Protein C Mutation (A267T) Results in ER Retention and Unfolded Protein Response Activation

BACKGROUND: Protein C (PC) deficiency is associated with a high risk of venous thrombosis. Recently, we identified the PC-A267T mutation in a patient with PC deficiency and revealed by in vitro studies decreased intracellular and secreted levels of the mutant. The aim of the present study was to characterize the underlying mechanism(s). METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: CHO-K1 cells stably expressing the wild-type (PC-wt) or the PC mutant were generated. In order to examine whether the PC mutant was subjected to increased intracellular degradation, the cells were treated with several inhibitors of various degradation pathways and pulse-chase experiments were performed. Protein-chaperone complexes were analyzed by treating the cells with a cross-linker followed by Western blotting (WB). Expression levels of the immunoglobulin-binding protein (BiP) and the phosphorylated eukaryotic initiation factor 2α (P-eIF2α), both common ER stress markers, were determined by WB to examine if the mutation induced ER stress and unfolded protein response (UPR) activation. We found no major differences in the intracellular degradation between the PC variants. The PC mutant was retained in the endoplasmic reticulum (ER) and had increased association with the Grp-94 and calreticulin chaperones. Retention of the PC-A267T in ER resulted in UPR activation demonstrated by increased expression levels of the ER stress markers BiP and P-eIF2α and caused also increased apoptotic activity in CHO-K1 cells as evidenced by elevated levels of DNA fragmentation. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: The reduced intracellular level and impaired secretion of the PC mutant were due to retention in ER. In contrast to other PC mutations, retention of the PC-A267T in ER resulted in minor increased proteasomal degradation, rather it induced ER stress, UPR activation and apoptosis

Datarapport

International Research Institute of Stavanger (IRIS) har har i samarbeid med NIVA utført overvåking av innsjøer og elver Jærvassdragene, på oppdrag fra Rogaland fylkeskommune. Sen inngåelse av avtale gjorde at prøvetaking i innsjøene først startet opp i slutten av mai, med månedlig prøvetaking frem til oktober (6 ganger). Som foregående år er den dynamiske vårperioden dermed ikke inkludert i innsjøundersøkelsene i 2010. Overvåkingsprogrammet har fokus på økologisk tilstand, og omfatter samtlige av de største og viktige innsjøene på Jæren. Etter at samtlige innsjølokaliteter ble undersøkt i 2004, har overvåkingsprogrammet hatt en rullering med hensyn til hvilke innsjøer som undersøkes, slik at hver innsjø blir undersøkt med en frekvens på 2-4 år. I 2010 ble Hålandsvatnet, Stokkelandsvatnet, Edlandsvatnet, Limavatnet, Mosvatnet (Time) og Frøylandsvatnet (sør) undersøkt. I tillegg ble Oltedalsvatnet for første gang inkludert i overvåkingsprogrammet.Rogaland fylkeskommun

Overvåking av Jærvassdragene 2010

International Research Institute of Stavanger (IRIS) har har i samarbeid med NIVA utført overvåking av innsjøer og elver Jærvassdragene, på oppdrag fra Rogaland fylkeskommune. Sen inngåelse av avtale gjorde at prøvetaking i innsjøene først startet opp i slutten av mai, med månedlig prøvetaking frem til oktober (6 ganger). Som foregående år er den dynamiske vårperioden dermed ikke inkludert i innsjøundersøkelsene i 2010. Overvåkingsprogrammet har fokus på økologisk tilstand, og omfatter samtlige av de største og viktige innsjøene på Jæren. Etter at samtlige innsjølokaliteter ble undersøkt i 2004, har overvåkingsprogrammet hatt en rullering med hensyn til hvilke innsjøer som undersøkes, slik at hver innsjø blir undersøkt med en frekvens på 2-4 år. I 2010 ble Hålandsvatnet, Stokkelandsvatnet, Edlandsvatnet, Limavatnet, Mosvatnet (Time) og Frøylandsvatnet (sør) undersøkt. I tillegg ble Oltedalsvatnet for første gang inkludert i overvåkingsprogrammet

Tapt areal og produksjonsevne for sjøørretbekker i Trondheim kommune

© Norsk institutt for naturforskning Publikasjonen kan siteres fritt med kildeangivelseBergan, M. A. og Nøst, T. H. 2017. Tapt areal og produksjonsevne for sjøørretbekker i Trondheim kommune - NINA Rapport 1354. 43 s. Denne NINA-rapporten kvantifiserer tapet av areal og produksjonsevne i Trondheim kommunes sjøørretbekker. Historisk har bekker i kommunen hatt svært gode naturlige forutsetninger for produksjon av sjøørret. En opprinnelig naturtilstand er derimot ikke lenger tilstede. Dagens tilstand er sammenlignet med tidsperioden før de største miljøpåvirkningene og bekkeødeleggelsene, det vil si tidsrommet før 2. verdenskrig. Bekkene fikk særlig redusert miljøkvalitet etter krigen og fram til slutten av 1980-tallet, i forbindelse med rask byutvikling og endret landbruks-aktivitet. I Trondheim kommune er 37 bekker fastsatt å ha vært eller fortsatt å være sjøørretførende. Dette er bekker som enten har direkte utløp i Trondheimsfjorden eller via Nidelva og nedre del av Gaula. Antallet bekker er et minimumsanslag. Våre beregninger viser store tap i tilgjengelig areal og vann- og habitatkvalitet. Fra en total sjøørretførende bekkestrekning på nærmere 57 kilometer, med et areal på mer enn 187.000 m², gjenstår i dag 17 kilometer bekk og om lag 59.000 m² tilgjengelig areal for sjøørret. Dette utgjør et samlet tap på om lag 70 % i lengde og areal. Bekker på strekningene Ranheim-Lade og Gaulosen-/Gaula har hatt det størst tapet. Produksjonsevnen hos bekkene er avhengig av både størrelsen på det tilgjengelige arealet og vann- og habitatkvaliteten. Gitt at tilgjengelig areal har naturtilstand i dag, er tap av produksjonsevne lik tap i areal, altså 70 %. Dagens vann- og habitatkvalitet i bekkene er imidlertid vesentlig forringet sammenlignet med antatt naturtilstand. En ekspertvurdering av vann- og habitatkvalitet på en skala fra 1 (naturtilstand) til 0 (ingen livsvilkår for laksefisk) multiplisert med tilgjengelig areal gir et mer korrekt uttrykk for endret produksjonsevne i den enkelte bekk. Ved å inkludere denne vurderingen, øker tapet i produksjonsevne fra 70 % til om lag 90 %. I dag er det kun et fåtall bekker i kommunen som har evne til å opprettholde livskraftige sjøørretbestander. Våre beregninger viser at den årlige smoltproduksjonen for alle bekker var opp mot 23400 smolt ved en opprinnelig naturtilstand. I dag er produksjonen redusert til under 2400 smolt, og anses som kritisk lav. Bestandsutviklingen for sjøørret i Midt-Norge har vært merkbar negativ de siste tiårene. Faktorer i sjøfasen er framhevet som de viktigste årsakene til denne utviklingen. Vår studie av tapt areal og ikke minst produksjonsevne viser at ferskvannsfasen er en undervurdert faktor, med potensielt stor lokal og regional effekt. Til tross for noe bedring i vannkvalitet etter 1990, både i landbruks- og bynære bekker, er opprinnelige habitat og vassdragskvalitet redusert gjennom kanalisering, utretting eller lukking, samt at vei- og jernbanekrysninger fortsatt stopper for oppvandring av gytefisk. Ettervirkningene av de omfattende miljøpåvirkningene etter krigen og fram mot 80/90-årene er derfor fremdeles betydelige, og det er gjort få tiltak for å avbøte denne situasjonen. Forvaltning av anadrom laksefisk står sentralt i Norge, og både sjøørret og laks er framhevet som et viktig kvalitetselement ved økologisk tilstandsklassifisering og fastsetting miljømål iht. vannforskriften. Ungfisktellinger på stasjonsnivå er en ofte anvendt metode, og et viktig verktøy, men gir begrenset informasjon alene. Vår studie viser at det er nødvendig å inkludere verktøy og metoder for kvantifisering av tapt areal og redusert vann-/habitatkvalitet i forhold til arbeidet med vannforskriften. Dette vil være en avgjørende del av kunnskaps- og forvaltningsgrunnlaget for sjøørretførende vannforekomster i Norge. Flere av de bynære bekkene i Trondheim har fått en bedring av vann- og habitatkvaliteten i løpet av de siste 20-30 årene. Dette har stoppet den negative utviklingen for sjøørreten, og gitt en svak økning i produksjonsevnen. Produksjonsevnen i 1990 var om lag 5 % av antatt naturtilstand, mot om lag 10 % i 2016. Våre undersøkelser konkluderer med at det må gjøres betydelig større innsats for å gjenvinne tapt areal, i tillegg til å bedre både vann- og habitatkvaliteten. Dette vil være avgjørende for å snu den negative utviklingen som vi har sett de siste 50-100 årene, både lokalt, regionalt og nasjonalt, og bidra til at sjøørreten igjen kan oppnå livskraftige, høstbare bestandsnivåer

Overvåkning av avrenning fra dagbrudd. Sibelco Nordic AS, Åheim Plant.

Dette er en korrigert versjon. Endringer er gjort på side 12, Tabell 2 (se corrigendum) 19.05.2017.Denne rapporten presenterer resultater fra overvåking av økologisk tilstand i Gusdalsvassdraget som mottar avrenning fra bedriftens dagbrudd i Gusdalen, Vannylven kommune. Hensikten med undersøkelsen har vært å vurdere eventuelle effekter i vassdraget. Resultatene fra vannprøvene viste at ingen av de vannregionspesifikke stoffene overskred grenseverdien. Kjemisk tilstand er ikke klassifisert da analysene er utført på ufiltrerte prøver. For de biologiske kvalitets-elementene (bunndyr og fisk) var det en god eller svært god økologisk tilstand på stasjoner nedstrøms bedriften i Gusdalselva, og det var ingen eller kun små avvik fra referansestasjoner oppstrøms dagbruddet. Sidevassdrag som drenerer bruddet var imidlertid sterkt påvirket av partikler som følger med drensvann fra bruddet. Det er ingen indikasjon på at avrenning av finpartikulært uorganisk materiale (suspendert faststoff) eller sprengstoff-rester har toksiske effekter for akvatisk biologi. Dette gjelder både for bunndyr- og ungfisksamfunn. Negative effekter som registreres i sidevassdrag, som drenerer bruddet knyttes kun til fysisk-mekaniske forhold på vassdragsbunnen, noe som har gitt redusert habitatkvalitet (bortfall av skjulområder, nedslammede gyte-områder og lignende). Sammenlignet med data fra tidligere biologiske undersøkelser, er det klare tegn på at resipientforholdene nå har bedret seg i Gusdalsvassdraget.Sibelco Nordic AS, Åheim Plant

Mapping natural and artificial migration hindrances for fish using LiDAR remote sensing

Hedger, R.D., Blumentrath, S., Bergan, M.A. & Eloranta, A.P. 2020. Mapping natural and artificial migration hindrances for fish using LiDAR remote sensing. NINA Report 1833. Norwegian Institute for Nature Research. We developed a new method to map and evaluate the impact of potential natural and artificial migration hindrances on the spatial distribution of sea trout (Salmo trutta) within stream networks. A stream network was derived from a 1 m2 spatial resolution LiDAR-based Digital Terrain Model (DTM), using part of Trondheim Region as a test case. Algorithms were developed to identify potential artificial migration hindrances (stream crossings and culverts) from the DTM, and to correct the DTM to enable generation of a terrain-derived stream network that followed the topography better than manually-digitized stream networks. Stream slope was computed at multiple-spatial scales throughout the terrain-derived network because steep slopes can be a potential natural migration hindrance. Potential migration hindrances were then quantified across the network from (1) the positions of crossings and culverts (using information generated from the DTM alongside GIS databases) and (2) stream slope metrics. The impact of potential migration hindrances on the spatial distribution of sea trout was determined by analysing the relationship between these stream network properties and the prevalence of sea trout across Trondheim Region, as determined by electro-fishing surveys conducted by Trondheim Kommune, NINA and NIVA. Models showed that prevalence was negatively related to the number of crossings and culverts downstream of the electrofishing site. However, no effect of slope was identified, and the predictive power of models was low. The terrain derivation-based approach developed here offered high local accuracy, but was computationally intensive, and suffered from potential confounding effects, and investigation of the effect of stream network properties on sea trout prevalence was limited by the quantity and quality of available data. This study has shown that a GIS-based approach, reliant on semi-automated processing of high-resolution DTM data, and integrated with GIS data, can be used to construct a stream network showing potential migration hindrances for fish populations. Further, there is potential for applying this approach over a wider geographical area and in different freshwater applications.Hedger, R.D., Blumentrath, S., Bergan, M.A. & Eloranta, A.P. 2020. Mapping natural and artificial migration hindrances for fish using LiDAR remote sensing. NINA Rapport 1833. Norsk institutt for naturforskning. Vi har utviklet en ny metode for å kartlegge og evaluere effekten av potensielle naturlige og menneskeskapte vandringshindre (barrierer) for ferskvannsvandring til sjøørret (Salmo trutta L.). Områder av Trondheimsregionen med eksisterende kartlegging av sjøørretutbredelse ble brukt som testområde. Det har blitt utviklet algoritmer for å identifisere potensielle vandringshindre (infrastrukturkryssinger, kulverter og lignende menneskeskapte inngrep, samt generell elvetopografi) fra digital terrengmodell (DTM). Resultatene i dette prosjektet baserer seg på digitale terrengmodeller med 1 m2 romlig oppløsning fra LIDAR data. Det er anvendt eksisterende algoritmer for å generere og korrigere elvenett fra digitale terrengmodeller. Slike terrengavledet elvenett avspeiler topografien bedre enn eksisterende manuelt digitalisert elvenett (NVE elvenett), og er en forutsetning for å avlede elvetoppografi, og dermed vandringshindre, fra digitale terrengmodeller. Fra det terrengavledede elvenettet ble helningsgradient kartlagt for hele elevnettverket på ulike romlige skalaer. Posisjon til kulverter og lignende inngrep ble kartlagt ved å sette sammen informasjon fra terrengavledet elvenett med informasjon fra GIS databaser for infra-struktur. Potensielle vandringshindre ble deretter kvantifisert for hele elvenettet ut fra (1) posi-sjonene til kryssinger, kulverter og lignende inngrep og (2) ulike indekser for helningsgradient. Effekten av potensielle vandringshindre på utbredelse av sjøørret ble analysert ved statistiske modeller hvor forekomst av sjøørret fra årlige ungfisktellinger ble brukt som responsvariabel (kvantitative tetthetsberegning fra el-fiske utført av Trondheim Kommune, NINA og NIVA). Potensielle vandringshindre nedstrøms fra el-fiskestasjon ble brukt som prediksjonsvariable for forekomst. Forekomsten av sjøørret var negativt relatert til antall kryssinger og kulverter nedstrøms for stasjonsområder for elfiske. Ingen effekt av helningsgradient ble imidlertid identifisert. Modellenes prediksjonsevne var generelt lav. Studiet viser at en GIS-basert tilnærming, med støtte i semi-automatisert prosessering av høyoppløselige digitale terrengmodeller integrert med GIS-data, kan brukes til å konstruere et elvenett (vassdragsnettverk) som avdekker potensielle vandringshindre. Tilnærmingen har potensiale for anvendelse er et mer omfattende geografisk område, og som et grunnlag for prediksjonsmodellering av mulig utbredelsesområde og vandringshindre. Det er imidlertid også identifisert klare begrensninger med den nåværende metodikken. Disse er i vesentlig grad knyttet til datagrunnlag for kalibrering av modeller (bakkeverifisering). Manglende datagrunnlag for dette gir lav utsagnskraft med påfølgende store usikkerheter i prediksjoner. De viktigste her er: (1) Kartlegging av eksisterende forekomst av sjøørret er basert på eksisterende overvåkning som er målrettet mot forventet utbredelse. Dette gjør at det blir få observasjoner i områder hvor utbredelse er begrenset av vandringshindre. (2) Det mangler detaljert informasjon om i hvor stor grad identifiserte menneskeskapte vandringshindre som ikke er observerbare med fjernmålingsdata (e.g. kulverter) utgjør barrierer. Metodikken er generelt også beregningsintensiv og krever manuell korreksjon. Det vurderes at videreutvikling av metodikken vil kreve (1) bedre kunnskap på utbredelse i form av data som gjør det mulig å estimere fore-komsten, (2) inventeringer og bakkeverifisering av vandringshindre. Tilnærminger beskrevet i denne rapporten utgjør imidlertid et godt grunnlag for å prioritere og målrette feltinnsats med hensyn på kartlegging av både fisk og abiotiske forhold

Overvåking av Jærvassdrag 2013 - Datarapport

IIRS har i samarbeid med NIVA utført overvåking av innsjøer og elver i Jærvassdragene i 2013, på oppdrag av Rogaland FylkeskommuneRogaland Fylkeskommun

Overvåking av Jærvassdrag 2011 - datarapport

Rogaland fylkeskommun

Overvåking av Jærvassdrag 2014 - datarapport

Rogaland fylkeskommun