons are still lacking. We used artificially assembled communities consisting of 10 ITS-like fragments of varying lengths and guanine-cytosine (GC) contents to evaluate and quantify biases during PCR and sequencing with Illumina MiSeq, PacBio RS II and PacBio Sequel I technologies. Fragment length variation was the main source of bias in observed community composition relative to the template, with longer fragments generally being under-represented for all sequencing platforms. This bias was three times higher for Illumina MiSeq than for PacBio RS II and Sequel I. All 10 fragments in the artificial community were recovered when sequenced with PacBio technologies, whereas the three longest fragments (> 447 bases) were lost when sequenced with Illumina MiSeq. Fragment length bias also increased linearly with increasing number of PCR cycles but could be mitigated by optimization of the PCR setup. No significant biases related to GC content were observed. Despite lower sequencing output, PacBio sequencing was better able to reflect the community composition of the template than Illumina MiSeq sequencing

Nicotine Replacement Therapy during Pregnancy and Child Health Outcomes: A Systematic Review

Tobacco smoking in pregnancy is a worldwide public health problem. A majority of pregnant smokers need assistance to stop smoking. Most scientific societies recommend nicotine re- placement therapy (NRT) during pregnancy but this recommendation remains controversial because of the known fetal toxicity of nicotine. The objective of this systematic review was to provide an overview of human studies about child health outcomes associated with NRT use during pregnancy. The electronic databases MEDLINE, the Cochrane Database, Web of Science, and ClinicalTrials.gov were searched from the inception of each database until 26 December 2020. A total of 103 articles were identified through database searching using combination of keywords. Out of 75 screened articles and after removal of duplicates, ten full-text articles were assessed for eligibility and five were included in the qualitative synthesis. NRT prescription seems to be associated with higher risk of infantile colic at 6 months as in case of smoking during pregnancy, and with risk of attention- deficit/hyperactivity disorder. No association between NRT during pregnancy and other infant health disorders or major congenital anomalies has been reported. Well-designed controlled clinical trials with sufficient follows-up are needed to provide more information on the use of NRT or other pharmacotherapies for smoking cessation during pregnancy on post-natal child health outcomes.</div

Is Symptomatic Long QT Syndrome Associated with Depression in Women and Men?

We examined whether long QT syndrome (LQTS) mutation carrier status or symptomatic LQTS are associated with depression, and whether there are sex differences in these potential relationships. The sample comprised 782 participants (252 men). Of the 369 genetically defined LQTS mutation carriers, 169 were symptomatic and 200 were asymptomatic. The control group consisted of 413 unaffected relatives. Depression was assessed using the Beck Depression Inventory-II (BDI-II). No association was found for LQTS mutation carrier status with depression. The multinomial logistic regression showed that LQTS mutation carrier men with arrhythmic events scored higher on depression compared with the control group, even when adjusting for age, beta-blockers, antidepressants, and social support (OR = 1.09, 95 % CI [1.02, 1.15], p = .007). The binary logistic regression comparing symptomatic and asymptomatic LQTS mutation carriers showed that symptomatic LQTS was associated with depression in men (OR = 1.10, 95 % CI [1.03, 1.19], p = .009). The results were unchanged when additionally adjusted for education. These findings suggest that symptomatic LQTS is associated with depression in men but not in women. Overall, however, depression is more frequent in women than men. Thus, regular screening for depression in LQTS mutation carriers and their unaffected family members can be important.Peer reviewe

Erratum: Corrigendum: Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution

International Chicken Genome Sequencing Consortium. The Original Article was published on 09 December 2004. Nature432, 695–716 (2004). In Table 5 of this Article, the last four values listed in the ‘Copy number’ column were incorrect. These should be: LTR elements, 30,000; DNA transposons, 20,000; simple repeats, 140,000; and satellites, 4,000. These errors do not affect any of the conclusions in our paper. Additional information. The online version of the original article can be found at 10.1038/nature0315

Lender liability - kreditgivaransvaret i Sverige med utgångspunkt tagen i engelsk rätt

Den här uppsatsen beskriver bankers ansvar för handlingar som de vidtar i samband med sin kreditgivningsverksamhet, något som ibland brukar benämnas som lender liability eller kreditgivaransvar. Ämnet behandlas med utgångspunkt i det engelska kreditgivaransvaret. Vad avser den engelska delen har jag tagit upp olika frågor som kan uppkomma före eller i samband med ingåendet av ett kreditavtal. Jag har även berört den arrangerade bankens ansvar vid en syndikerad kreditgivning. Efter detta har jag beskrivit engelska bankers skyldigheter under avtalstiden. Detta innefattar bl.a. ''duty of care and skill'' och skulle banken inte uppfylla detta krav kan det leda till ett skadeståndsansvar. I samband med ett kreditavtals avveckling kan en kreditgivare bli skadeståndsskyldig gentemot andra borgenärer om banken styrt som ''shadow director''. I den del där jag behandlat lender liability i svensk rätt har jag delat in ansvaret efter vilket subjekt som kräver skadestånd eller jämkning. I förhållande till gäldenären har jag utrett om det är möjligt att undgå återbetalningsskyldighet om banken har gjort en vårdslös kreditgivning, eller rättare sagt vårdslös kreditprövning. Min slutsats är att näringsidkare inte har någon möjlighet att bli fria från återbetalningsskyldigheten men att det under vissa omständigheter kan finnas en möjlighet för konsumenter. Rättsläget är dock oklart. Jag har vidare diskuterat vilka krav som kan ställas på en bank som säger upp en kredit till återbetalning och kommit fram till att det krävs att uppsägningen är baserad på en objektiv och fackmannamässig bedömning av krediten och de ställda säkerheterna. Bankens ansvar gentemot tredje man har främst handlat om banken styr som ''shadow director'', gjort en vårdslös kreditprövning eller sagt upp en kredit godtyckligt, ''credit crushing''. Frågan är om det finns någon möjlighet för tredje man att kräva skadestånd av banken. Jag har kommit fram till att det inte i något av de ovan nämnda fallen är möjligt för tredje man att utkräva något ansvar från banken

Special Issue on the Effects of Prenatal Smoking/Nicotine Exposure on the Child’s Health

International audienc

Samband mellan rapportinformation, förväntningar och kursutveckling på den svenska aktiemarknaden.

Titel: Samband mellan rapportinformation, förväntningar och kursutveckling på den svenska aktiemarknaden. Författare: Johan Källlstrand, Jonas Mjöbäck och Mikael Tarnawski-Berlin Handledare: Tore Eriksson, Hossein Asgharian Problem: I samband med att börsbolagen offentliggör sina kvartalsrapporter ägnas stor uppmärksamhet i media till hur det redovisade resultatet avviker från marknadens förväntningar. Det är lätt att få intrycket att ett resultat som understiger förväntningarna automatiskt leder till en kursnedgång och vice versa. Men är det verkligen så? Går det att påvisa ett samband mellan avvikelse och kursreaktion? Hur starkt är i så fall detta samband? Hur ser motsvarande relation ut för företagens omsättning? Borde inte företagens aktiekursutveckling påverkas om försäljningen avviker från förväntningarna? Finns det branschspecifika skillnader vad gäller avvikelser från resultat och omsättning? När inträder rapporteffekten och hur länge håller den i sig? Syfte: Undersökningens syfte är att studera relationen mellan börsbolagens aktiekursutveckling och prognosavvikelser. Genomförande: Prognoser och rapportdata under perioden år 2001 till år 2002 samlades in för 40 börsbolag. För att kunna svara på om avvikelser från förväntningarna samspelar med aktiens kursutveckling krävs statistisk testning. En metod som är särskilt lämpad för att mäta ett sambands styrka är korrelationsmätning, som ger vid handen till vilken grad två variabler samvarierar. Då det rör sig om icke-parametisk testning användes Spearmans rangkorrelation som ej förutsätter ett normalfördelat material. Såväl avvikelser från förväntat resultat som avvikelser från förväntad omsättning korrelerades med aktiekursutvecklingen på olika dagsnivåer i syfte att också mäta den långsiktiga effekten av kvartalsrapporterna. Slutsats: När resultatet avviker från förväntningarna har avvikelsen betydelse för aktiekursutvecklingen. Studeras det enskilda bolaget syns effekten av avvikelser bäst på lång sikt medan den allmänna rapporteffekten – då alla 40 bolag läggs samman i ett sampel – påverkar kursbildningen starkast på endagsnivå. Avvikelser från förväntad omsättning ger generellt ingen eller mycket liten effekt på kursbildningen. Kursuppgångar är vanligare vid positiva avvikelser än kursnedgångar vid negativa avvikelser dock blir nedgången både snabbare och kraftigare än uppgången. Även om det går att finna skillnader mellan branscher är sambanden starkast på bolagsnivå. Variationer i den uppmärksamhet media tillägnar bolagen tycks påverka sambandet mellan prognosavvikelser och aktiekursutveckling: Ju mer utrymme ett bolag tillägnas i nyhetsrapporteringen desto svagare samband mellan avvikelser och kursutveckling

Kursreaktioner på tillkännagivande

Sammanfattning Titel: Kursreaktioner på tillkännagivande av nyemission Författare: Caroline von Arronet, Johan Källlstrand och Mikael Tarnawski-Berlin Handledare: Hossein Asgharian Problem: En nyemission är en stor händelse för ett företag och kan motiveras av flera olika anledningar. Går det att fastställa någon kursreaktion och hur ser den i så fall ut och hur länge håller den i sig? Vidare är det av intresse att utreda om det finns likheter mellan företag i samma bransch avseende hur en aktiekurs utvecklas när de tillkännager nyemissioner. Hur skiljer sig detta förhållande branscherna emellan? Finns det likheter mellan de nordiska länderna? Syfte: Undersökningens syfte är att undersöka hur aktiemarknaderna i Norden reagerar på tillkännagivande av nyemissioner. Genomförande: Vi har valt att göra en eventstudie där vi samlar in aktiekurser från 20 dagar före till 20 dagar efter det datum som tillkännagivandet av nyemission gjorts. Kursrörelserna har sedan sammanställts i modeller och satts i relation till tillkännagivandet av nyemissioner. Utifrån modellerna har vi sedan dragit slutsatser med hjälp av befintlig teori. Slutsats: Nyemissioner har en kurspåverkande effekt i de flesta fall. Det är dock svårt att förutsäga om effekten kommer att bli negativ eller positiv