Collaborative research: a case study between Biomedical community of NOVA Medical School and elderly community of Arroios

As Instituições do Ensino Superior desempenham um papel fundamental na sociedade como intervenientes ativos na transferência de conhecimento científico válido e podem também contribuir para mudanças sociais. Um dos aspetos essenciais para o desenvolvimento da educação no ensino superior está relacionado com o aumento do envolvimento da comunidade através de dinâmicas colaborativas entre a academia e a população. Estas abordagens colaborativas são importantes para ajudar as comunidades a resolverem os seus problemas com base no conhecimento produzido pelas universidades. De acordo com a Organização Mundial de Saúde, o número de pessoas seniores está a aumentar dramaticamente em todo o mundo e em Portugal é esperado que a percentagem de pessoas com 60 anos ou mais seja de 41,7% em 2050. Em Arroios, a percentagem de pessoas seniores é de 25,18% e a taxa de analfabetismo é de 2,75%. Nesta freguesia está localizada a NOVA Medical School, uma escola médica que tem como objetivo preparar profissionais e desenvolver investigação em áreas multidisciplinares para resolver problemas de saúde na sociedade. A Unidade EpiDoC é um dos grupos de investigação da NOVA Medical School dedicado à promoção da saúde pública e intervenção na comunidade. Esta unidade lançou um manual prático intitulado “Viver com Saúde depois dos 60 anos” para promover estilos de vida saudáveis. Tendo em conta a proximidade geográfica entre a NOVA Medical School e a Junta de Freguesia de Arroios, bem como a lacuna entre estas duas instituições na área do envelhecimento e da saúde, o presente trabalho tem como objetivo avaliar o livro “Viver com Saúde depois dos 60 Anos” como um veículo de comunicação de ciência na comunidade sénior de Arroios. O projeto foi realizado na Academia Sénior integrada na Junta de Freguesia de Arroios e os alunos da academia foram divididos em dois grupos atendendo à sua capacidade de ler e escrever de forma independente. Foram utilizados métodos quantitativos e qualitativos para analisar o conhecimento inicial dos alunos seniores e o conhecimento adquirido após a oportunidade de ler o livro, bem como para avaliar o livro como veículo de comunicação de ciência. Os resultados obtidos demonstraram que os conteúdos apresentados no livro eram temas já conhecidos pelos alunos seniores, apesar da maioria não se comportar de acordo com esses conhecimentos no seu dia a dia. Observou-se ainda que o livro promoveu comportamentos saudáveis nos estudantes, particularmente na área de nutrição. Em relação à avaliação do livro, o resultado geral foi positivo, exceto para o tópico relacionado com o tamanho e peso do livro. Em conclusão, este projeto contribuiu para a criação de uma ligação entre a comunidade biomédica da NOVA Medical School a comunidade sénior de Arroios através de uma abordagem colaborativa.The Higher Education Institutions have a fundamental role in society as active players to transfer valid scientific knowledge and can also contribute for social changes. One of the essential aspects to the higher education development is related to the increase of community engagement through collaborative dynamics between academia and population. These collaborative approaches are important to help communities to solve their questions based on the knowledge produced by universities. According to the World Health Organization the number of elder people around the world is growing dramatically and in Portugal it is expected a percentage of aged people with 60 years old or over 60 of 41.7% in 2050. In Arroios the percentage of old people is 25.18% and the illiteracy rate is 2.75%. In this parish it is located the NOVA Medical School, a medical school that aims to prepare professionals and to improve research in multidisciplinary areas to solve society’s health problems. EpiDoC Unit is one of the research groups at NOVA Medical School dedicated to public health promotion and community intervention. This unit launched a practical handbook entitled “Viver com Saúde depois dos 60 anos” (Living Healthy after 60 years old) to promote a healthy lifestyle. Taking into account the geographical proximity between NOVA Medical School and the Arroios Parish Council as well as the gap between these two institutions in the ageing and health field, the present thesis aims to evaluate the book “Viver com Saúde depois dos 60 Anos” as a science communication vehicle in the elderly community of Arroios. The project was performed at the Elderly Academy integrated in the Arroios Parish and the students of the academy were divided in two groups concerning their ability to read and write independently. Quantitative and qualitative methods were used to analyse the initial knowledge of elderly students and the knowledge acquired after the opportunity to read the book as well as to evaluate the book as a science communication vehicle. The results obtained demonstrated that the contents presented in the book were themes already known by elderly students, although most of them do not behave accordingly to them in their daily lives. It was also observed that the book promoted healthy behaviours in students, particularly in the nutrition area. Regarding the book’s assessment the general result was positive, excepting the topic related to the book’s size and weight. In conclusion, this project contributed to the connection between biomedical community from NOVA Medical School and elderly community from Arroios trough a collaborative approach

Target-specific multiphysics modeling for thermal medicine applications

Dissertation to obtain the degree of Doctor of Philosophy in Biomedical EngineeringThis thesis addresses thermal medicine applications on murine bladder hyperthermia and brain temperature monitoring. The two main objectives are interconnected by the key physics in thermal medicine: heat transfer. The first goal is to develop an analytical solution to characterize the heat transfer in a multi-layer perfused tissue. This analytical solution accounts for important thermoregulation mechanisms and is essential to understand the fundamentals underlying the physical and biological processes associated with heat transfer in living tissues. The second objective is the development of target-specific models that are too complex to be solved by analytical methods. Thus, the software for image segmentation and model simulation is based on numerical methods and is used to optimize non-invasive microwave antennas for specific targets. Two examples are explored using antennas in the passive mode (probe) and active mode (applicator). The passive antenna consists of a microwave radiometric sensor developed for rapid non-invasive feedback of critically important brain temperature. Its design parameters are optimized using a power-based algorithm. To demonstrate performance of the device, we build a realistic model of the human head with separate temperaturecontrolled brain and scalp regions. The sensor is able to track brain temperature with 0.4 °C accuracy in a 4.5 hour long experiment where brain temperature is varied in a 37 °C, 27 °C and 37 °C cycle. In the second study, a microwave applicator with an integrated cooling system is used to develop a new electro-thermo-fluid (multiphysics) model for murine bladder hyperthermia studies. The therapy procedure uses a temperature-based optimization algorithm to maintain the bladder at a desired therapeutic level while sparing remaining tissues from dangerous temperatures. This model shows that temperature dependent biological properties and the effects of anesthesia must be accounted to capture the absolute and transient temperature fields within murine tissues. The good agreement between simulation and experimental results demonstrates that this multiphysics model can be used to predict internal temperatures during murine hyperthermia studies

O key account management e a articulação entre redes externas e internas : um caso de estudo

Mestrado em Gestão e Estratégia IndustrialKey Account Management, uma abordagem frequentemente utilizada pelas empresas para gerir clientes chave, tem sido amplamente estudada na literatura com diversas abordagens. A rica literatura sobre o papel deste arranjo organizacional tem focado aspetos tão variados, como os seus benefícios, fatores de sucesso, ou o papel desses gestores de contas - os key account managers - nos relacionamentos com os clientes. O foco deste estudo é no key account management como uma atividade que envolve a articulação entre redes intra-organizacionais (rede interna) e redes inter-organizacionais (rede externa). Com esta perspetiva de base, este estudo procura explorar esse papel de interface e, em que medida e como é que a mobilização da rede interna é relevante para manter e desenvolver os relacionamentos com clientes chave. Com este propósito, conduziu-se um estudo de caso numa empresa, a partir de um conjunto de episódios, analisam-se as interações entre a rede interna da empresa focal, os key account managers e clientes específicos. Adicionalmente, e sendo clientes chave ou valiosos, faz-se uma breve caracterização das dimensões de valores de cada cliente na ótica da empresa focal. O estudo permite evidenciar a importância do papel dos key account managers na articulação entre redes internas e externas. Neste contexto, noções como alinhamento ou mobilização de recursos envolve não apenas a rede interna como a rede de clientes e de fornecedores. Esta constatação reforça o interesse em encarar os programas de KAM como rearranjos de redes de relacionamentos que se estendem para além das fronteiras de cada empresa.Key account management is an approach mostly used by companies to manage extremely important costumers; this approach has been widely studied in literature in diverse ways. The rich literature about the this organizational arrangement includes its benefits, success factors, the role of key account manager in the relationship with customers. This study focus on key account management as an activity that involves the interaction between internal network of a company with the external network of it. The main goal is to explore this interface role; particularly how the internal mobilization is relevant to maintain and develop the relationships with key accounts. With this purpose, a case study was conducted in a company, a group of episodes was analised, these episodes compiled a multitude of interactions by a focal company, the key account managers and specific customers. Additionally, a brief characterization regarding the value dimensions for each customer is done in the point supplier point of view. The importance associated to the role key account manager in the articualation of internal and external networks is display throughout this research. In this context, notions like alignment or resources mobilization involves not only the internal network but also the costumers and suppliers networks. This fact reinforces the interest in understanding KAM as rearrangements of relationship networks that extends beyond boundaries of a single company.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Uso y cobertura del suelo en las islas macaronésicas de Portugal y España: nuevos métodos para cuantificar y visualizar información de patrones espaciales

Tesis de la Universidad Complutense de Madrid, Facultad de Geografía e Historia, Departamento de Geografía Humana, leída el 23/11/2016The aim of this research is to propose novel methods for quantifying and visualizing geographical information, in order to aid the spatial planning decision-making process when addressing land use and land cover patterns. In doing so, several modeling and geographic visualization methods are developed and demonstrated by using the Macaronesian islands of Portugal and Spain as study areas. Macaronesia is a biogeographical region consisting of several archipelagos in the Atlantic Ocean belonging to three countries: Portugal, Spain, and Cape Verde. This research encompasses three archipelagos: the Azores, Madeira, and the Canary Islands. From these three archipelagos, the four most densely populated islands were further selected for the land use and land cover assessments: São Miguel, Madeira, Tenerife, and Gran Canaria. A common feature of the Macaronesian islands is that, ever since European colonization in the fifteenth century, up until the mid-twentieth century, anthropogenic land change was predominately attributable to agricultural activities consuming forests and natural areas. In the mid-twentieth century, owing to profound social and economic changes, the tertiary sector started its rise in becoming the main economic sector. Because the secondary sector in this region has always been minor, this substantial shift to the tertiary sector would dictate a progressive abandonment of the primary sector. Hence, agricultural areas started to recede. As a result, the last decades of the twentieth century were marked by a significant shift in land use dynamics. Agricultural activities ceased to be the main driving force of land change and were replaced by a rampant increase of the artificial surfaces, mainly on the southern coastal areas, where tourism-related and real estate pressure constitute a major impact on the landscape. A direct consequence of this pressure was the drastic transformation across the islands’ leeward coastal landscapes...El objetivo principal de esta investigación es proponer nuevos métodos para cuantificar y visualizar información geográfica, con el fin de facilitar el proceso de toma de decisiones en relación a los patrones de uso y ocupación del suelo. De este modo, se desarrollan y aplican varios métodos de modelación y visualización geográfica, utilizando las islas macaronésicas de Portugal y España como áreas de estudio. La Macaronesia es una región biogeográfica que integra varios archipiélagos en el Océano Atlántico pertenecientes a tres países: Portugal, España y Cabo Verde. Esta investigación abarca tres archipiélagos: Azores, Madeira y Canarias. Para una evaluación detallada de uso y cobertura del suelo se seleccionaron las cuatro islas más densamente pobladas: San Miguel, Madeira, Tenerife y Gran Canaria. Una característica común a las islas macaronésicas es que, desde de la colonización en el siglo XV hasta mediados del siglo XX, el cambio antropogénico del suelo se debió principalmente a las actividades agrícolas, que ocuparon bosques y áreas naturales. A mediados del siglo XX, debido a profundos cambios sociales y económicos, el sector terciario empezó su ascenso para convertirse en el principal sector económico. Debido a que el sector secundario en esta región siempre ha tenido una importancia menor, este proceso de terciarización de la economía supuso un progresivo abandono del sector primario. Por lo tanto, las áreas agrícolas comenzaron a experimentar un claro retroceso. Como resultado de este proceso, las últimas décadas del siglo XX se caracterizaron por un cambio significativo en las dinámicas de uso y cobertura del suelo. Las actividades agrícolas dejaron de ser la principal fuerza impulsora en el cambio de lo suelo y fueron reemplazadas por el aumento desenfrenado de las superficies artificiales, principalmente en las zonas costeras del sur, donde el turismo y la especulación inmobiliaria ejercen una gran presión sobre el paisaje. Consecuencia directa de esta presión fueron las drásticas transformaciones de los paisajes costeros de las islas...Esta investigação tem como principal objectivo propor novos métodos para quantificar e visualizar informação geográfica, de modo a auxiliar o processo de tomada de decisão quando seja necessário analisar padrões de uso e ocupação do solo. Ao longo da investigação são apresentados vários métodos de modelação e visualização geográfica, usando como área de estudo as ilhas da Macaronésia pertencentes a Portugal e Espanha. A Macaronésia é uma região biogeográfica no Oceano Atlântico constituída por vários arquipélagos pertencentes a três países: Portugal, Espanha e Cabo Verde. Este trabalho de investigação abrange três arquipélagos: os Açores, a Madeira e as Ilhas Canárias. Para uma avaliação mais detalhada quanto ao uso e ocupação do solo, foram seleccionadas as quatro ilhas mais densamente povoadas: São Miguel, Madeira, Gran Canaria e Tenerife. Uma característica comum às ilhas da Macaronésia reside na particularidade de, desde a sua colonização no século XV, até meados do século XX, as alterações antropogénicas do solo terem estado predominantemente associadas às actividades agrícolas que consumiram extensas áreas de floresta e espaços naturais. Em meados do século XX, devido a profundas alterações sociais e económicas, o sector terciário iniciou a sua ascensão para se tornar o principal sector económico. Uma vez que, nesta região, o sector secundário foi sempre pouco significativo, a terciarização da actividade económica ditou um progressivo abandono do sector primário. Deste modo, as áreas agrícolas começaram a recuar. Como resultado deste processo, as últimas décadas do século XX foram marcadas por uma mudança significativa na dinâmica de uso e ocupação do solo nas ilhas desta região. As actividades agrícolas deixaram de ser a principal força motriz para as alterações no uso do solo, sendo substituídas pelo aumento galopante das superfícies artificiais, principalmente nas áreas costeiras do sul, onde as actividades relacionadas com o turismo e a especulação imobiliária causaram um grande impacto na paisagem, e contribuiram para a transformação drástica do litoral sotavento das ilhas...Depto. de GeografíaFac. de Geografía e HistoriaTRUEunpu

From caciques and godfathers to second order corruption

The Carwash corruption probe has had a significant impact on what we know about systemic corruption in Brazil. Through the Odebrecht case, it is possible to advance organizational corruption theories by seeing how power has been abused over the years to create a systemic and enduring corruption system. Inspired by grounded theory, we simultaneously collected, codified and analyzed public documents from the plea deals of Odebrecht executives. From the empirical data, it is possible to see how second-order corruption has changed rules and norms in Brazil. We show that this kind of organizational corruption can be achieved by the abuse of relational power. We also demonstrate how second-order corruption is more difficult to combat, it normalizes corruption at a structural level, making it appear commonplace, the norm. Moreover, individually, it makes people rationalize corruption and distance themselves from the act ethically

Management of Insect Pest by RNAi — A New Tool for Crop Protection

The fast-growing human population requires the development of new agricultural technologies to meet consumers´ demand, while minimizing environmental impacts. Insect pests are one of the main causes for losses in agriculture production, and current control technologies based on pesticide application or the use of transgenic crops expressing Bacillus thuringiensis toxin proteins are facing efficacy challenges. Novel approaches to control pests are urgently necessary. RNA interference (RNAi) is a gene silencing mechanism triggered by providing double-stranded RNA (dsRNA), that when ingested into insects can lead to death or affect the viability of the target pest. Transgenic plants expressing dsRNA version of insect specific target genes are the new generation of resistant plants. However, the RNAi mechanism is not conserved among insect orders, and its elucidation is the key to develop commercial RNAi crops. In this chapter, we review the core RNAi pathway in insects and the dsRNA uptake, amplification, and spread of systemic silencing signals in some key insect species. We also highlight some of the experimental steps before developing an insect-pest-resistant “RNAi plant”. Lastly, we review some of the most recent development studies to control agricultural insect pests by RNAi transgenic plants

Alternative splicing detection across different tissues in cork oak

Tese de mestrado, Bioinformática e Biologia Computacional (Bioinformática) Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2017As florestas de sobreiro (Quercus suber L.) são recursos únicos e emblemáticos em Portugal, com elevado impacto económico, ecológico e social. A disponibilidade recente da sequência do genoma de sobreiro forneceu um importante contributo para revitalizar a pesquisa em temas como desenvolvimento de cortiça e melhoramento da planta, assim como promover a competitividade da indústria da cortiça. No entanto, é ainda necessário adicionar mais detalhe à anotação estrutural do genoma, nomeadamente ao nível dos transcritos, incluindo previsão de eventos de splicing alternativo. O splicing alternativo (AS) é um processo usado durante a expressão génica que origina diferentes variantes de transcritos (isoformas) e produtos proteicos a partir um único gene. No presente estudo, procedemos à análise de dezasseis bibliotecas de RNA-seq, preparadas a partir de quatro tecidos de sobreiro (folhas, felema, entrecasco e xilema), de modo a prever novas formas de AS para genes já previstos e melhorar a anotação estrutural do genoma. Um protocolo bioinformático foi definido para testar o desempenho do software HISAT2 e STAR para mapeamento de reads de RNAseq no genoma de referência, e do software Cufflinks e StringTie para (re)construção de transcritos. O alinhamento de reads no genoma efetuado com STAR resultou em taxas de mapeamento (de 84,22% a 86,86%) superiores aos resultados atingidos com HISAT2 (73,88% a 76,55%). Assim, os resultados de mapeamento com STAR foram utilizados para a (re)construção de transcritos. O uso do StringTie para este processo foi globalmente mais conservador do que com Cufflinks, gerando menos transcritos novos, mas com melhor cobertura de reads por pares de base. Para melhorar a precisão da anotação e reduzir falsos positivos, foi realizado um passo adicional de otimização com StringTie. Desta otimização resultou uma anotação que prevê a ocorrência de 7 958 novos transcritos (8% dos transcritos totais), dos quais 5 453 são novas isoformas para genes previstos na anotação de referência. Esta nova anotação foi utilizada como referência para estimar a abundância dos transcritos em cada um dos tecidos estudados e efetuar a análise de expressão diferencial. Cerca de 16% de todos os genes expressos nos quatro tecidos e que contêm intrões apresentaram splicing alternativo, e os principais eventos de splicing foram alternative acceptor site e intron retention. Grupos de transcritos com expressão diferencial entre os quatro tecidos foram identificados e a análise de enriquecimento funcional confirmou os principais processos biológicos esperados para cada tecido: os transcritos mais expressos nas folhas e no xilema estavam relacionados com a fotossíntese e com transporte, respetivamente; transcritos mais expressos na periderme (felema e entrecasco) mostraram um enriquecimento em categorias funcionais relacionadas com a síntese de suberina e outros componentes de parede celular presentes nas células de cortiça. Estes grupos específicos mostraram também um enriquecimento em transcritos envolvidos na resposta ao stresse (biótico ou abiótico). Nos tecidos que compõem a periderme, este enriquecimento foi observado principalmente no entrecasco, enquanto que no felema foi detetado um enriquecimento em transcritos envolvidos no metabolismo secundário. A presente tese permitiu a definição de um protocolo padrão que poderá ser usado para estudar o splicing alternativo no sobreiro e para uma análise mais aprofundada na nova versão do genoma, que estará disponível em breve.Cork oak (Quercus suber L.) forests are unique and emblematic resources for Portugal, with high economical, ecological and social significance. The recent availability of the cork oak genome sequence provided an important contribution to reinvigorate research in fundamental topics such as cork development and plant improvement, and to promote the competitiveness of cork industry. Yet, further analysis is required to add detail to genome structure annotation, namely at the transcript level, also taking into account alternative splicing. Alternative splicing (AS) is a process used during gene expression to yield different transcript variants and protein products derived from a single gene. In the present study, we analyzed sixteen RNA-seq libraries prepared from four cork oak tissues (leaf, xylem, phellem and inner bark), in order to predict new AS forms for the already predicted genes and improve genome structural annotation. A bioinformatics pipeline was defined in order to test the performance of HISAT2 and STAR for read mapping against the reference genome, and Cufflinks and StringTie for transcript assembly. STAR yielded higher mapping efficiencies (84.22% to 86.86%) for the cork oak datasets, as compared to HISAT2 (73.88% to 76.55%), and the corresponding mapping data was selected for transcript assembly. The use of StringTie for this step was globally more conservative than Cufflinks, generating less novel transcripts, but with better support by read per base coverage. A further optimization step was performed using StringTie in order to improve annotation precision. The final transcript annotation was selected from this optimization step, predicting 7,958 novel transcripts (8% of total transcripts in the new annotation), 5,453 of which were novel isoforms for genes in reference annotation. This new annotation was used as reference to estimate transcript abundance in each tissue and differential expression analysis. Approximately 16% of all intron-containing genes expressed in the four tissues were alternatively spliced and the main event found in the four cork oak tissues was alternative acceptor site, followed by intron retention. Transcript clusters showing differential expression among the four tissues were identified and functional enrichment analysis confirmed the main biological processes expected for each tissue: transcripts highly expressed in leaves and xylem were mostly related to photosynthesis and transport, respectively; transcripts highly expressed in peridermis (phellem and inner bark) showed an enrichment in functional categories related to the synthesis of suberin and other component of cork cell walls. These tissue-specific clusters also showed an enrichment in transcripts involved in the response to stress (biotic or abiotic). Yet, in peridermis, this enrichment was mostly observed in inner bark samples, while phellem samples showed an enrichment in transcripts related to secondary metabolism. This thesis allowed the definition of a standard workflow that can be used to study alternative splicing in cork oak and used for further analysis on the new improved genome version that will be available soon