Variable Selection for Covariate Dependent Dirichlet Process Mixtures of Regressions

Dirichlet Process Mixture (DPM) models have been increasingly employed to specify random partition models that take into account possible patterns within the covariates. Furthermore, in response to large numbers of covariates, methods for selecting the most important covariates have been proposed. Commonly, the covariates are chosen either for their importance in determining the clustering of the observations or for their effect on the level of a response variable (in case a regression model is specified). Typically both strategies involve the specification of latent indicators that regulate the inclusion of the covariates in the model. Common examples involve the use of spike and slab prior distributions. In this work we review the most relevant DPM models that include the covariate information in the induced partition of the observations and we focus extensively on available variable selection techniques for these models. We highlight the main features of each model and demonstrate them in simulations

Covariate dependent random measures with applications in biostatistics

In Bayesian nonparametrics, the specification of suitable (for practical purposes) stochastic processes whose realisations are discrete probability measures plays a crucial role. Recently, real world applications have motivated the extension of these stochastic processes to incorporate covariate information in the realisations with the aim of constructing infinite mixture models having weights and/or component-specific parameters which depend on covariates. This work presents four different modelling strategies motivated by practical problems involving stochastic processes over covariate dependent random measures. After presenting the main concepts in Bayesian nonparametrics and reviewing relevant literature, we develop two Bayesian models which are extensions of augmented response mixture models. In particular, we construct a semi-parametric non-linear regression model for zero-inflated discrete distributions and propose techniques to perform variable selection in cluster-specific regression models. The third contribution presents a generalisation of Dirichlet Process for random probability measures to include covariate information via Beta regression. Properties of this new stochastic process are discussed and two illustrations are presented for dealing with spatially correlated observations and grouped longitudinal data. The last part of the thesis proposes a modelling strategy for time-evolving correlated binary vectors, which relies on latent variables. The distribution of these latent variables is assumed to be a convolution of Gaussian kernels with covariate dependent random probability measures. These four modelling strategies are motivated by datasets that come from medical studies involving lower urinary tract symptoms and acute lymphoblastic leukaemia as well as from publicly available data about primary schools evaluations in London

Network analysis of phenological units to detect important species in plant-pollinator communities: can it inform conservation strategies?

Conservation of species is often focused either only on those that are endangered, or on maximising the number recorded on species lists. However, species share space and time with others, thus interacting and building frameworks of relationships that can be unravelled by community-level network analysis. It is these relationships that ultimately drive ecosystem function via the transfer of energy and nutrients. However interactions are rarely considered in conservation planning. Network analysis can be used to detect key species ("hubs") that play an important role in cohesiveness of networks. We applied this approach to plant-pollinator communities on two montane Northern Apennine grasslands, paying special attention to the modules and the identity of hubs. We performed season-wide sampling and then focused the network analyses on time units consistent with plant phenology. After testing for significance of modules, only some modules were found to be significantly segregated from others. Thus, networks were organized around a structured core of modules with a set of companion species that were not organized into compartments. Using a network approach we obtained a list of important plant and pollinator species, including three Network Hubs of utmost importance, and other hubs of particular biogeographical interest. By having a lot of links and high partner diversity, hubs should convey stability to networks. Due to their role in the networks, taking into account such key species when considering the management of sites could help to preserve the greatest number of interactions and thus support many other species

Localização das despesas de investimento com educação: exercício financeiro de 2009 a 2014 do Município de Florianópolis

TCC (Graduação) - Universidade Federal de Santa Catarina. Centro Socioeconômico. Curso de Ciências ContábeisA educação é tratada na CF/1988 como direito e dever das famílias e do Estado visando o pleno desenvolvimento do indivíduo para que ao atingir a vida adulta esteja dentro dos quesitos mínimos exigidos que o qualifiquem para o mercado de trabalho e o exercício da cidadania. De acordo com a Constituição é dever dos municípios a manutenção de programas de educação infantil e ensino fundamental e para isso conta com o auxílio técnico e financeiro da União e dos Estados, sendo que por lei, o município tem o dever de aplicar na educação, no mínimo, 25% da sua receita financeira líquida e partindo do pressuposto de que esse mínimo é cumprido pelo município de Florianópolis a pergunta de pesquisa é: Como e quanto o Município de Florianópolis tem investido em educação nos últimos 6 (seis) anos e se segue alguma classificação de regionalização? Desse modo, esse trabalho tem o objetivo de analisar, dentro de uma série temporal de seis anos utilizando os anos de 2009 a 2014, das despesas autorizadas para a educação quanto dela é realizado, qual o montante é referente a despesas de capital do grupo de natureza de investimentos e dos investimentos quantos são possíveis de identificar a sua localidade, considerando localidade os doze distritos pertencentes ao município estudado. O estudo possui caráter descritivo, com abordagem tanto qualitativa quanto quantitativa e utiliza-se de procedimentos técnicos de uma pesquisa documental e bibliográfica para a coleta de dados e a fundamentação teórica sobre o tema abordado. O trabalho é fundamentado em conceitos relacionados a descentralização política a ao federalismo fiscal, de modo a explicar por que é atribuído ao município a competência de fornecer educação básica à população, outros conceitos abordados, também, são conceitos referentes a despesa pública e as codificações e classificações adotadas na contabilidade pública, conceitos sobre orçamento público, princípios orçamentários e sobre administração pública, trazendo também um breve histórico sobre o município de Florianópolis, sua divisão territorial e seu aspecto demográfico. Os dados analisados foram coletados do anexo 11 dos Balanços Anuais dos exercícios financeiros de 2009 a 2014 do município de Florianópolis, os mesmos dados foram tabelados e atualizados pelo IPCA para que fosse possível compará-los independente do ano ao qual pertençam visto que ao longo dos seis anos estudados o índice apresenta uma variação de 41,24% referente a perda do poder de compra. Ao analisar os dados foi possível perceber um aumento contínuo no orçamento e na realização das despesas com a educação, observou-se que dentro dessas despesas, a parcela de investimentos variou entre 10% e 26% em relação ao total orçado e do total de investimentos a parcela em que foi possível identificar o localizador da despesa variou de 13% à 39% entre os anos, outro ponto importante observado foi que apesar do aumento na autorização de investimentos em alguns dos anos, o poder de realização dos mesmos não acompanha tal aumento e finalmente, não foi possível inferir se houve equilíbrio na distribuição de recursos referentes a investimentos visto que o percentual de despesas localizadas e o número de localizadores é pequeno em comparação ao total de despesas com investimentos na educação

eSocial: uma análise das adequações nas rotinas de departamento pessoal em empresas do município de Lajeado-RS enquadradas no 1º grupo de implantação

O eSocial, Sistema de Escrituração Digital das Obrigações Fiscais, Previdenciárias e Trabalhistas, foi criado com o intuito de consolidar a entrega das inúmeras obrigações acessórias pertinentes a área trabalhista em somente um único portal nacional. A complexidade do projeto, com relação às inúmeras informações que devem ser prestadas pelas organizações, evidenciou ainda a necessidade de uma mudança cultural nas rotinas trabalhistas praticadas principalmente pelos setores de departamento pessoal. Frente a isso, o objetivo do trabalho foi identificar os impactos nas rotinas de Departamento Pessoal, decorrentes do processo de implantação do eSocial. Quanto aos objetivos, a pesquisa tem característica descritiva e com relação a abordagem do problema a pesquisa pode ser considerada como qualitativa, o procedimento técnico adotado foi um levantamento de dados survey, envolvendo a elaboração de um questionário semi-estruturado, contendo 18 perguntas fechadas de múltipla escolha e uma pergunta aberta, que foi aplicado aos profissionais do setor de Departamento Pessoal de 5 empresas do Município de Lajeado-RS. Dentre os resultados encontrados, pode-se destacar que 60% dos participantes pertenciam ao segmento das indústrias, sendo 40% dos respondentes enquadrados no cargo de analista de recursos humanos. Quanto ao nível de conhecimento dos mesmos sobre o eSocial apenas 20% indicou o nível como excelente. Pode-se perceber também que apenas 20% das empresas realizaram qualificação de todos os empregados quanto à importância e funcionamento do eSocial. Em relação ao prazo de envio dos eventos, chamou a atenção que 40% dos respondentes estavam sempre em atraso para o envio dos eventos de tabelas, EFD-Reinf e DCTF Web. Na verificação de práticas em desacordo com a legislação, 80% indicou que a realização de exames médicos admissionais após a data de admissão estava totalmente em desacordo. Ainda, 60% dos respondentes indicaram a redução das obrigações acessórias, a segurança nas informações e a integração eletrônica como benefícios da implantação do eSocial, em contrapartida, 40% indicou como principais dificuldades o software inadequado, problemas no envio e validação dos arquivos e prazos muito apertados para o envio. Com base nos resultados obtidos foi possível perceber que as empresas participantes da pesquisa não estavam totalmente preparadas para o eSocial e necessitaram de adequações nas rotinas de Departamento Pessoal, porém os respondentes não consideraram esse impacto como sendo uma dificuldade relevante no processo de implantação do eSocial

A bayesian nonparametric model for white blood cells in patients with lower urinary tract symptoms

Lower Urinary Tract Symptoms (LUTS) affect a significant proportion of the population and often lead to a reduced quality of life. LUTS overlap across a wide variety of diseases, which makes the diagnostic process extremely complicated. In this work we focus on the relation between LUTS and Urinary Tract Infection (UTI). The latter is detected through the number of White Blood Cells (WBC) in a sample of urine: WBC≥ 1 indicates UTI and high levels may indicate complications. The objective of this work is to provide the clinicians with a tool for supporting the diagnostic process, deepening the available knowledge about LUTS and UTI. We analyze data recording both LUTS profile and WBC count for each patient. We propose to model the WBC using a random partition model in which we specify a prior distribution over the partition of the patients which includes the clustering information contained in the LUTS profile. Then, within each cluster, the WBC counts are assumed to be generated by a zero-inflated Poisson distribution. The results of the predictive distribution allows to identify the symptoms configuration most associated with the presence of UTI as well as with severe infections

MAPPING BCR-ABL1 FUSION POINTS IN CHRONIC MYELOID LEUKEMIA BY NEXT GENERATION SEQUENCING

Chronic myeloid leukemia (CML) is a myeloproliferative disorder cytogenetically characterized by a reciprocal translocation between the long arms of chromosome 9 and 22 t(9;22) that leads to the formation of the BCR-ABL1 fusion gene, coding for a deregulated tyrosine kinase with oncogenic activity. In clinical routine, mRNA amount of the chimeric transcript is considered proportional to the leukemic clone and is used for the molecular monitoring of patients. However, qRT-PCR cannot identify transcriptionally silent leukemic cells that can be present in minimal residual disease (MRD). To monitor MRD it is necessary to develop a qPCR assay on DNA sequences spanning BCR-ABL1, that are patient specific. Previous results obtained by Prof. G. Porta\u2019s group (unpublished) have demonstrated that DNA detection is positive while mRNA is not in 30% of time points, indicating the presence of transcriptionally silent cells. Breakpoints in these patients were characterized by laborious long-range PCR and cloning not suitable for a clinical application. To overcome this limiting step we set up a DNA capturing assay to target all kind of breakpoints that give rise to different BCR-ABL1 transcripts. Captured regions were then sequenced with a next generation protocol. The idea was to use the identified patient specific breakpoints to setup qPCR assays to monitor MRD. We successfully identified BCR-ABL1 fusion points in 9 over 10 samples, with single nucleotide accuracy, by setting up a bioinformatics workflow specifically developed for this purpose. All findings were validated with Sanger sequencing. This project was performed in collaboration with Prof. Giovanni Porta of University of Insubria